BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262L08
Chromosome5 (Build37)
Map Location 127,122,985 - 127,265,230
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTmem132b, EG231736, LOC100039178, LOC665760
Downstream geneLOC100040327, Tmem132c, Slc15a4, Glt1d1, Tmem132d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262L08.bB6Ng01-262L08.g
ACCGA067052GA067053
length1,1081,041
definitionB6Ng01-262L08.b B6Ng01-262L08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,264,119 - 127,265,230)(127,122,985 - 127,124,026)
sequence
gaattcctggggcctgtgagcactccagttttggattcttggccagattt
acagtatcacagatatgtttctttctgtgtggaaggtcctatatccagtt
tgaaaactggacaattaatagattctatgaaagggagggtcagcttcatt
aattcaactgtgctgtagtgcataactacatatttagaagtatatgtgtc
gcacaaattggagttgatgggatgttaaatttaagtgtgtatgtgcatga
agagatgacttgggggttaagagcacaggctagtcttgcagaggacctgg
gttcaatttccagcatccgcaaggcagctcacaggtacctgtaagtcctg
ttttagggtacctacaccctcttctggcctctgagggacaagacatacac
atggcatacagacacacatgtggagtgggttggcatgatgctgtttgtat
tctgatgttaatattgcttcctcaagaggggttgtcccctatgagcagtc
cactaaatagtcaggtgacgtcatgtgaaccttctctccattctaactgg
gtcaatataaggctagtgtctgtgattgtgcagtgaaggagaaaggtggg
actggaggttcgagagtagagggccaggtagagaggaagaagagaatgga
aaagggagagaaagcatggaggaagaagagacgtctcaatggtctagaac
tgcctggccgggagaaactgcaaatagcaaggggtcttatagctagggaa
taagttagtatggtgttagatctacccaatctaggcacatagcttatatt
ataattataataacttggttgtgtgctttttcatattggcttattggggt
tagaaatccaagcaacacacatgcagtcagaccatccatatgcatataat
aaaaggtaataaatataaataagtgacttttaaatttaaataaaagagag
gatgtgagtccaaagggtagaggagtagggtgtatctataaatatcaaaa
tacattttcgaagatacctaaagtattatttggaggagagatacacaagg
aaattttgataaaacctgtgctgttagtactaccaagagataagtgcatc
ttccttaa

gaattcaaagtcagaaagaaatgatggacttatgaaaatgattaaggttc
tctgcaagaacagatccagcaggatgtggaatgtacacagttacaagaga
gggtttattagatgggttgacattgtcagaggctggaaaggccaattcac
atgtgtttaaaacaatgtagaaaattaggctctttcaatacattatccaa
ggcagaaaaggctcccagtatagttagctcaggtgcccttacttagctcc
caagtttcttccatctctctgttcacagaagtatcatcctccttgaagta
ttttcatagggctaggtcttgacttgcaaagaaataagatggggaaagag
aagaaaatggttcctatatcaaaattctaaagacttttaattattatcta
ttgtaaggacaacttgggctgtgtgttcactcttgaaccaagagctgcca
tcagtaggacatggagtcctgaatagcttatgcaaccttgaaggtaagca
tatcatcaatcttcctacagggaagttgtgtcatgaattctcaactctat
ggtctcctaaacataacctaaacaccagtcaacagctcaccatgggtgag
ggaaatataaggccccattcgtatataaagagctataagcaaacaatggt
ttctgagagagggaggatctgtctgctccagagatgagcatcctggaagg
ttatccaatctcaagcagtcagccctaagcatgtctacatacattcaaca
cgaaatggacacaacaggttgtgtgtttatagcaacagtaattaaagaag
gggtcatatatctgcgagggaatgagtgggagaggtaagaggagctgggg
gaggagcgagaagggtgggaaatacagtacgcgcataagaaattctgaaa
gaaacagaagcgtggttatttcatgagagcctttgtttctttagaaaccc
agttatgtataatgaatctgttgtgttttaatccaggtggtgggatgtag
agctgcctcagtgtgtcacagatgttaaactatggattgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_127264119_127265230
seq2: B6Ng01-262L08.b_40_1147 (reverse)

seq1  TTAAGGGAGATGCCACTATCTCCTGGTAAGTACTAAACAGCACA-GTTTT  49
      |||||| ||||||   |||||| |||| |||||| ||||||||| |||||
seq2  TTAAGGAAGATGCACTTATCTCTTGGT-AGTACT-AACAGCACAGGTTTT  48

seq1  ATCAAAATTTCCTTGTGTATCTCTCTTCAAATAAATACTTTAAGTAATTC  99
      ||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||| |||  ||
seq2  ATCAAAATTTCCTTGTGTATCTCTCCTCCAAATAATACTTTAGGTA--TC  96

seq1  TTTGAAAATGTATTTTGATATTTATAGATACACCCTACCTCTCTACCCTT  149
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  TTCGAAAATGTATTTTGATATTTATAGATACACCCTACTCCTCTACCCTT  146

seq1  TGGACTCACATCCTCTCTTTTATTTAAATTTAAAAGTCACTTTATTTATA  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGGACTCACATCCTCTCTTTTATTTAAATTTAAAAGTCAC-TTATTTATA  195

seq1  TTTATTACCTTTTATTATATGCATATGGATGGTCTGACTGCATGTGTGTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTACCTTTTATTATATGCATATGGATGGTCTGACTGCATGTGTGTT  245

seq1  GCTTGGATTTCTAACCCCAATAAGCCAATATG-AAAAGCACACAACCAAG  298
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCTTGGATTTCTAACCCCAATAAGCCAATATGAAAAAGCACACAACCAAG  295

seq1  TTATTATAATTATAATTATAAGCTATGTGCCTAGATTGGGTAGATCTAAC  348
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATAATTATAA-TATAAGCTATGTGCCTAGATTGGGTAGATCTAAC  344

seq1  ACCATACTAACTTATTCCCTAGCTATAAGACCCCTTGCTATTTGCAGTTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATACTAACTTATTCCCTAGCTATAAGACCCCTTGCTATTTGCAGTTT  394

seq1  CTCCCGGCCAGGCAGTTCTAGACCATTGAGACGTCTCTTCTTCCTCCATG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCGGCCAGGCAGTTCTAGACCATTGAGACGTCTCTTCTTCCTCCATG  444

seq1  CTTTCTCTCCCTTTTCCATTCTCTTCTTCCTCTCTACCTGGCCCTCTACT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCTCCCTTTTCCATTCTCTTCTTCCTCTCTACCTGGCCCTCTACT  494

seq1  CTCGAACCTCCAGTCCCACCTTTCTCCTTCACTGCACAATCACAGACACT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGAACCTCCAGTCCCACCTTTCTCCTTCACTGCACAATCACAGACACT  544

seq1  AGCCTTATATTGACCCAGTTAGAATGGAGAGAAGGTTCACATGACGTCAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTATATTGACCCAGTTAGAATGGAGAGAAGGTTCACATGACGTCAC  594

seq1  CTGACTATTTAGTGGACTGCTCATAGGGGACAACCCCTCTTGAGGAAGCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTATTTAGTGGACTGCTCATAGGGGACAACCCCTCTTGAGGAAGCA  644

seq1  ATATTAACATCAGAATACAAACAGCATCATGCCAACCCACTCCACATGTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAACATCAGAATACAAACAGCATCATGCCAACCCACTCCACATGTG  694

seq1  TGTCTGTATGCCATGTGTATGTCTTGTCCCTCAGAGGCCAGAAGAGGGTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTATGCCATGTGTATGTCTTGTCCCTCAGAGGCCAGAAGAGGGTG  744

seq1  TAGGTACCCTAAAACAGGACTTACAGGTACCTGTGAGCTGCCTTGCGGAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTACCCTAAAACAGGACTTACAGGTACCTGTGAGCTGCCTTGCGGAT  794

seq1  GCTGGAAATTGAACCCAGGTCCTCTGCAAGACTAGCCTGTGCTCTTAACC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAAATTGAACCCAGGTCCTCTGCAAGACTAGCCTGTGCTCTTAACC  844

seq1  CCCAAGTCATCTCTTCATGCACATACACACTTAAATTTAACATCCCATCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGTCATCTCTTCATGCACATACACACTTAAATTTAACATCCCATCA  894

seq1  ACTCCAATTTGTGCGACACATATACTTCTAAATATGTAGTTATGCACTAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAATTTGTGCGACACATATACTTCTAAATATGTAGTTATGCACTAC  944

seq1  AGCACAGTTGAATTAATGAAGCTGACCCTCCCTTTCATAGAATCTATTAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGTTGAATTAATGAAGCTGACCCTCCCTTTCATAGAATCTATTAA  994

seq1  TTGTCCAGTTTTCAAACTGGATATAGGACCTTCCACACAGAAAGAAACAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCAGTTTTCAAACTGGATATAGGACCTTCCACACAGAAAGAAACAT  1044

seq1  ATCTGTGATACTGTAAATCTGGCCAAGAATCCAAAACTGGAGTGCTCACA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGATACTGTAAATCTGGCCAAGAATCCAAAACTGGAGTGCTCACA  1094

seq1  GGCCCCAGGAATTC  1112
      ||||||||||||||
seq2  GGCCCCAGGAATTC  1108


seq1: chr5_127122985_127124026
seq2: B6Ng01-262L08.g_67_1107

seq1  GAATTCAAAGTCAGAAAGAAATGATGGACTTATGAAAATGATTAAGGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGTCAGAAAGAAATGATGGACTTATGAAAATGATTAAGGTTC  50

seq1  TCTGCAAGAACAGATCCAGCAGGATGTGGAATGTACACAGTTACAAGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAAGAACAGATCCAGCAGGATGTGGAATGTACACAGTTACAAGAGA  100

seq1  GGGTTTATTAGATGGGTTGACATTGTCAGAGGCTGGAAAGGCCAATTCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTATTAGATGGGTTGACATTGTCAGAGGCTGGAAAGGCCAATTCAC  150

seq1  ATGTGTTTAAAACAATGTAGAAAATTAGGCTCTTTCAATACATTATCCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTTAAAACAATGTAGAAAATTAGGCTCTTTCAATACATTATCCAA  200

seq1  GGCAGAAAAGGCTCCCAGTATAGTTAGCTCAGGTGCCCTTACTTAGCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAAAAGGCTCCCAGTATAGTTAGCTCAGGTGCCCTTACTTAGCTCC  250

seq1  CAAGTTTCTTCCATCTCTCTGTTCACAGAAGTATCATCCTCCTTGAAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTTCTTCCATCTCTCTGTTCACAGAAGTATCATCCTCCTTGAAGTA  300

seq1  TTTTCATAGGGCTAGGTCTTGACTTGCAAAGAAATAAGATGGGGAAAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATAGGGCTAGGTCTTGACTTGCAAAGAAATAAGATGGGGAAAGAG  350

seq1  AAGAAAATGGTTCCTATATCAAAATTCTAAAGACTTTTAATTATTATCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATGGTTCCTATATCAAAATTCTAAAGACTTTTAATTATTATCTA  400

seq1  TTGTAAGGACAACTTGGGCTGTGTGTTCACTCTTGAACCAAGAGCTGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAGGACAACTTGGGCTGTGTGTTCACTCTTGAACCAAGAGCTGCCA  450

seq1  TCAGTAGGACATGGAGTCCTGAATAGCTTATGCAACCTTGAAGGTAAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAGGACATGGAGTCCTGAATAGCTTATGCAACCTTGAAGGTAAGCA  500

seq1  TATCATCAATCTTCCTACAGGGAAGTTGTGTCATGAATTCTCAACTCTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATCAATCTTCCTACAGGGAAGTTGTGTCATGAATTCTCAACTCTAT  550

seq1  GGTCTCCTAAACATAACCTAAACACCAGTCAACAGCTCACCATGGGTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCCTAAACATAACCTAAACACCAGTCAACAGCTCACCATGGGTGAG  600

seq1  GGAAATATAAGGCCCCATTCGTATATAAAGAGCTATAAGCAAACAATGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATATAAGGCCCCATTCGTATATAAAGAGCTATAAGCAAACAATGGT  650

seq1  TTCTGAGAGAGGGAGGATCTGTCTGCTCCAGAGATGAGCATCCTGGAAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGAGAGGGAGGATCTGTCTGCTCCAGAGATGAGCATCCTGGAAGG  700

seq1  TTATCCAATCTCAAGCAGTCAGCCCTAAGCATGTCTACATACATTCAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCAATCTCAAGCAGTCAGCCCTAAGCATGTCTACATACATTCAACA  750

seq1  CGAAATGGACACAACAGGTTGTGTGTTTATAGCAACAGTAATTAAAGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAATGGACACAACAGGTTGTGTGTTTATAGCAACAGTAATTAAAGAAG  800

seq1  GGGTCATATATCTGCGAGGGAATGAGTGGGAGAGGTAAGAGGAGCTGGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCATATATCTGCGAGGGAATGAGTGGGAGAGGTAAGAGGAGCTGGGG  850

seq1  GAGGAGCGAGAAGGGT-GGAAATACAGTACGCGCATAAGAAATTCTGAAA  899
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGCGAGAAGGGTGGGAAATACAGTACGCGCATAAGAAATTCTGAAA  900

seq1  AGAAAACAGAAGCGTGGTTATTTCATGAGAGCTTTGTTTTCTTTAAAAAC  949
         ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| ||||
seq2  --GAAACAGAAGCGTGGTTATTTCATGAGAGCCTTTGTTTCTTTAGAAAC  948

seq1  CCAGTTATGTTATATGAATCTGTTTGTGTTTTAATCCCAGGT-GTGGGAT  998
      ||||||||||   ||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||
seq2  CCAGTTATGTATAATGAATCTG-TTGTGTTTTAAT-CCAGGTGGTGGGAT  996

seq1  GTGAAGCTGCCTCAGTGTGTCCACAGTTGTT-AACTAT-GATTGTC  1042
      ||  |||||||||||||||| ||||| |||| |||||| |||||||
seq2  GTAGAGCTGCCTCAGTGTGT-CACAGATGTTAAACTATGGATTGTC  1041


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |