BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257F21
Chromosome5 (Build37)
Map Location 15,709,801 - 15,840,467
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCacna2d1
Upstream genePclo, ENSMUSG00000033219, LOC624245, Speer8-ps1, Speer4c, Speer4d, 4930572O03Rik, Speer7-ps1, 4930519H02Rik, LOC100041781
Downstream geneLOC668121, Hgf, EG668131, LOC626390
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257F21.bB6Ng01-257F21.g
ACCGA063086GA063087
length1,0811,178
definitionB6Ng01-257F21.b B6Ng01-257F21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,709,801 - 15,710,875)(15,839,298 - 15,840,467)
sequence
gaattcaggacctctggaagaccagccagtgttcttaactgctgagccat
ctctctagccacatctggaaatccttgaggactctgttttctgataataa
cttagtgatattttataacgtctttgcttctttatttcaatcaaaaatgt
ctctatataccttgtagctataaaataaatccctactcatagccaggaat
aaggaagtggtgtccaaaataggtatagaattgatgtccagcagggattg
cagaatatgttcagagtcatgacttgaaacagaaatgaaagtataacgtg
gtttgattgtttgactagttacaactagaaagtatgtaagatgcgagcct
tgctgaaaataggaccgtctggccacatatagttacactcttccattctc
tgttgacatattcacttctctcattaactgatcacaaagtgctatagttt
ttcaaattgaatgctatagaattatttttaaaataggttcacatagcaag
ttccttttctaagaaaacagtggccttccttcccccacagtgttctggga
gcttataacttatggttgactttgtagaaaatgcctccactgtagtacta
tggacatcagtcttgatcttaaaggctcctgctcagtattcttccctttg
ctgctgtttttgttaaaattaacacacacacacacacacacacacacaca
cacatacacacatatgtatacatatatacacatatacaaacacacatata
catacgtatacatatatacacagatatacatacatatatacacatataca
tacatacatacacacacacacacacacacacacacacacatatatatata
tatatatatatatatatatatatatatatatatatacacatatgatttcc
acttacaaaatttcagaatgcagctccattagtttgtctgaaacagcaag
gcatacatgtgtgactgctgtgatcactctggaagaaagcacaaggtctt
ttcaggggtaccactgtcaggtggtgaatcactgacctgccttcaatgag
ccttaatattgttcaaagccacaattcatca
gaattcaaaatgagaatttccaagaagataatgaataacaagaagaaaca
ttttactattacaaatatgtgggattcaggatcaaagagtaagctggaaa
ctctgagaagatttagagcaatacaaaaaagtagctgggcatggtggaac
acatctttaatcccagcaggcagcaggcagaagcaagcagatctctgagt
tcaaggacagcttggtctactaagtgagttccaggtcaggcaagggatac
acagagaatccatatcataaaaaacaccaaagagagaggaagcatagaaa
gctactgagcttgaattaaggagtgaatcatctcacagattattgaatat
gggactgtctaggttgtaaaggtgagaaaaaggtgaatagaaagctattc
agcagcgctaacattttataaaacatactatgaagaacaaaagtgcacta
ttacttttaagctaagccacaacattaatgacaactattaagttaaattg
aaataaaagagcaagtcaatgaaagttatataaattattatagggattac
atcaacttttattactattatcattaagtaaacttatcatttctaaatat
tatactgctagctactttccaccttttgaattgtattgtaaaaaccagac
actgtaattcatttctctgttgcagggagtcatttttccattgaaaaatc
tactgaacatagcaaaattaagaattcatacttctctattgaaaactaac
taccaaatattagaaaaaagtgcactgaattgaataatcctttataaaag
tcattttcaaatatgggtaaatacctgtaatctgtgccattgacaggcgt
ccatgtgtatgttcgatttcctttgtcaatgtatctctagaaagttaaat
ataattgttattaccatttttctatatgaatttatagaaaaagtaaacat
acattctgtggttactcaacatcttttttaacagttaaaaataatattcc
attatacatttaaaaaatgttattcattctcattaagttaaaagtttggg
aacagaactaagtactcaatgatacaggtttacagatttataaggcaaat
ttatgaatgaaataggacctataaaataattagattacgtcaaatattga
actaggtagagcattgtttttaagaatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_15709801_15710875
seq2: B6Ng01-257F21.b_46_1126

seq1  GAATTCAGGACCTCTGGAAGACCAGCCAGTGTTCTTAACTGCTGAGCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGACCTCTGGAAGACCAGCCAGTGTTCTTAACTGCTGAGCCAT  50

seq1  CTCTCTAGCCACATCTGGAAATCCTTGAGGACTCTGTTTTCTGATAATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTAGCCACATCTGGAAATCCTTGAGGACTCTGTTTTCTGATAATAA  100

seq1  CTTAGTGATATTTTATAACGTCTTTGCTTCTTTATTTCAATCAAAAATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTGATATTTTATAACGTCTTTGCTTCTTTATTTCAATCAAAAATGT  150

seq1  CTCTATATACCTTGTAGCTATAAAATAAATCCCTACTCATAGCCAGGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATATACCTTGTAGCTATAAAATAAATCCCTACTCATAGCCAGGAAT  200

seq1  AAGGAAGTGGTGTCCAAAATAGGTATAGAATTGATGTCCAGCAGGGATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGTGGTGTCCAAAATAGGTATAGAATTGATGTCCAGCAGGGATTG  250

seq1  CAGAATATGTTCAGAGTCATGACTTGAAACAGAAATGAAAGTATAACGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATATGTTCAGAGTCATGACTTGAAACAGAAATGAAAGTATAACGTG  300

seq1  GTTTGATTGTTTGACTAGTTACAACTAGAAAGTATGTAAGATGCGAGCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGATTGTTTGACTAGTTACAACTAGAAAGTATGTAAGATGCGAGCCT  350

seq1  TGCTGAAAATAGGACCGTCTGGCCACATATAGTTACACTCTTCCATTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAAAATAGGACCGTCTGGCCACATATAGTTACACTCTTCCATTCTC  400

seq1  TGTTGACATATTCACTTCTCTCATTAACTGATCACAAAGTGCTATAGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGACATATTCACTTCTCTCATTAACTGATCACAAAGTGCTATAGTTT  450

seq1  TTCAAATTGAATGCTATAGAATTATTTTTAAAATAGGTTCACATAGCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATTGAATGCTATAGAATTATTTTTAAAATAGGTTCACATAGCAAG  500

seq1  TTCCTTTTCTAAGAAAACAGTGGCCTTCCTTCCCCCACAGTGTTCTGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTTCTAAGAAAACAGTGGCCTTCCTTCCCCCACAGTGTTCTGGGA  550

seq1  GCTTATAACTTATGGTTGACTTTGTAGAAAATGCCTCCACTGTAGTACTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATAACTTATGGTTGACTTTGTAGAAAATGCCTCCACTGTAGTACTA  600

seq1  TGGACATCAGTCTTGATCTTAAAGGCTCCTGCTCAGTATTCTTCCCTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACATCAGTCTTGATCTTAAAGGCTCCTGCTCAGTATTCTTCCCTTTG  650

seq1  CTGCTGTTTTTGTTAAAATTAACACACACACACACACACACACACACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTTTTTGTTAAAATTAACACACACACACACACACACACACACACA  700

seq1  CACATACACACATATGTATACATATATACACATATACAAACACACATATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACACACATATGTATACATATATACACATATACAAACACACATATA  750

seq1  CATACGTATACATATATACACAGATATACATACATATATACACATATACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACGTATACATATATACACAGATATACATACATATATACACATATACA  800

seq1  TACATACATACACACACACACACACACACACACACACACATATATATATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACATACACACACACACACACACACACACACACACATATATATATA  850

seq1  TATATATATATATATATATATATATATATATATATACACATATGATTTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATATATATATATATATATATATACACATATGATTTCC  900

seq1  ACTTACAAAATTTCAGAATGCAGCTCCATTAGTTTGTCTG-AACAGCAAG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACTTACAAAATTTCAGAATGCAGCTCCATTAGTTTGTCTGAAACAGCAAG  950

seq1  GCATACATGTGTGACTGCTGTGAACACTCTGGAAGAAAGCAC-AGGCCTT  998
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||
seq2  GCATACATGTGTGACTGCTGTGATCACTCTGGAAGAAAGCACAAGGTCTT  1000

seq1  TCAGGGGGTACCACTGTCAGGT-GTGAATCACTGACCTGCCCTCCATGAG  1047
      |   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||
seq2  TTCAGGGGTACCACTGTCAGGTGGTGAATCACTGACCTGCCTTCAATGAG  1050

seq1  C--TTATATTG-TCAAAGCCACAATTCATCA  1075
      |  | |||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCTTAATATTGTTCAAAGCCACAATTCATCA  1081

seq1: chr5_15839298_15840467
seq2: B6Ng01-257F21.g_66_1243 (reverse)

seq1  CATTCTTAAA---CATGCTCTACTATGGTCAATATTTGAACCTTATCTAA  47
      ||||||||||    |||||||||   | |||||||||| || | ||||||
seq2  CATTCTTAAAAACAATGCTCTACCTAGTTCAATATTTG-ACGTAATCTAA  49

seq1  -TATTTTATA-GTTCTATTTCATCATTAAATTTG-CTTATAAATCTGT-A  93
       ||||||||| || |||||||||   |||||||| ||||||||||||| |
seq2  TTATTTTATAGGTCCTATTTCATTCATAAATTTGCCTTATAAATCTGTAA  99

seq1  ACCTGTATCATTTGAGTACTTAGTTCTGTT-CCAAACTTTT-ACTTAATG  141
      |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  ACCTGTATCA-TTGAGTACTTAGTTCTGTTCCCAAACTTTTAACTTAATG  148

seq1  AGAATGAATAACATTTTTTAAATGTATAATGGAATA-TATTTTTAACTTG  190
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  AGAATGAATAACATTTTTTAAATGTATAATGGAATATTATTTTTAAC-TG  197

seq1  TTAAAAAAGATGTTGAGTAACCACAGAATGTATGTTTACTTTTTCTATAA  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAAGATGTTGAGTAACCACAGAATGTATGTTTACTTTTTCTATAA  247

seq1  ATTCATATAG-AAAATGGTAATAACAATTATATTTAACTTTCTAGAGATA  289
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATATAGAAAAATGGTAATAACAATTATATTTAACTTTCTAGAGATA  297

seq1  CATTGACAAAGGAAATCGAACATACACATGGACGCCTGTCAATGGCACAG  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGACAAAGGAAATCGAACATACACATGGACGCCTGTCAATGGCACAG  347

seq1  ATTACAGGTATTTACCCATATTTGAAAATGACTTTTATAAAGGATTATTC  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGGTATTTACCCATATTTGAAAATGACTTTTATAAAGGATTATTC  397

seq1  AATTCAGTGCACTTTTTTCTAATATTTGGTAGTTAGTTTTCAATAGAGAA  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGTGCACTTTTTTCTAATATTTGGTAGTTAGTTTTCAATAGAGAA  447

seq1  GTATGAATTCTTAATTTTGCTATGTTCAGTAGATTTTTCAATGGAAAAAT  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAATTCTTAATTTTGCTATGTTCAGTAGATTTTTCAATGGAAAAAT  497

seq1  GACTCCCTGCAACAGAGAAATGAATTACAGTGTCTGGTTTTTACAATACA  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCCTGCAACAGAGAAATGAATTACAGTGTCTGGTTTTTACAATACA  547

seq1  ATTCAAAAGGTGGAAAGTAGCTAGCAGTATAATATTTAGAAATGATAAGT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAAAGGTGGAAAGTAGCTAGCAGTATAATATTTAGAAATGATAAGT  597

seq1  TTACTTAATGATAATAGTAATAAAAGTTGATGTAATCCCTATAATAATTT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTAATGATAATAGTAATAAAAGTTGATGTAATCCCTATAATAATTT  647

seq1  ATATAACTTTCATTGACTTGCTCTTTTATTTCAATTTAACTTAATAGTTG  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAACTTTCATTGACTTGCTCTTTTATTTCAATTTAACTTAATAGTTG  697

seq1  TCATTAATGTTGTGGCTTAGCTTAAAAGTAATAGTGCACTTTTGTTCTTC  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAATGTTGTGGCTTAGCTTAAAAGTAATAGTGCACTTTTGTTCTTC  747

seq1  ATAGTATGTTTTATAAAATGTTAGCGCTGCTGAATAGCTTTCTATTCACC  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTATGTTTTATAAAATGTTAGCGCTGCTGAATAGCTTTCTATTCACC  797

seq1  TTTTTCTCACCTTTACAACCTAGACAGTCCCATATTCAATAATCTGTGAG  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTCACCTTTACAACCTAGACAGTCCCATATTCAATAATCTGTGAG  847

seq1  ATGATTCACTCCTTAATTCAAGCTCAGTAGCTTTCTATGCTTCCTCTCTC  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTCACTCCTTAATTCAAGCTCAGTAGCTTTCTATGCTTCCTCTCTC  897

seq1  TTTGGTGTTTTTTATGATATGGATTCTCTGTGTATCCCTTGCCTGACCTG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGTTTTTTATGATATGGATTCTCTGTGTATCCCTTGCCTGACCTG  947

seq1  GAACTCACTTAGTAGACCAAGCTGTCCTTGAACTCAGAGATCTGCTTGCT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCACTTAGTAGACCAAGCTGTCCTTGAACTCAGAGATCTGCTTGCT  997

seq1  TCTGCCTGCTGCCTGCTGGGATTAAAGATGTGTTCCACCATGCCCAGCTA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTGCTGCCTGCTGGGATTAAAGATGTGTTCCACCATGCCCAGCTA  1047

seq1  CTTTTTTGTATTGCTCTAAATCTTCTCAGAGTTTCCAGCTTACTCTTTGA  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTGTATTGCTCTAAATCTTCTCAGAGTTTCCAGCTTACTCTTTGA  1097

seq1  TCCTGAATCCCACATATTTGTAATAGTAAAATGTTTCTTCTTGTTATTCA  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAATCCCACATATTTGTAATAGTAAAATGTTTCTTCTTGTTATTCA  1147

seq1  TTATCTTCTTGGAAATTCTCATTTTGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTCTTGGAAATTCTCATTTTGAATTC  1178