BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-289C22
Chromosome5 (Build37)
Map Location 84,516,371 - 84,684,224
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEpha5, LOC100039489
Upstream geneSrd5a2l2, LOC100039608, LOC231368
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-289C22.bB6Ng01-289C22.g
ACCGA086652GA086653
length1,1421,118
definitionB6Ng01-289C22.b B6Ng01-289C22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,683,082 - 84,684,224)(84,516,371 - 84,517,457)
sequence
gaattcaagaacaccactaatttacaacgttttactgatagtttaagcta
tgataataagctaagagttaaaaataaaattcaaataaattcaaatagaa
gacataattgccaacttctgaatctcacaaaacttaaaataatagctaac
aaatagtaagtgaatttaaaaagcatcaaagcatcagcattgtccagggg
agtgacattaacagtaggtattgtaagcatataagctgaattatataact
atgaaagcagaaaagtcttattatctgttttctgtcatctatagaatcag
gaaaacatgatataatcaagttcaactctgacaacctgaggacaatgacc
catgagaataaaaagttgacattcctgttcagaaggcaagctataatttg
aatttctgccattttttgttctattcaagccatcacattctaaaggggca
tccaacactgttgagtttgatcaatttcattcagcacagttatcaaaatt
ataactacttttgggaacaccattataattattcagaaataatctactag
ctatctagaatcagtccattcaaaatttcaggtaaaactattttatattt
atccatatgagaacaataaaattaatagactatttctatattctatatga
atgttatggaaaagtgaaattaaaaagtcttttactgaaaattccctgag
aacacaataatacttacatgtaaacttaataatatatgtaatctaccaac
agaaattgaagatcattaaaataaatgtcagaagaacatattaatctctt
ataggataactgttaatgtgtttgcactcctgagaattgttaataagcat
aatacaattactcttcaaacttttgtattcattatttgtaactaaagaat
gaaaagttaaaatttacctctccttatccagcttccactttacattctct
aatcctaatgaaatgtgatttctggctctaaagtacctaaaactaatggg
tttccacccatccctgatggagaacaaatgctcttgctcagataagtctg
ttttcataaagttgggaatagagggaggtttatcgtatgattaaagccta
ctgtaacctagagaagtagttaatatcaaaagaatcctgatg
gaattcatgtcaagaactcactcaagataagaggcagagtctattgagga
aaggtgtttaatggcttgctcccaggctatgtagaggcttgcttctgtag
acaactgtagaggactgacacctttaacagtttgctctttcacacccatc
aacaagaaaaaaaatatacatacatatatatatatatatatatatatata
tatatatatatatatatacatatatgcctatacactaaacctgattgtga
cgtttcctcagtctaaattccttctctccaagtaactagtctttatgtca
gggtgagaaagaattaagcagtacaagagtatttcattgaacctgtagct
ttatgtgaatgggttagactgattgtcaaggacctcctaggatctaagta
tttctacacccccaacactgggatagcaagcaagccattgctgtcctatt
tatgcggatgctgggaatttgaattcatgtacttattcttatatatcaca
cactcgtactcacaaaggcatctcctcagctccaagacatgattttttta
aatgtgatgatggtttaatctatggtagtattgaatcaaggagaaaacag
catgaagggatagaattacatttaagaaaagtacatacatttgcccaaat
caatactgattcatgtgtaaaaagtttaagtgttaattctactttaattg
agataattatacaatatagcaataataccctccaaagtacctagaatatg
cttttctttccaacaatcctaaatataatctggtataactgtcctattta
tgatccattcaatataaactcaggaaatgtattttctgacctttacactt
tttctaagactcctttcctttttttctccactacccatatcacgtttatc
aggccactttttctcaatagcctgatatgctgatcaaattctctcagtat
gtgaaggttgttttagaaatgatcacttttgattaaatagactcatcccc
tttaatacctggttttcaaagtaacagggtttctttcacactgaaatctg
aaaacacctgtaaatctggtaagccttttgtgagtcgaatgtttaaactt
ggtctcaggttagtctca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_84683082_84684224
seq2: B6Ng01-289C22.b_47_1188 (reverse)

seq1  CATCAGTA-TCTTTTGATTATTACTACTTTCTCTAGTTTACAGTAGGCTT  49
      |||||| | |||||||||  | ||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  CATCAGGATTCTTTTGATATTAACTAC-TTCTCTAGGTTACAGTAGGCTT  49

seq1  AAATTCATTACGATAAACCT-CCTCTATT-CCAACTTTATGAAAACAGAC  97
       || ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TAA-TCA-TACGATAAACCTCCCTCTATTCCCAACTTTATGAAAACAGAC  97

seq1  TTATCTGAGCAAGAGCATTTGTTCTCCATCAGGGATGGGTGGAAACCCAT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGAGCAAGAGCATTTGTTCTCCATCAGGGATGGGTGGAAACCCAT  147

seq1  TAGTTTTAGGTACTTTTAGAGCCAGAAATCACATTTCATTAGGATTAGAG  197
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTTAGGTAC-TTTAGAGCCAGAAATCACATTTCATTAGGATTAGAG  196

seq1  AATGTAAAGTGGAAGCTGGATAAGGAGAGGTAAATTTTAACTTTTCATTC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAAAGTGGAAGCTGGATAAGGAGAGGTAAATTTTAACTTTTCATTC  246

seq1  TTTAGTTACAAATAATGAATACAAAAGTTTGAAGAGTAATTGTATTATGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTACAAATAATGAATACAAAAGTTTGAAGAGTAATTGTATTATGC  296

seq1  TTATTAACAATTCTCAGGAGTGCAAACACATTAACAGTTATCCTATAAGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAACAATTCTCAGGAGTGCAAACACATTAACAGTTATCCTATAAGA  346

seq1  GATTAATATGTTCTTCTGACATTTATTTTAATGATCTTCAATTTCTGTTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAATATGTTCTTCTGACATTTATTTTAATGATCTTCAATTTCTGTTG  396

seq1  GTAGATTACATATATTATTAAGTTTACATGTAAGTATTATTGTGTTCTCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATTACATATATTATTAAGTTTACATGTAAGTATTATTGTGTTCTCA  446

seq1  GGGAATTTTCAGTAAAAGACTTTTTAATTTCACTTTTCCATAACATTCAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATTTTCAGTAAAAGACTTTTTAATTTCACTTTTCCATAACATTCAT  496

seq1  ATAGAATATAGAAATAGTCTATTAATTTTATTGTTCTCATATGGATAAAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAATATAGAAATAGTCTATTAATTTTATTGTTCTCATATGGATAAAT  546

seq1  ATAAAATAGTTTTACCTGAAATTTTGAATGGACTGATTCTAGATAGCTAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAGTTTTACCTGAAATTTTGAATGGACTGATTCTAGATAGCTAG  596

seq1  TAGATTATTTCTGAATAATTATAATGGTGTTCCCAAAAGTAGTTATAATT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTATTTCTGAATAATTATAATGGTGTTCCCAAAAGTAGTTATAATT  646

seq1  TTGATAACTGTGCTGAATGAAATTGATCAAACTCAACAGTGTTGGATGCC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAACTGTGCTGAATGAAATTGATCAAACTCAACAGTGTTGGATGCC  696

seq1  CCTTTAGAATGTGATGGCTTGAATAGAACAAAAAATGGCAGAAATTCAAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAGAATGTGATGGCTTGAATAGAACAAAAAATGGCAGAAATTCAAA  746

seq1  TTATAGCTTGCCTTCTGAACAGGAATGTCAACTTTTTATTCTCATGGGTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGCTTGCCTTCTGAACAGGAATGTCAACTTTTTATTCTCATGGGTC  796

seq1  ATTGTCCTCAGGTTGTCAGAGTTGAACTTGATTATATCATGTTTTCCTGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCCTCAGGTTGTCAGAGTTGAACTTGATTATATCATGTTTTCCTGA  846

seq1  TTCTATAGATGACAGAAAACAGATAATAAGACTTTTCTGCTTTCATAGTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATAGATGACAGAAAACAGATAATAAGACTTTTCTGCTTTCATAGTT  896

seq1  ATATAATTCAGCTTATATGCTTACAATACCTACTGTTAATGTCACTCCCC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATTCAGCTTATATGCTTACAATACCTACTGTTAATGTCACTCCCC  946

seq1  TGGACAATGCTGATGCTTTGATGCTTTTTAAATTCACTTACTATTTGTTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAATGCTGATGCTTTGATGCTTTTTAAATTCACTTACTATTTGTTA  996

seq1  GCTATTATTTTAAGTTTTGTGAGATTCAGAAGTTGGCAATTATGTCTTCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTATTTTAAGTTTTGTGAGATTCAGAAGTTGGCAATTATGTCTTCT  1046

seq1  ATTTGAATTTATTTGAATTTTATTTTTAACTCTTAGCTTATTATCATAGC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAATTTATTTGAATTTTATTTTTAACTCTTAGCTTATTATCATAGC  1096

seq1  TTAAACTATCAGTAAAACGTTGTAAATTAGTGGTGTTCTTGAATTC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTATCAGTAAAACGTTGTAAATTAGTGGTGTTCTTGAATTC  1142

seq1: chr5_84516371_84517457
seq2: B6Ng01-289C22.g_101_1185

seq1  GCAGAGTCTATTGAGGAAAGGTGTTTAATGGCTTGCTCCCAGGCTATGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGTCTATTGAGGAAAGGTGTTTAATGGCTTGCTCCCAGGCTATGTA  50

seq1  GAGGCTTGCTTCTGTAGACAACTGTAGAGGACTGACACCTTTAACAGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTGCTTCTGTAGACAACTGTAGAGGACTGACACCTTTAACAGTTT  100

seq1  GCTCTTTCACACCCATCAACAAGAAAAAAAATATACATACATATATATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTTCACACCCATCAACAAGAAAAAAAATATACATACATATATATAT  150

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATATATATACATATATGCCTATAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATATATATATACATATATGCCTATAC  200

seq1  ACTAAACCTGATTGTGACGTTTCCTCAGTCTAAATTCCTTCTCTCCAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAACCTGATTGTGACGTTTCCTCAGTCTAAATTCCTTCTCTCCAAGT  250

seq1  AACTAGTCTTTATGTCAGGGTGAGAAAGAATTAAGCAGTACAAGAGTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGTCTTTATGTCAGGGTGAGAAAGAATTAAGCAGTACAAGAGTATT  300

seq1  TCATTGAACCTGTAGCTTTATGTGAATGGGTTAGACTGATTGTCAAGGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGAACCTGTAGCTTTATGTGAATGGGTTAGACTGATTGTCAAGGAC  350

seq1  CTCCTAGGATCTAAGTATTTCTACACCCCCAACACTGGGATAGCAAGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTAGGATCTAAGTATTTCTACACCCCCAACACTGGGATAGCAAGCAA  400

seq1  GCCATTGCTGTCCTATTTATGCGGATGCTGGGAATTTGAATTCATGTACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTGCTGTCCTATTTATGCGGATGCTGGGAATTTGAATTCATGTACT  450

seq1  TATTCTTATATATCACACACTCGTACTCACAAAGGCATCTCCTCAGCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTTATATATCACACACTCGTACTCACAAAGGCATCTCCTCAGCTCC  500

seq1  AAGACATGATTTTTTTAAATGTGATGATGGTTTAATCTATGGTAGTATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACATGATTTTTTTAAATGTGATGATGGTTTAATCTATGGTAGTATTG  550

seq1  AATCAAGGAGAAAACAGCATGAAGGGATAGAATTACATTTAAGAAAAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAGGAGAAAACAGCATGAAGGGATAGAATTACATTTAAGAAAAGTA  600

seq1  CATACATTTGCCCAAATCAATACTGATTCATGTGTAAAAAGTTTAAGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATTTGCCCAAATCAATACTGATTCATGTGTAAAAAGTTTAAGTGT  650

seq1  TAATTCTACTTTAATTGAGATAATTATACAATATAGCAATAATACCCTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTACTTTAATTGAGATAATTATACAATATAGCAATAATACCCTCC  700

seq1  AAAGTACCTAGAATATGCTTTTCTTTCCAACAATCCTAAATATAATCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTACCTAGAATATGCTTTTCTTTCCAACAATCCTAAATATAATCTGG  750

seq1  TATAACTGTCCTATTTATGATCCATTCAATATAAACTCAGGAAATGTATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTGTCCTATTTATGATCCATTCAATATAAACTCAGGAAATGTATT  800

seq1  TTCTGACCTTTACACTTTTTCTAAGACTCCTTTCCTTTTTTTCTCCACTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGACCTTTACACTTTTTCTAAGACTCCTTTCCTTTTTTTCTCCACTA  850

seq1  CCCATATCACGTTTATCAAGCCAC-TTTTCTCAATAGCCTGATATGCTGA  899
      |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATATCACGTTTATCAGGCCACTTTTTCTCAATAGCCTGATATGCTGA  900

seq1  TCAAATTCTCTCAGGTATGTGAAGGTTGTTTTAGAAATGATCACTTTTGA  949
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTCTCTCA-GTATGTGAAGGTTGTTTTAGAAATGATCACTTTTGA  949

seq1  TTAAATAGACTCATCCCCTTT-ATACCTGGTTTTCAAAAGTAAACAGGGG  998
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| 
seq2  TTAAATAGACTCATCCCCTTTAATACCTGGTTTTC-AAAGT-AACAGGGT  997

seq1  TTTCTCCACACTG-AATCTGAAAACAACCTGGTAATCT-GTTAGCTTTTG  1046
      ||  | ||||||| ||||||||||| |||||  ||||| || ||| ||| 
seq2  TTCTTTCACACTGAAATCTGAAAAC-ACCTGTAAATCTGGTAAGCCTTTT  1046

seq1  TTGAGTCGAATGTTTAAATTTTGGTCTCAAGTATAGTCTCA  1087
       |||||||||||||||||  ||||||||| || ||||||||
seq2  GTGAGTCGAATGTTTAAA-CTTGGTCTCAGGT-TAGTCTCA  1085