BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-232F08
Chromosome5 (Build37)
Map Location 42,365,208 - 42,522,413
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040588
Upstream geneLOC208522, Rab28, Bapx1, A230054D04Rik, LOC384308
Downstream geneEG636612, LOC433883
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-232F08.bB6Ng01-232F08.g
ACCGA044697GA044698
length1,1451,178
definitionB6Ng01-232F08.b B6Ng01-232F08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,521,287 - 42,522,413)(42,365,208 - 42,366,365)
sequence
gaattccaaagcatgtctggctccctctgaagttattttcctttccaggc
ttgatcacagaattgtgttttcatatttctttctattcaagtcctgtgga
tctgcttaataagattcaggctttcatttttttttccatctcaggaactg
aagaaagagaagtctccaggggtcagccctgcttgaattctcagcagact
tgacaatggaaagttcaaacattatggcctctagtcattttttaaaacaa
acaaaaccagaacagcctggtgagcactttcctgacttacatgactaaaa
tcattctcatttttttctctttctttttccccttcctccatcttctacat
acacttccaaagcatgcaagtcatggatgcacttgggacccaattgacag
tccccactcatcagattgaaatgttaataaaaaactaagtagaagttcca
gttctggctgagtagttaagtccatgcaaagagcagcagagaagcctttt
aaggcttgttccaagggcatagaggacacaggggaatgcagataaaaaga
gaaggacagagcatgcgatcaagaccagaagactgactgagagagtatgg
agagcaggggcagggtggactgataaaacaaatgcattcagggctcctgt
gttagatgttgaggtgtaggggcaaatgtggggagagtgcctgcactgtg
gcaggtagtattctagggtttcatatagccaaaataataagctgtcattt
ttgcatcatatttatccagtgacatgcattcctcctgaagtctcctcacc
agttcttctccttacctgggttggcaagaaccacacaggtaagcaacaga
taagatctatatatggtcagcaagatacatcagaagtgtcttctgttagc
agaaggcaggagcatggtcttgagaaggtagacacttattctggactcca
atgatctggactccaatgggtttccatcagtaaggcgagtgttaaaccca
cagatagaggaaaattaccatttagcttatttagttcctcataaggccct
aactgagggggtggaattacgtttccaggtgaggaagaaccttggtttat
caatgcagaagctctatttaattgaatatattcttatttgctttc

gaattctttaaagtgttttccattgtgactaggctttccagagtatgttt
gggagatacagctgaagtctccttgtctttccgatggaatgtccaaatgg
agaccctggagaggtctggagctagtgctgtgtgcctggagttgaactgc
agaagaagccaaaatatctgaggaatatctgtggtcaaacataagggaat
agtatagaagtccagaatgtaaaactattcaggagaaatattttctgaaa
cagaagcactaaaggcagattgtaaaattgagatatagagtccctgtagg
gtgggggagcaaagagaagtctcaggacagccagtgctgtgaagcaaggc
agaacaaacactgagcgagcacaagctgctcactgggcgtggtgctctgc
cccatcagaaagaatgtgtggtgtaggctgtaacatctgtaaaccgggta
gagaatggttacccgcttgatcagagttccatagctgagcatagaaggac
tagaaatggcagggttagaactctggggtatctaatgccagagctgcact
atggaccattggagtctgtgccactctctgagcggtacactgactctgaa
tagattgttataatttaaaggaccagagaaagagattaggaaattatttt
aaccatcctccaaggggtcagtttatggaagagaaagaagcccatgatca
aagcaacccaagcttagctaacattagttggttttcagaatttcacagga
tgatagagctaaatactccaggcctttaattctgtttattgtctagcaga
agatgcttgagtttggtgagcatcaaagtactaaagatggtgggaggtta
gcagttctctctcccagctgcctgcagtgtctccttgccagtagaatgct
agctggcagcaatgcattggtgctcttgagaagaatgtgggatttcttgt
tgttatgtgggccatccctgctagattatatgcttaaatgaaaaaatgtt
gcataggttaaattttagcagacttggatctgaacaaagcaaaggtatca
gttcattaatcagggcagtatgtagaacctcagagggaggcctctccatg
gtgcttccactcatggttgtataggtggcttgccatagaagagattggaa
gcctaggaaaattattttactggctata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_42521287_42522413
seq2: B6Ng01-232F08.b_46_1190 (reverse)

seq1  GAAAACAAATAAG-ATATAT--CATTTAATAGAGCTTCTGCATTGAT-AA  46
      |||| |||||||| ||||||   ||| |||||||||||||||||||| ||
seq2  GAAAGCAAATAAGAATATATTCAATTAAATAGAGCTTCTGCATTGATAAA  50

seq1  CCAA-GTTCTTCCTCA-CTTGAAACCTTAATCCA-CCCCTCAG-TAGGGC  92
      |||| ||||||||||| || ||||| | | |||| |||||||| ||||||
seq2  CCAAGGTTCTTCCTCACCTGGAAACGTAATTCCACCCCCTCAGTTAGGGC  100

seq1  C-TATGAGGAACTAAAT-AGCT-AATGGT-ATTTTCCTCTATCTGT-GGT  137
      | ||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| |||
seq2  CTTATGAGGAACTAAATAAGCTAAATGGTAATTTTCCTCTATCTGTGGGT  150

seq1  TTAACACTCG-CTTACTGATGG-AACCCATTGGAGTCCAGATCATTGGAG  185
      |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACACTCGCCTTACTGATGGAAACCCATTGGAGTCCAGATCATTGGAG  200

seq1  TCCAGA--TAGTGTCTACCTTCTCAAGACCATGCTCCTGCCTTTCTGCTA  233
      ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCCAGAATAAGTGTCTACCTTCTCAAGACCATGCTCCTGCC-TTCTGCTA  249

seq1  ACAG-AGACACTTCTGATGTATCTTGCTGACCATATATAGATCTTATCTG  282
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGACACTTCTGATGTATCTTGCTGACCATATATAGATCTTATCTG  299

seq1  TTGCTTACCTGTGTGGTTCTTGCCAA-CCAGGTAAGGAGAAGAACTGGTG  331
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTACCTGTGTGGTTCTTGCCAACCCAGGTAAGGAGAAGAACTGGTG  349

seq1  AGGAGACTTCAGGAGGAATGCATGTCACTGGATAAATATGATGCAAAAAT  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGACTTCAGGAGGAATGCATGTCACTGGATAAATATGATGCAAAAAT  399

seq1  GACAGCTTATTATTTTGGCTATATGAAACCCTAGAATACTACCTGCCACA  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCTTATTATTTTGGCTATATGAAACCCTAGAATACTACCTGCCACA  449

seq1  GTGCAGGCACTCTCCCCACATTTGCCCCTACACCTCAACATCTAACACAG  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGGCACTCTCCCCACATTTGCCCCTACACCTCAACATCTAACACAG  499

seq1  GAGCCCTGAATGCATTTGTTTTATCAGTCCACCCTGCCCCTGCTCTCCAT  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCTGAATGCATTTGTTTTATCAGTCCACCCTGCCCCTGCTCTCCAT  549

seq1  ACTCTCTCAGTCAGTCTTCTGGTCTTGATCGCATGCTCTGTCCTTCTCTT  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCTCAGTCAGTCTTCTGGTCTTGATCGCATGCTCTGTCCTTCTCTT  599

seq1  TTTATCTGCATTCCCCTGTGTCCTCTATGCCCTTGGAACAAGCCTTAAAA  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTGCATTCCCCTGTGTCCTCTATGCCCTTGGAACAAGCCTTAAAA  649

seq1  GGCTTCTCTGCTGCTCTTTGCATGGACTTAACTACTCAGCCAGAACTGGA  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTCTGCTGCTCTTTGCATGGACTTAACTACTCAGCCAGAACTGGA  699

seq1  ACTTCTACTTAGTTTTTTATTAACATTTCAATCTGATGAGTGGGGACTGT  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTACTTAGTTTTTTATTAACATTTCAATCTGATGAGTGGGGACTGT  749

seq1  CAATTGGGTCCCAAGTGCATCCATGACTTGCATGCTTTGGAAGTGTATGT  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGGGTCCCAAGTGCATCCATGACTTGCATGCTTTGGAAGTGTATGT  799

seq1  AGAAGATGGAGGAAGGGGAAAAAGAAAGAGAAAAAAATGAGAATGATTTT  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATGGAGGAAGGGGAAAAAGAAAGAGAAAAAAATGAGAATGATTTT  849

seq1  AGTCATGTAAGTCAGGAAAGTGCTCACCAGGCTGTTCTGGTTTTGTTTGT  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATGTAAGTCAGGAAAGTGCTCACCAGGCTGTTCTGGTTTTGTTTGT  899

seq1  TTTAAAAAATGACTAGAGGCCATAATGTTTGAACTTTCCATTGTCAAGTC  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAATGACTAGAGGCCATAATGTTTGAACTTTCCATTGTCAAGTC  949

seq1  TGCTGAGAATTCAAGCAGGGCTGACCCCTGGAGACTTCTCTTTCTTCAGT  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGAATTCAAGCAGGGCTGACCCCTGGAGACTTCTCTTTCTTCAGT  999

seq1  TCCTGAGATGGAAAAAAAAATGAAAGCCTGAATCTTATTAAGCAGATCCA  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGATGGAAAAAAAAATGAAAGCCTGAATCTTATTAAGCAGATCCA  1049

seq1  CAGGACTTGAATAGAAAGAAATATGAAAACACAATTCTGTGATCAAGCCT  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTTGAATAGAAAGAAATATGAAAACACAATTCTGTGATCAAGCCT  1099

seq1  GGAAAGGAAAATAACTTCAGAGGGAGCCAGACATGCTTTGGAATTC  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGAAAATAACTTCAGAGGGAGCCAGACATGCTTTGGAATTC  1145


seq1: chr5_42365208_42366365
seq2: B6Ng01-232F08.g_68_1245

seq1  GAATTCTTTAAAGTGTTTTCCATTGTGACTAGGCTTTCCAGAGTATGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAAAGTGTTTTCCATTGTGACTAGGCTTTCCAGAGTATGTTT  50

seq1  GGGAGATACAGCTGAAGTCTCCTTGTCTTTCCGATGGAATGTCCAAATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGATACAGCTGAAGTCTCCTTGTCTTTCCGATGGAATGTCCAAATGG  100

seq1  AGACCCTGGAGAGGTCTGGAGCTAGTGCTGTGTGCCTGGAGTTGAACTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCTGGAGAGGTCTGGAGCTAGTGCTGTGTGCCTGGAGTTGAACTGC  150

seq1  AGAAGAAGCCAAAATATCTGAGGAATATCTGTGGTCAAACATAAGGGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAAGCCAAAATATCTGAGGAATATCTGTGGTCAAACATAAGGGAAT  200

seq1  AGTATAGAAGTCCAGAATGTAAAACTATTCAGGAGAAATATTTTCTGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAGAAGTCCAGAATGTAAAACTATTCAGGAGAAATATTTTCTGAAA  250

seq1  CAGAAGCACTAAAGGCAGATTGTAAAATTGAGATATAGAGTCCCTGTAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCACTAAAGGCAGATTGTAAAATTGAGATATAGAGTCCCTGTAGG  300

seq1  GTGGGGGAGCAAAGAGAAGTCTCAGGACAGCCAGTGCTGTGAAGCAAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGGAGCAAAGAGAAGTCTCAGGACAGCCAGTGCTGTGAAGCAAGGC  350

seq1  AGAACAAACACTGAGCGAGCACAAGCTGCTCACTGGGCGTGGTGCTCTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAAACACTGAGCGAGCACAAGCTGCTCACTGGGCGTGGTGCTCTGC  400

seq1  CCCATCAGAAAGAATGTGTGGTGTAGGCTGTAACATCTGTAAACCGGGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCAGAAAGAATGTGTGGTGTAGGCTGTAACATCTGTAAACCGGGTA  450

seq1  GAGAATGGTTATACAGCTTGATCAGAGTTCCATAGCTGAGCATAGAAGGA  500
      |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGGTTA-CCCGCTTGATCAGAGTTCCATAGCTGAGCATAGAAGGA  499

seq1  CTAGAAATGGCAGGGTTAGAACTCTGGGGTATCTAATGCCAGAGCTGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAATGGCAGGGTTAGAACTCTGGGGTATCTAATGCCAGAGCTGCAC  549

seq1  TATGGACCATTGGAGTCTGTGCCACTCTCTGAGCGGTACACTGACTCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGACCATTGGAGTCTGTGCCACTCTCTGAGCGGTACACTGACTCTGA  599

seq1  ATAGATTGTTATAATTTAAAGGACCAGAGAAAGAGATTAGGAAATTATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATTGTTATAATTTAAAGGACCAGAGAAAGAGATTAGGAAATTATTT  649

seq1  TAACCATCCTCCAAGGGGTCAGTTTATGGAAGAGAAAGAAGCCCATGATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCATCCTCCAAGGGGTCAGTTTATGGAAGAGAAAGAAGCCCATGATC  699

seq1  AAAGCAACCCAAGCTTAGCTAACATTAGTTGGTTTTCAGAATTTCACAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAACCCAAGCTTAGCTAACATTAGTTGGTTTTCAGAATTTCACAGG  749

seq1  ATGATAGAGCTAAATACTCCAGGCCTTTAATTCTGTTTATTGTCTAGCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAGAGCTAAATACTCCAGGCCTTTAATTCTGTTTATTGTCTAGCAG  799

seq1  AAGATGCTTGAGTTTGGTGAGCATCAAAGTACTAAAGATGGTGGGAGGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCTTGAGTTTGGTGAGCATCAAAGTACTAAAGATGGTGGGAGGTT  849

seq1  AGCAGTTCTCTCTCCCAGCTGCCTGCAGTGTCTCC-TGCCAGTAGAATGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGCAGTTCTCTCTCCCAGCTGCCTGCAGTGTCTCCTTGCCAGTAGAATGC  899

seq1  TAGCTGGCAGCAATGCATT-GTGCTCTTGAGAAGAATGT-GGATT--CTG  945
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||   ||
seq2  TAGCTGGCAGCAATGCATTGGTGCTCTTGAGAAGAATGTGGGATTTCTTG  949

seq1  TTGTTATGTGGGCCAT-CCTGCTAGA-TATATGC-TAAATGAAAAAATGT  992
      |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  TTGTTATGTGGGCCATCCCTGCTAGATTATATGCTTAAATGAAAAAATGT  999

seq1  TGCATAGGTTAAA-TTTAGCAGACTT-GATCTGAACAAAGCAAA-GTACC  1039
      ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |
seq2  TGCATAGGTTAAATTTTAGCAGACTTGGATCTGAACAAAGCAAAGGTATC  1049

seq1  AGTTCATTAATCA-GGCAGTATGTAGA--CACAGA-GGAGG-CTCT-CAT  1083
      ||||||||||||| |||||||||||||  | |||| ||||| |||| |||
seq2  AGTTCATTAATCAGGGCAGTATGTAGAACCTCAGAGGGAGGCCTCTCCAT  1099

seq1  -GTGGCTCCACCCATG--TGTATA-GTGGGTTG-CATAGGAAGAGATTGG  1128
       |||  ||||| ||||  |||||| |||| ||| |||| |||||||||||
seq2  GGTGCTTCCACTCATGGTTGTATAGGTGGCTTGCCATA-GAAGAGATTGG  1148

seq1  AAGCAGAGGAGAATTATTTTACTGGCTATA  1158
      ||||  |||| |||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTAGGAAAATTATTTTACTGGCTATA  1178


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |