BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-253O23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 50,307,217 - 50,476,104
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpr125
Upstream geneLOC100041668, LOC100041659, EG433885, LOC666223
Downstream geneEG637307, LOC100041015, LOC242987, EG624734, LOC666265
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-253O23.bB6Ng01-253O23.g
ACCGA060533GA060534
length1,1941,117
definitionB6Ng01-253O23.b B6Ng01-253O23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,474,909 - 50,476,104)(50,307,217 - 50,308,315)
sequence
gaattctcttctgtgttctgataaggaaaatgataagatgtatgttattg
gctaaggaatatatgtcctactgatcactgatgctgcagccatagaaccc
caagttctgcagaggcaccagcttacacatcctttgcaacagcacatgaa
gcagttatctaagtgctctctttacagatgacatagctatgtgatttagt
tgtttaaggtcacaaggctgaacaaggctaaaaggttaaaaaatcagaat
acaaaatcatttaatttatctatctttaatttttttctgggcgtttgatc
acaatgacataaaagtctaactaataaacacacacacacaccttcctgga
gcttcaagactgatttcaaattattaaaaattctttaaatagtgttgctt
ggctgtaccttttgaacaaaccaatgtgaaggcaaatgaatatgaccatt
aggagcaatttctaaactaaatgtatagcaatttattttcaattttatat
taactttttcaaaaatatgaaattagacaacaccatttatgctaccatgg
catgcatccatttccccagttcacaattatctacattgatgttaatcata
ttcatgagccaagcctacctcataacccccatgagacaattcgatactag
tagtagttggtataaccttttatccataagtttgaccttaacacccagga
aagcaacatgccctgacaaggtacaagcacatagagctctgcattctcta
gtatcagcagacctgcaagcatgagcaaatgttaaatcatgataattatc
ttacagaaggataagagcctatgttggtcaagtagaggcacgggaggctg
gaacaggaagctgagagagcttctatccttatgctgtaagcacaaggctg
agagagcaacaacagcagagtctttaaactctcagagcctaccaggatta
tcttgctgggagaagccttccatattaaggcttgaaggtatccttaccag
agtatggggagatctttactatatatatatatatattatacatacatact
ctagtaattatatagtatatcaacagtcttttttgaatgctgtaatatgc
ctgcatatggtacaatgccagtgaactggcattcttggcaaggatgagga
agtacattcacggcatctgccaatctctagagagcgcccatttg

gaattcctgcagatggtcagcccatctttaaacaacatggattaaagaca
aactaagtcagtgtggcgtgtggtacatgtgtctgatctgacttctgtgc
tgatatagtatttgcatcaatggtcatttactagtgttgcccactttaga
aatctgctgatggccgcatggtcagtgtgtgattacagtcaatgaatctc
tttcacttctgctgatggattctatttcttgagagttcaaaacaacccaa
caatagtcccattggactaaacctggagtattttttaaatatacaaaaat
gaactgtgtaacatgtataaaataattaaaacaaacaaataaatattcat
acaatgagcttaacaccttcttcatttccaatcccttttcactgaagaat
tgagagggctgaagggtaacacagtgggcaaagtacttgctttgtaagca
tgaagatgtggtgtgacaggtacttgtaatctcaagtctggaaagagaga
gacaggtagatccctggggattgctggatattcagtgagagctatttagt
gtatctcaggacagtgagataccctgtcccaaaacagaagcaaagcaaag
caaaacaaaacaaacaaaagcaaaacaagtgacttctaaacaaacacaca
gacacacagacacacacagacacacacagacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacacacatacacacctcccttactttt
ccccaggtgaatgtaggactcctgtttttgttctgttgctgcatgaatta
tgtctgttccttgacttggtttactaaggtctacacatttcccatctttc
tcatggctgttaacatcaattccaacatctgggaaaatgtgctaacctct
tttacactttagactgtctggaattgctcctgaaagtttgggtttttttt
ttttttaatcaactatattcatctatgagtttcatttgtcatactccaat
ttagtcttatgcagaatgaacatcgacttaaaaatacaattttcctcctc
atatgggcaaggcattgtttggctagatcagtgttgacaaacctgggaag
acaggacaccattcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_50474909_50476104
seq2: B6Ng01-253O23.b_46_1239 (reverse)

seq1  CAAATGGG----CTCTAGAGATATGCAGATGGC-TGAATGTCCTCTCCTC  45
      ||||||||    ||||||||||  ||||||| | ||||||| || |||||
seq2  CAAATGGGCGCTCTCTAGAGATTGGCAGATGCCGTGAATGTACT-TCCTC  49

seq1  ATCCTTTGCCAAGAAT-CCAGTTCACTGCATTTGTACAATATGCA-GCAT  93
      |||| ||||||||||| |||||||||||   |||||| ||||||| ||||
seq2  ATCC-TTGCCAAGAATGCCAGTTCACTGGCATTGTACCATATGCAGGCAT  98

seq1  A-TACAGCATCAAAAAAAGATTGTATATATATATATATATATATATATAT  142
      | ||||||||  |||||||| |||  |||||  |||||| ||   || | 
seq2  ATTACAGCATTCAAAAAAGACTGTTGATATA-CTATATA-ATTACTAGA-  145

seq1  GTATGTATGTATATATATATATATATATATATGTAAAGATCTTCCCCATA  192
      ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| 
seq2  GTATGTATGTATA-ATATATATATATATATA-GTAAAGATC-TCCCCAT-  191

seq1  ACTCTTGGTAAGGATACC-TCAAGCCTT-ATATGGAAGGCTTTCTCCCAG  240
      |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  ACTC-TGGTAAGGATACCTTCAAGCCTTAATATGGAAGGC-TTCTCCCAG  239

seq1  CAAGATAATCCTGGTAGGCTCTGAGAGTTTAAAGACTCCTGCTGTTGTTG  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CAAGATAATCCTGGTAGGCTCTGAGAGTTTAAAGACT-CTGCTGTTGTTG  288

seq1  CTCTCTCAGCCTTGTGCTTACAGCATAAGGATAGAAGCTCTCTCAGCTTC  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCAGCCTTGTGCTTACAGCATAAGGATAGAAGCTCTCTCAGCTTC  338

seq1  CTGTTCCAGCCTCCCGTGCCTCTACTTGACCAACATAGGCTCTTATCCTT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCCAGCCTCCCGTGCCTCTACTTGACCAACATAGGCTCTTATCCTT  388

seq1  CTGTAAGATAATTATCATGATTTAACATTTGCTCATGCTTGCAGGTCTGC  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGATAATTATCATGATTTAACATTTGCTCATGCTTGCAGGTCTGC  438

seq1  TGATACTAGAGAATGCAGAGCTCTATGTGCTTGTACCTTGTCAGGGCATG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACTAGAGAATGCAGAGCTCTATGTGCTTGTACCTTGTCAGGGCATG  488

seq1  TTGCTTTCCTGGGTGTTAAGGTCAAACTTATGGATAAAAGGTTATACCAA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTCCTGGGTGTTAAGGTCAAACTTATGGATAAAAGGTTATACCAA  538

seq1  CTACTACTAGTATCGAATTGTCTCATGGGGGTTATGAGGTAGGCTTGGCT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTACTAGTATCGAATTGTCTCATGGGGGTTATGAGGTAGGCTTGGCT  588

seq1  CATGAATATGATTAACATCAATGTAGATAATTGTGAACTGGGGAAATGGA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAATATGATTAACATCAATGTAGATAATTGTGAACTGGGGAAATGGA  638

seq1  TGCATGCCATGGTAGCATAAATGGTGTTGTCTAATTTCATATTTTTGAAA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCCATGGTAGCATAAATGGTGTTGTCTAATTTCATATTTTTGAAA  688

seq1  AAGTTAATATAAAATTGAAAATAAATTGCTATACATTTAGTTTAGAAATT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAATATAAAATTGAAAATAAATTGCTATACATTTAGTTTAGAAATT  738

seq1  GCTCCTAATGGTCATATTCATTTGCCTTCACATTGGTTTGTTCAAAAGGT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTAATGGTCATATTCATTTGCCTTCACATTGGTTTGTTCAAAAGGT  788

seq1  ACAGCCAAGCAACACTATTTAAAGAATTTTTAATAATTTGAAATCAGTCT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCAAGCAACACTATTTAAAGAATTTTTAATAATTTGAAATCAGTCT  838

seq1  TGAAGCTCCAGGAAGGTGTGTGTGTGTGTTTATTAGTTAGACTTTTATGT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTCCAGGAAGGTGTGTGTGTGTGTTTATTAGTTAGACTTTTATGT  888

seq1  CATTGTGATCAAACGCCCAGAAAAAAATTAAAGATAGATAAATTAAATGA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTGATCAAACGCCCAGAAAAAAATTAAAGATAGATAAATTAAATGA  938

seq1  TTTTGTATTCTGATTTTTTAACCTTTTAGCCTTGTTCAGCCTTGTGACCT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTATTCTGATTTTTTAACCTTTTAGCCTTGTTCAGCCTTGTGACCT  988

seq1  TAAACAACTAAATCACATAGCTATGTCATCTGTAAAGAGAGCACTTAGAT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAACTAAATCACATAGCTATGTCATCTGTAAAGAGAGCACTTAGAT  1038

seq1  AACTGCTTCATGTGCTGTTGCAAAGGATGTGTAAGCTGGTGCCTCTGCAG  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCTTCATGTGCTGTTGCAAAGGATGTGTAAGCTGGTGCCTCTGCAG  1088

seq1  AACTTGGGGTTCTATGGCTGCAGCATCAGTGATCAGTAGGACATATATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGGGGTTCTATGGCTGCAGCATCAGTGATCAGTAGGACATATATTC  1138

seq1  CTTAGCCAATAACATACATCTTATCATTTTCCTTATCAGAACACAGAAGA  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCCAATAACATACATCTTATCATTTTCCTTATCAGAACACAGAAGA  1188

seq1  GAATTC  1196
      ||||||
seq2  GAATTC  1194


seq1: chr5_50307217_50308315
seq2: B6Ng01-253O23.g_68_1184

seq1  GAATTCCTGCAGATGGTCAGCCCATCTTTAAACAACATGGATTAAAGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCAGATGGTCAGCCCATCTTTAAACAACATGGATTAAAGACA  50

seq1  AACTAAGTCAGTGTGGCGTGTGGTACATGTGTCTGATCTGACTTCTGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAGTCAGTGTGGCGTGTGGTACATGTGTCTGATCTGACTTCTGTGC  100

seq1  TGATATAGTATTTGCATCAATGGTCATTTACTAGTGTTGCCCACTTTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATAGTATTTGCATCAATGGTCATTTACTAGTGTTGCCCACTTTAGA  150

seq1  AATCTGCTGATGGCCGCATGGTCAGTGTGTGATTACAGTCAATGAATCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGCTGATGGCCGCATGGTCAGTGTGTGATTACAGTCAATGAATCTC  200

seq1  TTTCACTTCTGCTGATGGATTCTATTTCTTGAGAGTTCAAAACAACCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTTCTGCTGATGGATTCTATTTCTTGAGAGTTCAAAACAACCCAA  250

seq1  CAATAGTCCCATTGGACTAAACCTGGAGTATTTTTTAAATATACAAAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGTCCCATTGGACTAAACCTGGAGTATTTTTTAAATATACAAAAAT  300

seq1  GAACTGTGTAACATGTATAAAATAATTAAAACAAACAAATAAATATTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGTGTAACATGTATAAAATAATTAAAACAAACAAATAAATATTCAT  350

seq1  ACAATGAGCTTAACACCTTCTTCATTTCCAATCCCTTTTCACTGAAGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGAGCTTAACACCTTCTTCATTTCCAATCCCTTTTCACTGAAGAAT  400

seq1  TGAGAGGGCTGAAGGGTAACACAGTGGGCAAAGTACTTGCTTTGTAAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGGCTGAAGGGTAACACAGTGGGCAAAGTACTTGCTTTGTAAGCA  450

seq1  TGAAGATGTGGTGTGACAGGTACTTGTAATCTCAAGTCTGGAAAGAGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATGTGGTGTGACAGGTACTTGTAATCTCAAGTCTGGAAAGAGAGA  500

seq1  GACAGGTAGATCCCTGGGGATTGCTGGATATTCAGTGAGAGCTATTTAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGTAGATCCCTGGGGATTGCTGGATATTCAGTGAGAGCTATTTAGT  550

seq1  GTATCTCAGGACAGTGAGATACCCTGTCCCAAAACAGAAGCAAAGCAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTCAGGACAGTGAGATACCCTGTCCCAAAACAGAAGCAAAGCAAAG  600

seq1  CAAAACAAAACAAACAAAAGCAAAACAAGTGACTTCTAAACAAACACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAAACAAACAAAAGCAAAACAAGTGACTTCTAAACAAACACACA  650

seq1  GACACACAGACACACACAGACACACACAGACACACACACACACACACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACAGACACACACAGACACACACAGACACACACACACACACACACA  700

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACATACACACCTCCCTTACTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACATACACACCTCCCTTACTTTT  750

seq1  CCCCAGGTGAATGTAGGACTCCTGTTTTTGTTCTGTTGCTGCATGAATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGTGAATGTAGGACTCCTGTTTTTGTTCTGTTGCTGCATGAATTA  800

seq1  TGTCTGTTCCTTGACTTGGTTTACTAAGGTCTACACA-TTCCCATCTTTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGTCTGTTCCTTGACTTGGTTTACTAAGGTCTACACATTTCCCATCTTTC  850

seq1  TCATGGCTGTTAACATCAATTCCAACATCTGGGAAAATGTGCTAACCTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGCTGTTAACATCAATTCCAACATCTGGGAAAATGTGCTAACCTCT  900

seq1  TTTACACTTTAGACTGTCTGGAATTGCTCCTGAAGGTTTGG---TTTTTT  946
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||
seq2  TTTACACTTTAGACTGTCTGGAATTGCTCCTGAAAGTTTGGGTTTTTTTT  950

seq1  TTTTTTAATCAACTATATTCATCTATGAGTTTCATTGTTCATACTCCAA-  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| 
seq2  TTTTTTAATCAACTATATTCATCTATGAGTTTCATTTGTCATACTCCAAT  1000

seq1  TTAGTCTTATGCAGAATG-ACATCGACTT-AAAATAC-ATTTTCCT-CTC  1041
      |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||
seq2  TTAGTCTTATGCAGAATGAACATCGACTTAAAAATACAATTTTCCTCCTC  1050

seq1  ATAT-GGCAA-GCA-TGTT--GCTAGATCCAGTGTTGACAAA-CTGG--A  1083
      |||| ||||| ||| ||||  ||||||| ||||||||||||| ||||  |
seq2  ATATGGGCAAGGCATTGTTTGGCTAGAT-CAGTGTTGACAAACCTGGGAA  1099

seq1  GACA-GACACCA-TCTTT  1099
      |||| ||||||| |||||
seq2  GACAGGACACCATTCTTT  1117


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |