BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-207K22
Chromosome5 (Build37)
Map Location 91,178,936 - 91,308,007
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCxcl5, Ppbp, Cxcl4, Gm1960, Cxcl15
Upstream geneAdamts3, EG665733, Cox18, Ankrd17, Alb1, Afp, Afm, LOC100040105, LOC622307, Rassf6
Downstream geneCxcl1, Cxcl2, 1110019K23Rik, Epgn, Ereg, Areg, Btc, 9130213B05Rik, EG665860, LOC665864, LOC100040506, Ppia-ps5_892.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-207K22.bB6Ng01-207K22.g
ACCGA026765GA026766
length1,0391,120
definitionB6Ng01-207K22.b B6Ng01-207K22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,178,936 - 91,179,983)(91,306,863 - 91,308,007)
sequence
gaattcataatcctatgtggttattctgcaagggtcaatgttgtccctgg
ctaaaggctggcttatgcggtctgggccgtggcttggagctataaggatt
tcctgagatgggttgtgtgtgattctaagcaagatggtaagacccaagtt
caaatagcactgggaatgatagtgctaccctcaaactcatgtccacacag
ttaataagaacaaacaacttcacctagattcttgccaaaattcagtatgt
gatttttttaatataagcaaatagtattagatatatatgatcatgacaaa
attcaagagaacaatgctcttaaaattgaactaatatcaaatgagatgtt
aggattagtagataatgaatttagagtaacatcaagttacaatcacaaca
agtgattataattaaatataagcaaaataatagaaaagaaaaagtcttga
gttgagaagtatgtaagaaaggatggattcactgaataagcatgagaaat
taaacacagataaaaagagcagacagtatcattagaacaaaaaaggaacg
tgaaaacaccaggtgagggtcctgctggtgagctgcagttggtagggaca
cgggattgccatcaaatgatggagtttgaaaaaatgtctgggctgctgtg
cagcctaataaaattcccatagtcatataactctccatacttctgggaat
ggttgaatacattgtttaataaagtggttatgaatacatcaggaatgttg
gccctgattggacagggtgtgaatggtttcttcagtgtggggccaaagta
cattctcataaccagaagaaaggactgtaagaatcttccaatagggccct
ctggacagacacaggattctggcatcaatgctgctgctgacctttatatc
gtgtcatagattatgtcataccatgggaccataatgggccagggaacaga
gagattcagggagattcaactctggcaccctcaacttgatgactatagaa
ttggtttccttcctttccaacttgtacataaagccagaa
gaattcatttaactgtcacagcaacttcacaaggaagggttttaatattg
cacaggtggggcaagtggggttcagggaggttgacctacatcataggcaa
caaatgaaggagttagtgttcttagccggccacttctcagtaaatgctct
cagtgagagacacacccctgagacaaatgaaggcaataggagcagagaga
ggtgatcatggacaactgtgtcaggtcattcttcaaattttgtcttttat
aaaactactttcagccaggtggtggtggtgcatgcctttaatcccagcac
ttggaaggcagaggcaggtggatttctgagttcgaggccagcctggtcta
caaagtgagttccaggacagccagggctacagagaaaccctatcttgaaa
aaaaaaaaacccaataaataaataaataaataaataaataagtaaataaa
taaataaataaaaactactttcaacttatttcaattctttttaatataag
atagaccacagtagaaacctcgttaatggtttaagaataatactttaagt
agatctaagagtaccaaaaatcattatttttttaagtgtaaaaatgtgtc
caaatttctgtggcactttgattatagcttattaattgagttgttatgtt
aactgttattactatattggttaaacactgagttaagtctttccaattat
ccttgactccttgttcttcttctctgaatttcttctcctgtttgtttttg
cacattagggcatggaaataaagagtcaacatcaaggtcacacagagata
tagagaagggatcagagccagttgggaccaggccacccttcacgtccagg
ccacactgtcctttgagtccatgtgaggaacaagatcattcatggtacat
agaggagtttacagtggattaatgtgtgcatgaaacttttcagaagttaa
aactgcaaatgtttaaaagttgaacagagaagaagttcatgagcccaaat
ggcatatgcctttggatcatctaaaagagatgcaatttcagtaaaacctg
agcaagaagaacattatcttgaacaacaaattaaccagtacaaattcgag
tgaacaatagcagtatataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_91178936_91179983
seq2: B6Ng01-207K22.b_46_1084

seq1  GAATTCATAATCCTATGTGGTTATTCTGCAAGGGTCAATGTTGTCCCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAATCCTATGTGGTTATTCTGCAAGGGTCAATGTTGTCCCTGG  50

seq1  CTAAAGGCTGGCTTATGCGGTCTGGGCCGTGGCTTGGAGCTATAAGGATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGGCTGGCTTATGCGGTCTGGGCCGTGGCTTGGAGCTATAAGGATT  100

seq1  TCCTGAGATGGGTTGTGTGTGATTCTAAGCAAGATGGTAAGACCCAAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGATGGGTTGTGTGTGATTCTAAGCAAGATGGTAAGACCCAAGTT  150

seq1  CAAATAGCACTGGGAATGATAGTGCTACCCTCAAACTCATGTCCACACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAGCACTGGGAATGATAGTGCTACCCTCAAACTCATGTCCACACAG  200

seq1  TTAATAAGAACAAACAACTTCACCTAGATTCTTGCCAAAATTCAGTATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAGAACAAACAACTTCACCTAGATTCTTGCCAAAATTCAGTATGT  250

seq1  GATTTTTTTAATATAAGCAAATAGTATTAGATATATATGATCATGACAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTTTAATATAAGCAAATAGTATTAGATATATATGATCATGACAAA  300

seq1  ATTCAAGAGAACAATGCTCTTAAAATTGAACTAATATCAAATGAGATGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAGAGAACAATGCTCTTAAAATTGAACTAATATCAAATGAGATGTT  350

seq1  AGGATTAGTAGATAATGAATTTAGAGTAACATCAAGTTACAATCACAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTAGTAGATAATGAATTTAGAGTAACATCAAGTTACAATCACAACA  400

seq1  AGTGATTATAATTAAATATAAGCAAAATAATAGAAAAGAAAAAGTCTTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTATAATTAAATATAAGCAAAATAATAGAAAAGAAAAAGTCTTGA  450

seq1  GTTGAGAAGTATGTAAGAAAGGATGGATTCACTGAATAAGCATGAGAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGAAGTATGTAAGAAAGGATGGATTCACTGAATAAGCATGAGAAAT  500

seq1  TAAACACAGATAAAAAGAGCAGACAGTATCATTAGAACAAAAAAGGAACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACACAGATAAAAAGAGCAGACAGTATCATTAGAACAAAAAAGGAACG  550

seq1  TGAAAACACCAGGTGAGGGTCCTGCTGGTGAGCTGCAGTTGGTAGGGACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACACCAGGTGAGGGTCCTGCTGGTGAGCTGCAGTTGGTAGGGACA  600

seq1  CGGGATTGCCATCAAATGATGGAGTTTGAAAAAATGTCTGGGCTGCTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGATTGCCATCAAATGATGGAGTTTGAAAAAATGTCTGGGCTGCTGTG  650

seq1  CAGCCTAATAAAATTCCCATAGTCATATAACTCTCCATACTTCTGGGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTAATAAAATTCCCATAGTCATATAACTCTCCATACTTCTGGGAAT  700

seq1  GGTTGAATACATTGTTTAATAAAGTGGTTATGAATACATCAGGAATGTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAATACATTGTTTAATAAAGTGGTTATGAATACATCAGGAATGTTG  750

seq1  GCCCTGATTGGACAGGGTGTGAATGGTTTCTTCAGTGTGGGGCCAAAGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGATTGGACAGGGTGTGAATGGTTTCTTCAGTGTGGGGCCAAAGTA  800

seq1  CATTCTCATAACCAGAAG-AAGGACTGTAAGAATCTTCCAATA-GGCCCT  848
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CATTCTCATAACCAGAAGAAAGGACTGTAAGAATCTTCCAATAGGGCCCT  850

seq1  CTGGACAGACACAGGATTCTGGCAATCAATGCTGCTGCTGACCTTTATAT  898
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACAGACACAGGATTCTGGC-ATCAATGCTGCTGCTGACCTTTATAT  899

seq1  CGTGGTCATTAGATTATGTCATACCATGGGACCATAATGGGCCAGGGATA  948
      ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CGT-GTCA-TAGATTATGTCATACCATGGGACCATAATGGGCCAGGGA-A  946

seq1  CAGAGGAAGAATCAAGGGAGATTCAACTCTGGCACCTCAAACTTGATGAC  998
      |||||  ||| || ||||||||||||||||||||||   |||||||||||
seq2  CAGAG--AGATTC-AGGGAGATTCAACTCTGGCACCCTCAACTTGATGAC  993

seq1  TATAGAAATGGTTTCCTCCCTTTTCCCAACCTGGTACCATAAAGCAAGAA  1048
      ||||||| ||||||||| |||||  |||| || ||| |||||||| ||||
seq2  TATAGAATTGGTTTCCTTCCTTT--CCAA-CTTGTA-CATAAAGCCAGAA  1039

seq1: chr5_91306863_91308007
seq2: B6Ng01-207K22.g_67_1186 (reverse)

seq1  TTATATTCCTGCTATTTTCTCAACTTTCTAAATTTGTAATGTGTTATTTT  50
      ||||| | |||||||| | || |||     |||||||| || |||| |||
seq2  TTATA-TACTGCTATTGT-TC-ACT---CGAATTTGTACTG-GTTAATTT  43

seq1  GTTGTTTAAGATAAATGTTTCTTTCTGTGCTCAGTTTTAAACTGAAATTT  100
      |||||| ||||| ||||||   |||| ||||||| |||  ||||||| ||
seq2  GTTGTTCAAGAT-AATGTT--CTTCT-TGCTCAGGTTT-TACTGAAA-TT  87

seq1  GCATTCTTCCTTTTAGGATGATCCCAAAGGGCATTATGCCCTTTGGGCTT  150
      ||| |||  |||||| ||||||||  || |||| |||||| ||||||| |
seq2  GCA-TCT--CTTTTA-GATGATCC--AAAGGCA-TATGCCATTTGGGC-T  129

seq1  CATGAAACTTC-TCTCTGTCAAACTTTTAAAACATTTTGCAGTTTTAAAC  199
      |||| |||||| |||||||  ||||||| ||||| ||||||||||| |||
seq2  CATG-AACTTCTTCTCTGTTCAACTTTT-AAACA-TTTGCAGTTTT-AAC  175

seq1  TTCTGAAAAGTTTCATGCACACATTAATCCACTGTAAACTCCTCTATGTA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAAAGTTTCATGCACACATTAATCCACTGTAAACTCCTCTATGTA  225

seq1  CCATGAATGATCTTTGTTCCTCACATGGACTCAAAGGACAGTGTGGCCTG  299
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAATGATC-TTGTTCCTCACATGGACTCAAAGGACAGTGTGGCCTG  274

seq1  GACGTGAAGGGTGGCCTGGTCCCAACTGGCTCTGATCCCTTCTCTATATC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTGAAGGGTGGCCTGGTCCCAACTGGCTCTGATCCCTTCTCTATATC  324

seq1  TCTGTGTGACCTTGATGTTGACTCTTTATTTCCATGCCCTAATGTGCAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTGACCTTGATGTTGACTCTTTATTTCCATGCCCTAATGTGCAAA  374

seq1  AACAAACAGGAGAAGAAATTCAGAGAAGAAGAACAAGGAGTCAAGGATAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAGGAGAAGAAATTCAGAGAAGAAGAACAAGGAGTCAAGGATAA  424

seq1  TTGGAAAGACTTAACTCAGTGTTTAACCAATATAGTAATAACAGTTAACA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAAGACTTAACTCAGTGTTTAACCAATATAGTAATAACAGTTAACA  474

seq1  TAACAACTCAATTAATAAGCTATAATCAAAGTGCCACAGAAATTTGGACA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAACTCAATTAATAAGCTATAATCAAAGTGCCACAGAAATTTGGACA  524

seq1  CATTTTTACACTTAAAAAAATAATGATTTTTGGTACTCTTAGATCTACTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTACACTTAAAAAAATAATGATTTTTGGTACTCTTAGATCTACTT  574

seq1  AAAGTATTATTCTTAAACCATTAACGAGGTTTCTACTGTGGTCTATCTTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATTATTCTTAAACCATTAACGAGGTTTCTACTGTGGTCTATCTTA  624

seq1  TATTAAAAAGAATTGAAATAAGTTGAAAGTAGTTTTTATTTATTTATTTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAAAAGAATTGAAATAAGTTGAAAGTAGTTTTTATTTATTTATTTA  674

seq1  TTTACTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTGGGTTTTTTTTTTTTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTGGGTTTTTTTTTTTTC  724

seq1  AAGATAGGGTTTCTCTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAGGGTTTCTCTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGA  774

seq1  CCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTTCCAAGTGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTTCCAAGTGC  824

seq1  TGGGATTAAAGGCATGCACCACCACCACCTGGCTGAAAGTAGTTTTATAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTAAAGGCATGCACCACCACCACCTGGCTGAAAGTAGTTTTATAA  874

seq1  AAGACAAAATTTGAAGAATGACCTGACACAGTTGTCCATGATCACCTCTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAAAATTTGAAGAATGACCTGACACAGTTGTCCATGATCACCTCTC  924

seq1  TCTGCTCCTATTGCCTTCATTTGTCTCAGGGGTGTGTCTCTCACTGAGAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCCTATTGCCTTCATTTGTCTCAGGGGTGTGTCTCTCACTGAGAG  974

seq1  CATTTACTGAGAAGTGGCCGGCTAAGAACACTAACTCCTTCATTTGTTGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACTGAGAAGTGGCCGGCTAAGAACACTAACTCCTTCATTTGTTGC  1024

seq1  CTATGATGTAGGTCAACCTCCCTGAACCCCACTTGCCCCACCTGTGCAAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGATGTAGGTCAACCTCCCTGAACCCCACTTGCCCCACCTGTGCAAT  1074

seq1  ATTAAAACCCTTCCTTGTGAAGTTGCTGTGACAGTTAAATGAATTC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAACCCTTCCTTGTGAAGTTGCTGTGACAGTTAAATGAATTC  1120