BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203O10
Chromosome5 (Build37)
Map Location 55,090,622 - 55,251,042
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666380
Upstream geneCckar, Tbc1d19, Stim2, EG666377
Downstream geneEG666405
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203O10.bB6Ng01-203O10.g
ACCGA023993GA023994
length1,1901,123
definitionB6Ng01-203O10.b B6Ng01-203O10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,249,832 - 55,251,042)(55,090,622 - 55,091,757)
sequence
gaattctcccgaaagccatggatgtttggaagagaatatcaaaaaggata
tagatagattgtagctgtataggactctaatgtcttacgtatgcaccttc
taccttacattctacacatctgtgaaaaaaaaatgaaaataattttttag
cttccaaatatgtagttatttcctacacagaaacataaaactagtttata
ctttctatgtctcggggtccttgaggtttgaatcaagttttccaatattt
actgcaatgctcaaatgatatcagcagactttagcacagatgctctccct
tcatacaataaacaacaacattgtgtgccataacttgaataacatagtct
caggcacaagactgaggagaaacatcacatttgacactccaacaacacaa
atgtcagtgtattaaagaaagcaaaatgatgttttcacaacacattatga
aaataatattcaccttccaactgcctcaaaatgatcactggtctctttat
gggtggagaagtatctctaagaacaatacttttagctaggtgtccctgta
atcccagctcttggagtctgagtaggaagatttctatgaatttgaatcca
gggtgagctataggggaaaagtgtcacacacatgcatgcatgcatgcaca
cacacacacacacaaacacacacacacacacacacacacacacacacaca
aatgcacacacacacaaatgcacacacacaaagatgctacatggcaaacc
cagataacttgagaacatatatttcttttcttaacaaaatgtataccctt
cccattggcttctctctcacacttgaaattttaccccatgtaatgactat
gatagatgcgatactttatagttgatgaggatcatgattccaggttacct
tcaacataaaacttatatttgtgcacccaagtgccactaaggttcatctg
ttcattctatctaccacttacatctttagactctcagagtgaatacattt
tatattgaaatgtatcattttgctaaatgtaatttacattgtacattttt
acaggtgtatggacttttgtatttttatccatgggaaagaacattttttt
aaattaatattgatacttcttctctctcatttactgtcagttatctgtac
attacattccaaattatttagattgaccatttcccactgt

gaattccacctcagtacagaggcttccagggtagctccagctttatttct
ccaagtcctgtatctgaagtgtgttagagatttacctttaacgtctagga
ggaaaccaaaagcaatttactgattttgttttgggaatatcataaactta
gaccaactactaaaagggaggttttcccatgcctgacactagctaggtat
tatgtcagatagtctatggctcctgggaagaccattatttttctaggtgg
tataactttatttaaattacttatgaatacacatatgaatatatatatat
gtatattaaagtaaacataaagcaagagtcctttaaaagatatttcaaac
cctccatctgcctttgaattttcttacttctcttcttcatattaagtcct
ctaatgcatcattcttttaaaatgcaagcataaatttggctactgtcaag
aaacatagcatagaaaacatcatgaaataataaaagtcctagtaatttat
gttgatgatataataaaataatgacctgctaataatttatatcaatggca
ataccattatttgaataattcaacacatacttttgattttctgtgagtca
ggcactctgttaattcctggacttataaaatactaataagagttattaca
atcttctaatgggctcacatggtaattcttctttatattcagacagtaat
aatatgtactgtctccaaaagatttaatgattgagcttatacaaagtatt
tgatggtttggaacagggaaagaataaacatattctaaatatttaagact
gcttgtaatgtagctatgttgtcttaatgcttgcttagcatgtataaatc
tctggatctgatgtcaggcactatattaaccaactgtgccggcatatgac
tgcagtcacagcacttggatagtagaggttggatgatcagaggttcaagt
ctatccttggctacatagtgatgtgaaagaaaaatatttgtctcaaattc
aaaattagagaatacaaaaaaaatgctcagaataccataatacactcaca
aaccacatgaaactcaggagtagatgacaaacgtggatgttcagttctat
cgaagggcaagaaataaacactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_55249832_55251042
seq2: B6Ng01-203O10.b_47_1236 (reverse)

seq1  ACAGTGGGAATTGGTCAAATTCTAAATATATTGTGAATGTATATGTAACA  50
      |||||||||| |||||||  |||||||| |||  ||||||| |||| |||
seq2  ACAGTGGGAAATGGTCAA--TCTAAATA-ATTTGGAATGTA-ATGT-ACA  45

seq1  GATTTACCTGACAGGTAAAATGAGAGAGGAAAGGAGTATCAAATATTATT  100
      ||  || |||||||   |||||||||||  ||| |||||| ||||||| |
seq2  GA--TAACTGACAG--TAAATGAGAGAG--AAGAAGTATC-AATATTAAT  88

seq1  TTTAAAAAAATTGTTCTTTCCATTGGAATTAAAAATACAAAAGTCCCATT  150
      ||  |||||| ||||||||||  ||||  |||||||||||||||||   |
seq2  TT--AAAAAAATGTTCTTTCCCATGGA--TAAAAATACAAAAGTCC--AT  132

seq1  ACACCCTGTAAAAATGTACAATGGTAAATTAACATTTAGCAAAATGATTA  200
      ||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  
seq2  ACA-CCTGTAAAAATGTACAAT-GTAAATT-ACATTTAGCAAAATGAT--  177

seq1  CCATTTCAATATAAAATGTATTCACTCTGAGAGTCTAAAGATGTAAGTGG  250
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCAATATAAAATGTATTCACTCTGAGAGTCTAAAGATGTAAGTGG  227

seq1  TAGATAGAATGAACAGATGAACCTTAGTGGCACTTGGGTGCACAAATATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGAATGAACAGATGAACCTTAGTGGCACTTGGGTGCACAAATATA  277

seq1  AG-TTTATGTTGAAGGTAACCTGGAATCATGATCCTCATCAACTATAAAG  349
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTATGTTGAAGGTAACCTGGAATCATGATCCTCATCAACTATAAAG  327

seq1  TATCGCATCTATCATAGTCATTACATGGGGTAAAATTTCAAGTGTGAGAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCGCATCTATCATAGTCATTACATGGGGTAAAATTTCAAGTGTGAGAG  377

seq1  AGAAGCCAATGGGAAGGGTATACATTTTGTTAAGAAAAGAAATATATGTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCAATGGGAAGGGTATACATTTTGTTAAGAAAAGAAATATATGTT  427

seq1  CTCAAGTTATCT-GGTTTGCCATGTAGCATCTTTGTGTGTGTGCATTTGT  498
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTTATCTGGGTTTGCCATGTAGCATCTTTGTGTGTGTGCATTTGT  477

seq1  GTGTGTGTGCATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGCATTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTT  527

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGCATGCATGCATGCATGTGTGTGACACTTTTCCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGCATGCATGCATGCATGTGTGTGACACTTTTCCC  577

seq1  CTATAGCTCACCCTGGATTCAAATTCATAGAAATCTTCCTACTCAGACTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGCTCACCCTGGATTCAAATTCATAGAAATCTTCCTACTCAGACTC  627

seq1  CAAGAGCTGGGATTACAGGGACACCTAGCTAAAAGTATTGTTCTTAGAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGCTGGGATTACAGGGACACCTAGCTAAAAGTATTGTTCTTAGAGA  677

seq1  TACTTCTCCACCCATAAAGAGACCAGTGATCATTTTGAGGCAGTTGGAAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCTCCACCCATAAAGAGACCAGTGATCATTTTGAGGCAGTTGGAAG  727

seq1  GTGAATATTATTTTCATAATGTGTTGTGAAAACATCATTTTGCTTTCTTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATATTATTTTCATAATGTGTTGTGAAAACATCATTTTGCTTTCTTT  777

seq1  AATACACTGACATTTGTGTTGTTGGAGTGTCAAATGTGATGTTTCTCCTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACACTGACATTTGTGTTGTTGGAGTGTCAAATGTGATGTTTCTCCTC  827

seq1  AGTCTTGTGCCTGAGACTATGTTATTCAAGTTATGGCACACAATGTTGTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTGTGCCTGAGACTATGTTATTCAAGTTATGGCACACAATGTTGTT  877

seq1  GTTTATTGTATGAAGGGAGAGCATCTGTGCTAAAGTCTGCTGATATCATT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTGTATGAAGGGAGAGCATCTGTGCTAAAGTCTGCTGATATCATT  927

seq1  TGAGCATTGCAGTAAATATTGGAAAACTTGATTCAAACCTCAAGGACCCC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCATTGCAGTAAATATTGGAAAACTTGATTCAAACCTCAAGGACCCC  977

seq1  GAGACATAGAAAGTATAAACTAGTTTTATGTTTCTGTGTAGGAAATAACT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACATAGAAAGTATAAACTAGTTTTATGTTTCTGTGTAGGAAATAACT  1027

seq1  ACATATTTGGAAGCTAAAAAATTATTTTCATTTTTTTTTCACAGATGTGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTTGGAAGCTAAAAAATTATTTTCATTTTTTTTTCACAGATGTGT  1077

seq1  AGAATGTAAGGTAGAAGGTGCATACGTAAGACATTAGAGTCCTATACAGC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTAAGGTAGAAGGTGCATACGTAAGACATTAGAGTCCTATACAGC  1127

seq1  TACAATCTATCTATATCCTTTTTGATATTCTCTTCCAAACATCCATGGCT  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATCTATCTATATCCTTTTTGATATTCTCTTCCAAACATCCATGGCT  1177

seq1  TTCGGGAGAATTC  1211
      |||||||||||||
seq2  TTCGGGAGAATTC  1190


seq1: chr5_55090622_55091757
seq2: B6Ng01-203O10.g_65_1187

seq1  GAATTCCACCTCAGTACAGAGGCTTCCAGGGTAGCTCCAGCTTTATTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCTCAGTACAGAGGCTTCCAGGGTAGCTCCAGCTTTATTTCT  50

seq1  CCAAGTCCTGTATCTGAAGTGTGTTAGAGATTTACCTTTAACGTCTAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTCCTGTATCTGAAGTGTGTTAGAGATTTACCTTTAACGTCTAGGA  100

seq1  GGAAACCAAAAGCAATTTACTGATTTTGTTTTGGGAATATCATAAACTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACCAAAAGCAATTTACTGATTTTGTTTTGGGAATATCATAAACTTA  150

seq1  GACCAACTACTAAAAGGGAGGTTTTCCCATGCCTGACACTAGCTAGGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAACTACTAAAAGGGAGGTTTTCCCATGCCTGACACTAGCTAGGTAT  200

seq1  TATGTCAGATAGTCTATGGCTCCTGGGAAGACCATTATTTTTCTAGGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCAGATAGTCTATGGCTCCTGGGAAGACCATTATTTTTCTAGGTGG  250

seq1  TATAACTTTATTTAAATTACTTATGAATACACATATGAATATATATATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTTTATTTAAATTACTTATGAATACACATATGAATATATATATAT  300

seq1  GTATATTAAAGTAAACATAAAGCAAGAGTCCTTTAAAAGATATTTCAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATTAAAGTAAACATAAAGCAAGAGTCCTTTAAAAGATATTTCAAAC  350

seq1  CCTCCATCTGCCTTTGAATTTTCTTACTTCTCTTCTTCATATTAAGTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATCTGCCTTTGAATTTTCTTACTTCTCTTCTTCATATTAAGTCCT  400

seq1  CTAATGCATCATTCTTTTAAAATGCAAGCATAAATTTGGCTACTGTCAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGCATCATTCTTTTAAAATGCAAGCATAAATTTGGCTACTGTCAAG  450

seq1  AAACATAGCATAGAAAACATCATGAAATAATAAAAGTCCTAGTAATTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATAGCATAGAAAACATCATGAAATAATAAAAGTCCTAGTAATTTAT  500

seq1  GTTGATGATATAATAAAATAATGACCTGCTAATAATTTATATCAATGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATGATATAATAAAATAATGACCTGCTAATAATTTATATCAATGGCA  550

seq1  ATACCATTATTTGAATAATTCAACACATACTTTTGATTTTCTGTGAGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCATTATTTGAATAATTCAACACATACTTTTGATTTTCTGTGAGTCA  600

seq1  GGCACTCTGTTAATTCCTGGACTTATAAAATACTAATAAGAGTTATTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTCTGTTAATTCCTGGACTTATAAAATACTAATAAGAGTTATTACA  650

seq1  ATCTTCTAATGGGCTCACATGGTAATTCTTCTTTATATTCAGACAGTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTAATGGGCTCACATGGTAATTCTTCTTTATATTCAGACAGTAAT  700

seq1  AATATGTACTGTCTCCAAAAGATTTAATGATTGAGCTTATACAAAGTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTACTGTCTCCAAAAGATTTAATGATTGAGCTTATACAAAGTATT  750

seq1  TGATGGTTTGGAACAGGGAAAGAATAAACATATTCTAAATATTTAAGACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGTTTGGAACAGGGAAAGAATAAACATATTCTAAATATTTAAGACT  800

seq1  GCTTGTAATGTAGCTATGTTGTCTTAATGCTTGCTTAGCATGTATAAATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTAATGTAGCTATGTTGTCTTAATGCTTGCTTAGCATGTATAAATC  850

seq1  TCTGGATCTGATGTCAGGCACTATATTAACCAACTGTGCCGGCATATGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGATCTGATGTCAGGCACTATATTAACCAACTGTGCCGGCATATGAC  900

seq1  TGCAGTCACAGCACTTGGATAGTAGAGGTTGGATGATCAGAGGTTCAAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTCACAGCACTTGGATAGTAGAGGTTGGATGATCAGAGGTTCAAGT  950

seq1  CTATCCTTGGCTACATAGTGAATGTGAAAG-AAAATATTTGTCTCAAATT  999
      |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTATCCTTGGCTACATAGTG-ATGTGAAAGAAAAATATTTGTCTCAAATT  999

seq1  TCAAAAATTAGGAGATACAAAAAAAATGCTCAGAATACCCATAATACAAC  1049
         ||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  --CAAAATTAGAGAATACAAAAAAAATGCTCAGAATA-CCATAATAC-AC  1045

seq1  TCACAAACCACATGAAACCCAAGAAGAAAGATGACCAAAGGGTGGATGTT  1099
      |||||||||||||||||| || ||    |||||||  ||  ||||||| |
seq2  TCACAAACCACATGAAACTCAGGA--GTAGATGAC--AAACGTGGATG-T  1090

seq1  TCAGTCCTATTCAGAAGGGGAAAGAAAATAAACACTG  1136
      ||||| ||||   |||||| ||   ||||||||||||
seq2  TCAGTTCTAT--CGAAGGGCAA--GAAATAAACACTG  1123


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |