BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-205F18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 58,652,606 - 58,763,957
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC666455, LOC625721, EG666465, Pcdh7
Downstream geneLOC100041385, LOC100041396, LOC666499, EG625870, LOC100041425
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-205F18.bB6Ng01-205F18.g
ACCGA025061GA025062
length1,1971,086
definitionB6Ng01-205F18.b B6Ng01-205F18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,762,749 - 58,763,957)(58,652,606 - 58,653,709)
sequence
gaattcattcagattttatttttaattaggtaatattctctcatacaata
taccacaactgccacttcccctccctcaaatccttccagttctcctacca
ccccgcccctctagatccacttatacctcccatttcttttcacaccagaa
acaagcaagcctccatgggacatttcccaacacagcacatcaagatagaa
gaagattacggatagcctcaaatcaagacaggaaaggccacccagtaaga
ggaaaggagtcccaaggacctgatggaggcttccaacctgggatctcttt
ttctgtctaatgtttgtgattctatctgctcccatcagtggctagaggaa
gattctctgataatgactggtctaggcatgggatttatgagcatagcaga
agatgattagcaacaatttctttgatctcatttattttttatttgatttg
attattaatttaattatatttggcaatcatgtttggtcctaccctaggtt
tctgagctaatcagcctccatcctctggttcctggtacatccaggcagtg
ttgagcatgggcttcctggggaaggggtataattcagatctccatttctt
ttaataaagaaatgttcctttcaaaaacatctacatagtagttttaactt
ttgttccatccaaacagtatttgctaaagttgagctactatagatgaatt
ttaagataactgaatctctagctaaacttataaaaggtaattgataaagt
gtgtgttttaacacaatgtgagaacctattaaaacatccacagattcatg
aagaatttgaaagagaaaagagattaaaatttggatctctgggttgaaaa
ctagacataaacatatggcccttctgtctcttcagaatcctcctggtatg
tgccaccacattatgcaaaaacagagaatacaggaccaaaagtttttaat
gaacaggaagagaaaccaccttataatatcagacagaatttacttctttc
cagatacctagagcctgtggttgctttgttgtgatatatatttatgagca
agtttttcatctgtacagtaacctgactttcagactggcaggtctctagc
atgtcaaacaatgcagctattggaataatcagatgactcatagccaattg
accatatggagtagctcagcagctgaatgacatgttttaataacatt

gaattcaattcccagcagtcacatgatgtctcacaaccatctgtaatgag
atctgatgcccctttctggtgtatttgaagacagctacagtgtacttaca
tataacaaataaattttttaaaaaatgtctaagcaaagcccatttctgta
attcttgtgtctggctacagccacttgattaaattttgttttaaggaatt
acaatagaaacatggatgacaaataatgatttggttataatatcttaaat
atttaattaatataatttcagtcacccaggcataattccttgtaaattat
tattattattattattattattattattttagttatgaaaatctctgacg
tttatcactttaaagacagaaaaagcaaagttattgataacaagttgatt
cagtctacatttacaattaaagttaacttttaagagtgaactagaaagct
agatgttgtgtagaagaagaaaacaagatgtcctatttcatttttaaatt
tcaattctcttcacatatttgaatcttgctaaaggattcagttaaaagag
attgactataaataggatgcatttgatacccaaagttaagttctcattga
aagtaaatgaatttaaatttgtagaaggcctgtgtataaaggtatctcat
gtagtgatactgatgtgtgccactgtttctagggaaaatctgaagaaatc
tctattcctacagataacgaattaggaatggatcaacgtatgaataccac
caaagtctaatctagagaaccagtgggttttattggggcacttacaggag
tatgggtgaatggttctgtacaggaacagaaacaaccagagacatttagg
gatactggaatcccttcaacatttttttgctatcaatattggtgacttta
tgacgtgtctgggactcactcatttccttgtgatgtttattttaccccct
cacccaaacacttgttgcagggacaaacgatagagaagcaagaagaaggg
ttgtatttagagaggagtacattcatgagaaaaaatagcatgagtctgtt
tactcaggtctagtatactataacatatatacatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_58762749_58763957
seq2: B6Ng01-205F18.b_41_1237 (reverse)

seq1  AATGTTAT--AAACATTGTCATTCAGCTTCCCTGAAAGCTACTCCATATG  48
      ||||||||  ||||| ||||||||||||   |||  ||||||||||||||
seq2  AATGTTATTAAAACA-TGTCATTCAGCT--GCTG--AGCTACTCCATATG  45

seq1  GTCCATTTGGCTATTGAGTCATCTGATTTATCC-ATAGCTGCAATTTGTA  97
      || || ||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||  |||| 
seq2  GT-CAATTGGCTA-TGAGTCATCTGATTATTCCAATAGCTGCA--TTGT-  90

seq1  TTGACCATGCTAGAGA-CTGCCAGTTCCTTGAAGGTCAGGTTACTGTACA  146
      |||| ||||||||||| ||||||||    |||| ||||||||||||||| 
seq2  TTGA-CATGCTAGAGACCTGCCAGT---CTGAAAGTCAGGTTACTGTAC-  135

seq1  AGATGAAAAACTTTGCTCATAATATTATATCACAACAAAGCAACCACAGG  196
      ||||||||||| ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAAAAAC-TTGCTCATAAATATATATCACAACAAAGCAACCACAGG  184

seq1  CTCTAGGTATCTGGAAAGAAGTAAATTCTGTCTGATATTATAAGTTGGTT  246
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTCTAGGTATCTGGAAAGAAGTAAATTCTGTCTGATATTATAAGGTGGTT  234

seq1  TCTCTTCCTGTTCATTAAAAACTTTTGGTCCTGTATTCTCTGTTTTTGCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCCTGTTCATTAAAAACTTTTGGTCCTGTATTCTCTGTTTTTGCA  284

seq1  TAATGTGGTGGCACATACCAGGAGGATTCTGAAGAGACAGAAGGGCCATA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTGGTGGCACATACCAGGAGGATTCTGAAGAGACAGAAGGGCCATA  334

seq1  TGTTTATGTCTAGTTTTCAACCCAGAGATCCAAATTTTAATCTCTTTTCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATGTCTAGTTTTCAACCCAGAGATCCAAATTTTAATCTCTTTTCT  384

seq1  CTTTCAAATTCTTCATGAATCTGTGGATGTTTTAATAGGTTCTCACATTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAAATTCTTCATGAATCTGTGGATGTTTTAATAGGTTCTCACATTG  434

seq1  TGTTAAAACACACACTTTATCAATTACCTTTTATAAGTTTAGCTAGAGAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAAACACACACTTTATCAATTACCTTTTATAAGTTTAGCTAGAGAT  484

seq1  TCAGTTATCTTAAAATTCATCTATAGTAGCTCAACTTTAGCAAATACTGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTATCTTAAAATTCATCTATAGTAGCTCAACTTTAGCAAATACTGT  534

seq1  TTGGATGGAACAAAAGTTAAAACTACTATGTAGATGTTTTTGAAAGGAAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATGGAACAAAAGTTAAAACTACTATGTAGATGTTTTTGAAAGGAAC  584

seq1  ATTTCTTTATTAAAAGAAATGGAGATCTGAATTATACCCCTTCCCCAGGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTTATTAAAAGAAATGGAGATCTGAATTATACCCCTTCCCCAGGA  634

seq1  AGCCCATGCTCAACACTGCCTGGATGTACCAGGAACCAGAGGATGGAGGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCATGCTCAACACTGCCTGGATGTACCAGGAACCAGAGGATGGAGGC  684

seq1  TGATTAGCTCAGAAACCTAGGGTAGGACCAAACATGATTGCCAAATATAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTAGCTCAGAAACCTAGGGTAGGACCAAACATGATTGCCAAATATAA  734

seq1  TTAAATTAATAATCAAATCAAATAAAAAATAAATGAGATCAAAGAAATTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTAATAATCAAATCAAATAAAAAATAAATGAGATCAAAGAAATTG  784

seq1  TTGCTAATCATCTTCTGCTATGCTCATAAATCCCATGCCTAGACCAGTCA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAATCATCTTCTGCTATGCTCATAAATCCCATGCCTAGACCAGTCA  834

seq1  TTATCAGAGAATCTTCCTCTAGCCACTGATGGGAGCAGATAGAATCACAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAGAGAATCTTCCTCTAGCCACTGATGGGAGCAGATAGAATCACAA  884

seq1  ACATTAGACAGAAAAAGAGATCCCAGGTTGGAAGCCTCCATCAGGTCCTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAGACAGAAAAAGAGATCCCAGGTTGGAAGCCTCCATCAGGTCCTT  934

seq1  GGGACTCCTTTCCTCTTACTGGGTGGCCTTTCCTGTCTTGATTTGAGGCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTCCTTTCCTCTTACTGGGTGGCCTTTCCTGTCTTGATTTGAGGCT  984

seq1  ATCCGTAATCTTCTTCTATCTTGATGTGCTGTGTTGGGAAATGTCCCATG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGTAATCTTCTTCTATCTTGATGTGCTGTGTTGGGAAATGTCCCATG  1034

seq1  GAGGCTTGCTTGTTTCTGGTGTGAAAAGAAATGGGAGGTATAAGTGGATC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTGCTTGTTTCTGGTGTGAAAAGAAATGGGAGGTATAAGTGGATC  1084

seq1  TAGAGGGGCGGGGTGGTAGGAGAACTGGAAGGATTTGAGGGAGGGGAAGT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGGGCGGGGTGGTAGGAGAACTGGAAGGATTTGAGGGAGGGGAAGT  1134

seq1  GGCAGTTGTGGTATATTGTATGAGAGAATATTACCTAATTAAAAATAAAA  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTTGTGGTATATTGTATGAGAGAATATTACCTAATTAAAAATAAAA  1184

seq1  TCTGAATGAATTC  1209
      |||||||||||||
seq2  TCTGAATGAATTC  1197


seq1: chr5_58652606_58653709
seq2: B6Ng01-205F18.g_64_1149

seq1  GAATTCAATTCCCAGCAGTCACATGATGTCTCACAACCATCTGTAATGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTCCCAGCAGTCACATGATGTCTCACAACCATCTGTAATGAG  50

seq1  ATCTGATGCCCCTTTCTGGTGTATTTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGATGCCCCTTTCTGGTGTATTTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACA  100

seq1  TATAACAAATAAATTTTTTAAAAAATGTCTAAGCAAAGCCCATTTCTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACAAATAAATTTTTTAAAAAATGTCTAAGCAAAGCCCATTTCTGTA  150

seq1  ATTCTTGTGTCTGGCTACAGCCACTTGATTAAATTTTGTTTTAAGGAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTGTGTCTGGCTACAGCCACTTGATTAAATTTTGTTTTAAGGAATT  200

seq1  ACAATAGAAACATGGATGACAAATAATGATTTGGTTATAATATCTTAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAGAAACATGGATGACAAATAATGATTTGGTTATAATATCTTAAAT  250

seq1  ATTTAATTAATATAATTTCAGTCACCCAGGCATAATTCCTTGTAAATTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATTAATATAATTTCAGTCACCCAGGCATAATTCCTTGTAAATTAT  300

seq1  TATTATTATTATTATTATTATTATTATTTTAGTTATGAAAATCTCTGACG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTATTATTATTATTATTATTATTTTAGTTATGAAAATCTCTGACG  350

seq1  TTTATCACTTTAAAGACAGAAAAAGCAAAGTTATTGATAACAAGTTGATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCACTTTAAAGACAGAAAAAGCAAAGTTATTGATAACAAGTTGATT  400

seq1  CAGTCTACATTTACAATTAAAGTTAACTTTTAAGAGTGAACTAGAAAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTACATTTACAATTAAAGTTAACTTTTAAGAGTGAACTAGAAAGCT  450

seq1  AGATGTTGTGTAGAAGAAGAAAACAAGATGTCCTATTTCATTTTTAAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTTGTGTAGAAGAAGAAAACAAGATGTCCTATTTCATTTTTAAATT  500

seq1  TCAATTCTCTTCACATATTTGAATCTTGCTAAAGGATTCAGTTAAAAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTCTCTTCACATATTTGAATCTTGCTAAAGGATTCAGTTAAAAGAG  550

seq1  ATTGACTATAAATAGGATGCATTTGATACCCAAAGTTAAGTTCTCATTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACTATAAATAGGATGCATTTGATACCCAAAGTTAAGTTCTCATTGA  600

seq1  AAGTAAATGAATTTAAATTTGTAGAAGGCCTGTGTATAAAGGTATCTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAATGAATTTAAATTTGTAGAAGGCCTGTGTATAAAGGTATCTCAT  650

seq1  GTAGTGATACTGATGTGTGCCACTGTTTCTAGGGAAAATCTGAAGAAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGATACTGATGTGTGCCACTGTTTCTAGGGAAAATCTGAAGAAATC  700

seq1  TCTATTCCTACAGATAACGAATTAGGAATGGATCAACGTATGAATACCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTCCTACAGATAACGAATTAGGAATGGATCAACGTATGAATACCAC  750

seq1  CAAAGTCTAATCTAGAGAACCAGTGGGTTTTATTGGGGCACTTACAGGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTCTAATCTAGAGAACCAGTGGGTTTTATTGGGGCACTTACAGGAG  800

seq1  TATGGGTGAATGGTTCTGTACAGGAACAGAAACAACCAGAGACATTTAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGTGAATGGTTCTGTACAGGAACAGAAACAACCAGAGACATTTAGG  850

seq1  GATACTGGAATCCCTTCAACATTTTTTTGCTATCAATATTGGTGACTTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTGGAATCCCTTCAACATTTTTTTGCTATCAATATTGGTGACTTTA  900

seq1  TGACGTGTCTGGGACTCACTCATTTCCTTGTGATGTTTATTTTAACCCCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||
seq2  TGACGTGTCTGGGACTCACTCATTTCCTTGTGATGTTTATTTTA--CCCC  948

seq1  CTCAACCCAAAACAACTTGTTGCAAGGGACAAACGAATAGAGAAAGCAGG  1000
      ||| |||||||   ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| |
seq2  CTC-ACCCAAA--CACTTGTTGC-AGGGACAAACG-ATAGAG-AAGCAAG  992

seq1  AAGAAGGGGTTGTATTTAGAGAGGAAGTACATTCATGAGAAAAAATAGCA  1050
      ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAA-GGGTTGTATTTAGAGAGG-AGTACATTCATGAGAAAAAATAGCA  1040

seq1  TTGAAGTCTGTTTACTTCAGGTCTTAAGTAATACTATTAACATATATTAC  1100
      |   ||||||||||| ||||||||  ||| |||||| ||||||||| |||
seq2  T--GAGTCTGTTTAC-TCAGGTCT--AGT-ATACTA-TAACATATA-TAC  1082

seq1  ATGT  1104
      ||||
seq2  ATGT  1086


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |