BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-243L16
Chromosome5 (Build37)
Map Location 18,573,068 - 18,695,257
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGnai1, LOC100041818, LOC668167
Downstream gene4921504A21Rik, Magi2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-243L16.bB6Ng01-243L16.g
ACCGA053036GA053037
length1,0121,124
definitionB6Ng01-243L16.b B6Ng01-243L16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,573,068 - 18,574,066)(18,694,134 - 18,695,257)
sequence
gaattctatcacacagttcttgttctcttttctcctcaatcaaacatctc
ggtatatagaatcatgccacacacaattaggatttttctttctacctcaa
ttaacctaatcaaagtaatacctcaaaataatgtccataggcttgttatt
atgcaattctagatcctgtcatatttcactacaaatactatcacagacat
tatcttaactgtccttccttttaataagcagtagacatttccgtttacac
tgggctacttgggagataagagatgtataatttttggagttctttcattc
ctaatttcttaaatgtcttttgaatttgttatactaaaaatgtaaacatt
ttgggctgtgctataatttccttaggtcttgtatatttagtttgatatat
ggatacttatttgacttgatatatatttgggggattagtaaaggatttta
ctgtcccacaatctggttctactactgcacataagtacctttagtcctgt
tgaggattcaccatgagtgtcaactacagttgagcagatgtagaattaca
gttaaaagaaatctgtgagcatgtctgttaaggattatttggattagaca
aattaagtgggaagactcactctcagtgtgagttatttcatttcacaggg
taggacctaaaactgatttaaaaggagaaaatgagcttctcacaaactct
cttcagtttcttcttcccaactgcaagcacagctgagtaaaggtcttgct
accatgaactctctgtggttatgtttgcaccctcacactgtgacctaaaa
caagccttcctttcctgaaggtgcttttgtcaggtgttttgttgaaaaaa
tatgcatgactaatacaaaaatttagtaacaagtatagggttacttttgt
gatgaacatgacaattaatatttaagcttgtggaacttcttgggatggag
gaacatagagagtttagaattttagctattaaaagctcttatatactaga
aacagagtttaa

gaattcaattctctgcaactcactcccattcttaaaggtacatgaacatt
tcagtagacattttctcaaaggagataaataattgacctatcaacacatg
aaaacccattgacatgaaggactatacaggaaactacaaagaaataacac
attacatataatgacatgtctgtaatatgaaaaataatgacaaatatttc
catggaaaataagtgtcgcagatattgggaaatagtttgaaaattatgca
gaaacttaaactgagttaacatctatcctggaacttctacctctaaagat
gctcataatatattcaatatatacatacatacacattctctctcacacac
acattgacatcaaacatatggcagcatagtttataataacttaaatatag
atataaaccaatatatattaactggcaaatagtgaagaaatttggtctag
ccatatgatagaatatttcattatcataaaaatgtagtgctgatacatac
cgtgccacagagcaattttgaaaattgctaagagtttcacactgtatgat
cacatttgtgtgaagtgcttagaatatgaaatttgtgacaatagtatttt
taggttctagaggagaatagcagtggctgctcatagggatggtatttcac
tgtggaagacaacactgctccagatctacataactgtggtcacataactt
tgtgactgcagtaatgaattacaatacatccgacggtttacttcctgata
tgtaaatctgtcatcaggaaaaggctcacattcatacttattttaaccta
agtaattatttgctgaataaataaaaagaaatattgtaaattatattttg
taaaatttaaatgtaaccacaaagaatgatttatttattgattaatattt
tcaagcactctgcatcctttcctccaatctcttgagacaaattagtaact
taagggacactatttccagagtttggcacagtattaaagatatgattgta
tttacttatggttaaatggtctgctacttgccctgcacacatcattttta
tatcacaaactgcagttactcattatcactgtgttaaactttccaaatat
acactgctacataagtttaggaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_18573068_18574066
seq2: B6Ng01-243L16.b_43_1041

seq1  GAATTCTATCACACAGTTCTTGTTCTCTTTTCTCCTCAATCAAACATCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATCACACAGTTCTTGTTCTCTTTTCTCCTCAATCAAACATCTC  50

seq1  GGTATATAGAATCATGCCACACACAATTAGGATTTTTCTTTCTACCTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATATAGAATCATGCCACACACAATTAGGATTTTTCTTTCTACCTCAA  100

seq1  TTAACCTAATCAAAGTAATACCTCAAAATAATGTCCATAGGCTTGTTATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCTAATCAAAGTAATACCTCAAAATAATGTCCATAGGCTTGTTATT  150

seq1  ATGCAATTCTAGATCCTGTCATATTTCACTACAAATACTATCACAGACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAATTCTAGATCCTGTCATATTTCACTACAAATACTATCACAGACAT  200

seq1  TATCTTAACTGTCCTTCCTTTTAATAAGCAGTAGACATTTCCGTTTACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTAACTGTCCTTCCTTTTAATAAGCAGTAGACATTTCCGTTTACAC  250

seq1  TGGGCTACTTGGGAGATAAGAGATGTATAATTTTTGGAGTTCTTTCATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTACTTGGGAGATAAGAGATGTATAATTTTTGGAGTTCTTTCATTC  300

seq1  CTAATTTCTTAAATGTCTTTTGAATTTGTTATACTAAAAATGTAAACATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTCTTAAATGTCTTTTGAATTTGTTATACTAAAAATGTAAACATT  350

seq1  TTGGGCTGTGCTATAATTTCCTTAGGTCTTGTATATTTAGTTTGATATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCTGTGCTATAATTTCCTTAGGTCTTGTATATTTAGTTTGATATAT  400

seq1  GGATACTTATTTGACTTGATATATATTTGGGGGATTAGTAAAGGATTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACTTATTTGACTTGATATATATTTGGGGGATTAGTAAAGGATTTTA  450

seq1  CTGTCCCACAATCTGGTTCTACTACTGCACATAAGTACCTTTAGTCCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCACAATCTGGTTCTACTACTGCACATAAGTACCTTTAGTCCTGT  500

seq1  TGAGGATTCACCATGAGTGTCAACTACAGTTGAGCAGATGTAGAATTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGATTCACCATGAGTGTCAACTACAGTTGAGCAGATGTAGAATTACA  550

seq1  GTTAAAAGAAATCTGTGAGCATGTCTGTTAAGGATTATTTGGATTAGACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAAGAAATCTGTGAGCATGTCTGTTAAGGATTATTTGGATTAGACA  600

seq1  AATTAAGTGGGAAGACTCACTCTCAGTGTGAGTTATTTCATTTCACAGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGTGGGAAGACTCACTCTCAGTGTGAGTTATTTCATTTCACAGGG  650

seq1  TAGGACCTAAAACTGATTTAAAAGGAGAAAATGAGCTTCTCACAAACTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACCTAAAACTGATTTAAAAGGAGAAAATGAGCTTCTCACAAACTCT  700

seq1  CTTCAGTTTCTTCTTCCCAACTGCAAGCACAGCTGAGTAAAGGTCTTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGTTTCTTCTTCCCAACTGCAAGCACAGCTGAGTAAAGGTCTTGCT  750

seq1  ACCATGAACTCTCTGTGGTTATGTTTGCACCCTCACACTGTGACCTAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGAACTCTCTGTGGTTATGTTTGCACCCTCACACTGTGACCTAAAA  800

seq1  CAAGCCTTCCTTTCCTGAAGGTGCTTTTGTCAGGTGTTTTGTTGAAAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCTTCCTTTCCTGAAGGTGCTTTTGTCAGGTGTTTTGTTGAAAAAA  850

seq1  TATGCATGACTAATACAAAAATTTAGTAACAAGTATAGGGTTACTTTTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATGACTAATACAAAAATTTAGTAACAAGTATAGGGTTACTTTTGT  900

seq1  GATGAACATGACAATTAATATTTAAGCTTGTGGAACTTCTT-GGATGGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GATGAACATGACAATTAATATTTAAGCTTGTGGAACTTCTTGGGATGGAG  950

seq1  GAACATAGAGAGTTTAGAATTTTAGGCTATTAAAAGCTCTTATATACTAG  999
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATAGAGAGTTTAGAATTTTA-GCTATTAAAAGCTCTTATATACTAG  999


seq1: chr5_18694134_18695257
seq2: B6Ng01-243L16.g_65_1188 (reverse)

seq1  TTTCCTAAACTAATTGTACCAAGTGTATATTTGGAAAGTTTAACACAGGT  50
      ||||||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTCCTAAACTTA-TGTAGC-AGTGTATATTTGGAAAGTTTAACACA-GT  47

seq1  GATAATGAGTAACTGCAGTTTGTGATATAAAAATGATGTGTGCAGGGCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATGAGTAACTGCAGTTTGTGATATAAAAATGATGTGTGCAGGGCAA  97

seq1  GTAGCAGACCATTTAACCATAAGTAAATACAATCATATCTTTAATACTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAGACCATTTAACCATAAGTAAATACAATCATATCTTTAATACTGT  147

seq1  GCCAAACTCTGG-AATAGTGT-CCTTAAGTTACTAATTTGTCTCAAGAGA  198
      |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAACTCTGGAAATAGTGTCCCTTAAGTTACTAATTTGTCTCAAGAGA  197

seq1  TTGGAGG-AAGGATGCAGAGTGCTTGAAAATATTAATCAATAAATAAATC  247
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGGAAAGGATGCAGAGTGCTTGAAAATATTAATCAATAAATAAATC  247

seq1  ATTCTTTGTGGTTACATTTAAATTTTACAAAATATAATTTACAATATTTC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTGTGGTTACATTTAAATTTTACAAAATATAATTTACAATATTTC  297

seq1  TTTTTATTTATTCAGCAAATAATTACTTAGGTTAAAATAAGTATGAATGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATTTATTCAGCAAATAATTACTTAGGTTAAAATAAGTATGAATGT  347

seq1  GAGCCTTTTCCTGATGACAGATTTACATATCAGGAAGTAAACCGTCGGAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTTTTCCTGATGACAGATTTACATATCAGGAAGTAAACCGTCGGAT  397

seq1  GTATTGTAATTCATTACTGCAGTCACAAAGTTATGTGACCACAGTTATGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGTAATTCATTACTGCAGTCACAAAGTTATGTGACCACAGTTATGT  447

seq1  AGATCTGGAGCAGTGTTGTCTTCCACAGTGAAATACCATCCCTATGAGCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGGAGCAGTGTTGTCTTCCACAGTGAAATACCATCCCTATGAGCA  497

seq1  GCCACTGCTATTCTCCTCTAGAACCTAAAAATACTATTGTCACAAATTTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTGCTATTCTCCTCTAGAACCTAAAAATACTATTGTCACAAATTTC  547

seq1  ATATTCTAAGCACTTCACACAAATGTGATCATACAGTGTGAAACTCTTAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCTAAGCACTTCACACAAATGTGATCATACAGTGTGAAACTCTTAG  597

seq1  CAATTTTCAAAATTGCTCTGTGGCACGGTATGTATCAGCACTACATTTTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTTCAAAATTGCTCTGTGGCACGGTATGTATCAGCACTACATTTTT  647

seq1  ATGATAATGAAATATTCTATCATATGGCTAGACCAAATTTCTTCACTATT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAATGAAATATTCTATCATATGGCTAGACCAAATTTCTTCACTATT  697

seq1  TGCCAGTTAATATATATTGGTTTATATCTATATTTAAGTTATTATAAACT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGTTAATATATATTGGTTTATATCTATATTTAAGTTATTATAAACT  747

seq1  ATGCTGCCATATGTTTGATGTCAATGTGTGTGTGAGAGAGAATGTGTATG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGCCATATGTTTGATGTCAATGTGTGTGTGAGAGAGAATGTGTATG  797

seq1  TATGTATATATTGAATATATTATGAGCATCTTTAGAGGTAGAAGTTCCAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATATATTGAATATATTATGAGCATCTTTAGAGGTAGAAGTTCCAG  847

seq1  GATAGATGTTAACTCAGTTTAAGTTTCTGCATAATTTTCAAACTATTTCC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATGTTAACTCAGTTTAAGTTTCTGCATAATTTTCAAACTATTTCC  897

seq1  CAATATCTGCGACACTTATTTTCCATGGAAATATTTGTCATTATTTTTCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATCTGCGACACTTATTTTCCATGGAAATATTTGTCATTATTTTTCA  947

seq1  TATTACAGACATGTCATTATATGTAATGTGTTATTTCTTTGTAGTTTCCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACAGACATGTCATTATATGTAATGTGTTATTTCTTTGTAGTTTCCT  997

seq1  GTATAGTCCTTCATGTCAATGGGTTTTCATGTGTTGATAGGTCAATTATT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGTCCTTCATGTCAATGGGTTTTCATGTGTTGATAGGTCAATTATT  1047

seq1  TATCTCCTTTGAGAAAATGTCTACTGAAATGTTCATGTACCTTTAAGAAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCCTTTGAGAAAATGTCTACTGAAATGTTCATGTACCTTTAAGAAT  1097

seq1  GGGAGTGAGTTGCAGAGAATTGAATTC  1124
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTGAGTTGCAGAGAATTGAATTC  1124


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |