BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261D14
Chromosome5 (Build37)
Map Location 67,125,280 - 67,301,059
singlet/doubletdoublet
Overlap gene3732412D22Rik, LOC624662
Upstream gene1700022K14Rik, LOC384261, B3bp, LOC100041809, Rhoh, LOC626641, EG666827, Chrna9, 9130230L23Rik, BC013481, LOC626714, LOC666854, LOC100042394, Nsun7, Apbb2, Uchl1, LOC100041876
Downstream genePhox2b, Tmem33, Slc30a9, EG666938, C330024D21Rik, D830007B15Rik, Atp8a1, LOC100042458
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261D14.bB6Ng01-261D14.g
ACCGA065947GA065948
length1,1331,003
definitionB6Ng01-261D14.b B6Ng01-261D14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,299,947 - 67,301,059)(67,125,280 - 67,126,277)
sequence
gaattcagataacattttaactcttacctttttgtaaacaggaaacagat
cttttaaatacttttttaggggtgtgtgtgtgtgtgcctgtgtgtgattc
tgtgttgtgtacatgtatatggcatgtacatatgtgtgcttccccacccc
cactaccatggacaggcatggagggactagaggagacattgggggtgtct
ttctctattgccttttgacttattgccttgagacaagggtctctcactga
atcaatagcttcccatttcagctagacacgccagccagtgctttccaagg
atctgcctattaaagctcacggccttgtctagttttttcatatgggtgtt
ggggattcaaactcaggtcctcatgcttgcacagcaaatgcttacccact
tgactgtcccctcaaccgaggacacagatgtttaaacatcagagggatgc
taactgtcattaacaccattgacaggtagagagcattcagctgaagtttg
ccatcactaatagtaagaaccccaggcagcctagtgagaaagactccagc
cccaagtctcacgggtgtcatgcgcgctgagatcattccatattctttcc
tttcacaaatagggacattcgtgctcttctgctttggagacaaagcctgg
cctgcaccacaggatgctctcctaagagagggctgctctcctaagagatg
gctacagggctgctctcctaaggtcttggctggaagccacactgcgttcc
ctggtccttctgcctttattatggaaaccagatccccatgactgtgctcc
aatagggaagaaaactgggtggagatgtaagccctggtccaggtaaaggc
tgctgctagccatgagaggcgcagcccagcatccgccaagtgttgcgtct
gcaaggcattgagtagttcattttttacgaaactgggcaaaggtctataa
attaaaaatataactatagaaaatcagaatgaccttggggaaggatcaaa
gcttgatcaattaatactttgggatagggccaggccatgggtccattaaa
ccaacggaaatttttctttttaacactgggagaaaatctaaccaggggtc
ttagaaggttttttttgatgctgttgtgtttgt
gaattcctgaactccagaagtggaaacaagaagaccagcctttttagctg
gctaagatgtgaggggtttctgccacccatttctacagccgtgaagtatg
tcatgccttctcaaatgatgaactgaagccataagccagaacaaattctt
cctccccaaggtcgcttcagtcaggtatttgtcacatatatgagaaaacc
taagtaatgcatacatacaacgcaggcacatgttacgtgtaggacgtgca
tttggccttccctgtagagtggtctctgccatccacctgtccgtctatcc
cctgcactaagttgctaactgccaagacgtgagtgctgatctcactacta
caccttgaacaacagtgcagcattaacatacactgtagtgataagaagaa
tacatatgtcaggggctggagagatagctcagcatttaaaagtgtctatt
tttctttgagaggatctgagaataattctgagcggccacatcacaggctt
tgaacttgctatcctcctgcctcagcggtccagtttctgggattttaggc
gcctgatgaaatacccggttgcaggctacattctaaatgaatttcttagc
ttggtgtggcgaggtgcttggaccacgatcacgtatagtttgtttataaa
gaggattggatttacttttacttatggtcaaaggaggctcatcgctacct
cttgcttcacaaacccagaactcaggtcataacaaggaagtcatctgctt
atttcttgtgtggtgatgacggaatattttcttgatccaatctctttttg
aaagagagataggtagctatagatagatagatagatagatagatagataa
gatagagtgcttcatttttaatgccccacatggcataggctcagagcatc
agatgttagtggctaagccagggagaggccttggaaccatgacatctgct
cagacctgtcaaatgggcagtccgggggctcactgctcttgtcttcatgt
ttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_67299947_67301059
seq2: B6Ng01-261D14.b_42_1174 (reverse)

seq1  ACAAACA----------AAAAAAAACC-TCTAAGAACCCTGG-TAAATTT  38
      |||||||          |||||||||| ||||||| |||||| || ||||
seq2  ACAAACACAACAGCATCAAAAAAAACCTTCTAAGACCCCTGGTTAGATTT  50

seq1  TCTCC--ATGTTAAAAAG-AAAATTTTCATTTGATTAATGACACCATGCC  85
      |||||   |||||||||| ||||||| | || | ||||||   ||||| |
seq2  TCTCCCAGTGTTAAAAAGAAAAATTTCCGTTGGTTTAATGGACCCATGGC  100

seq1  CTGGCCCTATCCCAAAGTA-TAATTGATCAAGCTTTTAATCCT--CCCAA  132
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||  |||||
seq2  CTGGCCCTATCCCAAAGTATTAATTGATCAAGC-TTTGATCCTTCCCCAA  149

seq1  AGTCATTCTGATTTTCTATAGTTATATTTTTAATTTATAGACCTTTGGCC  182
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGTCATTCTGATTTTCTATAGTTATATTTTTAATTTATAGACCTTTGCCC  199

seq1  AGTTTCGTAAAAAATGAACTAC-CAATGCCTTGCAGACGC-ACACTTGGC  230
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGTTTCGTAAAAAATGAACTACTCAATGCCTTGCAGACGCAACACTTGGC  249

seq1  GGATGCTGGGCTGCGCCTCTCATGGCTAGCAGCAGCCTTTACCTGGCCCA  280
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGATGCTGGGCTGCGCCTCTCATGGCTAGCAGCAGCCTTTACCTGGACCA  299

seq1  GGGCTTACATCTCCACCCAGTTTTCTTCCCTATTGGAGCACAGTCATGGG  330
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTACATCTCCACCCAGTTTTCTTCCCTATTGGAGCACAGTCATGGG  349

seq1  GATCTGGTTTCCATAATAAAGGCAGAAGGACCA-GGAACGCAGTGTGGCT  379
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GATCTGGTTTCCATAATAAAGGCAGAAGGACCAGGGAACGCAGTGTGGCT  399

seq1  TCCAGCCAAGACCTTAGGAGAGCAGCCCTGTAGCCATCTCTTAGGAGAGC  429
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCCAAGACCTTAGGAGAGCAGCCCTGTAGCCATCTCTTAGGAGAGC  449

seq1  AGCCCTCTCTTAGGAGAGCATCCTGTGGTGCAGGCCAGGCTTTGTCTCCA  479
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTCTCTTAGGAGAGCATCCTGTGGTGCAGGCCAGGCTTTGTCTCCA  499

seq1  AAGCAGAAGAGCACGAATGTCCCTATTTGTGAAAGGAAAGAATATGGAAT  529
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGAAGAGCACGAATGTCCCTATTTGTGAAAGGAAAGAATATGGAAT  549

seq1  GATCTCAGCGCGCATGACACCCGTGAGACTTGGGGCTGGAGTCTTTCTCA  579
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCAGCGCGCATGACACCCGTGAGACTTGGGGCTGGAGTCTTTCTCA  599

seq1  CTAGGCTGCCTGGGGTTCTTACTATTAGTGATGGCAAACTTCAGCTGAAT  629
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCTGCCTGGGGTTCTTACTATTAGTGATGGCAAACTTCAGCTGAAT  649

seq1  GCTCTCTACCTGTCAATGGTGTTAATGACAGTTAGCATCCCTCTGATGTT  679
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTACCTGTCAATGGTGTTAATGACAGTTAGCATCCCTCTGATGTT  699

seq1  TAAACATCTGTGTCCTCGGTTGAGGGGACAGTCAAGTGGGTAAGCATTTG  729
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATCTGTGTCCTCGGTTGAGGGGACAGTCAAGTGGGTAAGCATTTG  749

seq1  CTGTGCAAGCATGAGGACCTGAGTTTGAATCCCCAACACCCATATGAAAA  779
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCAAGCATGAGGACCTGAGTTTGAATCCCCAACACCCATATGAAAA  799

seq1  AACTAGACAAGGCCGTGAGCTTTAATAGGCAGATCCTTGGAAAGCACTGG  829
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGACAAGGCCGTGAGCTTTAATAGGCAGATCCTTGGAAAGCACTGG  849

seq1  CTGGCGTGTCTAGCTGAAATGGGAAGCTATTGATTCAGTGAGAGACCCTT  879
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCGTGTCTAGCTGAAATGGGAAGCTATTGATTCAGTGAGAGACCCTT  899

seq1  GTCTCAAGGCAATAAGTCAAAAGGCAATAGAGAAAGACACCCCCAATGTC  929
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAAGGCAATAAGTCAAAAGGCAATAGAGAAAGACACCCCCAATGTC  949

seq1  TCCTCTAGTCCCTCCATGCCTGTCCATGGTAGTGGGGGTGGGGAAGCACA  979
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTAGTCCCTCCATGCCTGTCCATGGTAGTGGGGGTGGGGAAGCACA  999

seq1  CATATGTACATGCCATATACATGTACACAACACAGAATCACACACAGGCA  1029
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTACATGCCATATACATGTACACAACACAGAATCACACACAGGCA  1049

seq1  CACACACACACACCCCTAAAAAAGTATTTAAAAGATCTGTTTCCTGTTTA  1079
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACCCCTAAAAAAGTATTTAAAAGATCTGTTTCCTGTTTA  1099

seq1  CAAAAAGGTAAGAGTTAAAATGTTATCTGAATTC  1113
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGGTAAGAGTTAAAATGTTATCTGAATTC  1133

seq1: chr5_67125280_67126277
seq2: B6Ng01-261D14.g_71_1073

seq1  GAATTCCTGAACTCCAGAAGTGGAAACAAGAAGACCAGCCTTTTTAGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGAACTCCAGAAGTGGAAACAAGAAGACCAGCCTTTTTAGCTG  50

seq1  GCTAAGATGTGAGGGGTTTCTGCCACCCATTTCTACAGCCGTGAAGTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGATGTGAGGGGTTTCTGCCACCCATTTCTACAGCCGTGAAGTATG  100

seq1  TCATGCCTTCTCAAATGATGAACTGAAGCCATAAGCCAGAACAAATTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCCTTCTCAAATGATGAACTGAAGCCATAAGCCAGAACAAATTCTT  150

seq1  CCTCCCCAAGGTCGCTTCAGTCAGGTATTTGTCACATATATGAGAAAACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCAAGGTCGCTTCAGTCAGGTATTTGTCACATATATGAGAAAACC  200

seq1  TAAGTAATGCATACATACAACGCAGGCACATGTTACGTGTAGGACGTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAATGCATACATACAACGCAGGCACATGTTACGTGTAGGACGTGCA  250

seq1  TTTGGCCTTCCCTGTAGAGTGGTCTCTGCCATCCACCTGTCCGTCTATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCCTTCCCTGTAGAGTGGTCTCTGCCATCCACCTGTCCGTCTATCC  300

seq1  CCTGCACTAAGTTGCTAACTGCCAAGACGTGAGTGCTGATCTCACTACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCACTAAGTTGCTAACTGCCAAGACGTGAGTGCTGATCTCACTACTA  350

seq1  CACCTTGAACAACAGTGCAGCATTAACATACACTGTAGTGATAAGAAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTGAACAACAGTGCAGCATTAACATACACTGTAGTGATAAGAAGAA  400

seq1  TACATATGTCAGGGGCTGGAGAGATAGCTCAGCATTTAAAAGTGTCTATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATGTCAGGGGCTGGAGAGATAGCTCAGCATTTAAAAGTGTCTATT  450

seq1  TTTCTTTGAGAGGATCTGAGAATAATTCTGAGCGGCCACATCACAGGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGAGAGGATCTGAGAATAATTCTGAGCGGCCACATCACAGGCTT  500

seq1  TGAACTTGCTATCCTCCTGCCTCAGCGGTCCAGTTTCTGGGATTTTAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTTGCTATCCTCCTGCCTCAGCGGTCCAGTTTCTGGGATTTTAGGC  550

seq1  GCCTGATGAAATACCCGGTTGCAGGCTACATTCTAAATGAATTTCTTAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGATGAAATACCCGGTTGCAGGCTACATTCTAAATGAATTTCTTAGC  600

seq1  TTGGTGTGGCGAGGTGCTTGGACCACGATCACGTATAGTTTGTTTATAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGTGGCGAGGTGCTTGGACCACGATCACGTATAGTTTGTTTATAAA  650

seq1  GAGGATTGGATTTACTTTTACTTATGGTCAAAGGAGGCTCATCGCTACCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATTGGATTTACTTTTACTTATGGTCAAAGGAGGCTCATCGCTACCT  700

seq1  CTTGCTTCACAAACCCAGAACTCAGGTCATAACAAGGAAGTCATCTGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTCACAAACCCAGAACTCAGGTCATAACAAGGAAGTCATCTGCTT  750

seq1  ATTTCTTGTGTGGTGATGACGGAATATTTTC-TGATCCAATCTCTTTTTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTGTGTGGTGATGACGGAATATTTTCTTGATCCAATCTCTTTTTG  800

seq1  AAAGAGAGATAGGTAGCTATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT-A  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAAGAGAGATAGGTAGCTATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAA  850

seq1  GATAGAGTGCTTCATTTTTAATGCCCCACATGGCATAGGCTCAGAGCATC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAGTGCTTCATTTTTAATGCCCCACATGGCATAGGCTCAGAGCATC  900

seq1  AGATGTTAGTGGCTAAGCCAGGGAGAGGCCTTTGAACCATGACATCTGCT  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGATGTTAGTGGCTAAGCCAGGGAGAGGCCTTGGAACCATGACATCTGCT  950

seq1  CAGACCTGTCAAAT-GGCAGTCC-GGGGCTCACTGCTC-TGTCTTCATGT  995
      |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAGACCTGTCAAATGGGCAGTCCGGGGGCTCACTGCTCTTGTCTTCATGT  1000

seq1  TTT  998
      |||
seq2  TTT  1003