BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272D12
Chromosome5 (Build37)
Map Location 48,891,024 - 49,100,297
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnip4
Upstream geneLOC100040865, LOC100040876, Slit2, 4933428G09Rik
Downstream geneLOC100041668, LOC100041659, EG433885
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272D12.bB6Ng01-272D12.g
ACCGA074101GA074102
length1,1831,135
definitionB6Ng01-272D12.b B6Ng01-272D12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,891,024 - 48,892,211)(49,099,167 - 49,100,297)
sequence
gaattcctccatggtcctttggtgaaatctcttttctgcttttccctcag
caacggggattgtttccccgtgtttctgatgaagaccttcacaggccact
tgactttacctccccctcttctgctactctcacctgttggttagaccttt
gtcttctctggaagacagcccagtccagaccaggactccttgagctctga
tattaccaagttaaacttcttcgacatggaataactatgagatttctagt
taataatttaatttctattttcatttcaattttctctttaaagtaggact
gtaactgtgccgatctcagatacttgaagttaataactgtaattgctatg
tcatgctatagagggaagacagtgagatcatttcttgcatagacatttag
ggcagggatctggctgacttttctgctctcttttctttcctatcccttgc
cttttgccccatccccaccagatatgttaagtttcttcttttaagcagct
gctttatctcctctgacaaagtgatgactcttctccaaagggctctgcag
acacatgaccctccattcaatcacccgaggtttctcagccttatctaact
catgacagtgcttatgactcgcgtggtggtggaagaaccgcagcacagtt
atccactaacagaaaagtcataaaaccttcactgttaactctctgagcat
gtgcgaagaatatttatcactgaaatgtccatattatagataagggaata
aataagggattaaaacatcataaaacttttgtggcacatcagtcataaat
ccatgtttgaaccaaataagctaatacacattatgacactctcagtgcta
attctttttagtgcctcttacatcattttatttataataattgtacctgg
ctgatcttgacacatttatttcagtgtaatggcagtcttcagactggggc
gtgggctctgtcacttcccttttggtttagtactactatctatagtatag
tgctccataactctaccaccatggaaatgaaataaacttaactttcccag
agttgtttggctttggctggcttttatcatgatttatcaagaatctttgt
agatttacaaatggaccaggacaggaatgtcctaatattgtcatttgcca
attgacataatactatggatacgtatgccattt

gaattccataggatgactaacagtgtcaactaacctggatccttgggagc
tctaagaaactgagccagcaaccaaaagcatggaccaaggtccaggcaca
tatgtagcagaggagtgcctagtccttcctgagtgggacagagtgtacct
aatcatgtagagattgatgtactagggttgggacatacctacagagaaca
acaccctttcagactcaaaggagaggggaaagaggagagggactctgtga
ggggtggaagtaccaggagtgaagggcagcatttgggatgcaaataaata
taaatacatatatatattacatacatacatacatacatacatacatacat
tccttgtctgatatctgtccaagacactagaaaaatctaagttgtcctta
gtgagtcactgtgcctatgcttttggtctgagtgccctagacatactaat
acatgttctcccatcaggtgcccccttgcttcttttcttctctatctatg
tattttccttcatcaaactcagcagagaagtaaacttagaatctcttaga
gaatggctcaaattaggagttttaagactcccatgttctgtgctgtgtct
tgtgtaaggttatgaagttcatggatgttagcagtgtttgctcacaaagt
attcacgtgagcagcaaggctgaaatatacttctatctcataaaaagtca
gatatgaacttacttaatcacttgcttcttctttatgaatgtatgtgcat
gtacacatgccatgatgccagtctaagtcagaggacaatttcagagaatt
ggatctccttctaatactgagttccaggaatcaaactcagtttgttcaca
agcacctttttctgaaatatcaccttgccgccacagatttacatgtttta
aatgcataatttatccagataacaccccatactaattataggacatttac
ataacctccaaaagaagtcccctgtgcatttgttattttttatcctcatg
cccttcttcagtcagaggaaaccagttggatcatacaagatacgttcttt
tattttgggcttctaggaggaggatggatttttcagaacttcataattgt
aggccaatggaaatgaatcatattcttcaccacat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_48891024_48892211
seq2: B6Ng01-272D12.b_44_1226

seq1  GAATTCCTCCATGGTCCTTTGGTGAAATCTCTTTTCTGCTTTTCCCTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCCATGGTCCTTTGGTGAAATCTCTTTTCTGCTTTTCCCTCAG  50

seq1  CAACGGGGATTGTTTCCCCGTGTTTCTGATGAAGACCTTCACAGGCCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGGGGATTGTTTCCCCGTGTTTCTGATGAAGACCTTCACAGGCCACT  100

seq1  TGACTTTACCTCCCCCTCTTCTGCTACTCTCACCTGTTGGTTAGACCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTACCTCCCCCTCTTCTGCTACTCTCACCTGTTGGTTAGACCTTT  150

seq1  GTCTTCTCTGGAAGACAGCCCAGTCCAGACCAGGACTCCTTGAGCTCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCTCTGGAAGACAGCCCAGTCCAGACCAGGACTCCTTGAGCTCTGA  200

seq1  TATTACCAAGTTAAACTTCTTCGACATGGAATAACTATGAGATTTCTAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACCAAGTTAAACTTCTTCGACATGGAATAACTATGAGATTTCTAGT  250

seq1  TAATAATTTAATTTCTATTTTCATTTCAATTTTCTCTTTAAAGTAGGACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATTTAATTTCTATTTTCATTTCAATTTTCTCTTTAAAGTAGGACT  300

seq1  GTAACTGTGCCGATCTCAGATACTTGAAGTTAATAACTGTAATTGCTATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTGTGCCGATCTCAGATACTTGAAGTTAATAACTGTAATTGCTATG  350

seq1  TCATGCTATAGAGGGAAGACAGTGAGATCATTTCTTGCATAGACATTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTATAGAGGGAAGACAGTGAGATCATTTCTTGCATAGACATTTAG  400

seq1  GGCAGGGATCTGGCTGACTTTTCTGCTCTCTTTTCTTTCCTATCCCTTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGGATCTGGCTGACTTTTCTGCTCTCTTTTCTTTCCTATCCCTTGC  450

seq1  CTTTTGCCCCATCCCCACCAGATATGTTAAGTTTCTTCTTTTAAGCAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGCCCCATCCCCACCAGATATGTTAAGTTTCTTCTTTTAAGCAGCT  500

seq1  GCTTTATCTCCTCTGACAAAGTGATGACTCTTCTCCAAAGGGCTCTGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTATCTCCTCTGACAAAGTGATGACTCTTCTCCAAAGGGCTCTGCAG  550

seq1  ACACATGACCCTCCATTCAATCACCCGAGGTTTCTCAGCCTTATCTAACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGACCCTCCATTCAATCACCCGAGGTTTCTCAGCCTTATCTAACT  600

seq1  CATGACAGTGCTTATGACTCGCGTGGTGGTGGAAGAACCGCAGCACAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACAGTGCTTATGACTCGCGTGGTGGTGGAAGAACCGCAGCACAGTT  650

seq1  ATCCACTAACAGAAAAGTCATAAAACCTTCACTGTTAACTCTCTGAGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACTAACAGAAAAGTCATAAAACCTTCACTGTTAACTCTCTGAGCAT  700

seq1  GTGCGAAGAATATTTATCACTGAAATGTCCATATTATAGATAAGGGAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGAAGAATATTTATCACTGAAATGTCCATATTATAGATAAGGGAATA  750

seq1  AATAAGGGATTAAAACATCATAAAACTTTTGTGGCACATCAGTCATAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGGGATTAAAACATCATAAAACTTTTGTGGCACATCAGTCATAAAT  800

seq1  CCATGTTTGAACCAAATAAGCTAATACACATTATGACACTCTCAGTGCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTTGAACCAAATAAGCTAATACACATTATGACACTCTCAGTGCTA  850

seq1  ATTCTTTTTAGTGCCTCTTACATCATTTTATTTATAATAATTGTACCTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTTTAGTGCCTCTTACATCATTTTATTTATAATAATTGTACCTGG  900

seq1  CTGATCTTGACACATTTATTTCAGTGTAATGGCAGTCTTCAGACTGGGGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCTTGACACATTTATTTCAGTGTAATGGCAGTCTTCAGACTGGGGC  950

seq1  GTGGGCTCTGTCACTTCCC-TTTGGTTTAGTACTACTATCTATAGTATAG  999
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCTCTGTCACTTCCCTTTTGGTTTAGTACTACTATCTATAGTATAG  1000

seq1  TGCTCCATAACTCTACCACCAT-GAAATGAAATAAACTTAACTTTCCCAG  1048
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCATAACTCTACCACCATGGAAATGAAATAAACTTAACTTTCCCAG  1050

seq1  AGTTGTTTGCTTTTGGCTGGCTTATATCATGATTTAATCAAGATTCTTTG  1098
      |||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  AGTTGTTTGGCTTTGGCTGGCTTTTATCATGATTT-ATCAAGAATCTTTG  1099

seq1  TAGATATAC-AATGGACCAGGACAAGGAATGTTCTATATTTTTTTCATTG  1147
      ||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |  || | || ||||| 
seq2  TAGATTTACAAATGGACCAGGAC-AGGAATGTCC--TAATATTGTCATTT  1146

seq1  GCCACTAGACTATTAAATACCTATGGATACCTATGCAATTT  1188
      |||| | ||| ||  |||| |||||||||| ||||| ||||
seq2  GCCAATTGAC-AT--AATA-CTATGGATACGTATGCCATTT  1183


seq1: chr5_49099167_49100297
seq2: B6Ng01-272D12.g_64_1198 (reverse)

seq1  ATGTGGTGGAG-ATATGA-TCATATTTCATT-GCCTACATATATGAAATT  47
      |||||||| || |||||| |||| || |||| |||||||  |||||| ||
seq2  ATGTGGTGAAGAATATGATTCAT-TTCCATTGGCCTACAATTATGAAGTT  49

seq1  CTGAAAAATCCCATCCTCCTCCTAGAAGCCCAAAATAAAAGAACGTATCT  97
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAAAT-CCATCCTCCTCCTAGAAGCCCAAAATAAAAGAACGTATCT  98

seq1  TGTATGATCCAACTGGTTTCCTCTGACTGGAGAA-GGCATGAGGAT-AAA  145
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||
seq2  TGTATGATCCAACTGGTTTCCTCTGACTGAAGAAGGGCATGAGGATAAAA  148

seq1  AATAACAAATGCACAGGGGACTTCTTTTGGAGGTTATGTAAATGTCCTAT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACAAATGCACAGGGGACTTCTTTTGGAGGTTATGTAAATGTCCTAT  198

seq1  AATTAGTATGGGGTGTTATCTGGATAAATTATGCATTTAAAACATGTAAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGTATGGGGTGTTATCTGGATAAATTATGCATTTAAAACATGTAAA  248

seq1  TCTGTGGCGGCAAGGTGATATTTCAG-AAAAGGTGCTTGTGAACAAACTG  294
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGCGGCAAGGTGATATTTCAGAAAAAGGTGCTTGTGAACAAACTG  298

seq1  AGTTTGATTCCTGGAACTCAGTATTAGAAGGAGATCCAATTCTCTGAAAT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGATTCCTGGAACTCAGTATTAGAAGGAGATCCAATTCTCTGAAAT  348

seq1  TGTCCTCTGACTTAGACTGGCATCATGGCATGTGTACATGCACATACATT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTCTGACTTAGACTGGCATCATGGCATGTGTACATGCACATACATT  398

seq1  CATAAAGAAGAAGCAAGTGATTAAGTAAGTTCATATCTGACTTTTTATGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAGAAGAAGCAAGTGATTAAGTAAGTTCATATCTGACTTTTTATGA  448

seq1  GATAGAAGTATATTTCAGCCTTGCTGCTCACGTGAATACTTTGTGAGCAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAAGTATATTTCAGCCTTGCTGCTCACGTGAATACTTTGTGAGCAA  498

seq1  ACACTGCTAACATCCATGAACTTCATAACCTTACACAAGACACAGCACAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGCTAACATCCATGAACTTCATAACCTTACACAAGACACAGCACAG  548

seq1  AACATGGGAGTCTTAAAACTCCTAATTTGAGCCATTCTCTAAGAGATTCT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGGAGTCTTAAAACTCCTAATTTGAGCCATTCTCTAAGAGATTCT  598

seq1  AAGTTTACTTCTCTGCTGAGTTTGATGAAGGAAAATACATAGATAGAGAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTACTTCTCTGCTGAGTTTGATGAAGGAAAATACATAGATAGAGAA  648

seq1  GAAAAGAAGCAAGGGGGCACCTGATGGGAGAACATGTATTAGTATGTCTA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAAGCAAGGGGGCACCTGATGGGAGAACATGTATTAGTATGTCTA  698

seq1  GGGCACTCAGACCAAAAGCATAGGCACAGTGACTCACTAAGGACAACTTA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACTCAGACCAAAAGCATAGGCACAGTGACTCACTAAGGACAACTTA  748

seq1  GATTTTTCTAGTGTCTTGGACAGATATCAGACAAGGAATGTATGTATGTA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTCTAGTGTCTTGGACAGATATCAGACAAGGAATGTATGTATGTA  798

seq1  TGTATGTATGTATGTATGTAATATATATATGTATTTATATTTATTTGCAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTATGTATGTATGTAATATATATATGTATTTATATTTATTTGCAT  848

seq1  CCCAAATGCTGCCCTTCACTCCTGGTACTTCCACCCCTCACAGAGTCCCT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATGCTGCCCTTCACTCCTGGTACTTCCACCCCTCACAGAGTCCCT  898

seq1  CTCCTCTTTCCCCTCTCCTTTGAGTCTGAAAGGGTGTTGTTCTCTGTAGG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCTTTCCCCTCTCCTTTGAGTCTGAAAGGGTGTTGTTCTCTGTAGG  948

seq1  TATGTCCCAACCCTAGTACATCAATCTCTACATGATTAGGTACACTCTGT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCCCAACCCTAGTACATCAATCTCTACATGATTAGGTACACTCTGT  998

seq1  CCCACTCAGGAAGGACTAGGCACTCCTCTGCTACATATGTGCCTGGACCT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTCAGGAAGGACTAGGCACTCCTCTGCTACATATGTGCCTGGACCT  1048

seq1  TGGTCCATGCTTTTGGTTGCTGGCTCAGTTTCTTAGAGCTCCCAAGGATC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCATGCTTTTGGTTGCTGGCTCAGTTTCTTAGAGCTCCCAAGGATC  1098

seq1  CAGGTTAGTTGACACTGTTAGTCATCCTATGGAATTC  1131
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTAGTTGACACTGTTAGTCATCCTATGGAATTC  1135


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |