BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276M12
Chromosome5 (Build37)
Map Location 126,713,248 - 126,856,177
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneScarb1, Ubc, Dhx37, Bri3bp, Aacs, Tmem132b, EG231736, LOC100039178, LOC665760
Downstream geneLOC100040327, Tmem132c
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276M12.bB6Ng01-276M12.g
ACCGA077473GA077474
length1,1881,167
definitionB6Ng01-276M12.b B6Ng01-276M12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(126,713,248 - 126,714,435)(126,855,007 - 126,856,177)
sequence
gaattctctggaaattattagacttctcttccatagttaaaaccaagtgc
aaggcaagaagatatgtctctgttctattttctcctatcctatgaggagc
tgatggctggatccgtggtggccatcatgttgtcataaggtgcttctgtt
ggaggacctgatggatggagacagcttgggtctttgctgatatttatgat
tcagtgtggagtatgcctcaacatcttggtaaataagcatccagtattct
gtggtgaaagcatctttaaggatatttggaacttatagcatccattcctg
tgtgcacgtgcatgtgcgagtgcctgcatagaaaccagaagtcaatgttg
gatgttttcctcagttgcccttgttttgtgaggtagggttttccactaaa
acctagagctttgccactccatctagactggatgcctagcaagctccagg
gattttcctgtctctgttttcccaaatgagattacaggcacatcatcact
ccaggctttttattaaagggtgttggagacccacactcaggtcctcaagt
ttgtactgcaagcacatgtatcactcacagagccacctccccagctcctc
cttgaaaatgttaatggtatgtggaagttaaagaggaggctgacatctta
atgactcactaagaagaatcctcttttattgaacactcaatcgtgtgatc
tggagcccaggcaaagaaagaaaaagaatgagcaagtgaacacagccagc
accttctcatccctgaatttcctggcagctcctttgtctgccattccctc
ctgttcctaaaatctgacttcagtggtgtgtcccttctccaactccagaa
tgccaccaacttctcaagagactcaggacagtttaacacctgttttggtg
cttatgagagaaaggttggggggagtttgggagattggctctcaatcaca
ttgagttctccctagtgtttcaagagtcagcttttcattactaacaccat
atgaggcacagagagcacctgccatgtatgatgatcatattgcctgggac
agtggctatgtctttcacattctagacagaaagactgaaggcagagatgt
tatcccttgaccatccatgacagtgtccatctccatgtttatggctaaga
gaaatagaggctaagcaagataagaatggggtaaaacg

gaattctcacctgaggaataccgaatggcagagaagcacctgaaaaaatg
ttcaacatccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaaacaaccctgagat
tccacctcacaccagtgagaatgcctatattttttttagaatggaaaagt
cacagcatcaggaacaggaagcagagatcacatttcatcctcatacagga
agcagagaagagggaacagaaagtgtggtgaacacatagtcctcaaatcc
cacccccagtgatgtatttcctcctttaggcctccacctcctaaaggttc
caaacctctgtaaacagtgccaccttctggagattaatgttcaaaaaccc
aagcctatgagggacatccctccttcaaacaattacacatagcaaaaggg
atttttgtcccaaaggaagatatcataggaccatagggataatggggctg
aaattttttcatttctgcaaaaataaattgaggttatattttatttaaat
ttgaaacccaacttaaacactgtgacatgaaacactgatacaatattact
ccatttgaataattggtaataataactaccacccagataagtaatgaagc
atcaagagaggtacatttcacagctgcctagccagagatagggtaactta
gttaagaatattacttcattgtggtgccaatttgcttatctagaacaata
aaatgaggagctgcagttcattaacccttaaaataacaaaactggaaata
tgggtctgatcatgtgtgtctatgatcccagcatgagggagtccaaggca
agaggattgccataagagacttcaatttgaagccagcctggctacataga
aaactggtgtctaacaaaacaaaaaaataaaacaaaaatgataacaaaca
gcacaccaacaaatacttcagataggcatcaagaaatccatttactgtgt
ctgccctttttaagcaactgtgggatatgttatacttattctacttttaa
gagacttattttttgtttatgttgcacatatgtgtgtcgtgtgtgggtat
gtgcacatgcctgcattactctcagaagtcagaagaagaacatccattca
cttagagcttggagtaagtagtgtgatcatttcacatgggtgttgggatc
aaaccttgggaattctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_126713248_126714435
seq2: B6Ng01-276M12.b_46_1233

seq1  GAATTCTCTGGAAATTATTAGACTTCTCTTCCATAGTTAAAACCAAGTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGGAAATTATTAGACTTCTCTTCCATAGTTAAAACCAAGTGC  50

seq1  AAGGCAAGAAGATATGTCTCTGTTCTATTTTCTCCTATCCTATGAGGAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAAGAAGATATGTCTCTGTTCTATTTTCTCCTATCCTATGAGGAGC  100

seq1  TGATGGCTGGATCCGTGGTGGCCATCATGTTGTCATAAGGTGCTTCTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGCTGGATCCGTGGTGGCCATCATGTTGTCATAAGGTGCTTCTGTT  150

seq1  GGAGGACCTGATGGATGGAGACAGCTTGGGTCTTTGCTGATATTTATGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGACCTGATGGATGGAGACAGCTTGGGTCTTTGCTGATATTTATGAT  200

seq1  TCAGTGTGGAGTATGCCTCAACATCTTGGTAAATAAGCATCCAGTATTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGTGGAGTATGCCTCAACATCTTGGTAAATAAGCATCCAGTATTCT  250

seq1  GTGGTGAAAGCATCTTTAAGGATATTTGGAACTTATAGCATCCATTCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGAAAGCATCTTTAAGGATATTTGGAACTTATAGCATCCATTCCTG  300

seq1  TGTGCACGTGCATGTGCGAGTGCCTGCATAGAAACCAGAAGTCAATGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACGTGCATGTGCGAGTGCCTGCATAGAAACCAGAAGTCAATGTTG  350

seq1  GATGTTTTCCTCAGTTGCCCTTGTTTTGTGAGGTAGGGTTTTCCACTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTTTCCTCAGTTGCCCTTGTTTTGTGAGGTAGGGTTTTCCACTAAA  400

seq1  ACCTAGAGCTTTGCCACTCCATCTAGACTGGATGCCTAGCAAGCTCCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGAGCTTTGCCACTCCATCTAGACTGGATGCCTAGCAAGCTCCAGG  450

seq1  GATTTTCCTGTCTCTGTTTTCCCAAATGAGATTACAGGCACATCATCACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTCCTGTCTCTGTTTTCCCAAATGAGATTACAGGCACATCATCACT  500

seq1  CCAGGCTTTTTATTAAAGGGTGTTGGAGACCCACACTCAGGTCCTCAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTTTTTATTAAAGGGTGTTGGAGACCCACACTCAGGTCCTCAAGT  550

seq1  TTGTACTGCAAGCACATGTATCACTCACAGAGCCACCTCCCCAGCTCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACTGCAAGCACATGTATCACTCACAGAGCCACCTCCCCAGCTCCTC  600

seq1  CTTGAAAATGTTAATGGTATGTGGAAGTTAAAGAGGAGGCTGACATCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAAATGTTAATGGTATGTGGAAGTTAAAGAGGAGGCTGACATCTTA  650

seq1  ATGACTCACTAAGAAGAATCCTCTTTTATTGAACACTCAATCGTGTGATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTCACTAAGAAGAATCCTCTTTTATTGAACACTCAATCGTGTGATC  700

seq1  TGGAGCCCAGGCAAAGAAAGAAAAAGAATGAGCAAGTGAACACAGCCAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCCCAGGCAAAGAAAGAAAAAGAATGAGCAAGTGAACACAGCCAGC  750

seq1  ACCTTCTCATCCCTGAATTTCCTGGCAGCTCCTTTGTCTGCCATTCCCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCTCATCCCTGAATTTCCTGGCAGCTCCTTTGTCTGCCATTCCCTC  800

seq1  CTGTTCCTAAAATCTGACTTCAGTGGTGTGTCCCTTCTCCAACTCCAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCCTAAAATCTGACTTCAGTGGTGTGTCCCTTCTCCAACTCCAGAA  850

seq1  TGCCACCAACTTCTCAAGAGACTCAGGACAG-TTAACACCTG-TTTGGTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
seq2  TGCCACCAACTTCTCAAGAGACTCAGGACAGTTTAACACCTGTTTTGGTG  900

seq1  CTTATGAGAGAAAGGTT-GGGGGAGTTT-GGAGATTGGCTCTCAATCACA  946
      ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGAGAGAAAGGTTGGGGGGAGTTTGGGAGATTGGCTCTCAATCACA  950

seq1  TTGAGTTCTCCCTAGTGTTTCAAGAGTCAGCTTTTCA-TACTAACAACCA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | 
seq2  TTGAGTTCTCCCTAGTGTTTCAAGAGTCAGCTTTTCATTACTAACA--CC  998

seq1  ATATGAGCCACAGAGAGCAACTGCCATGTAATGATGATCATTATTTGCCT  1045
      ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||   ||||||
seq2  ATATGAGGCACAGAGAGCACCTGCCATGT-ATGATGATCAT--ATTGCCT  1045

seq1  GGACAAGTGGCTATGTCTTTCACATTCTAGACAGAAAGACTGAGGCCAGA  1095
      ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
seq2  GGGACAGTGGCTATGTCTTTCACATTCTAGACAGAAAGACTGAAGGCAGA  1095

seq1  GATGTTATCCCTTGACCCTTCCATGACAGTGCCCATCTCCATG-TTAT-G  1143
      ||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||| |||| |
seq2  GATGTTATCCCTTGA-CCATCCATGACAGTGTCCATCTCCATGTTTATGG  1144

seq1  CTAAGGGAGAAAAAAAGAGGCTAAGCAAGA-AAGAATGGG--AAAACG  1188
      |||    ||| ||| ||||||||||||||| |||||||||  ||||||
seq2  CTA----AGAGAAATAGAGGCTAAGCAAGATAAGAATGGGGTAAAACG  1188


seq1: chr5_126855007_126856177
seq2: B6Ng01-276M12.g_69_1235 (reverse)

seq1  GAGAA-TCCCAAGTTTGGTTCCCAACACCCATGTGGAGTGGATCACA--A  47
      ||||| ||||||| || | |||||||||||||||| | | |||||||  |
seq2  GAGAATTCCCAAGGTTTGATCCCAACACCCATGTGAAAT-GATCACACTA  49

seq1  CTTCCTGTAACTCAAGCTCT-AGTGGATGTGATG-TCTTCTTCTGGCCTC  95
      ||| ||      |||||||| |||| ||| |||| |||||||||| | ||
seq2  CTTACT-----CCAAGCTCTAAGTGAATG-GATGTTCTTCTTCTGACTTC  93

seq1  TGAGAGTAATGCAGCCATGTGCACATACCCACACACAGACACACATATGT  145
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGAGAGTAATGCAGGCATGTGCACATACCCACACAC-GACACACATATGT  142

seq1  GC-ACATAAACAAAAAATAAGTCTCTTAAAAGTAGAATAAGTATAAACAT  194
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCAACATAAACAAAAAATAAGTCTCTTAAAAGTAGAATAAGTAT-AACAT  191

seq1  ATCCCACAGTTGCTTTAAAAAAGGCAGACACAGTAAATGGATTCTTTGAT  244
      ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||
seq2  ATCCCACAGTTGC-TTAAAAAGGGCAGACACAGTAAATGGATTTCTTGAT  240

seq1  GCCTATCTGAAGTATTTGTTGGTGTGCTGTTTGTTATCATTTTTGTTTTA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATCTGAAGTATTTGTTGGTGTGCTGTTTGTTATCATTTTTGTTTTA  290

seq1  TTTTTTTGTTTTGTTAGACACCAGTTTTCTATGTAGCCAGGCTGGCTTCA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTGTTTTGTTAGACACCAGTTTTCTATGTAGCCAGGCTGGCTTCA  340

seq1  AATTGAAGTCTCTTATGGCAATCCTCTTGCCTTGGACTCCCTCATGCTGG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAAGTCTCTTATGGCAATCCTCTTGCCTTGGACTCCCTCATGCTGG  390

seq1  GATCATAGACACACATGATCAGACCCATATTTCCAGTTTTGTTATTTTAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATAGACACACATGATCAGACCCATATTTCCAGTTTTGTTATTTTAA  440

seq1  GGGTTAATGAACTGCAGCTCCTCATTTTATTGTTCTAGATAAGCAAATTG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAATGAACTGCAGCTCCTCATTTTATTGTTCTAGATAAGCAAATTG  490

seq1  GCACCACAATGAAGTAATATTCTTAACTAAGTTACCCTATCTCTGGCTAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCACAATGAAGTAATATTCTTAACTAAGTTACCCTATCTCTGGCTAG  540

seq1  GCAGCTGTGAAATGTACCTCTCTTGATGCTTCATTACTTATCTGGGTGGT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTGTGAAATGTACCTCTCTTGATGCTTCATTACTTATCTGGGTGGT  590

seq1  AGTTATTATTACCAATTATTCAAATGGAGTAATATTGTATCAGTGTTTCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATTATTACCAATTATTCAAATGGAGTAATATTGTATCAGTGTTTCA  640

seq1  TGTCACAGTGTTTAAGTTGGGTTTCAAATTTAAATAAAATATAACCTCAA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACAGTGTTTAAGTTGGGTTTCAAATTTAAATAAAATATAACCTCAA  690

seq1  TTTATTTTTGCAGAAATGAAAAAATTTCAGCCCCATTATCCCTATGGTCC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTTGCAGAAATGAAAAAATTTCAGCCCCATTATCCCTATGGTCC  740

seq1  TATGATATCTTCCTTTGGGACAAAAATCCCTTTTGCTATGTGTAATTGTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATATCTTCCTTTGGGACAAAAATCCCTTTTGCTATGTGTAATTGTT  790

seq1  TGAAGGAGGGATGTCCCTCATAGGCTTGGGTTTTTGAACATTAATCTCCA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGAGGGATGTCCCTCATAGGCTTGGGTTTTTGAACATTAATCTCCA  840

seq1  GAAGGTGGCACTGTTTACAGAGGTTTGGAACCTTTAGGAGGTGGAGGCCT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTGGCACTGTTTACAGAGGTTTGGAACCTTTAGGAGGTGGAGGCCT  890

seq1  AAAGGAGGAAATACATCACTGGGGGTGGGATTTGAGGACTATGTGTTCAC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGGAAATACATCACTGGGGGTGGGATTTGAGGACTATGTGTTCAC  940

seq1  CACACTTTCTGTTCCCTCTTCTCTGCTTCCTGTATGAGGATGAAATGTGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTTCTGTTCCCTCTTCTCTGCTTCCTGTATGAGGATGAAATGTGA  990

seq1  TCTCTGCTTCCTGTTCCTGATGCTGTGACTTTTCCATTCTAAAAAAAATA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCTTCCTGTTCCTGATGCTGTGACTTTTCCATTCTAAAAAAAATA  1040

seq1  TAGGCATTCTCACTGGTGTGAGGTGGAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCATTCTCACTGGTGTGAGGTGGAATCTCAGGGTTGTTTTGATTTGC  1090

seq1  ATTTCCCTGATGATTAAGGATGTTGAACATTTTTTCAGGTGCTTCTCTGC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCCTGATGATTAAGGATGTTGAACATTTTTTCAGGTGCTTCTCTGC  1140

seq1  CATTCGGTATTCCTCAGGTGAGAATTC  1171
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCGGTATTCCTCAGGTGAGAATTC  1167


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |