BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-212N13
Chromosome5 (Build37)
Map Location 18,745,801 - 18,904,532
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMagi2
Upstream geneGnai1, LOC100041818, LOC668167, 4921504A21Rik
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-212N13.bB6Ng01-212N13.g
ACCGA030537GA030538
length1,2051,096
definitionB6Ng01-212N13.b B6Ng01-212N13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,745,801 - 18,747,002)(18,903,443 - 18,904,532)
sequence
gaattctaatgctttagccattgtgaataacaaacctgtatgaagtgctt
cctatatattaggcagttttcaaactttcatttctcaaatgactttataa
ggtagacgtttccaaggaagatgatcacctttcatgaagcccacataaca
gcagagccagaatctaggaacacagactctgtcaataccttaaagcaaat
cgaggggagccttccatactgtgttggaaatgcccttagaacagattagt
gggctcatatttatttattaatttttcagggagtgaacatgtcaggaaca
ctttttgggacgtatttaggaagtgaagatatctagctacaggagactta
agatacagatacaacagcttcagagcctcctgggtgttaaaaggaaaggg
ttttaggccttcaaacatagtaaaaatgataggagagaagagggatgagc
caggaaccaaataggtggcaaaaccaccaataattatgagcaaatgtaga
aaataaagagtgttgctttcctttctcatttctgatggctggtactattt
gttaagatagaaactggaatcaaaggttaccagaagtagatggcagagct
gatatttgcagtacttaatttgaggtacctggaaagtgtctgcctgagag
agatagcattagaatagtgagagcttttgaatcctcaaagcccactcttg
tgacacacttcctccaacaagagcacacctcctaattcctccacacactt
aaaacactgtggaccatgcatgcaaatataggagcttattggtaaacact
gttgcttgagcaatgtattagcaaaagaaagtccttttcatattcatttt
tcaggaaaagggacacttgagtgtgatgaagaaagaagattttaatttgc
atctgtattgacaggaacaaattggaatgaggctggtgactgttgtcagg
actgggaaatgaagtaaaatatgggacatattgtgaggtagattgaacta
gatttatgttatgctagatgagaaatattaaaccaagccacagtatctct
cttataatctcttgggctaagggggtgtgagacacaaagaaacttctggg
gctcactgtcatcaggtctagatgatcaacagactcagtctggagattaa
ccacctattctcacatggaaccgtaccaaacaggcatcttataccaggaa
agatg

gaattcctaatgctgctacacaggcatggcaatcgagcttacttgcctgt
aacagagagcatggccaggcgctatgtagggagtcttttctccaaagaac
attggaaaagcacttatcatttggagtgatgacgcagaatattgagaagg
aaaacttcttttaaggaaagagaaacaggaaacactgacacagaccatag
aaggagagaggctacagctatggatcgctagctgagagatgttgttaacc
ttcatcttcttttggagaatactggttaatttgaaaagaatttaggatct
gattttacaagtgctgtcattacaggaatgtgtcagtatttccacttggt
tgcaatttataccatagatttaaagactaatgatactgaagtaatttaaa
taatgtgcattcgtgtagatacatacttctgaagcatggacttaatggtt
tcaataaatgtgtgttgtaatttcttcatgaaagtgtgggctaaagcccc
tattagcttcaagattctttcatattccaagtatgtgagtactgtagata
atggacgtgacacctaaggtgtttatgtaaggactaaagacttgcagagg
agataaaaaatacatttttatctcattctccacaacctttaattacactt
gtatttggtcatatgactgttgtctcctattaaattttaaccatatttat
aacttgattttcactctaaaattatttaaaattataatcatttatattgt
ttttgttatagatgctttacaatatatcaacatatttctattttatcatg
ttgcattttttcctttgacaagaaaccatgcattaaaatttttactttca
aatgctctttaatatttgcaataattagcacttggccttaaatacatcac
ctttatttgtctctcctgaactttattttttttttataaacagctgaccc
ccccccattttatacaaattgtataggtagagtggattagaaaatttcta
tattccagtttgaacataagcaatttacgatgactttgcaggaaccaccg
gaagcagtttagctaatggatcctggtattgagatgtccatgaagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_18745801_18747002
seq2: B6Ng01-212N13.b_48_1252

seq1  GAATTCTAATGCTTTAGCCATTGTGAATAACAAACCTGTATGAAGTGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAATGCTTTAGCCATTGTGAATAACAAACCTGTATGAAGTGCTT  50

seq1  CCTATATATTAGGCAGTTTTCAAACTTTCATTTCTCAAATGACTTTATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATATATTAGGCAGTTTTCAAACTTTCATTTCTCAAATGACTTTATAA  100

seq1  GGTAGACGTTTCCAAGGAAGATGATCACCTTTCATGAAGCCCACATAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGACGTTTCCAAGGAAGATGATCACCTTTCATGAAGCCCACATAACA  150

seq1  GCAGAGCCAGAATCTAGGAACACAGACTCTGTCAATACCTTAAAGCAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGCCAGAATCTAGGAACACAGACTCTGTCAATACCTTAAAGCAAAT  200

seq1  CGAGGGGAGCCTTCCATACTGTGTTGGAAATGCCCTTAGAACAGATTAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGGGAGCCTTCCATACTGTGTTGGAAATGCCCTTAGAACAGATTAGT  250

seq1  GGGCTCATATTTATTTATTAATTTTTCAGGGAGTGAACATGTCAGGAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCATATTTATTTATTAATTTTTCAGGGAGTGAACATGTCAGGAACA  300

seq1  CTTTTTGGGACGTATTTAGGAAGTGAAGATATCTAGCTACAGGAGACTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTGGGACGTATTTAGGAAGTGAAGATATCTAGCTACAGGAGACTTA  350

seq1  AGATACAGATACAACAGCTTCAGAGCCTCCTGGGTGTTAAAAGGAAAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACAGATACAACAGCTTCAGAGCCTCCTGGGTGTTAAAAGGAAAGGG  400

seq1  TTTTAGGCCTTCAAACATAGTAAAAATGATAGGAGAGAAGAGGGATGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGGCCTTCAAACATAGTAAAAATGATAGGAGAGAAGAGGGATGAGC  450

seq1  CAGGAACCAAATAGGTGGCAAAACCACCAATAATTATGAGCAAATGTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAACCAAATAGGTGGCAAAACCACCAATAATTATGAGCAAATGTAGA  500

seq1  AAATAAAGAGTGTTGCTTTCCTTTCTCATTTCTGATGGCTGGTACTATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAGAGTGTTGCTTTCCTTTCTCATTTCTGATGGCTGGTACTATTT  550

seq1  GTTAAGATAGAAACTGGAATCAAAGGTTACCAGAAGTAGATGGCAGAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGATAGAAACTGGAATCAAAGGTTACCAGAAGTAGATGGCAGAGCT  600

seq1  GATATTTGCAGTACTTAATTTGAGGTACCTGGAAAGTGTCTGCCTGAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTTGCAGTACTTAATTTGAGGTACCTGGAAAGTGTCTGCCTGAGAG  650

seq1  AGATAGCATTAGAATAGTGAGAGCTTTTGAATCCTCAAAGCCCACTCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGCATTAGAATAGTGAGAGCTTTTGAATCCTCAAAGCCCACTCTTG  700

seq1  TGACACACTTCCTCCAACAAGAGCACACCTCCTAATTCCTCCACACACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACACTTCCTCCAACAAGAGCACACCTCCTAATTCCTCCACACACTT  750

seq1  AAAACACTGTGGACCATGCATGCAAATATAGGAGCTTATTGGTAAACACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACTGTGGACCATGCATGCAAATATAGGAGCTTATTGGTAAACACT  800

seq1  GTTGCTTGAGCAATGTATTAGCAAAAGAAAGTCCTTTTCATATTCATTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTTGAGCAATGTATTAGCAAAAGAAAGTCCTTTTCATATTCATTTT  850

seq1  TCAGGAAAAGGGACACTTGAGTGTGATGAAGAAAGAAGATTTTAATTTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAAAAGGGACACTTGAGTGTGATGAAGAAAGAAGATTTTAATTTGC  900

seq1  ATCTGTATTGACAGGAAACAAATTGGAATGAGGCTGGTGACTGTTGTCAG  950
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTATTGACAGG-AACAAATTGGAATGAGGCTGGTGACTGTTGTCAG  949

seq1  GACT-GGAAATGAAGTAAAATATGGGACATATTGTGGAGGTAGATTGAAC  999
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GACTGGGAAATGAAGTAAAATATGGGACATATTGT-GAGGTAGATTGAAC  998

seq1  TAGAATTTATGTTATGCTAGATGAGAAATAATAAACAAAG-CACAGTA--  1046
      ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||  
seq2  TAG-ATTTATGTTATGCTAGATGAGAAATATTAAACCAAGCCACAGTATC  1047

seq1  TCTCCTATAATCTC-TGGGCTAAGGGGGTGTGAGACAC-AAGAA--CTCT  1092
      |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||   |||
seq2  TCTCTTATAATCTCTTGGGCTAAGGGGGTGTGAGACACAAAGAAACTTCT  1097

seq1  GGGGCCTCACTGGTCAACCAGTCTAGATGATCAACAGACTTCAGTCT---  1139
      |||| |||||| |||| |  ||||||||||||||||||| |||||||   
seq2  GGGG-CTCACT-GTCATCAGGTCTAGATGATCAACAGAC-TCAGTCTGGA  1144

seq1  GAGTAAACAACTATCTCAAAAAAGGAACAGAACAAAACAAAGCATCTTAT  1189
      || ||| || |||| ||  | | ||||| | || |||| | |||||||||
seq2  GATTAACCACCTAT-TCTCACATGGAACCGTACCAAAC-AGGCATCTTAT  1192

seq1  ACCAAGAAAGATG  1202
      |||| ||||||||
seq2  ACCAGGAAAGATG  1205


seq1: chr5_18903443_18904532
seq2: B6Ng01-212N13.g_65_1160 (reverse)

seq1  ACTTCATGG-CATCTC-ATACCA-GATCCATTAGCT-AACTGCTT-CGGT  45
      ||||||||| |||||| |||||| |||||||||||| |||||||| ||||
seq2  ACTTCATGGACATCTCAATACCAGGATCCATTAGCTAAACTGCTTCCGGT  50

seq1  -GTTCCTGCAATGTCATCGTTAATTGCTTATGTTCAAACTGG-ATATAGA  93
       |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGTTCCTGCAAAGTCATCGTAAATTGCTTATGTTCAAACTGGAATATAGA  100

seq1  AATTTTCTAATCCACTCTACCTTATACAATTTGTATAAAATGGGGGGGGG  143
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTCTAATCCACTCTACC-TATACAATTTGTATAAAATGGGGGGGGG  149

seq1  TCAGCTGTTTTATAAAAAAAAATAAAGTTCAGGAGAGACAAATAAAGGTG  193
      ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTGTTTATAAAAAAAAAATAAAGTTCAGGAGAGACAAATAAAGGTG  199

seq1  ATGTATTTAAGGCCAAGTGCTAATTATTGCAAATATTAAAGAGCATTTGA  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTTAAGGCCAAGTGCTAATTATTGCAAATATTAAAGAGCATTTGA  249

seq1  AAGTAAAAATTTTAATGCATGGTTTCTTGTCAAAGGAAAAAATGCAACAT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAAATTTTAATGCATGGTTTCTTGTCAAAGGAAAAAATGCAACAT  299

seq1  GATAAAATAGAAATATGTTGATATATTGTAAAGCATCTATAACAAAAACA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAATAGAAATATGTTGATATATTGTAAAGCATCTATAACAAAAACA  349

seq1  ATATAAATGATTATAATTTTAAATAATTTTAGAGTGAAAATCAAGTTATA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAATGATTATAATTTTAAATAATTTTAGAGTGAAAATCAAGTTATA  399

seq1  AATATGGTTAAAATTTAATAGGAGACAACAGTCATATGACCAAATACAAG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGGTTAAAATTTAATAGGAGACAACAGTCATATGACCAAATACAAG  449

seq1  TGTAATTAAAGGTTGTGGAGAATGAGATAAAAATGTATTTTTTATCTCCT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATTAAAGGTTGTGGAGAATGAGATAAAAATGTATTTTTTATCTCCT  499

seq1  CTGCAAGTCTTTAGTCCTTACATAAACACCTTAGGTGTCACGTCCATTAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAGTCTTTAGTCCTTACATAAACACCTTAGGTGTCACGTCCATTAT  549

seq1  CTACAGTACTCACATACTTGGAATATGAAAGAATCTTGAAGCTAATAGGG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGTACTCACATACTTGGAATATGAAAGAATCTTGAAGCTAATAGGG  599

seq1  GCTTTAGCCCACACTTTCATGAAGAAATTACAACACACATTTATTGAAAC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAGCCCACACTTTCATGAAGAAATTACAACACACATTTATTGAAAC  649

seq1  CATTAAGTCCATGCTTCAGAAGTATGTATCTACACGAATGCACATTATTT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAGTCCATGCTTCAGAAGTATGTATCTACACGAATGCACATTATTT  699

seq1  AAATTACTTCAGTATCATTAGTCTTTAAATCTATGGTATAAATTGCAACC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACTTCAGTATCATTAGTCTTTAAATCTATGGTATAAATTGCAACC  749

seq1  AAGTGGAAATACTGACACATTCCTGTAATGACAGCACTTGTAAAATCAGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGAAATACTGACACATTCCTGTAATGACAGCACTTGTAAAATCAGA  799

seq1  TCCTAAATTCTTTTCAAATTAACCAGTATTCTCCAAAAGAAGATGAAGGT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAATTCTTTTCAAATTAACCAGTATTCTCCAAAAGAAGATGAAGGT  849

seq1  TAACAACATCTCTCAGCTAGCGATCCATAGCTGTAGCCTCTCTCCTTCTA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAACATCTCTCAGCTAGCGATCCATAGCTGTAGCCTCTCTCCTTCTA  899

seq1  TGGTCTGTGTCAGTGTTTCCTGTTTCTCTTTCCTTAAAAGAAGTTTTCCT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTGTGTCAGTGTTTCCTGTTTCTCTTTCCTTAAAAGAAGTTTTCCT  949

seq1  TCTCAATATTCTGCGTCATCACTCCAAATGATAAGTGCTTTTCCAATGTT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATATTCTGCGTCATCACTCCAAATGATAAGTGCTTTTCCAATGTT  999

seq1  CTTTGGAGAAAAGACTCCCTACATAGCGCCTGGCCATGCTCTCTGTTACA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGAGAAAAGACTCCCTACATAGCGCCTGGCCATGCTCTCTGTTACA  1049

seq1  GGCAAGTAAGCTCGATTGCCATGCCTGTGTAGCAGCATTAGGAATTC  1090
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGTAAGCTCGATTGCCATGCCTGTGTAGCAGCATTAGGAATTC  1096


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |