BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-213F17
Chromosome5 (Build37)
Map Location 80,833,730 - 80,946,599
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC100039506, LOC100039384, Lphn3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-213F17.bB6Ng01-213F17.g
ACCGA030908GA030909
length1,184603
definitionB6Ng01-213F17.b B6Ng01-213F17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,833,730 - 80,834,896)(80,945,997 - 80,946,599)
sequence
gaattctcacctgaggaataccgaatggcagagaagcacctgaaaaaaca
tccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaaacaaccctgagattccacct
cataccagtcagaatggcgaagattgaaactaattcttaagggtcatata
tattgttaggaaagagtaaagatcatattaaattgtaaaattgattttac
aaaattttataagtctgtctttcttctaagaagtgataatatgtttatct
ctttaacaaatatattttttgggagtctttcatctaacctatgtgctctt
atacactgtagacttacagagtaaataaagggagacagacatatgcactt
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agacatattactactttataaatataaatctcattatttttattacttaa
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tgttacttattggaactatcaattagaacttcag

gaattcatactacagcatttaaacaattgtcatttatcatatgtctttaa
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aagtaagtttatggaagaatgttactgtgaaatatcccataggcaaaccc
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aaagtacttgttttggtgacttctttttaatgttttaaagaatcacctct
tctaaagaaatgatagttaagtgcctttctgagatggaatgttttggtat
gaagcattacaggttaatcagtacagtaaaagttaagtgctttggtatga
ataaaatatttgctgtaaaaatgaaaaatacgttctcttagatcagaatt
gatggaaatgcccattaaaacacacatgggaatagttctatgtaactttt
tctactgttgtgaatgtcttcttacacattttatacttatgctctctcca
atttctttaagtttatatatatatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_80833730_80834896
seq2: B6Ng01-213F17.b_45_1228

seq1  GAATTCTCACCTGAGGAATACCGAATGGCAGAGAAGCACCTGAAAAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACCTGAGGAATACCGAATGGCAGAGAAGCACCTGAAAAAACA  50

seq1  TCCTTAATCATCAGGGAAATGCAAATCAAAACAACCCTGAGATTCCACCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  CATACCAGTCAGAATGGCGAAGATTGAAACTAATTCTTAAGGGTCATATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCAGTCAGAATGGCGAAGATTGAAACTAATTCTTAAGGGTCATATA  150

seq1  TATTGTTAGGAAAGAGTAAAGATCATATTAAATTGTAAAATTGATTTTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTTAGGAAAGAGTAAAGATCATATTAAATTGTAAAATTGATTTTAC  200

seq1  AAAATTTTATAAGTCTGTCTTTCTTCTAAGAAGTGATAATATGTTTATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTTATAAGTCTGTCTTTCTTCTAAGAAGTGATAATATGTTTATCT  250

seq1  CTTTAACAAATATATTTTTTGGGAGTCTTTCATCTAACCTATGTGCTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAACAAATATATTTTTTGGGAGTCTTTCATCTAACCTATGTGCTCTT  300

seq1  ATACACTGTAGACTTACAGAGTAAATAAAGGGAGACAGACATATGCACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACTGTAGACTTACAGAGTAAATAAAGGGAGACAGACATATGCACTT  350

seq1  TGTAAAATTGGATGTTAGTATCATAATGATAGCTGGAGAAACATGGAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAATTGGATGTTAGTATCATAATGATAGCTGGAGAAACATGGAGAA  400

seq1  TGGCCATATAATGCAACCATGTTCTCTATAATGTACAAAGAATGAAAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCATATAATGCAACCATGTTCTCTATAATGTACAAAGAATGAAAATT  450

seq1  GTACCTGGATTTCATATTGAATATGCACTATAAACTCATGTAAGAAAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTGGATTTCATATTGAATATGCACTATAAACTCATGTAAGAAAGTT  500

seq1  TTACCTTTTTATTGTGTGATATTTTATGAAATTTAGCATTTATTTGTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTTTTTATTGTGTGATATTTTATGAAATTTAGCATTTATTTGTTCA  550

seq1  TAATTATTATAAAATAAATGTGCTCATTTTCTCAGAATATGTTGATATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATTATAAAATAAATGTGCTCATTTTCTCAGAATATGTTGATATTA  600

seq1  AAATAATTCATACCAACATTAAATATAATTATATCATCCATTTACTCAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTCATACCAACATTAAATATAATTATATCATCCATTTACTCAAA  650

seq1  TACTTAACACACTATGTGAACTAGTTAACTTCTAGAAACAGTGGTTTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAACACACTATGTGAACTAGTTAACTTCTAGAAACAGTGGTTTCTT  700

seq1  ACTGTAGTCTTTAACAATTATTTTCTGAAATAATTTCTAATGGCTTCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAGTCTTTAACAATTATTTTCTGAAATAATTTCTAATGGCTTCTTC  750

