BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279F18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 82,311,566 - 82,475,173
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039506, LOC100039384, Lphn3
Downstream geneEG433912, LOC100039434
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279F18.bB6Ng01-279F18.g
ACCGA079360GA079361
length1,1851,113
definitionB6Ng01-279F18.b B6Ng01-279F18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,473,993 - 82,475,173)(82,311,566 - 82,312,643)
sequence
gaattctttgtttctatgggactctgaggtcacattcctttctgctaata
agacaggtcatgtctggagaataacttttttcctgccctgtgcccgttct
tatgttgttagcaaatggaagacaaaggctaggctagatttgctctggta
aacagatcacctaaaaaaacaagtagagtcactgtggaattgatgaaact
ttaaattgtggtgaggcatccactaagcaaaatgtcactgaattagcatc
atagtaggctctgacccagcttctcactgatctccctactccgtggacag
tggagagagagaatcaggaggagtcgaataagagagaacgagagaactga
ggtctgctgaccaaataaacttctctgtactcttccacaattattgtttc
catgtggaagtgattggggtaggaactggacttttcttactgtgagaaat
ttagcaatttgttacttaggattcttgtgattccttatctaatggtcatc
ttacaaaccatatcttatttggctctccacaatcccacactagtatttgt
aatagattgccactcgttaattctgataaccttttcccttttaagacggt
aatgttcccaactatttcttctcaaaaacgtgacaactttaccaggaatt
aaatacaaatgtccttcagctgagtttagagtcatctctctggaacatag
tattgtcccagttccacacacatcacgaaagtgttactgtaatagattca
gttcataatgaagttgatcatgttgtgggactcctcctagccaagatgta
atgtcacatacttttatatccattttcacttttgtgaagactggaattgc
accaccaaaactgtcttattacagtcagagaggtgactctacaagatagg
tctgacaaggtctcttctttcatttcctcctttactacacttatgtcaag
ttcaacaggtagtaacaaataactttttctactcgcatttcagtttttct
tttgttaatgtgtttgaatcacagcccatacagggattaccttattgagt
gattacttgtatagtgtatgtaagtttgtctttcatatcttcaacatgtc
aactttcgtattgtaactgtctcaatgtctattctatgagtctgaacttt
ttcagaaaagaaattctcaccaaccataagtttta

gaattcttatctggtgctagaaacatggttttaaaaaaatggctgagaag
tatttgatcctggagtgaacttgttcctgctgaataattaaattgtcatg
ctgcacgttgctgtctaaatatttatttatttatttttttaatcagcaga
aacatactactccaagctttactcatgggtgcctcattttacaaataatt
atgaatgcagaaatacctgactgcttaagatggtgagaatgagtggtggt
aaagatcaaaatgacatttatttctcctcccctaaggttcacagaatatt
atggaagaaggagtataaagaatgaagactagaaggagaagggtcaccaa
ctgatatcttctggacatgacacaacgttgtagtcatggtgttatatcaa
ctattgttgcttgtaatatctacacgataatgaagctataaacattttat
catgatttggggaaggagtttatatggtcccaccccttcctgatgagaag
tcctaggggatgggcaatctatgtctttaattgtgtaaccatcgaggaac
caccagattcacatgaatagttccatcagttgcactgatgatcctagtta
acttctaagcatttcaaaagaacaaaacaaatcaaccatcaccaacaaaa
accatgaatgtgggtaggagagttacaggattgaaagaaaggctagagag
agtggtggtgtaataaagtaaactttagagatgtatgaaattgtcaaggg
caaagtcaacacaatgatgtgtaacaaaactgtagttttaatatttgtta
tttggcactacaccaaagtatgttatttcatctaacattgatataattca
tcatatctatacacacaactgggcatgttagtgaaaagggagaatcaagg
tttttaattaagtggtagttaccatttcaagagtagataagtagcagtca
cagttgcaaggggacacacaccattttatctgtttattatgagattattc
atgatctagaggcattttgtgcattatttgtgaagaggatatacacctta
atcatataaacctatgttctgatttggctataatgaatcaagaaagattt
ctaaattatctca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_82473993_82475173
seq2: B6Ng01-279F18.b_44_1228 (reverse)

seq1  TAAAAC---TAGTTGGT--GGATTTCTTTTCTTGAAAAAATTTAGACTCA  45
      ||||||   | ||||||  | |||||||||| ||||||| || |||||||
seq2  TAAAACTTATGGTTGGTGAGAATTTCTTTTC-TGAAAAAGTTCAGACTCA  49

seq1  TAG-ATAGACA-TGAGACAGGTAC-ATACCGAAGTTGACATG-TGAAGAT  91
      ||| ||||||| |||||||| ||| ||||  ||||||||||| |||||||
seq2  TAGAATAGACATTGAGACAGTTACAATACGAAAGTTGACATGTTGAAGAT  99

seq1  ATGAAAGACAAACTTTACATACACTAATAACAAGGTAATCACTCAATAAG  141
      ||||||||||||| ||||||||||||   |||| ||||||||||||||||
seq2  ATGAAAGACAAAC-TTACATACACTA--TACAA-GTAATCACTCAATAAG  145

seq1  GTAATCCCTGTATGGCTTGTGATTCAAACACATTTAACAAAAG-AAAACT  190
      |||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  GTAATCCCTGTATGGGCTGTGATTCAAACACA-TTAACAAAAGAAAAACT  194

seq1  GAAATGCGAGTAGAAAAAGTTATTTGTTACTACCTGTTGAACTTGACATA  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGCGAGTAGAAAAAGTTATTTGTTACTACCTGTTGAACTTGACATA  244

seq1  AGTGTAGTAAAGGAGGAAATGAAAGAAGAGACCTTGTCAGACCTATCTTG  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAGTAAAGGAGGAAATGAAAGAAGAGACCTTGTCAGACCTATCTTG  294

seq1  TAGAGTCACCTCTCTGACTGTAATAAGACAGTTTTGGTGGTGCAATTCCA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTCACCTCTCTGACTGTAATAAGACAGTTTTGGTGGTGCAATTCCA  344

seq1  GTCTTCACAAAAGTGAAAATGGATATAAAAGTATGTGACATTACATCTTG  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCACAAAAGTGAAAATGGATATAAAAGTATGTGACATTACATCTTG  394

seq1  GCTAGGAGGAGTCCCACAACATGATCAACTTCATTATGAACTGAATCTAT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGAGGAGTCCCACAACATGATCAACTTCATTATGAACTGAATCTAT  444

seq1  TACAGTAACACTTTCGTGATGTGTGTGGAACTGGGACAATACTATGTTCC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTAACACTTTCGTGATGTGTGTGGAACTGGGACAATACTATGTTCC  494

seq1  AGAGAGATGACTCTAAACTCAGCTGAAGGACATTTGTATTTAATTCCTGG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGATGACTCTAAACTCAGCTGAAGGACATTTGTATTTAATTCCTGG  544

seq1  TAAAGTTGTCACGTTTTTGAGAAGAAATAGTTGGGAACATTACCGTCTTA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTGTCACGTTTTTGAGAAGAAATAGTTGGGAACATTACCGTCTTA  594

seq1  AAAGGGAAAAGGTTATCAGAATTAACGAGTGGCAATCTATTACAAATACT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGAAAAGGTTATCAGAATTAACGAGTGGCAATCTATTACAAATACT  644

seq1  AGTGTGGGATTGTGGAGAGCCAAATAAGATATGGTTTGTAAGATGACCAT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGGATTGTGGAGAGCCAAATAAGATATGGTTTGTAAGATGACCAT  694

seq1  TAGATAAGGAATCACAAGAATCCTAAGTAACAAATTGCTAAATTTCTCAC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAAGGAATCACAAGAATCCTAAGTAACAAATTGCTAAATTTCTCAC  744

seq1  AGTAAGAAAAGTCCAGTTCCTACCCCAATCACTTCCACATGGAAACAATA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGAAAAGTCCAGTTCCTACCCCAATCACTTCCACATGGAAACAATA  794

seq1  ATTGTGGAAGAGTACAGAGAAGTTTATTTGGTCAGCAGACCTCAGTTCTC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGGAAGAGTACAGAGAAGTTTATTTGGTCAGCAGACCTCAGTTCTC  844

seq1  TCGTTCTCTCTTATTCGACTCCTCCTGATTCTCTCTCTCCACTGTCCACG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTCTCTCTTATTCGACTCCTCCTGATTCTCTCTCTCCACTGTCCACG  894

seq1  GAGTAGGGAGATCAGTGAGAAGCTGGGTCAGAGCCTACTATGATGCTAAT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGGGAGATCAGTGAGAAGCTGGGTCAGAGCCTACTATGATGCTAAT  944

seq1  TCAGTGACATTTTGCTTAGTGGATGCCTCACCACAATTTAAAGTTTCATC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGACATTTTGCTTAGTGGATGCCTCACCACAATTTAAAGTTTCATC  994

seq1  AATTCCACAGTGACTCTACTTGTTTTTTTAGGTGATCTGTTTACCAGAGC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCACAGTGACTCTACTTGTTTTTTTAGGTGATCTGTTTACCAGAGC  1044

seq1  AAATCTAGCCTAGCCTTTGTCTTCCATTTGCTAACAACATAAGAACGGGC  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTAGCCTAGCCTTTGTCTTCCATTTGCTAACAACATAAGAACGGGC  1094

seq1  ACAGGGCAGGAAAAAAGTTATTCTCCAGACATGACCTGTCTTATTAGCAG  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGCAGGAAAAAAGTTATTCTCCAGACATGACCTGTCTTATTAGCAG  1144

seq1  AAAGGAATGTGACCTCAGAGTCCCATAGAAACAAAGAATTC  1181
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAATGTGACCTCAGAGTCCCATAGAAACAAAGAATTC  1185


seq1: chr5_82311566_82312643
seq2: B6Ng01-279F18.g_106_1176

seq1  CTGAGAAGTATTTGATCCTGGAGTGAACTTGTTCCTGCTGAATAATTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAGTATTTGATCCTGGAGTGAACTTGTTCCTGCTGAATAATTAAA  50

seq1  TTGTCATGCTGCACGTTGCTGTCTAAATATTTATTTATTTATTTTTTTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCATGCTGCACGTTGCTGTCTAAATATTTATTTATTTATTTTTTTAA  100

seq1  TCAGCAGAAACATACTACTCCAAGCTTTACTCATGGGTGCCTCATTTTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGAAACATACTACTCCAAGCTTTACTCATGGGTGCCTCATTTTAC  150

seq1  AAATAATTATGAATGCAGAAATACCTGACTGCTTAAGATGGTGAGAATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTATGAATGCAGAAATACCTGACTGCTTAAGATGGTGAGAATGA  200

seq1  GTGGTGGTAAAGATCAAAATGACATTTATTTCTCCTCCCCTAAGGTTCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGTAAAGATCAAAATGACATTTATTTCTCCTCCCCTAAGGTTCAC  250

seq1  AGAATATTATGGAAGAAGGAGTATAAAGAATGAAGACTAGAAGGAGAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATTATGGAAGAAGGAGTATAAAGAATGAAGACTAGAAGGAGAAGG  300

seq1  GTCACCAACTGATATCTTCTGGACATGACACAACGTTGTAGTCATGGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCAACTGATATCTTCTGGACATGACACAACGTTGTAGTCATGGTGT  350

seq1  TATATCAACTATTGTTGCTTGTAATATCTACACGATAATGAAGCTATAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCAACTATTGTTGCTTGTAATATCTACACGATAATGAAGCTATAAA  400

seq1  CATTTTATCATGATTTGGGGAAGGAGTTTATATGGTCCCACCCCTTCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTATCATGATTTGGGGAAGGAGTTTATATGGTCCCACCCCTTCCTG  450

seq1  ATGAGAAGTCCTAGGGGATGGGCAATCTATGTCTTTAATTGTGTAACCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAAGTCCTAGGGGATGGGCAATCTATGTCTTTAATTGTGTAACCAT  500

seq1  CGAGGAACCACCAGATTCACATGAATAGTTCCATCAGTTGCACTGATGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGAACCACCAGATTCACATGAATAGTTCCATCAGTTGCACTGATGAT  550

seq1  CCTAGTTAACTTCTAAGCATTTCAAAAGAACAAAACAAATCAACCATCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTTAACTTCTAAGCATTTCAAAAGAACAAAACAAATCAACCATCAC  600

seq1  CAACAAAAACCATGAATGTGGGTAGGAGAGTTACAGGATTGAAAGAAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAAAACCATGAATGTGGGTAGGAGAGTTACAGGATTGAAAGAAAGG  650

seq1  CTAGAGAGAGTGGTGGTGTAATAAAGTAAACTTTAGAGATGTATGAAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGAGAGTGGTGGTGTAATAAAGTAAACTTTAGAGATGTATGAAATT  700

seq1  GTCAAGGGCAAAGTCAACACAATGATGTGTAACAAAACTGTAGTTTTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGGGCAAAGTCAACACAATGATGTGTAACAAAACTGTAGTTTTAAT  750

seq1  ATTTGTTATTTGGCACTACACCAAAGTATGTTATTTCATCTAACATTGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTATTTGGCACTACACCAAAGTATGTTATTTCATCTAACATTGAT  800

seq1  ATAATTCATCATATCTATACACACAACTGGGCATGTTAGTGAAAAGGGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTCATCATATCTATACACACAACTGGGCATGTTAGTGAAAAGGGAG  850

seq1  AATCAAGGTTTTTAATTAAGTGGTAGTTACCA-TTCAAGAGTAGATAAAG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  AATCAAGGTTTTTAATTAAGTGGTAGTTACCATTTCAAGAGTAGAT-AAG  899

seq1  TAGCAGGTCACAG-TGC-AGGGGACACACACCA-TTTATCTGTTTATTAT  946
      ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TAGCA-GTCACAGTTGCAAGGGGACACACACCATTTTATCTGTTTATTAT  948

seq1  GAGATTATTCATGATCTTAAGAGCA-TTTGTGCATAATTTGGTGAAAGAG  995
      |||||||||||||||||  || ||| ||||||||| |||| ||| |||||
seq2  GAGATTATTCATGATCTAGAG-GCATTTTGTGCATTATTT-GTG-AAGAG  995

seq1  GGAATATAACACCTT-ATCATATAAACTTAATGTTCTGATTTGGCTATAT  1044
      |  |||| ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| 
seq2  G--ATAT-ACACCTTAATCATATAAACCT-ATGTTCTGATTTGGCTATAA  1041

seq1  TTAATCTAAGAAAAGATTTCTAAAATATATCTCA  1078
      | |||| ||| |||||||||||||   |||||||
seq2  TGAATC-AAG-AAAGATTTCTAAA--TTATCTCA  1071


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |