BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-267K04
Chromosome5 (Build37)
Map Location 106,556,455 - 106,685,969
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC546882, LOC671295
Upstream geneGbp4, LOC675363, LOC626578, Mpa2l, EG634650, Lrrc8b, Lrrc8c, Lrrc8d, LOC100042335, D830014E11Rik, LOC100042349, Zfp326, LOC626723
Downstream gene4930458A03Rik, Barhl2, EG666892, LOC100042389, Zfp644, LOC100042400, EG666922, Hfm1, Cdc7, Tgfbr3, LOC666518
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-267K04.bB6Ng01-267K04.g
ACCGA070703GA070704
length9561,060
definitionB6Ng01-267K04.b B6Ng01-267K04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,556,455 - 106,557,407)(106,684,922 - 106,685,969)
sequence
gaattctttgtttagctctgagccccattttttaatggagttatttgatt
ttctggagtccaccttcttgagttctttatatatattggatattagtccc
ctatctgatttaggacaggtcttgaaatggttctctcgagggactgtacc
cactccagcttgtcctgaaatccactccagaatcttctttatagataatg
ggcaaaacagttgtatgtgctaaagaggaatattctagaggcatagtgat
ttttttaatttaccctaaatgtcttcctattattttaatgttattatttt
tcagaattcatgatgaaacttggaccacacacacatacacagagatgcaa
ggaatgcaggactgtgagggatgcagtgttgctgtgagggatacaggact
gtgagggatgcagtgttgctgtgagggatgcagggttgtgagggactcag
ggatgtgagggatgcagggctgtgagggatgcaggggtgtgaggaactca
gggatgtgagggatgcagggctgtgagggactcagggttgtgagggatac
agtgttgctgtgagggatgcagtgttgctgtgagggatgcagggctatga
gggacacagtgttgctgtgagggatgcagggctgtgagggatgcagggct
gtgagaaatgcagggctgtgagggatgcagggctgtgagggatgcattgt
tgctgtgagggattcattgttgctgtgagggatgcagtgttgctgtgagg
gatgcagtgttgctgtgagggatgcagggctgtgagggatgcagtgttgc
tgtgagggatgcagggctgtgagggatgcatttgttgatgtgagggattc
agggttgtgagggatgcatgttgcttgtgagggatgcaggactgtgaagg
gatccaggcctgtaaggatgcatgttcctgtgagggaatcaatgttgctg
tgaagg
gaattctgactgccttgattttgtgtgggctgtggatttgtgagggcagc
catcctgtcatatacaaaagacattgttttgctgtggtcctctctgactt
ctggctcttacaatatatttatatctcttttgtgatgctcccagagcctt
ggggggaggggtacaatacagacatcattagtaaattttacagttttaat
gtttatgttgaagtctatgactcagttcatgttggtacttgtgtatactg
tgaagtaaagatggaaatacatattttgcagataaaaacccatgtttttt
cattatagtctgttgaaaagcatcaaattatctcagggtccttgttcaaa
attaccaggaatgccaggcttttatgcctgctccctcaagtgggcggtgg
tgtgctctgtctgccaccatgagtgggcggtggtgagctctgcctgctcc
cacaggtgggccttggtgaactcttaacccaggctcttggttacattttg
ttttccgttttcacaaaacttttgccactgcaatttctcttcaattcctt
taaaactttcaacacaaacacatctttaaaaatattgctgctgttgtgac
ttagattgagttgaatatgtggttaagtttggggagaattgatctgaaaa
atattgactcttacaattcacatagacgatctaaatatttaacaatttct
caacaactgccaacagaaaactgggggttttgttgtatttttcttgcgtg
ttttaaactcttgatgccattaaaataatatttttaagaacttcctatct
taacttaatgctcaaatacaaaattaagaattttataaatattaaaaata
tttttgatttttgcaggttgggttctcatgactctgctgattctgccttg
gcagccagttgtttatcttatttacttttggattatctgggaattttcct
gtgaatagaagttgtacctcttttcccagtacgtgtttccttttgggctt
atgggattcaccgaagatcaggataattaggatcagggattactaaaacc
tttcattgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_106556455_106557407
seq2: B6Ng01-267K04.b_48_1000

seq1  GAATTCTTTGTTTAGCTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGAGTTATTTGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTTAGCTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGAGTTATTTGATT  50

seq1  TTCTGGAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGATATTAGTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGATATTAGTCCC  100

seq1  CTATCTGATTTAGGACAGGTCTTGAAATGGTTCTCTCGAGGGACTGTACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGATTTAGGACAGGTCTTGAAATGGTTCTCTCGAGGGACTGTACC  150

seq1  CACTCCAGCTTGTCCTGAAATCCACTCCAGAATCTTCTTTATAGATAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCAGCTTGTCCTGAAATCCACTCCAGAATCTTCTTTATAGATAATG  200

seq1  GGCAAAACAGTTGTATGTGCTAAAGAGGAATATTCTAGAGGCATAGTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAACAGTTGTATGTGCTAAAGAGGAATATTCTAGAGGCATAGTGAT  250

seq1  TTTTTTAATTTACCCTAAATGTCTTCCTATTATTTTAATGTTATTATTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAATTTACCCTAAATGTCTTCCTATTATTTTAATGTTATTATTTT  300

seq1  TCAGAATTCATGATGAAACTTGGACCACACACACATACACAGAGATGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAATTCATGATGAAACTTGGACCACACACACATACACAGAGATGCAA  350

seq1  GGAATGCAGGACTGTGAGGGATGCAGTGTTGCTGTGAGGGATACAGGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGCAGGACTGTGAGGGATGCAGTGTTGCTGTGAGGGATACAGGACT  400

seq1  GTGAGGGATGCAGTGTTGCTGTGAGGGATGCAGGGTTGTGAGGGACTCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGGATGCAGTGTTGCTGTGAGGGATGCAGGGTTGTGAGGGACTCAG  450

seq1  GGATGTGAGGGATGCAGGGCTGTGAGGGATGCAGGGGTGTGAGGAACTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTGAGGGATGCAGGGCTGTGAGGGATGCAGGGGTGTGAGGAACTCA  500

seq1  GGGATGTGAGGGATGCAGGGCTGTGAGGGACTCAGGGTTGTGAGGGATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGTGAGGGATGCAGGGCTGTGAGGGACTCAGGGTTGTGAGGGATAC  550

seq1  AGTGTTGCTGTGAGGGATGCAGTGTTGCTGTGAGGGATGCAGGGCTATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTGCTGTGAGGGATGCAGTGTTGCTGTGAGGGATGCAGGGCTATGA  600

seq1  GGGACACAGTGTTGCTGTGAGGGATGCAGGGCTGTGAGGGATGCAGGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACACAGTGTTGCTGTGAGGGATGCAGGGCTGTGAGGGATGCAGGGCT  650

seq1  GTGAGAAATGCAGGGCTGTGAGGGATGCAGGGCTGTGAGGGATGCATTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAAATGCAGGGCTGTGAGGGATGCAGGGCTGTGAGGGATGCATTGT  700

seq1  TGCTGTGAGGGATTCATTGTTGCTGTGAGGGATGCAGTGTTGCTGTGAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGAGGGATTCATTGTTGCTGTGAGGGATGCAGTGTTGCTGTGAGG  750

seq1  GATGCAGTGTTGCTGTGAGGGATGCAGGGCTGTGAGGGATGCAGTGTTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCAGTGTTGCTGTGAGGGATGCAGGGCTGTGAGGGATGCAGTGTTGC  800

seq1  TGTGAGGGATGCAGGGCTGTGAGGGATGCA-TTGTTGATGTGAGGGATTC  849
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGGGATGCAGGGCTGTGAGGGATGCATTTGTTGATGTGAGGGATTC  850

seq1  AGGGTTGTGAGGGATGCAGTGTTGC-TGTGAGGGATGCAGGACTGTG-AG  897
      |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGGGTTGTGAGGGATGCA-TGTTGCTTGTGAGGGATGCAGGACTGTGAAG  899

seq1  GGATGCAGGGCTGTGAGGGATGCAGTGTTGCTGTGAGGGATGCAGTGTTG  947
      |||| |||| |||| | ||||||| |||| ||||||||||  || |||||
seq2  GGATCCAGGCCTGT-AAGGATGCA-TGTTCCTGTGAGGGAATCAATGTTG  947

seq1  CTGTGA  953
      ||||||
seq2  CTGTGA  953

seq1: chr5_106684922_106685969
seq2: B6Ng01-267K04.g_70_1129 (reverse)

seq1  TACAATGAAAGTTTTTAATTAT-CCTGATCCTAATTATCCTGATC-TCGG  48
      ||||||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TACAATGAAAGGTTTTAGTAATCCCTGATCCTAATTATCCTGATCTTCGG  50

seq1  TGGAT-CCATAAG-CCAAAAGG-AACACGTACTGG--AAAGAGGTACAAC  93
      || || ||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||
seq2  TGAATCCCATAAGCCCAAAAGGAAACACGTACTGGGAAAAGAGGTACAAC  100

seq1  TTCTATTCACAG--AAAATCCCAGATAATCCAAAAGT-AATAAGATAAAC  140
      ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTCTATTCACAGGAAAATTCCCAGATAATCCAAAAGTAAATAAGATAAAC  150

seq1  AACTGGCTGCCAAGGCAGAATCAGCAGAGTCATGAGAAACCAACCTGCAA  190
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AACTGGCTGCCAAGGCAGAATCAGCAGAGTCATGAGAACCCAACCTGCAA  200

seq1  AAATC-AAAATATTTTTAATATTTAATAAAATTCTTAATTTTGTATTTGA  239
      ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAAAAATATTTTTAATATTT-ATAAAATTCTTAATTTTGTATTTGA  249

seq1  GCA-TAAGTTAAGATAGGAAGTTCTT-AAAATATTATTTTAATGGCATCA  287
      ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAAGTTAAGATAGGAAGTTCTTAAAAATATTATTTTAATGGCATCA  299

seq1  AGAGTTTAAAACACGCAAGAAAAATACAACAAAACCCCCAGTTTTCTGTT  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTAAAACACGCAAGAAAAATACAACAAAACCCCCAGTTTTCTGTT  349

seq1  GGCAGTTGTTGAGAAATTGTTAAATATTTAGATCGTCTATGTGAATTGTA  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTTGTTGAGAAATTGTTAAATATTTAGATCGTCTATGTGAATTGTA  399

seq1  AGAGTCAATATTTTTCAGATCAATTCTCCCCAAACTTAACCACATATTCA  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCAATATTTTTCAGATCAATTCTCCCCAAACTTAACCACATATTCA  449

seq1  ACTCAATCTAAGTCACAACAGCAGCAATATTTTTAAAGATGTGTTTGTGT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAATCTAAGTCACAACAGCAGCAATATTTTTAAAGATGTGTTTGTGT  499

seq1  TGAAAGTTTTAAAGGAATTGAAGAGAAATTGCAGTGGCAAAAGTTTTGTG  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTTTTAAAGGAATTGAAGAGAAATTGCAGTGGCAAAAGTTTTGTG  549

seq1  AAAACGGAAAACAAAATGTAACCAAGAGCCTGGGTTAAGAGTTCACCAAG  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACGGAAAACAAAATGTAACCAAGAGCCTGGGTTAAGAGTTCACCAAG  599

seq1  GCCCACCTGTGGGAGCAGGCAGAGCTCACCACCGCCCACTCATGGTGGCA  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACCTGTGGGAGCAGGCAGAGCTCACCACCGCCCACTCATGGTGGCA  649

seq1  GACAGAGCACACCACCGCCCACTTGAGGGAGCAGGCATAAAAGCCTGGCA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGCACACCACCGCCCACTTGAGGGAGCAGGCATAAAAGCCTGGCA  699

seq1  TTCCTGGTAATTTTGAACAAGGACCCTGAGATAATTTGATGCTTTTCAAC  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGTAATTTTGAACAAGGACCCTGAGATAATTTGATGCTTTTCAAC  749

seq1  AGACTATAATGAAAAAACATGGGTTTTTATCTGCAAAATATGTATTTCCA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTATAATGAAAAAACATGGGTTTTTATCTGCAAAATATGTATTTCCA  799

seq1  TCTTTACTTCACAGTATACACAAGTACCAACATGAACTGAGTCATAGACT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTACTTCACAGTATACACAAGTACCAACATGAACTGAGTCATAGACT  849

seq1  TCAACATAAACATTAAAACTGTAAAATTTACTAATGATGTCTGTATTGTA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACATAAACATTAAAACTGTAAAATTTACTAATGATGTCTGTATTGTA  899

seq1  CCCCTCCCCCCAAGGCTCTGGGAGCATCACAAAAGAGATATAAATATATT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCCCCCAAGGCTCTGGGAGCATCACAAAAGAGATATAAATATATT  949

seq1  GTAAGAGCCAGAAGTCAGAGAGGACCACAGCAAAACAATGTCTTTTGTAT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAGCCAGAAGTCAGAGAGGACCACAGCAAAACAATGTCTTTTGTAT  999

seq1  ATGACAGGATGGCTGCCCTCACAAATCCACAGCCCACACAAAATCAAGGC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGGATGGCTGCCCTCACAAATCCACAGCCCACACAAAATCAAGGC  1049

seq1  AGTCAGAATTC  1048
      |||||||||||
seq2  AGTCAGAATTC  1060