BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-198J23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 44,929,310 - 45,089,706
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLdb2
Upstream geneC1qtnf7, 4833430A08Rik, 5730509K17Rik, Fbxl5, Bst1, Cd38, EG665989, EG665994, LOC100040677, EG384179, Fgfbp1, Prom1, LOC100041413, Tapt1, LOC100040717, LOC545747
Downstream geneLOC100041481, LOC100040737, Qdpr, EG624224, Lap3, LOC100040762, Med28, 9630031F12Rik, 9630001P10Rik, 1600023N17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-198J23.bB6Ng01-198J23.g
ACCGA020171GA020172
length1,1511,143
definitionB6Ng01-198J23.b B6Ng01-198J23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,088,572 - 45,089,706)(44,929,310 - 44,930,457)
sequence
gaattccacctttcccctgtgacacatttcccctgtgttagggttctcca
gtagaacagaccatttataacgaatatataccataaaaggggatttatta
gattggctttcaggatataagttagacaattcaacaaaggctgcctgtct
acatgctggagaggctgccagcccagtctgtgcctaatccaccaggctgg
atgcctcaggggcactagtctgccactcaaagtctggagactgcttagag
agtggagtgactggtcttcagtctgccttagaaaacagcagcagttgggt
tctgatggcagcacaacaggagcgactcattaacaagcagctcaggcagg
cggctggcagcattgcttgttcctcacaactctttatgtgcagtcaccac
tggaagatgccgccaactctggggagtggggtctttcctacaggctaatc
cttcatggagacaccctcacagacctgcctggtagttaacagagagagac
cattgacaattgagattagctatcgtacaactcttcatagttttgccaca
ctgcccacattaatatcatcagatttcagttcctaataacagctaggaaa
gacttcgtgggaaagcctcaggtgagcttagccaaaaggacatggggtga
tcatcttgaaaaggttttgtaagaattctgtttgctgtttgggggatatt
ttttctggtggttgacactaatcatagaaactagaaattgactgtaaagg
ggtggctttgtattgaaggttagtttctatgttcttcaaagcaaatcaca
aaaatctctttgaaccccagttttttcatctgtactatgggagtataata
atatgcatctgctctgggtctccgggagcaccatcagtacatagataaat
tcagtattttgttttcgctcctttttacttaagagtctgagtacagataa
agaatttagcccatctcttcttcaagaatgtgaaattctgtgaaaggtac
tgggttagttttaaccatcaacttgatgttaccttaggatctagagaatt
tcaatgaggacttgttccaggtttgactgggtggggtgtgtcggttaggc
agtgtccttgaactgttacctgaacatacgatggtaacagcccaattgtg
g
gaattcatgttaccgtactgtgagctctgacattttgtttctgtggtaac
caaaatcagctgattagttggcatggcaacagaaaagatgtaatcccagc
agacacactctaatcaatgcccccagcacagatggtctccggaggatcaa
caagaaagaggctggcaggcattcagttgatcacgtgctagcttgagact
cggccaggaatgagaaaagtaaaaaagaacatttctccaactacccggta
gctttttaacccttctctctctctagctaatgaagtaatactgatcacac
tgtcctatgattcaacagctctcatagagcaatgtgtatattttttaata
ggtgggaatatttagttttgtatctttatatatgaacaacagcgtgagtc
taatagagaatttagaatactatctaaattctaaaaagctctctgaattt
tacctagagatatcacatatgtaaattttatttgggggacataatactta
attagggggatatgatctttgacataagaaattttagattgtagtgtgat
acacagggaaaagtcagaatgggaaacaactgtgaagaaaatcaagtgag
aagtgttcacttagaggacacttagttaatgtgcttccaggttatatttg
tctcaggagtaaatgatttcatgataaataactgagaagagaaaaaaaat
ccaaaaactcatgtttgcagaagtgatgcaggtatccaacaggggttgta
cctattgttttactttgcaaaagccaagaatttacatttacagtggctct
ctcaggatctcccgatgttcacatgttcacatccttgacaataactcagg
ggcttgactctgaactctcccggcatgctcttctgattattaagccttgt
ttttctatttgatttggaaattgaaacataaaagaaggctttattatgtg
catttaaaaattctaattacatatttatccttaatctaatatgttcctgg
tatcaagaattgccaaatgctcacctatactcctggagggatattaatat
ctcttgtgataaggatgtggctgatttcccgattcgctagtgaccaattt
cataaagccaactcagagccatttgggtccaatgcctattttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_45088572_45089706
seq2: B6Ng01-198J23.b_46_1196 (reverse)

seq1  CCACAA-TGGGCTG-TACCATCCTATG-TCAGTTAACAGT--CAGGACAC  45
      |||||| ||||||| ||||||| |||| |||| |||||||   |||||||
seq2  CCACAATTGGGCTGTTACCATCGTATGTTCAGGTAACAGTTCAAGGACAC  50

seq1  TTCCCTACCGACACACCC--ACCAGTC-AACCTGGGACAAGTCCTCATTG  92
      | ||  ||||||||||||   |||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  TGCCTAACCGACACACCCCACCCAGTCAAACCTGGAACAAGTCCTCATTG  100

seq1  AAATTCTCTAGATTCT-AGGTAACATCAAGTTGATGGTTAAAACTAA-CC  140
      ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAATTCTCTAGATCCTAAGGTAACATCAAGTTGATGGTTAAAACTAACCC  150

seq1  AGTACC-TTCACAGAA-TTCACATTCTTGAAGAAGAGATGGGCTAA--TC  186
      |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  AGTACCTTTCACAGAATTTCACATTCTTGAAGAAGAGATGGGCTAAATTC  200

seq1  TTTATCTGTACTCAGACTCTTAAGT-AAAAGGAGCGAAAACAAAATACTG  235
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTGTACTCAGACTCTTAAGTAAAAAGGAGCGAAAACAAAATACTG  250

seq1  AATTTATCTATGTACTGATGGTGCT-CCGGAGACCCAGAGCAGATGCATA  284
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATCTATGTACTGATGGTGCTCCCGGAGACCCAGAGCAGATGCATA  300

seq1  TTATTATACTCCCATAGTACAGATGAAAAAACTGGGGTTCAAAGAGATTT  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATACTCCCATAGTACAGATGAAAAAACTGGGGTTCAAAGAGATTT  350

seq1  TTGTGATTTGCTTTGAAGAACATAGAAACTAACCTTCAATACAAAGCCAC  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGATTTGCTTTGAAGAACATAGAAACTAACCTTCAATACAAAGCCAC  400

seq1  CCCTTTACAGTCAATTTCTAGTTTCTATGATTAGTGTCAACCACCAGAAA  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTACAGTCAATTTCTAGTTTCTATGATTAGTGTCAACCACCAGAAA  450

seq1  AAATATCCCCCAAACAGCAAACAGAATTCTTACAAAACCTTTTCAAGATG  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCCCCCAAACAGCAAACAGAATTCTTACAAAACCTTTTCAAGATG  500

seq1  ATCACCCCATGTCCTTTTGGCTAAGCTCACCTGAGGCTTTCCCACGAAGT  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCCCATGTCCTTTTGGCTAAGCTCACCTGAGGCTTTCCCACGAAGT  550

seq1  CTTTCCTAGCTGTTATTAGGAACTGAAATCTGATGATATTAATGTGGGCA  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTAGCTGTTATTAGGAACTGAAATCTGATGATATTAATGTGGGCA  600

seq1  GTGTGGCAAAACTATGAAGAGTTGTACGATAGCTAATCTCAATTGTCAAT  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCAAAACTATGAAGAGTTGTACGATAGCTAATCTCAATTGTCAAT  650

seq1  GGTCTCTCTCTGTTAACTACCAGGCAGGTCTGTGAGGGTGTCTCCATGAA  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCTCTCTGTTAACTACCAGGCAGGTCTGTGAGGGTGTCTCCATGAA  700

seq1  GGATTAGCCTGTAGGAAAGACCCCACTCCCCAGAGTTGGCGGCATCTTCC  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAGCCTGTAGGAAAGACCCCACTCCCCAGAGTTGGCGGCATCTTCC  750

seq1  AGTGGTGACTGCACATAAAGAGTTGTGAGGAACAAGCAATGCTGCCAGCC  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTGACTGCACATAAAGAGTTGTGAGGAACAAGCAATGCTGCCAGCC  800

seq1  GCCTGCCTGAGCTGCTTGTTAATGAGTCGCTCCTGTTGTGCTGCCATCAG  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCTGAGCTGCTTGTTAATGAGTCGCTCCTGTTGTGCTGCCATCAG  850

seq1  AACCCAACTGCTGCTGTTTTCTAAGGCAGACTGAAGACCAGTCACTCCAC  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAACTGCTGCTGTTTTCTAAGGCAGACTGAAGACCAGTCACTCCAC  900

seq1  TCTCTAAGCAGTCTCCAGACTTTGAGTGGCAGACTAGTGCCCCTGAGGCA  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAAGCAGTCTCCAGACTTTGAGTGGCAGACTAGTGCCCCTGAGGCA  950

seq1  TCCAGCCTGGTGGATTAGGCACAGACTGGGCTGGCAGCCTCTCCAGCATG  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCCTGGTGGATTAGGCACAGACTGGGCTGGCAGCCTCTCCAGCATG  1000

seq1  TAGACAGGCAGCCTTTGTTGAATTGTCTAACTTATATCCTGAAAGCCAAT  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAGGCAGCCTTTGTTGAATTGTCTAACTTATATCCTGAAAGCCAAT  1050

seq1  CTAATAAATCCCCTTTTATGGTATATATTCGTTATAAATGGTCTGTTCTA  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAAATCCCCTTTTATGGTATATATTCGTTATAAATGGTCTGTTCTA  1100

seq1  CTGGAGAACCCTAACACAGGGGAAATGTGTCACAGGGGAAAGGTGGAATT  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGAACCCTAACACAGGGGAAATGTGTCACAGGGGAAAGGTGGAATT  1150

seq1  C  1135
      |
seq2  C  1151

seq1: chr5_44929310_44930457
seq2: B6Ng01-198J23.g_70_1212

seq1  GAATTCATGTTACCGTACTGTGAGCTCTGACATTTTGTTTCTGTGGTAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTTACCGTACTGTGAGCTCTGACATTTTGTTTCTGTGGTAAC  50

seq1  CAAAATCAGCTGATTAGTTGGCATGGCAACAGAAAAGATGTAATCCCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATCAGCTGATTAGTTGGCATGGCAACAGAAAAGATGTAATCCCAGC  100

seq1  AGACACACTCTAATCAATGCCCCCAGCACAGATGGTCTCCGGAGGATCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACACTCTAATCAATGCCCCCAGCACAGATGGTCTCCGGAGGATCAA  150

seq1  CAAGAAAGAGGCTGGCAGGCATTCAGTTGATCACGTGCTAGCTTGAGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAAGAGGCTGGCAGGCATTCAGTTGATCACGTGCTAGCTTGAGACT  200

seq1  CGGCCAGGAATGAGAAAAGTAAAAAAGAACATTTCTCCAACTACCCGGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCCAGGAATGAGAAAAGTAAAAAAGAACATTTCTCCAACTACCCGGTA  250

seq1  GCTTTTTAACCCTTCTCTCTCTCTAGCTAATGAAGTAATACTGATCACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTTAACCCTTCTCTCTCTCTAGCTAATGAAGTAATACTGATCACAC  300

seq1  TGTCCTATGATTCAACAGCTCTCATAGAGCAATGTGTATATTTTTTAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTATGATTCAACAGCTCTCATAGAGCAATGTGTATATTTTTTAATA  350

seq1  GGTGGGAATATTTAGTTTTGTATCTTTATATATGAACAACAGCGTGAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGAATATTTAGTTTTGTATCTTTATATATGAACAACAGCGTGAGTC  400

seq1  TAATAGAGAATTTAGAATACTATCTAAATTCTAAAAAGCTCTCTGAATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGAGAATTTAGAATACTATCTAAATTCTAAAAAGCTCTCTGAATTT  450

seq1  TACCTAGAGATATCACATATGTAAATTTTATTTGGGGGACATAATACTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAGAGATATCACATATGTAAATTTTATTTGGGGGACATAATACTTA  500

seq1  ATTAGGGGGATATGATCTTTGACATAAGAAATTTTAGATTGTAGTGTGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGGGGATATGATCTTTGACATAAGAAATTTTAGATTGTAGTGTGAT  550

seq1  ACACAGGGAAAAGTCAGAATGGGAAACAACTGTGAAGAAAATCAAGTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGGAAAAGTCAGAATGGGAAACAACTGTGAAGAAAATCAAGTGAG  600

seq1  AAGTGTTCACTTAGAGGACACTTAGTTAATGTGCTTCCAGGTTATATTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTTCACTTAGAGGACACTTAGTTAATGTGCTTCCAGGTTATATTTG  650

seq1  TCTCAGGAGTAAATGATTTCATGATAAATAACTGAGAAGAGAAAAAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGAGTAAATGATTTCATGATAAATAACTGAGAAGAGAAAAAAAAT  700

seq1  CCAAAAACTCATGTTTGCAGAAGTGATGCAGGTATCCAACAGGGGTTGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAACTCATGTTTGCAGAAGTGATGCAGGTATCCAACAGGGGTTGTA  750

seq1  CCTATTGTTTTACTTTGCAAAAGCCAAGAATTTACATTTACAGTGGCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTGTTTTACTTTGCAAAAGCCAAGAATTTACATTTACAGTGGCTCT  800

seq1  CTCAGGATCTCCCGATGTTCACATGTTCACATCCTTGACAATAACTCAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTCAGGATCTCCCGATGTTCACATGTTCACATCCTTGACAATAACTC-AG  849

seq1  GGGCTTTGACTCTGAAACTCTCCCGGCATGCTCTTCTGATTATTAAGCCT  900
      |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGC-TTGACTCTG-AACTCTCCCGGCATGCTCTTCTGATTATTAAGCCT  897

seq1  TGTTTTTCTATTTGATTT-GAAATTGAAAACATAAAAGAAAGGCTTTATT  949
      |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  TGTTTTTCTATTTGATTTGGAAATTG-AAACATAAAAG-AAGGCTTTATT  945

seq1  ATGTGCATTTAAAAATTCTAATTACATATTTATCCTTAATCTATAATGTT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||
seq2  ATGTGCATTTAAAAATTCTAATTACATATTTATCCTTAATCTAATATGTT  995

seq1  CCTGGTATCAGGAAATTGCAAAATGCTCA-CTATACCCCT-GAGGGATAT  1047
      |||||||||| | |||||| ||||||||| |||||| ||| |||||||| 
seq2  CCTGGTATCAAG-AATTGCCAAATGCTCACCTATACTCCTGGAGGGATA-  1043

seq1  TTAATATCTCTGTTGATTAGGAATGTGGCTGATTT-CCGATTCGCTAGTT  1096
      |||||||||||  |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  TTAATATCTCTTGTGATAAGG-ATGTGGCTGATTTCCCGATTCGCTAG-T  1091

seq1  GACCAAATTTTCATAAAAGCAACTCAGAGCCA-TTGGGTCAAATG-CTAT  1144
      ||||||  |||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||| ||||
seq2  GACCAA--TTTCATAAAGCCAACTCAGAGCCATTTGGGTCCAATGCCTAT  1139

seq1  TTGG  1148
      || |
seq2  TTTG  1143