BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-244J22
Chromosome5 (Build37)
Map Location 53,780,465 - 53,908,580
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041805, Lgi2, LOC545750, D5Ertd135e, Pi4k2b, Zcchc4, Anapc4, Slc34a2, 2310045A20Rik, 1810013D10Rik, LOC100041198
Downstream geneLOC100041911, Rbpj, Cckar, Tbc1d19, Stim2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-244J22.bB6Ng01-244J22.g
ACCGA053708GA053709
length1,173278
definitionB6Ng01-244J22.b B6Ng01-244J22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,780,465 - 53,781,661)(53,908,303 - 53,908,580)
sequence
gaattcactctgcagaccaggctggcctcagattcacagggatccagcag
tgacatatctaagctgagccaaattcatcctgtaatcttcaatatggctc
tagtgaacccaagatgacatctgagtttgcatgtcttggaactgtaggat
ctcagcctaacagacactctctgaggaccctgtgtgagtctattggctca
tctgtgatgacttcaaaatcaaactatcttgtccccttctccagtcctta
ctaatcagagcgaagataccataaaacctagaatgaggtttccacagtca
ttctgctcagtgcccattaactgaactcctactgcgtgcaacatactagg
atgggtaactaggccttttaaatgcatggaacttaagccctagcctgaag
gaacccttggccctcaggtggcaacagatgtgaccagggagagctgccac
gaagcagcctccgcatgtttttggactgtaatttttacccttcaaacttt
ttgaccctgctcctttgccaatagaatttcggggaacacatgttggtctg
gccatctatgtatctcgatccctggtgtgggcctggtgaaagggcttccc
tcagcctccatcccacttaattggacctgacagaagttaaataataaggt
tcgcaatgtccttaatttgtcggcagccaccacccaaggacttccatgat
gactctagggtgttacacagtgcctggctcagctcagcgccaggaccctc
tcaccccaacggccccactcttggtcttgatagaaaccaggcaagtctcc
ccatccgcattaattttcctttccctttctttttaacctcggggaagtgc
agtgcaagatgcctgcttgatcacatgcggctggcatgggactttccact
ggcccagagagttgttaacccaaagcgcagagatgtgcctttgcgcatgc
tcagagcagcactggctttagcggccagctagctcaggtctgcacactct
gcggtcctcacacattgtatgggagcagctctaccctagacccttccagg
cttctgacagacctggctactgaactaaggttctctgcaagcacatctga
ttggtaagaaatgataagatgctaagtgccattcattcttgaatggaaag
gtcaaacttcaaaactttatgtg
cacgctgaagagaggctgagagtctctgcgtatggtatgagcgtacacag
atgcatgcttgtgtgtctcttttaaaaagaataaccctaccagaaagaga
tggtctgcagagcagtaaccagggaacatggcaaatgaggatcgatggaa
gtgctaagcccagctgaaactacagccagattgctgagcgcagtatcagg
atttcttctacaagcacacgcctgaggtactgtcaagtccctcttccaga
tgaaaaatgaggaagggagggagggaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_53780465_53781661
seq2: B6Ng01-244J22.b_49_1221

seq1  GAATTCACTCTGCAGACCAGGCTGGCCTCAGATTCACAGGGATCCAGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGCAGACCAGGCTGGCCTCAGATTCACAGGGATCCAGCAG  50

seq1  TGACATATCTAAGCTGAGCCAAATTCATCCTGTAATCTTCAATATGGCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATATCTAAGCTGAGCCAAATTCATCCTGTAATCTTCAATATGGCTC  100

seq1  TAGTGAACCCAAGATGACATCTGAGTTTGCATGTCTTGGAACTGTAGGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAACCCAAGATGACATCTGAGTTTGCATGTCTTGGAACTGTAGGAT  150

seq1  CTCAGCCTAACAGACACTCTCTGAGGACCCTGTGTGAGTCTATTGGCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCTAACAGACACTCTCTGAGGACCCTGTGTGAGTCTATTGGCTCA  200

seq1  TCTGTGATGACTTCAAAATCAAACTATCTTGTCCCCTTCTCCAGTCCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGATGACTTCAAAATCAAACTATCTTGTCCCCTTCTCCAGTCCTTA  250

seq1  CTAATCAGAGCGAAGATACCATAAAACCTAGAATGAGGTTTCCACAGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCAGAGCGAAGATACCATAAAACCTAGAATGAGGTTTCCACAGTCA  300

seq1  TTCTGCTCAGTGCCCATTAACTGAACTCCTACTGCGTGCAACATACTAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTCAGTGCCCATTAACTGAACTCCTACTGCGTGCAACATACTAGG  350

seq1  ATGGGTAACTAGGCCTTTTAAATGCATGGAACTTAAGCCCTAGCCTGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTAACTAGGCCTTTTAAATGCATGGAACTTAAGCCCTAGCCTGAAG  400

seq1  GAACCCTTGGCCCTCAGGTGGCAACAGATGTGACCAGGGAGAGCTGCCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCTTGGCCCTCAGGTGGCAACAGATGTGACCAGGGAGAGCTGCCAC  450

seq1  GAAGCAGCCTCCGCATGTTTTTGGACTGTAATTTTTACCCTTCAAACTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGCCTCCGCATGTTTTTGGACTGTAATTTTTACCCTTCAAACTTT  500

seq1  TTGACCCTGCTCCTTTGCCAATAGAATTTCGGGGAACACATGTTGGTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCCTGCTCCTTTGCCAATAGAATTTCGGGGAACACATGTTGGTCTG  550

seq1  GCCATCTATGTATCTCGATCCCTGGTGTGGGCCTGGTGAAAGGGCTTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCTATGTATCTCGATCCCTGGTGTGGGCCTGGTGAAAGGGCTTCCC  600

seq1  TCAGCCTCCATCCCACTTAATTGGACCTGACAGAAGTTAAATAATAAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTCCATCCCACTTAATTGGACCTGACAGAAGTTAAATAATAAGGT  650

seq1  TCGCAATGTCCTTAATTTGTCGGCAGCCACCACCCAAGGACTTCCATGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCAATGTCCTTAATTTGTCGGCAGCCACCACCCAAGGACTTCCATGAT  700

seq1  GACTCTAGGGTGTTACACAGTGCCTGGCTCAGCTCAGCGCCAGGACCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTAGGGTGTTACACAGTGCCTGGCTCAGCTCAGCGCCAGGACCCTC  750

seq1  TCACCCCAACGGCCCCACTCTTGGTCTTGATAGAAACCAGGCAAGTCTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCCAACGGCCCCACTCTTGGTCTTGATAGAAACCAGGCAAGTCTCC  800

seq1  CCATCCGCATTAATTTTCCTTTCCCTTTCTTTTTAACCTCGGGGAAGTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCGCATTAATTTTCCTTTCCCTTTCTTTTTAACCTCGGGGAAGTGC  850

seq1  AGTGCAAGATGCCTGCTTGATCACATGCGGCTGGCATGGGACTTTCCACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCAAGATGCCTGCTTGATCACATGCGGCTGGCATGGGACTTTCCACT  900

seq1  GGCCCAGAGAGTTGTTAACCCAAAGCGCAGAGATGTGCCTTTGCGCATGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAGAGAGTTGTTAACCCAAAGCGCAGAGATGTGCCTTTGCGCATGC  950

seq1  TCAGAGCCAGCACTGGCTTTAGCGGCCAGCTAGCTCCAGGTCTGCACACT  1000
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCAGAG-CAGCACTGGCTTTAGCGGCCAGCTAGCT-CAGGTCTGCACACT  998

seq1  CTGCGGTCCTCACACATTGTATGGGAGGCAGCTTCTACCCAAGACCCTCC  1050
      |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| |
seq2  CTGCGGTCCTCACACATTGTATGGGA-GCAGC-TCTACCCTAGACCCTTC  1046

seq1  CAAGGCCTTCCTGACAGACCCCTGGGCTAACTTGACATAAAGTTTCTCTG  1100
      | ||||  | ||||||||||    |||||   ||| |  ||| |||||||
seq2  C-AGGC--TTCTGACAGACC---TGGCTA--CTGA-ACTAAGGTTCTCTG  1087

seq1  CAAGGCACCATCTGATTTTGTAAGAAAATGAT-AGATGGCTTTAAGTAGC  1149
      ||| ||| ||||||| || ||||| ||||||| |||||    |||||  |
seq2  CAA-GCA-CATCTGA-TTGGTAAG-AAATGATAAGATG---CTAAGTGCC  1130

seq1  AATTTAATTCTTGAATGGGAAAGTACAACATTCAAAAAAACTTATGTG  1197
      |  || |||||||||| ||||||  |||  |||  ||||  |||||||
seq2  A--TTCATTCTTGAAT-GGAAAGGTCAAACTTC--AAAACTTTATGTG  1173

seq1: chr5_53908303_53908580
seq2: B6Ng01-244J22.g_74_351 (reverse)

seq1  TCTCCCTCCCTCCCTTCCTCATTTTTCATCTGGAAGAGGGACTTGACAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTCCCTCCCTTCCTCATTTTTCATCTGGAAGAGGGACTTGACAGT  50

seq1  ACCTCAGGCGTGTGCTTGTAGAAGAAATCCTGATACTGCGCTCAGCAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAGGCGTGTGCTTGTAGAAGAAATCCTGATACTGCGCTCAGCAATC  100

seq1  TGGCTGTAGTTTCAGCTGGGCTTAGCACTTCCATCGATCCTCATTTGCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGTAGTTTCAGCTGGGCTTAGCACTTCCATCGATCCTCATTTGCCA  150

seq1  TGTTCCCTGGTTACTGCTCTGCAGACCATCTCTTTCTGGTAGGGTTATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCTGGTTACTGCTCTGCAGACCATCTCTTTCTGGTAGGGTTATTC  200

seq1  TTTTTAAAAGAGACACACAAGCATGCATCTGTGTACGCTCATACCATACG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAAAGAGACACACAAGCATGCATCTGTGTACGCTCATACCATACG  250

seq1  CAGAGACTCTCAGCCTCTCTTCAGCGTG  278
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACTCTCAGCCTCTCTTCAGCGTG  278