BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223B23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 58,317,173 - 58,478,365
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041349, LOC666455, LOC625721, EG666465, Pcdh7
Downstream geneLOC100041385, LOC100041396, LOC666499, EG625870
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223B23.bB6Ng01-223B23.g
ACCGA037955GA037956
length1,115904
definitionB6Ng01-223B23.b B6Ng01-223B23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,477,246 - 58,478,365)(58,317,173 - 58,318,076)
sequence
gaattctttccacatgcattaattcaagtactgcttgggacactagtaga
caagaatcatcactgttttagaatgtgacagttgaagagacgtccccaaa
cacagagatgaaaatgaacttgcagtgcatgtcttatgaaaacatgtcta
ccatgaatcgtacgcaaggatggaaggtaaaatatcacctacagatcaca
gttatcagctgaactcgtaggctaacatgaatgacctaactgacatacac
tagttcctttattatattgaattagcttattttgttaatttcatgctttc
tcacatatgatattacttagtttgttttgtcttatattgttatcctttaa
ataattagtaattataactttactatgctcacagtgacaacgagttagtt
ataggagagaacgaacatggcataccatagggtaataatgtgtatagtgg
agtctctttaaaaaatcttactgagttttaagttaaaagatttttcttca
actaatgtatgtatagcatgtaatattgtataacatacatggagagattt
tactctaacttgcagtatgatttctataccttccaaataaacctctaaca
gataaatgaagttcccctgttgctaaggaaattcaaagttctttttccac
ctagccacatcaagatggtcttggagggtatgtttttgatgagcacccag
aaacagaaagaagtctttaagtcattttctatagcaaggtctattgtgta
tcctatttaacaagatggattcaaaaatatatttcgccttttggctatca
cacagggcaagagggtagaaagctgtgctgtcattgattctccttaaaga
gtaatgaaatgcatataatgaaaatgagtctcccagctattttttattta
caacaaagcatttttacaggagattcaaaataataccttgtggtctatga
caagaccatcctaatctgtttaaaatcaggtaatatctgtgcaaataaaa
tacaagtctctgggaagctgacattctactgtacattattctttgttaga
tagaatgcagaagcaaacaataagagaagtgggcagttgccatcaggata
aaacacacacacaca

gaattcttcttaggtcttggattactagaaagcttagtgagtggcacata
cctgtattcccaggcttgggacatgttcaaagacaggttaattttgtgtg
acacaacttttgtgaactataaagcaagtttaggcaagtcaggtctatat
attgataactggtctcaacaaaccaaccaacaaaccaatctcctcaaaaa
taaaatgtataacaaaagaatgtatagcatattctttcagccttttgcac
aaagcaatctcttattttatcatcatgaaccaatcaggccattgcgttga
catgagtcaagtattcatgtcactaagtcagaaagagactaatgaatgtg
tttttctttttgctaattccatttactaatgatttcagaataacaggtta
atagaaattacctcaaatagggaaagaatgaaggtcaacttaatattcat
gtctttaatttgatggttcaatttcattagtagtttatacatatgtacat
acagtctgacatagtcatgaaaacacaaatggagggtagtgtggtgagat
tgtttaacaatatataaggacccttgaaattaacacattaagaatcagtt
tctgaagttggtccctggactaaaaaattccctttcatttagaaaaacca
ttcagtgaagtaagtaaaaaaatgattgttgaacaagttatttaatacat
ttagcattttgtggtaaagctgaaaatttcaaatcaggtgaaagatcatc
taattttatgaaattaaagattttctgacaaatttctctttataaattta
gtaaaaatatttcatatgcaaaacaccaccttaaaaatgctagataagcc
ataccttttttatcacacattattaaattagaaaatatattgttttttgt
ggtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_58477246_58478365
seq2: B6Ng01-223B23.b_45_1159 (reverse)

seq1  TGTGTGTGTGTGTTTAATCCCTGATGCAAACTGGCCCACTTCTCTTATTG  50
      ||||||||||||||| || |||||||  |||| |||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTTTTAT-CCTGATGGCAACT-GCCCACTTCTCTTATTG  48

seq1  TTTGCTTCTGCA-TCTATCTAACAAAGAATAATGTACAGTAGAATGTCAG  99
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTCTGCATTCTATCTAACAAAGAATAATGTACAGTAGAATGTCAG  98

seq1  CTTCCCAGAGACTTGTATTTTTATTTTGCACAGATATTACCTGATTTTTA  149
      |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTTCCCAGAGACTTGTATTTT--ATTTGCACAGATATTACCTGA-TTTTA  145

seq1  AACAGATTAGGATGGTCTTTGTCATAGACCACAAGGTATTATTTTGAATC  199
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGATTAGGATGGTC-TTGTCATAGACCACAAGGTATTATTTTGAATC  194

seq1  TCCTGTAAAAATGCTTTGTTGTAAATAAAAAATAGCTGGGAGACTCATTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTAAAAATGCTTTGTTGTAAATAAAAAATAGCTGGGAGACTCATTT  244

seq1  TCATTATATGCATTTCATTACTCTTTAAGGAGAATCAATGACAGCACAGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATATGCATTTCATTACTCTTTAAGGAGAATCAATGACAGCACAGC  294

seq1  TTTCTACCCTCTTGCCCTGTGTGATAGCCAAAAGGCGAAATATATTTTTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTACCCTCTTGCCCTGTGTGATAGCCAAAAGGCGAAATATATTTTTG  344

seq1  AATCCATCTTGTTAAATAGGATACACAATAGACCTTGCTATAGAAAATGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCATCTTGTTAAATAGGATACACAATAGACCTTGCTATAGAAAATGA  394

seq1  CTTAAAGACTTCTTTCTGTTTCTGGGTGCTCATCAAAAACATACCCTCCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAGACTTCTTTCTGTTTCTGGGTGCTCATCAAAAACATACCCTCCA  444

seq1  AGACCATCTTGATGTGGCTAGGTGGAAAAAGAACTTTGAATTTCCTTAGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCATCTTGATGTGGCTAGGTGGAAAAAGAACTTTGAATTTCCTTAGC  494

seq1  AACAGGGGAACTTCATTTATCTGTTAGAGGTTTATTTGGAAGGTATAGAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGGGAACTTCATTTATCTGTTAGAGGTTTATTTGGAAGGTATAGAA  544

seq1  ATCATACTGCAAGTTAGAGTAAAATCTCTCCATGTATGTTATACAATATT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATACTGCAAGTTAGAGTAAAATCTCTCCATGTATGTTATACAATATT  594

seq1  ACATGCTATACATACATTAGTTGAAGAAAAATCTTTTAACTTAAAACTCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTATACATACATTAGTTGAAGAAAAATCTTTTAACTTAAAACTCA  644

seq1  GTAAGATTTTTTAAAGAGACTCCACTATACACATTATTACCCTATGGTAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGATTTTTTAAAGAGACTCCACTATACACATTATTACCCTATGGTAT  694

seq1  GCCATGTTCGTTCTCTCCTATAACTAACTCGTTGTCACTGTGAGCATAGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGTTCGTTCTCTCCTATAACTAACTCGTTGTCACTGTGAGCATAGT  744

seq1  AAAGTTATAATTACTAATTATTTAAAGGATAACAATATAAGACAAAACAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTATAATTACTAATTATTTAAAGGATAACAATATAAGACAAAACAA  794

seq1  ACTAAGTAATATCATATGTGAGAAAGCATGAAATTAACAAAATAAGCTAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGTAATATCATATGTGAGAAAGCATGAAATTAACAAAATAAGCTAA  844

seq1  TTCAATATAATAAAGGAACTAGTGTATGTCAGTTAGGTCATTCATGTTAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATATAATAAAGGAACTAGTGTATGTCAGTTAGGTCATTCATGTTAG  894

seq1  CCTACGAGTTCAGCTGATAACTGTGATCTGTAGGTGATATTTTACCTTCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACGAGTTCAGCTGATAACTGTGATCTGTAGGTGATATTTTACCTTCC  944

seq1  ATCCTTGCGTACGATTCATGGTAGACATGTTTTCATAAGACATGCACTGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTGCGTACGATTCATGGTAGACATGTTTTCATAAGACATGCACTGC  994

seq1  AAGTTCATTTTCATCTCTGTGTTTGGGGACGTCTCTTCAACTGTCACATT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCATTTTCATCTCTGTGTTTGGGGACGTCTCTTCAACTGTCACATT  1044

seq1  CTAAAACAGTGATGATTCTTGTCTACTAGTGTCCCAAGCAGTACTTGAAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAACAGTGATGATTCTTGTCTACTAGTGTCCCAAGCAGTACTTGAAT  1094

seq1  TAATGCATGTGGAAAGAATTC  1120
      |||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCATGTGGAAAGAATTC  1115


seq1: chr5_58317173_58318076
seq2: B6Ng01-223B23.g_65_968

seq1  GAATTCTTCTTAGGTCTTGGATTACTAGAAAGCTTAGTGAGTGGCACATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTTAGGTCTTGGATTACTAGAAAGCTTAGTGAGTGGCACATA  50

seq1  CCTGTATTCCCAGGCTTGGGACATGTTCAAAGACAGGTTTAATTTTGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCTGTATTCCCAGGCTTGGGACATGTTCAAAGACAGG-TTAATTTTGTGT  99

seq1  GACACAACTTTTGTGAACTATAAAGCAAGTTTAGGCAAGTCAGGTCTATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAACTTTTGTGAACTATAAAGCAAGTTTAGGCAAGTCAGGTCTATA  149

seq1  TATTGATAACTGGTCTCAACAAACCAACCAACAAACCAATCTCCTCAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGATAACTGGTCTCAACAAACCAACCAACAAACCAATCTCCTCAAAA  199

seq1  ATAAAATGTATAACAAAAGAATGTATAGCATATTCTTTCAGCCTTTTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATGTATAACAAAAGAATGTATAGCATATTCTTTCAGCCTTTTGCA  249

seq1  CAAAGCAATCTCTTATTTTATCATCATGAACCAATCAGGCCATTGCGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCAATCTCTTATTTTATCATCATGAACCAATCAGGCCATTGCGTTG  299

seq1  ACATGAGTCAAGTATTCATGTCACTAAGTCAGAAAGAGACTAATGAATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAGTCAAGTATTCATGTCACTAAGTCAGAAAGAGACTAATGAATGT  349

seq1  GTTTTTCTTTTTGCTAATTCCATTTACTAATGATTTCAGAATAACAGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTCTTTTTGCTAATTCCATTTACTAATGATTTCAGAATAACAGGTT  399

seq1  AATAGAAATTACCTCAAATAGGGAAAGAATGAAGGTCAACTTAATATTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAAATTACCTCAAATAGGGAAAGAATGAAGGTCAACTTAATATTCA  449

seq1  TGTCTTTAATTTGATGGTTCAATTTCATTAGTAGTTTATACATATGTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTAATTTGATGGTTCAATTTCATTAGTAGTTTATACATATGTACA  499

seq1  TACAGTCTGACATAGTCATGAAAACACAAATGGAGGGTAGTGTGGTGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTCTGACATAGTCATGAAAACACAAATGGAGGGTAGTGTGGTGAGA  549

seq1  TTGTTTAACAATATATAAGGACCCTTGAAATTAACACATTAAGAATCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTAACAATATATAAGGACCCTTGAAATTAACACATTAAGAATCAGT  599

seq1  TTCTGAAGTTGGTCCCTGGACTAAAAAATTCCCTTTCATTTAGAAAAACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAGTTGGTCCCTGGACTAAAAAATTCCCTTTCATTTAGAAAAACC  649

seq1  ATTCAGTGAAGTAAGTAAAAAAATGATTGTTGAACAAGTTATTTAATACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGTGAAGTAAGTAAAAAAATGATTGTTGAACAAGTTATTTAATACA  699

seq1  TTTAGCATTTTGTGGTAAAGCTGAAAATTTCAAATCAGGTGAAAGATCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCATTTTGTGGTAAAGCTGAAAATTTCAAATCAGGTGAAAGATCAT  749

seq1  CTAATTTTATGAAATTAAAGATTTTCTGACAAATTTCTCTTTATAAATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTTATGAAATTAAAGATTTTCTGACAAATTTCTCTTTATAAATTT  799

seq1  AGTAAAAATATTTCATATGCAAAACACCACCTTAAAAATGCTAGATAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAAATATTTCATATGCAAAACACCACCTTAAAAATGCTAGATAAGC  849

seq1  CATACCTTTTTTATCACACATTATTAAATTAGAAAATATATTG-TTTTTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CATACCTTTTTTATCACACATTATTAAATTAGAAAATATATTGTTTTTTG  899

seq1  TGGTT  904
      |||||
seq2  TGGTT  904


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |