BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-202C10
Chromosome5 (Build37)
Map Location 132,836,099 - 132,980,930
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAuts2
Upstream gene4930563F08Rik
Downstream geneLOC100039731
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-202C10.bB6Ng01-202C10.g
ACCGA022726GA022727
length1,1421,121
definitionB6Ng01-202C10.b B6Ng01-202C10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(132,836,099 - 132,837,240)(132,979,795 - 132,980,930)
sequence
gaattcatcattgtttaatatgcttaactactacacagtagtaatttcta
ggaagaggtaaaggtatgggcagggggatgcacagatgggcagatagagt
gatagattgtatgaagtattgatagcgagtcctcacattagtgatgaggg
aaaataagtcctctccctcttgctctccttcttgctctcccttcccctct
ttattggttccacatcctttaagagtatattgagaccattatcttggtac
actggcctgcccctggtctgcaaggttggcacatgcccaaagcaggaaga
ggcttgcataattgagtagctttaacgttacctctacatccacagtggac
aaaatgtgacataaaaggacgcacgctccaaacagacaaaccgaagtgtg
tgtgtattaaaagggagaagcttcaagggagacagaataaatgaagtata
ggaaccacgcatatttatagcacctgaaaattaacttcctagaaatagcc
ataagcagataaagaagcagtccttagtggaatctggcacaaatgaacgc
agctgtaaggaaacagacctagccactcttgcttgctgacatctgccctc
agtatggccagcacttctcccatgccaggcttaaatggagaaatcactcc
agactcctgtctaacattgttaacatctgctcccctgcccctaaattatg
cttacactgctctagcaaaaggaaagggtcaaagaaccaatgccaagatg
aactagtaaatgtagaacaattggaggtggcaggcctaaggcaagggttc
ttgcaaagggaactggacacccgtcgccttatctgacctggtcgacttat
aatacagacaagcaaaaagctctaggggcttcattccccaccaagtacca
ggtagaaaggagtcttaagatgctgtaaagacatgaatgttctcagttct
ttggtgtcgtattttaatctagtccatcctccaatcagcactatgtcccc
ctctgaccactcacttctggtggccctggcctcagtcacaggtccagtga
cagctttcctgaagtgcctctgtactttgccttctggtgtaatctgtgcc
atgaattgccttctgccttctatctaatcgtcatctccgtga

gaattccaggcagctctgtcttcaggtctctgccttgatttcctaccctg
atttccctctgtgaactgtaacaaggaagtaagggatgaaataaagtctt
tacttccctaagttgcttttggtcgatatttgtcaaagccacagaatgaa
aggagactatgaagtgataacactgttcttattcccagcatacaaccttc
atctctgtgttctgcttgagggcagggtgggtgtcctcgctatgtccgtg
gaccctgtacctcaggtgtagtttgattgcctggttgagcatgggaacaa
ggcattggagctttgaaaggtctctttagtaggcaaattcagtaaataaa
atcacattttatggaaaatatagatagggaaggaggacgtattgatattt
ttttttctcttcattgcttaatcgtggtttacatttcaagatttcaatga
caagggctggaggaatagctcactggtaccatgcttgtctatgggcacag
ggctctctctgggttccatcctcagccctgaaaaaaaaaatcagttgttt
tttggaaggaagtaaaaaattctatatcatgagctacatattcatttgtg
tgaaacgctgtataacatatgcattagcttttatagctccccttcctcat
atctaacaattcatttggaataccgtaagaacagggtagttcccattgac
ttcttgtgtctgagttcatagttaggtactgatgacattttctttgatat
atttgtatctatttgctacatgggcagaactggtctctggatgttgtagg
cagtaactaaactggaaaatagtctgacttagcattataattaacttcca
tggtgaccttgggcaaccacttaaccgtccaataaccaaggaggtgggct
ggaattactgaagttccttggaaggtaaatgttcctccattctataagag
cattcccttcaagagagagtttaaaagtggtattttctaggtaaatggca
tgtcactaagatgttcctgccctcacccccaccctgtttgagcaaaatgt
cttgcttattatggagttaaaaccactcagacgttgcagttggctatttt
tcatgcttacgagcaaaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_132836099_132837240
seq2: B6Ng01-202C10.b_48_1189

seq1  GAATTCATCATTGTTTAATATGCTTAACTACTACACAGTAGTAATTTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCATTGTTTAATATGCTTAACTACTACACAGTAGTAATTTCTA  50

seq1  GGAAGAGGTAAAGGTATGGGCAGGGGGATGCACAGATGGGCAGATAGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGGTAAAGGTATGGGCAGGGGGATGCACAGATGGGCAGATAGAGT  100

seq1  GATAGATTGTATGAAGTATTGATAGCGAGTCCTCACATTAGTGATGAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATTGTATGAAGTATTGATAGCGAGTCCTCACATTAGTGATGAGGG  150

seq1  AAAATAAGTCCTCTCCCTCTTGCTCTCCTTCTTGCTCTCCCTTCCCCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAGTCCTCTCCCTCTTGCTCTCCTTCTTGCTCTCCCTTCCCCTCT  200

seq1  TTATTGGTTCCACATCCTTTAAGAGTATATTGAGACCATTATCTTGGTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGGTTCCACATCCTTTAAGAGTATATTGAGACCATTATCTTGGTAC  250

seq1  ACTGGCCTGCCCCTGGTCTGCAAGGTTGGCACATGCCCAAAGCAGGAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCCTGCCCCTGGTCTGCAAGGTTGGCACATGCCCAAAGCAGGAAGA  300

seq1  GGCTTGCATAATTGAGTAGCTTTAACGTTACCTCTACATCCACAGTGGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGCATAATTGAGTAGCTTTAACGTTACCTCTACATCCACAGTGGAC  350

seq1  AAAATGTGACATAAAAGGACGCACGCTCCAAACAGACAAACCGAAGTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTGACATAAAAGGACGCACGCTCCAAACAGACAAACCGAAGTGTG  400

seq1  TGTGTATTAAAAGGGAGAAGCTTCAAGGGAGACAGAATAAATGAAGTATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATTAAAAGGGAGAAGCTTCAAGGGAGACAGAATAAATGAAGTATA  450

seq1  GGAACCACGCATATTTATAGCACCTGAAAATTAACTTCCTAGAAATAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCACGCATATTTATAGCACCTGAAAATTAACTTCCTAGAAATAGCC  500

seq1  ATAAGCAGATAAAGAAGCAGTCCTTAGTGGAATCTGGCACAAATGAACGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCAGATAAAGAAGCAGTCCTTAGTGGAATCTGGCACAAATGAACGC  550

seq1  AGCTGTAAGGAAACAGACCTAGCCACTCTTGCTTGCTGACATCTGCCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTAAGGAAACAGACCTAGCCACTCTTGCTTGCTGACATCTGCCCTC  600

seq1  AGTATGGCCAGCACTTCTCCCATGCCAGGCTTAAATGGAGAAATCACTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGGCCAGCACTTCTCCCATGCCAGGCTTAAATGGAGAAATCACTCC  650

seq1  AGACTCCTGTCTAACATTGTTAACATCTGCTCCCCTGCCCCTAAATTATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCCTGTCTAACATTGTTAACATCTGCTCCCCTGCCCCTAAATTATG  700

seq1  CTTACACTGCTCTAGCAAAAGGAAAGGGTCAAAGAACCAATGCCAAGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACACTGCTCTAGCAAAAGGAAAGGGTCAAAGAACCAATGCCAAGATG  750

seq1  AACTAGTAAATGTAGAACAATTGGAGGTGGCAGGCCTAAGGCAAGGGTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGTAAATGTAGAACAATTGGAGGTGGCAGGCCTAAGGCAAGGGTTC  800

seq1  TTGCAAAGGGAACTGGACACCCGTCGCCTTATCTGACCTGGTCGACTTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAAGGGAACTGGACACCCGTCGCCTTATCTGACCTGGTCGACTTAT  850

seq1  AATACAGACAAGCAAAAAGCTCTAGGGGCTTCATTCCCCACCAAGTACCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGACAAGCAAAAAGCTCTAGGGGCTTCATTCCCCACCAAGTACCA  900

seq1  GGTAGAAAGGAGTCTTAAGATGCTGTAAAGACATGAATGTTTCTCAGTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGTAGAAAGGAGTCTTAAGATGCTGTAAAGACATGAATG-TTCTCAGTTC  949

seq1  TTTGGTGTCGTATTTTAATCTAGTCCATCCTCCAATCAGCACTATGT-CC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTGGTGTCGTATTTTAATCTAGTCCATCCTCCAATCAGCACTATGTCCC  999

seq1  CCTCTGA-CACTCACTTCTGGTGGCCCTGGGCCTCAGTCACA-GTCCAGT  1047
      ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  CCTCTGACCACTCACTTCTGGTGGCCCT-GGCCTCAGTCACAGGTCCAGT  1048

seq1  GACAGCTTTCCTTGGAGTGCCTCTGGTACTTTG-CTTCTGGTGTTATCTG  1096
      ||||||||||| || ||||||||| |||||||| |||||||||| |||||
seq2  GACAGCTTTCC-TGAAGTGCCTCT-GTACTTTGCCTTCTGGTGTAATCTG  1096

seq1  TGCCATGGAATGCCTTCTGCTTTCTATCTATCTGTCATCTCCGTGA  1142
      ||||||| | |||||||||| |||||||||   |||||||||||||
seq2  TGCCATGAATTGCCTTCTGCCTTCTATCTAATCGTCATCTCCGTGA  1142


seq1: chr5_132979795_132980930
seq2: B6Ng01-202C10.g_66_1186 (reverse)

seq1  TTTTTTTGCTTCCTTTAAGCATGAAAAAAAATAGCCAAACTGCAACCTTC  50
      ||||||||||     ||||||||   |||||||||| |||||||| | ||
seq2  TTTTTTTGCT---CGTAAGCATG---AAAAATAGCC-AACTGCAA-CGTC  42

seq1  TGAGTTGTTTTTACTCCATAATAAGCAAGACTTTTTGCTCCAAACAGGGT  100
      ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| 
seq2  TGAGTGGTTTTAACTCCATAATAAGCAAGACATTTTGCT-CAAACAGGG-  90

seq1  TGGGGGTGAGGGCA-GAACATCTTAGTGAACAATGCCATTTAACCTAGGA  149
      |||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||| ||||| ||
seq2  TGGGGGTGAGGGCAGGAACATCTTAGTGA--CATGCCATTT-ACCTA-GA  136

seq1  AAATACCACTTTTAAACTCTCTCTTGAAGGGAATGCTCCTTATAGAATGG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAATACCACTTTTAAACTCTCTCTTGAAGGGAATGCT-CTTATAGAATGG  185

seq1  AGGAACATTTACCTTCCAAGGGACTTCAGTAATTCCAGCCCAACCTCCTT  249
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGGAACATTTACCTTCCAAGGAACTTCAGTAATTCCAGCCC-ACCTCCTT  234

seq1  GGTTATTGGACGGTTAAGTGGTTGCCCAAGGTCACCATGGAAGTTAATTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATTGGACGGTTAAGTGGTTGCCCAAGGTCACCATGGAAGTTAATTA  284

seq1  TAATGCTAAGTCAGACTATTTTCCAGTTTAGTTACTGCCTACAACATCCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCTAAGTCAGACTATTTTCCAGTTTAGTTACTGCCTACAACATCCA  334

seq1  GAGACCAGTTCTGCCCATGTAGCAAATAGATACAAATATATCAAAGAAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCAGTTCTGCCCATGTAGCAAATAGATACAAATATATCAAAGAAAA  384

seq1  TGTCATCAGTACCTAACTATGAACTCAGACACAAGAAGTCAATGGGAACT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATCAGTACCTAACTATGAACTCAGACACAAGAAGTCAATGGGAACT  434

seq1  ACCCTGTTCTTACGGTATTCCAAATGAATTGTTAGATATGAGGAAGGGGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGTTCTTACGGTATTCCAAATGAATTGTTAGATATGAGGAAGGGGA  484

seq1  GCTATAAAAGCTAATGCATATGTTATACAGCGTTTCACACAAATGAATAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATAAAAGCTAATGCATATGTTATACAGCGTTTCACACAAATGAATAT  534

seq1  GTAGCTCATGATATAGAATTTTTTACTTCCTTCCAAAAAACAACTGATTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTCATGATATAGAATTTTTTACTTCCTTCCAAAAAACAACTGATTT  584

seq1  TTTTTTTCAGGGCTGAGGATGGAACCCAGAGAGAGCCCTGTGCCCATAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCAGGGCTGAGGATGGAACCCAGAGAGAGCCCTGTGCCCATAGA  634

seq1  CAAGCATGGTACCAGTGAGCTATTCCTCCAGCCCTTGTCATTGAAATCTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCATGGTACCAGTGAGCTATTCCTCCAGCCCTTGTCATTGAAATCTT  684

seq1  GAAATGTAAACCACGATTAAGCAATGAAGAGAAAAAAAAATATCAATACG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTAAACCACGATTAAGCAATGAAGAGAAAAAAAAATATCAATACG  734

seq1  TCCTCCTTCCCTATCTATATTTTCCATAAAATGTGATTTTATTTACTGAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTTCCCTATCTATATTTTCCATAAAATGTGATTTTATTTACTGAA  784

seq1  TTTGCCTACTAAAGAGACCTTTCAAAGCTCCAATGCCTTGTTCCCATGCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTACTAAAGAGACCTTTCAAAGCTCCAATGCCTTGTTCCCATGCT  834

seq1  CAACCAGGCAATCAAACTACACCTGAGGTACAGGGTCCACGGACATAGCG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAGGCAATCAAACTACACCTGAGGTACAGGGTCCACGGACATAGCG  884

seq1  AGGACACCCACCCTGCCCTCAAGCAGAACACAGAGATGAAGGTTGTATGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACCCACCCTGCCCTCAAGCAGAACACAGAGATGAAGGTTGTATGC  934

seq1  TGGGAATAAGAACAGTGTTATCACTTCATAGTCTCCTTTCATTCTGTGGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAATAAGAACAGTGTTATCACTTCATAGTCTCCTTTCATTCTGTGGC  984

seq1  TTTGACAAATATCGACCAAAAGCAACTTAGGGAAGTAAAGACTTTATTTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACAAATATCGACCAAAAGCAACTTAGGGAAGTAAAGACTTTATTTC  1034

seq1  ATCCCTTACTTCCTTGTTACAGTTCACAGAGGGAAATCAGGGTAGGAAAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTTACTTCCTTGTTACAGTTCACAGAGGGAAATCAGGGTAGGAAAT  1084

seq1  CAAGGCAGAGACCTGAAGACAGAGCTGCCTGGAATTC  1136
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCAGAGACCTGAAGACAGAGCTGCCTGGAATTC  1121


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |