BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-302M17
Chromosome5 (Build37)
Map Location 84,577,833 - 84,684,224
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEpha5
Upstream geneSrd5a2l2, LOC100039608, LOC231368, LOC100039489
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-302M17.bB6Ng01-302M17.g
ACCGA096754GA096755
length1,1251,157
definitionB6Ng01-302M17.b B6Ng01-302M17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,683,097 - 84,684,224)(84,577,833 - 84,578,980)
sequence
gaattcaagaacaccactaatttacaacgttttactgatagtttaagcta
tgataataagctaagagttaaaaataaaattcaaataaattcaaatagaa
gacataattgccaacttctgaatctcacaaaacttaaaataatagctaac
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tgttttctttaggacaagtgatctaaaatctttttgatgaagcctgagtt
gtgttgttatgaaatgaaacaggagtaggcacctaaagaagcaaattcag
aaatccacttcagattccacaatttcaagatccctgacacagattgattt
tactttaaggaatccgaatggcaatcctgaaggcaccatttttcttggtc
caaattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_84683097_84684224
seq2: B6Ng01-302M17.b_46_1170 (reverse)

seq1  ATTATTACTACTTTCTCTAGTTTACAGTAGGCTTAAATTCATTACGATAA  50
      ||||||||||  |||||||| |   ||||||||  |||||||||||||||
seq2  ATTATTACTAACTTCTCTAGGTACAAGTAGGCT--AATTCATTACGATAA  48

seq1  ACCTCCTCTATTCCAACTTTATGAAAACAGACTTA-TCTGAGCAAG-AGC  98
      ||| ||||   ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||
seq2  ACCCCCTCCTATCC-ACTTTATG-AAACAGACTTATTCTGAGCAAGAAGC  96

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATTTGTTCTCCATCAGGGATGGGTGGAAACCCATTAG-TTTAGGTACTTT  145

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCCAGAAATCACATTTCATTAGGATTAGAGAATGTAAAGTGGAAGC  195

seq1  TGGATAAGGAGAGGTAAATTTTAACTTTTCATTCTTTAGTTACAAATAAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAAGGAGAGGTAAATTTTAACTTTTCATTCTTTAGTTACAAATAAT  245

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGCAAACACATTAACAGTTATCCTATAAGAGATTAATATGTTCTTC  345

seq1  TGACATTTATTTTAATGATCTTCAATTTCTGTTGGTAGATTACATATATT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTTATTTTAATGATCTTCAATTTCTGTTGGTAGATTACATATATT  395

seq1  ATTAAGTTTACATGTAAGTATTATTGTGTTCTCAGGGAATTTTCAGTAAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGTTTACATGTAAGTATTATTGTGTTCTCAGGGAATTTTCAGTAAA  445

seq1  AGACTTTTTAATTTCACTTTTCCATAACATTCATATAGAATATAGAAATA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTTTAATTTCACTTTTCCATAACATTCATATAGAATATAGAAATA  495

seq1  GTCTATTAATTTTATTGTTCTCATATGGATAAATATAAAATAGTTTTACC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATTAATTTTATTGTTCTCATATGGATAAATATAAAATAGTTTTACC  545

seq1  TGAAATTTTGAATGGACTGATTCTAGATAGCTAGTAGATTATTTCTGAAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTTTGAATGGACTGATTCTAGATAGCTAGTAGATTATTTCTGAAT  595

seq1  AATTATAATGGTGTTCCCAAAAGTAGTTATAATTTTGATAACTGTGCTGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATAATGGTGTTCCCAAAAGTAGTTATAATTTTGATAACTGTGCTGA  645

seq1  ATGAAATTGATCAAACTCAACAGTGTTGGATGCCCCTTTAGAATGTGATG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATTGATCAAACTCAACAGTGTTGGATGCCCCTTTAGAATGTGATG  695

seq1  GCTTGAATAGAACAAAAAATGGCAGAAATTCAAATTATAGCTTGCCTTCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAATAGAACAAAAAATGGCAGAAATTCAAATTATAGCTTGCCTTCT  745

seq1  GAACAGGAATGTCAACTTTTTATTCTCATGGGTCATTGTCCTCAGGTTGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGGAATGTCAACTTTTTATTCTCATGGGTCATTGTCCTCAGGTTGT  795

seq1  CAGAGTTGAACTTGATTATATCATGTTTTCCTGATTCTATAGATGACAGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTTGAACTTGATTATATCATGTTTTCCTGATTCTATAGATGACAGA  845

seq1  AAACAGATAATAAGACTTTTCTGCTTTCATAGTTATATAATTCAGCTTAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGATAATAAGACTTTTCTGCTTTCATAGTTATATAATTCAGCTTAT  895

seq1  ATGCTTACAATACCTACTGTTAATGTCACTCCCCTGGACAATGCTGATGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTACAATACCTACTGTTAATGTCACTCCCCTGGACAATGCTGATGC  945

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATGCTTTTTAAATTCACTTACTATTTGTTAGCTATTATTTTAAGTT  995

seq1  TTGTGAGATTCAGAAGTTGGCAATTATGTCTTCTATTTGAATTTATTTGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGATTCAGAAGTTGGCAATTATGTCTTCTATTTGAATTTATTTGA  1045

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATTTTTAACTCTTAGCTTATTATCATAGCTTAAACTATCAGTAAA  1095

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      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTGTAAATTAGTGGTGTTCTTGAATTC  1125


seq1: chr5_84577833_84578980
seq2: B6Ng01-302M17.g_66_1222

seq1  GAATTCCTAAAGGAAAACTACTGCTTGAACATGGCCCAATCAAAATAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAAGGAAAACTACTGCTTGAACATGGCCCAATCAAAATAATA  50

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGATTTTTACTTTCTGTAATTATAGAGCATCTAATCCTACTTTGAA  100

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATGTATAACATATGCACATATGTATATGCATAATATTATAATATA  150

seq1  TATATGTATATTTATAATATATATGTAATGTTTTGTATATTTTTTCTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTATATTTATAATATATATGTAATGTTTTGTATATTTTTTCTAAA  200

seq1  GTTTTAGACTATTGCAGTATTCAACACTAATAGAATATACATTCAACTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAGACTATTGCAGTATTCAACACTAATAGAATATACATTCAACTAA  250

seq1  GACTATTATAATCAGCAGGTTTCATAACTTGTCTTTTGTAAAAATCAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATTATAATCAGCAGGTTTCATAACTTGTCTTTTGTAAAAATCAAAT  300

seq1  CTAAGATTAAATTATGAGATGAAATAATTTTTCATAGTCTATGACATTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGATTAAATTATGAGATGAAATAATTTTTCATAGTCTATGACATTTT  350

seq1  GTTTGTAAATATACACTATTAAGTTTATTTAAAGGTTGATATGAAAATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTAAATATACACTATTAAGTTTATTTAAAGGTTGATATGAAAATTA  400

seq1  AGCATTAGAATCCAATTTCTCTATTTTTAAATTCAACTCAAGTATGCAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTAGAATCCAATTTCTCTATTTTTAAATTCAACTCAAGTATGCAAT  450

seq1  TTTTTATATAGAAATGAAATAAGTAATTTCCACCAATAAGTTCTTTTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATATAGAAATGAAATAAGTAATTTCCACCAATAAGTTCTTTTTCT  500

seq1  TTATAATATCTAGTGGGGTAGTATTAAGGACCCTGTTCATTACTTAATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATATCTAGTGGGGTAGTATTAAGGACCCTGTTCATTACTTAATAA  550

seq1  AACTTATTTATTTAAATCAATTACAAAGGCTTTAAACAGAAGCAAATTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTATTTATTTAAATCAATTACAAAGGCTTTAAACAGAAGCAAATTTT  600

seq1  GTTTCCTCCAAGGCAATATCAAATGAGTTTGCTAAAACAGTATTTTAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTCCAAGGCAATATCAAATGAGTTTGCTAAAACAGTATTTTAATA  650

seq1  ATAATTCTGGTAGTTATAACATTAATCCAATGACTACACTCTCATCTTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTCTGGTAGTTATAACATTAATCCAATGACTACACTCTCATCTTGT  700

seq1  TCTTTTTAAACTATGTTTCCTTCTTCATTGAAAACTATGAAGCTGGTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTAAACTATGTTTCCTTCTTCATTGAAAACTATGAAGCTGGTTGA  750

seq1  AGCTTACACACAGACATTTTCATAGAAGTGCACATGAATGTGCACACATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTACACACAGACATTTTCATAGAAGTGCACATGAATGTGCACACATG  800

seq1  CATACAGACAGTCATAAACATATACCCCTCCACACACACACATAACATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAGACAGTCATAAACATATACCCCTCCACACACACACATAACATTT  850

seq1  TACAGTGCTCATGTGTGTTCTTCCTTAACAGAAAACCAAGAGCAGCAGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTGCTCATGTGTGTTCTTCCTTAACAGAAAACCAAGAGCAGCAGCT  900

seq1  CATATGTGCACACACAAAGCACAGTTTTGTTCTCTAATTTAGCATTAATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTGCACACACAAAGCACAGTTTTGTTCTCTAATTTAGCATTAATG  950

seq1  TGTTTTCTTTAGGACAAGTGATCTAAAATC-TTTTGATGAAGCCTGAGGT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  TGTTTTCTTTAGGACAAGTGATCTAAAATCTTTTTGATGAAGCCTGA-GT  999

seq1  TGTGTTG-TATGAAATGAAACAGGAAGTAGGCACC-AAAG-AGC-AATTC  1045
      ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||| |||||
seq2  TGTGTTGTTATGAAATGAAACAGG-AGTAGGCACCTAAAGAAGCAAATTC  1048

seq1  AGAA--CCACTTCCAGATT-CACCATTCCAAGAT-CCTGACACAGATTTA  1091
      ||||  |||||| |||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||| |
seq2  AGAAATCCACTT-CAGATTCCACAATTTCAAGATCCCTGACACAGATTGA  1097

seq1  ATTTTTACTTTAGGAAATCAGATTG--CATCCTGAAAGCACCA-TTTTCT  1138
        |||||||||| | |||| || ||   |||||||| |||||| ||||||
seq2  --TTTTACTTTAAGGAATCCGAATGGCAATCCTGAAGGCACCATTTTTCT  1145

seq1  TG--TCAAATTC  1148
      ||   |||||||
seq2  TGGTCCAAATTC  1157


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