seq1  TTTCCAATTATTAGCTAAAATGTCATTTATTTATTTGGGAATATTCTACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAATTATTAGCTAAAATGTCATTTATTTATTTGGGAATATTCTACT  800

seq1  ACATTTTAATATTGAAAATAAAATTGTTCTTATCGGCTTTTATTATCCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTAATATTGAAAATAAAATTGTTCTTATCGGCTTTTATTATCCAA  850

seq1  ATAAGTGTTTTACAAATATAACTAGTTATTTTTATATTTACTTATGTTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTGTTTTACAAATATAACTAGTTATTTTTATATTTACTTATGTTTG  900

seq1  TGTGTGTTTGCATGTGTGTGTGTGCCATCATATATACAGGTAGGTCGTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTTGCATGTGTGTGTGTGCCATCATATATACAGGTAGGTCGTAG  950

seq1  AACAAACTGTAGATAATAGTTCTGTCCTTATATCATGTGGAAATTAGATA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACTGTAGATAATAGTTCTGTCCTTATATCATGTGGAAATTAGATA  1000

seq1  TTAAAC-TCATGTTGCT-AGGCTAGGAGGCAATAGTCATTACCAGCAAG-  1047
      |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTAAACTTCATGTTGCTAAGGCTAGGAGGCAATAGTCATTACCAGCAAGA  1050

seq1  AGACATATTACTACTTATAAAATATAAAATCTCAT--ATTTTATTAC-TA  1094
      ||||||||||||||||   |||||| |||||||||   ||||||||| ||
seq2  AGACATATTACTACTTTATAAATAT-AAATCTCATTATTTTTATTACTTA  1099

seq1  ATAGAAA--TG-TTTCTATAGC-AGAAATGTATGTGG----TTTCAAATA  1136
      |||||||  || |||| ||||| ||||||||||||||    |||||||||
seq2  ATAGAAAATTGTTTTCCATAGCAAGAAATGTATGTGGTGGTTTTCAAATA  1149

seq1  -TGTTACT--ATGGAACTA-CAATAGAAACTTCAG  1167
       |||||||   |||||||| ||||   ||||||||
seq2  TTGTTACTTATTGGAACTATCAATTAGAACTTCAG  1184


seq1: chr5_80945997_80946599
seq2: B6Ng01-213F17.g_68_670 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACATATATATATATATAAACTTAAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACATATATATATATATAAACTTAAAGA  50

seq1  AATTGGAGAGAGCATAAGTATAAAATGTGTAAGAAGACATTCACAACAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGAGAGAGCATAAGTATAAAATGTGTAAGAAGACATTCACAACAGT  100

seq1  AGAAAAAGTTACATAGAACTATTCCCATGTGTGTTTTAATGGGCATTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAGTTACATAGAACTATTCCCATGTGTGTTTTAATGGGCATTTCC  150

seq1  ATCAATTCTGATCTAAGAGAACGTATTTTTCATTTTTACAGCAAATATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATTCTGATCTAAGAGAACGTATTTTTCATTTTTACAGCAAATATTT  200

seq1  TATTCATACCAAAGCACTTAACTTTTACTGTACTGATTAACCTGTAATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATACCAAAGCACTTAACTTTTACTGTACTGATTAACCTGTAATGC  250

seq1  TTCATACCAAAACATTCCATCTCAGAAAGGCACTTAACTATCATTTCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATACCAAAACATTCCATCTCAGAAAGGCACTTAACTATCATTTCTTT  300

seq1  AGAAGAGGTGATTCTTTAAAACATTAAAAAGAAGTCACCAAAACAAGTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGGTGATTCTTTAAAACATTAAAAAGAAGTCACCAAAACAAGTAC  350

seq1  TTTAGCATTGAGTATGCTCTTATAAAAATGGGAAGGTAAAGGATGATAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCATTGAGTATGCTCTTATAAAAATGGGAAGGTAAAGGATGATAAT  400

seq1  TCGGGGTTTGCCTATGGGATATTTCACAGTAACATTCTTCCATAAACTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGGTTTGCCTATGGGATATTTCACAGTAACATTCTTCCATAAACTTA  450

seq1  CTTTATTCTGTTTTTCCTTCAAATGAATAGAAAAATAAAATTATTTTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTCTGTTTTTCCTTCAAATGAATAGAAAAATAAAATTATTTTGCT  500

seq1  GGTTGAACACTTTATCACATTACTTCAGCATAAACCTATGTTCATATGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAACACTTTATCACATTACTTCAGCATAAACCTATGTTCATATGGA  550

seq1  AGATTAAAGACATATGATAAATGACAATTGTTTAAATGCTGTAGTATGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAAAGACATATGATAAATGACAATTGTTTAAATGCTGTAGTATGAA  600

seq1  TTC  603
      |||
seq2  TTC  603


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