BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-277N17
Chromosome5 (Build37)
Map Location 58,413,154 - 58,504,297
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041349, LOC666455, LOC625721, EG666465, Pcdh7
Downstream geneLOC100041385, LOC100041396, LOC666499, EG625870
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-277N17.bB6Ng01-277N17.g
ACCGA078259GA078260
length1,1121,092
definitionB6Ng01-277N17.b B6Ng01-277N17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,413,154 - 58,414,258)(58,503,191 - 58,504,297)
sequence
gaattcaaaaaacatacataattcatgagctttaatgtgtgcagctctaa
gaaatgttataaaatccttcacatttgcttttgtcccaccagagtcacga
atgtccccttgtgttcccatacactcacaggtatacagggctccttttcc
acaggtgagccccattttacttaatatacacacagaagtactgaagtaga
aatgttaggaatctgactaggccaaagagtagctgtattgtatcggcttt
aatggaaaaggtgaaagttctttgctgaatacagagagagggaaagaaaa
aaaaatcaatgtgcggaatgatgaggtttcaaggtttataataaacagga
agctgctagacacgagcttgtgagtaagaaaattgtcctggtttttaaat
gaataattaaattctgaaaaaaaccaacacaaagccaacaaacaaacaaa
ggaaaaaaaaaaaccacaaaacaaacaaaactctgcttgatgtctcctaa
agaactcaccaatatttcaagacaccatattcttagagttgctactaata
aaatacccgttcccattgtatttaaataccaggcactgttggtaatctct
tcctgagctaacttataaattaaaatgtattatttgtcattttagaatcc
ataggagttcttgaaatgcatcctgcacagatcagcactggttggtggag
gagctaggaatttttctttccctttttccaaaatctaaggttactttttc
cttgacattttttaattggttattttacttgtttacatttcaaatgctgt
cccccttccaggtctacccttcacaaaccctccatcctctcccctgcttc
cactatgtctctaagagggtgcacaacagggcagggagggcaccctctca
gtggcaaggagagggaaatggggaataactaagaacaggagcagaatttg
ggatgtacataataaaaatatttaattaatgagggaatgttcagagcata
taaagggatcagggaatattaaaatcagggcaaggtatggaggtgtgacc
cagaagaagcacagttcaaggcatttgagacctttgaccttccactgggt
aaggagcctaga

gaattctttccagactaacccacaaagctactacgaacatacttaattag
gttattttgagctaagttagaggaacctaaaataaatgagtttgtatgag
aagtgcatcttctcccacccctgatagttattttaaagtgttcaatgttg
ttggaattctttttaggactgggagcgcttatctctacatattgaaatat
aacaataactacaaattgtcagtaagtaaatgtattttcgtgactgtttt
ttaaaagatactggacataaaatttctacaaaaataaaatatcccacaca
accaagcatcaatagattataatgttgctgtttgctgcaaaccttgacta
tcagcctacaagaaatatcacctctaattattcttgtattttacacatta
aataataatgtaatcatgacaacctgtctaatttacttctttgtagttaa
tatcaaatcctatgatatttcccaccattttaagtccttcttaatgttat
cattttatttcaaaactatattaacctacatattcatagatgctgccttc
ctgatcttactgtatcataaatgagtatgctatttaacatgaatgtgtaa
ttattaaaaagccttttttcactttttcagcacctgggaatgataatgaa
gaaaatatctaaaagatacactggacaccaaacacctggcatgtcttttg
gacattgatatatgacctttgaacagtgatcatgtgctaattatattctg
cacacccaccttcattgagataaatagctcagctgtcattgtgtatagca
catatttatccttgcaaactatcaaggatagctctgcatacacagaatac
cctgtatgtataagctatgggagttgactcttcaagcttgacagaagtgg
ggactcttttttattgtatcagaaagtagcacaagttgtacccatatcca
aaaataataacatgtgatatgtaatttgttaaagcctgatctaagggaaa
gagttgaatgatgagctcaacagagtctggatagcacacctgtttctcta
tctatcattgtctctaggtatatacaactaattaatttctgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_58413154_58414258
seq2: B6Ng01-277N17.b_46_1157

seq1  GAATTCAAAAAACATACATAATTCATGAGCTTTAATGTGTGCAGCTCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAAAACATACATAATTCATGAGCTTTAATGTGTGCAGCTCTAA  50

seq1  GAAATGTTATAAAATCCTTCACATTTGCTTTTGTCCCACCAGAGTCACGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTTATAAAATCCTTCACATTTGCTTTTGTCCCACCAGAGTCACGA  100

seq1  ATGTCCCCTTGTGTTCCCATACACTCACAGGTATACAGGGCTCCTTTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCCCTTGTGTTCCCATACACTCACAGGTATACAGGGCTCCTTTTCC  150

seq1  ACAGGTGAGCCCCATTTTACTTAATATACACACAGAAGTACTGAAGTAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTGAGCCCCATTTTACTTAATATACACACAGAAGTACTGAAGTAGA  200

seq1  AATGTTAGGAATCTGACTAGGCCAAAGAGTAGCTGTATTGTATCGGCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTAGGAATCTGACTAGGCCAAAGAGTAGCTGTATTGTATCGGCTTT  250

seq1  AATGGAAAAGGTGAAAGTTCTTTGCTGAATACAGAGAGAGGGAAAGAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAAAAGGTGAAAGTTCTTTGCTGAATACAGAGAGAGGGAAAGAAAA  300

seq1  AAAAATCAATGTGCGGAATGATGAGGTTTCAAGGTTTATAATAAACAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCAATGTGCGGAATGATGAGGTTTCAAGGTTTATAATAAACAGGA  350

seq1  AGCTGCTAGACACGAGCTTGTGAGTAAGAAAATTGTCCTGGTTTTTAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCTAGACACGAGCTTGTGAGTAAGAAAATTGTCCTGGTTTTTAAAT  400

seq1  GAATAATTAAATTCTGAAAAAAACCAACACAAAGCCAACAAACAAACAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAATTAAATTCTGAAAAAAACCAACACAAAGCCAACAAACAAACAAA  450

seq1  GGAAAAAAAAAAACCACAAAACAAACAAAACTCTGCTTGATGTCTCCTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAAAAAAAACCACAAAACAAACAAAACTCTGCTTGATGTCTCCTAA  500

seq1  AGAACTCACCAATATTTCAAGACACCATATTCTTAGAGTTGCTACTAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCACCAATATTTCAAGACACCATATTCTTAGAGTTGCTACTAATA  550

seq1  AAATACCCGTTCCCATTGTATTTAAATACCAGGCACTGTTGGTAATCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACCCGTTCCCATTGTATTTAAATACCAGGCACTGTTGGTAATCTCT  600

seq1  TCCTGAGCTAACTTATAAATTAAAATGTATTATTTGTCATTTTAGAATCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGCTAACTTATAAATTAAAATGTATTATTTGTCATTTTAGAATCC  650

seq1  ATAGGAGTTCTTGAAATGCATCCTGCACAGATCAGCACTGGTTGGTGGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAGTTCTTGAAATGCATCCTGCACAGATCAGCACTGGTTGGTGGAG  700

seq1  GAGCTAGGAATTTTTCTTTCCCTTTTTCCAAAATCTAAGGTTACTTTTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAGGAATTTTTCTTTCCCTTTTTCCAAAATCTAAGGTTACTTTTTC  750

seq1  CTTGACATTTTTTAATTGGTTATTTTACTTGTTTACATTTCAAATGCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACATTTTTTAATTGGTTATTTTACTTGTTTACATTTCAAATGCTGT  800

seq1  CCCCCTTCCAGGTCTACCCTTCACAAACCCTCCATCCTCTCCCCTGCTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTTCCAGGTCTACCCTTCACAAACCCTCCATCCTCTCCCCTGCTTC  850

seq1  CACTATGTCTCTAAGAGGGTGCACAACAGGGCAGGGAGGGCACCCTCTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATGTCTCTAAGAGGGTGCACAACAGGGCAGGGAGGGCACCCTCTCA  900

seq1  GTGGCAAAGGAGAGGGAAATGGGGAATAACTAAGAACAGGAGCAGAATTT  950
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGC-AAGGAGAGGGAAATGGGGAATAACTAAGAACAGGAGCAGAATTT  949

seq1  GGGATGTACATAAATAAAATAATTAATTAATGA-GGAATGTTCAGAGCAT  999
      |||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGGATGTACATAATAAAAATATTTAATTAATGAGGGAATGTTCAGAGCAT  999

seq1  ATAAA-GGATCA-GGAATATTAAAATCAGGGC-AGGTAATGAGGTGTGAC  1046
      ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||
seq2  ATAAAGGGATCAGGGAATATTAAAATCAGGGCAAGGTATGGAGGTGTGAC  1049

seq1  CCAG-AGAAGCACAGTCAAAGGCA-TTGAGACC-TTGACCTT-CACTTGG  1092
      |||| |||||||||||  |||||| |||||||| |||||||| |||| ||
seq2  CCAGAAGAAGCACAGTTCAAGGCATTTGAGACCTTTGACCTTCCACTGGG  1099

seq1  GTAGGAGCCTAGA  1105
        |||||||||||
seq2  TAAGGAGCCTAGA  1112


seq1: chr5_58503191_58504297
seq2: B6Ng01-277N17.g_62_1153 (reverse)

seq1  GCAGAAATAATTAAGTTGTATATACCTAGAGACAATTGATAGGATTAGAG  50
      |||||||| | | |||||||||||||||||||||| ||||||   |||||
seq2  GCAGAAATTAATTAGTTGTATATACCTAGAGACAA-TGATAG--ATAGAG  47

seq1  AAACAGGTGTGCCTATTCCAGGAACCTCTGTTGAGCTCAATCATTCAACC  100
      ||||||||||| ||| |||||    ||||||||||||| ||||||||| |
seq2  AAACAGGTGTG-CTA-TCCAG---ACTCTGTTGAGCTC-ATCATTCAA-C  90

seq1  TCTTTCCCTTTAGATCAGGCTTTTAAACAAATTACATATCACATGTTTAT  150
      |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCTTTCCC-TTAGATCAGGCTTT--AACAAATTACATATCACATG-TTAT  136

seq1  TATTTTTGGATATGGGTACAACTTGTGCTACTTTCTTGATACAAT-AAAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  TATTTTTGGATATGGGTACAACTTGTGCTACTTTC-TGATACAATAAAAA  185

seq1  AGAGTCCCCACTTCTGTCAAGCTTTGAAGAGTCAACTCCCATAGCTTATA  249
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCCCCACTTCTGTCAAGC-TTGAAGAGTCAACTCCCATAGCTTATA  234

seq1  CATACAGGGTATTCTGTGTATGCAGAGCTATCCTTGATAGTTTGCAAGGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAGGGTATTCTGTGTATGCAGAGCTATCCTTGATAGTTTGCAAGGA  284

seq1  TAAATATGTGCTATACACAATGACAGCTGAGCTATTTATCTCAATGAAGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATGTGCTATACACAATGACAGCTGAGCTATTTATCTCAATGAAGG  334

seq1  TGGGTGTGCAGAATATAATTAGCACATGATCACTGTTCAAAGGTCATATA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGTGCAGAATATAATTAGCACATGATCACTGTTCAAAGGTCATATA  384

seq1  TCAATGTCCAAAAGACATGCCAGGTGTTTGGTGTCCAGTGTATCTTTTAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGTCCAAAAGACATGCCAGGTGTTTGGTGTCCAGTGTATCTTTTAG  434

seq1  ATATTTTCTTCATTATCATTCCCAGGTGCTGAAAAAGTGAAAAAAGGCTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTCTTCATTATCATTCCCAGGTGCTGAAAAAGTGAAAAAAGGCTT  484

seq1  TTTAATAATTACACATTCATGTTAAATAGCATACTCATTTATGATACAGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATAATTACACATTCATGTTAAATAGCATACTCATTTATGATACAGT  534

seq1  AAGATCAGGAAGGCAGCATCTATGAATATGTAGGTTAATATAGTTTTGAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCAGGAAGGCAGCATCTATGAATATGTAGGTTAATATAGTTTTGAA  584

seq1  ATAAAATGATAACATTAAGAAGGACTTAAAATGGTGGGAAATATCATAGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATGATAACATTAAGAAGGACTTAAAATGGTGGGAAATATCATAGG  634

seq1  ATTTGATATTAACTACAAAGAAGTAAATTAGACAGGTTGTCATGATTACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGATATTAACTACAAAGAAGTAAATTAGACAGGTTGTCATGATTACA  684

seq1  TTATTATTTAATGTGTAAAATACAAGAATAATTAGAGGTGATATTTCTTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTTAATGTGTAAAATACAAGAATAATTAGAGGTGATATTTCTTG  734

seq1  TAGGCTGATAGTCAAGGTTTGCAGCAAACAGCAACATTATAATCTATTGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTGATAGTCAAGGTTTGCAGCAAACAGCAACATTATAATCTATTGA  784

seq1  TGCTTGGTTGTGTGGGATATTTTATTTTTGTAGAAATTTTATGTCCAGTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGGTTGTGTGGGATATTTTATTTTTGTAGAAATTTTATGTCCAGTA  834

seq1  TCTTTTAAAAAACAGTCACGAAAATACATTTACTTACTGACAATTTGTAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTAAAAAACAGTCACGAAAATACATTTACTTACTGACAATTTGTAG  884

seq1  TTATTGTTATATTTCAATATGTAGAGATAAGCGCTCCCAGTCCTAAAAAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGTTATATTTCAATATGTAGAGATAAGCGCTCCCAGTCCTAAAAAG  934

seq1  AATTCCAACAACATTGAACACTTTAAAATAACTATCAGGGGTGGGAGAAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCAACAACATTGAACACTTTAAAATAACTATCAGGGGTGGGAGAAG  984

seq1  ATGCACTTCTCATACAAACTCATTTATTTTAGGTTCCTCTAACTTAGCTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACTTCTCATACAAACTCATTTATTTTAGGTTCCTCTAACTTAGCTC  1034

seq1  AAAATAACCTAATTAAGTATGTTCGTAGTAGCTTTGTGGGTTAGTCTGGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAACCTAATTAAGTATGTTCGTAGTAGCTTTGTGGGTTAGTCTGGA  1084

seq1  AAGAATTC  1107
      ||||||||
seq2  AAGAATTC  1092


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |