BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-283A24
Chromosome5 (Build37)
Map Location 5,152,576 - 5,255,906
singlet/doubletdoublet
Overlap genePftk1
Upstream geneENSMUSG00000053178, LOC100041073, Fzd1, LOC667678
Downstream gene1700015F17Rik, Cldn12, Gtpbp10, LOC667699, EG667705, A330021E22Rik, Steap2, Steap1, LOC727711, LOC546854
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-283A24.bB6Ng01-283A24.g
ACCGA082116GA082117
length936785
definitionB6Ng01-283A24.b B6Ng01-283A24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,255,241 - 5,255,906)(5,152,576 - 5,153,360)
sequence
gaattcactgtaaatgcatgccaggcttaaccgaattaagctgtgctctt
tcacatccattgctgaggcgtcaataaacagttgtctaggttttacatag
ctgcaagcaaaacacataggtcagactctgacttttgaagcctctaatgc
catttgaattatctgacttttattattttttttttcttttttaaattatc
ttctcttcttaaaccaagttagggtctaccaacaaattagcaagtttctg
ttaaggatggaggggccaaccccatgagctagaactatgcctgatactat
taatgaggccaagatcctagaaccaagcaattcatgtatccagccccagt
gaaggcctactattattttgaaaaattaacatagcagtaaaactacttcc
aatgatacccataaaacaatgcatcgctcaaccttcatgggagctgctgt
ttcttatagtagagagcaacacatctcaatagcatgcagaacatgagaga
ctttggagtgttcagccctgaatgggatgtctctatcacagtcttccctt
caagggtcagggatctacatagaaggggtggcagtggaaaggttataaga
gttagaggtggtgatagatgattttaaaagaaacagtcttttctaggcac
aacagagcaaatgaacatgtgaatgcatagagattgtgacagcatgcccg
agaccttcacaagctcaagccagacaaaatccctacatgaaggaggggaa
gccccatcccaaaccaagaagccatttgcaaaagatagctgttaggagaa
ggaaaatcagttatctttagtggagtgatgttggaggtatcaggcacaca
tcatgctaaggagcagttaaccaacataaattgaatgctgactctttagt
gactacgttttgcctttttgtgtttgttgtattaga

gaattcaaggcagcaaaaagaaccaacagctgatctgggtcagcagtcat
gtttggttccaaggaccttctgaagctgggatgttcatttcagaaagtaa
caggcaatgcttatgatagacagagagacagacagaccccaccccaagag
acacatcaggaaaagaatgcagaagacagtcaccctggagtaacagtaac
ataccaaacccagaatcaatgaaccacaataactattcacaatgactatg
atcgaagcattcatgatgcctttgaaagtgaggagaaattagtcaacatc
tatgaaaatttaaaatactatgcatagccctttgaggcagtgtttctcca
aggacatacagggacagaaataaataggtatattaacaagaatgtttgca
ctaatgttattcataaatactggatgatctactttgcacttcattgtgta
ttgcctaataaagcatgacagtagatataacaaatattgtctagaaactt
aacagtgtgcaagagttctaaaagatgaagggacagactattgtgtctgc
tataaataaatcttacctgtgtggaaagagacagagagcaacggtggaaa
tgtggaagagtggggattgtctgcagtattcactgttttgttgttctaca
caatttttgcttatcaaatacagttaatagaatgttcatggagggaaaat
aacaccaaaggttgttagacaaaacctcaaggaatcacattattttatgg
ttacctaaacttgtttatatactctgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_5255241_5255906
seq2: B6Ng01-283A24.b_46_711 (reverse)

seq1  GTTCATTTGCTCTGTTGTGCCTAGAAAAGACTGTTTCTTTTAAAATCATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATTTGCTCTGTTGTGCCTAGAAAAGACTGTTTCTTTTAAAATCATC  50

seq1  TATCACCACCTCTAACTCTTATAACCTTTCCACTGCCACCCCTTCTATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACCACCTCTAACTCTTATAACCTTTCCACTGCCACCCCTTCTATGT  100

seq1  AGATCCCTGACCCTTGAAGGGAAGACTGTGATAGAGACATCCCATTCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCCTGACCCTTGAAGGGAAGACTGTGATAGAGACATCCCATTCAGG  150

seq1  GCTGAACACTCCAAAGTCTCTCATGTTCTGCATGCTATTGAGATGTGTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAACACTCCAAAGTCTCTCATGTTCTGCATGCTATTGAGATGTGTTG  200

seq1  CTCTCTACTATAAGAAACAGCAGCTCCCATGAAGGTTGAGCGATGCATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTACTATAAGAAACAGCAGCTCCCATGAAGGTTGAGCGATGCATTG  250

seq1  TTTTATGGGTATCATTGGAAGTAGTTTTACTGCTATGTTAATTTTTCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGGGTATCATTGGAAGTAGTTTTACTGCTATGTTAATTTTTCAAA  300

seq1  ATAATAGTAGGCCTTCACTGGGGCTGGATACATGAATTGCTTGGTTCTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAGTAGGCCTTCACTGGGGCTGGATACATGAATTGCTTGGTTCTAG  350

seq1  GATCTTGGCCTCATTAATAGTATCAGGCATAGTTCTAGCTCATGGGGTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTGGCCTCATTAATAGTATCAGGCATAGTTCTAGCTCATGGGGTTG  400

seq1  GCCCCTCCATCCTTAACAGAAACTTGCTAATTTGTTGGTAGACCCTAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTCCATCCTTAACAGAAACTTGCTAATTTGTTGGTAGACCCTAACT  450

seq1  TGGTTTAAGAAGAGAAGATAATTTAAAAAAGAAAAAAAAAATAATAAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTAAGAAGAGAAGATAATTTAAAAAAGAAAAAAAAAATAATAAAAG  500

seq1  TCAGATAATTCAAATGGCATTAGAGGCTTCAAAAGTCAGAGTCTGACCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATAATTCAAATGGCATTAGAGGCTTCAAAAGTCAGAGTCTGACCTA  550

seq1  TGTGTTTTGCTTGCAGCTATGTAAAACCTAGACAACTGTTTATTGACGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTTGCTTGCAGCTATGTAAAACCTAGACAACTGTTTATTGACGCC  600

seq1  TCAGCAATGGATGTGAAAGAGCACAGCTTAATTCGGTTAAGCCTGGCATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAATGGATGTGAAAGAGCACAGCTTAATTCGGTTAAGCCTGGCATG  650

seq1  CATTTACAGTGAATTC  666
      ||||||||||||||||
seq2  CATTTACAGTGAATTC  666


seq1: chr5_5152576_5153360
seq2: B6Ng01-283A24.g_63_847

seq1  GAATTCAAGGCAGCAAAAAGAACCAACAGCTGATCTGGGTCAGCAGTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCAGCAAAAAGAACCAACAGCTGATCTGGGTCAGCAGTCAT  50

seq1  GTTTGGTTCCAAGGACCTTCTGAAGCTGGGATGTTCATTTCAGAAAGTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGTTCCAAGGACCTTCTGAAGCTGGGATGTTCATTTCAGAAAGTAA  100

seq1  CAGGCAATGCTTATGATAGACAGAGAGACAGACAGACCCCACCCCAAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAATGCTTATGATAGACAGAGAGACAGACAGACCCCACCCCAAGAG  150

seq1  ACACATCAGGAAAAGAATGCAGAAGACAGTCACCCTGGAGTAACAGTAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATCAGGAAAAGAATGCAGAAGACAGTCACCCTGGAGTAACAGTAAC  200

seq1  ATACCAAACCCAGAATCAATGAACCACAATAACTATTCACAATGACTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAAACCCAGAATCAATGAACCACAATAACTATTCACAATGACTATG  250

seq1  ATCGAAGCATTCATGATGCCTTTGAAAGTGAGGAGAAATTAGTCAACATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGAAGCATTCATGATGCCTTTGAAAGTGAGGAGAAATTAGTCAACATC  300

seq1  TATGAAAATTTAAAATACTATGCATAGCCCTTTGAGGCAGTGTTTCTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAAATTTAAAATACTATGCATAGCCCTTTGAGGCAGTGTTTCTCCA  350

seq1  AGGACATACAGGGACAGAAATAAATAGGTATATTAACAAGAATGTTTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATACAGGGACAGAAATAAATAGGTATATTAACAAGAATGTTTGCA  400

seq1  CTAATGTTATTCATAAATACTGGATGATCTACTTTGCACTTCATTGTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGTTATTCATAAATACTGGATGATCTACTTTGCACTTCATTGTGTA  450

seq1  TTGCCTAATAAAGCATGACAGTAGATATAACAAATATTGTCTAGAAACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTAATAAAGCATGACAGTAGATATAACAAATATTGTCTAGAAACTT  500

seq1  AACAGTGTGCAAGAGTTCTAAAAGATGAAGGGACAGACTATTGTGTCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTGTGCAAGAGTTCTAAAAGATGAAGGGACAGACTATTGTGTCTGC  550

seq1  TATAAATAAATCTTACCTGTGTGGAAAGAGACAGAGAGCAACGGTGGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATAAATCTTACCTGTGTGGAAAGAGACAGAGAGCAACGGTGGAAA  600

seq1  TGTGGAAGAGTGGGGATTGTCTGCAGTATTCACTGTTTTGTTGTTCTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAAGAGTGGGGATTGTCTGCAGTATTCACTGTTTTGTTGTTCTACA  650

seq1  CAATTTTTGCTTATCAAATACAGTTAATAGAATGTTCATGGAGGGAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTTTGCTTATCAAATACAGTTAATAGAATGTTCATGGAGGGAAAAT  700

seq1  AACACCAAAGGTTGTTAGACAAAACCTCAAGGAATCACATTATTTTATGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCAAAGGTTGTTAGACAAAACCTCAAGGAATCACATTATTTTATGG  750

seq1  TTACCTAAACTTGTTTATATACTCTGTGTGTGTGT  785
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTAAACTTGTTTATATACTCTGTGTGTGTGT  785


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |