BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-307M08
Chromosome5 (Build37)
Map Location 50,444,729 - 50,594,186
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpr125
Upstream geneLOC100041659, EG433885, LOC666223
Downstream geneEG637307, LOC100041015, LOC242987, EG624734, LOC666265, LOC100041059
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-307M08.bB6Ng01-307M08.g
ACCGA100455GA100456
length1,1291,115
definitionB6Ng01-307M08.b B6Ng01-307M08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,444,729 - 50,445,863)(50,593,067 - 50,594,186)
sequence
gaattcaaagacagcaaccttacccagtagctacctgggatcaccgcagg
ttaattaaagggggagaggagcgtgttccacacaagtcattctattctgt
gtgtgagtacattgtgtgacgagggagcaacctactacccacaaggagct
gtagcttcaagctgaatgcaagtggagaaagcaagcctgttggctatttc
cttctgaatttaggaccaaactggacaagactccaccccgatgacattat
gcaaccccccccccccatgccatgactctccaaaagggcccttcttcccc
acctcttcccaccatcctccctcaacattcttccttcacctctgttctta
gggaacacagaaggcccctctccctcccacttacagctgcccctgcactt
gctccttcatgctcctcttggctataccttgtctcctctcactctggcag
ggagggaaagtccttgctaccatcaaaagccacacgctctacttatgctc
agccccatctatctttccttccaccgccatttctcctcctggcaactctc
tcccatcccattcaatatacccccatatgccccaggaaacccaaatcctt
taagaacaccttctgcttttttcacccagaactcctgcttcatccatatt
tgattatacctttcccaatccccttctcccttcaagctacagagcctggc
atctttcacttttggtgtatggacggggctcttaaatggctgtcaaacct
tcaactgtcaaagacgagtctcggtgtgtctgcacttgatctctgggcac
ctcaccaccaggcggcttctcccaccatgatatctcatgattactcttct
ctttgctccggcagcctcagtggtttctccaggagagtagtcttcattta
taatcttttttgagttccaacatcccctgttttctgcctgggacccagcc
cccttttcatcttgttcccagcaacaccacaagcaggtatgagaaatacc
aagtgtgtcaagtcatatccataagctatctctatactatggtccatcac
agaccccagtccagtttgggcttgcagcaggctgctcccttatgccttta
atgatctcttgtccctcactgaaccttcc

gaattccttttggggaccttccaacaaacacccacagctgtgatatcaag
ttctaacagtaggacagtgcaggacattattcacagtgcagctgccaggg
gctcccttctccttatctctgtgcttcagattcatcagatatattattcg
cacacacagagttggaaactcaggtcacccccttagtaacactcttttcc
cagtacaatccatgccttgtattcccacagggtatctgaagacgtgttaa
actgagctgggattaggttgaggcaagtaggcgcctagggggtaaaatgt
aaagagccacagttcttccagcactaaataccggaagaaaaagaatgctc
aagttcaaaggcctagctctagaggacaaactggttttatttccagactg
tttgtgacaatgagcaggtgtgttatatgccccaggactagactgttgct
aatctgcttaaatcccacagtgtttacacactgagagcatctttgattat
taatcccacatagagtcagagtttaagacttcaaacgggttttctgcaca
cagtaaatacagcagtgtttctggaggcccacgatctggaaaggaaacat
tgaaagggtggaactggggcaaatacaatggaaaaccaggactgaaaagg
aagaattttgcaaagaataaaatagatttcttttataaggatctcttatg
tcccttgaagtcactaaacagatgagggtgacctccagttattgacactc
tttgccttcaccttctcagtcctggggtcactggtgtgagccaccacacc
caggtttctaaggtgctggggattgaacccaggactctgtaaactagtta
agcactctaccaactgagctacactcctggcaaacagaacaacacagaca
aagcagattgaaaagcactggagtgttgaagcttgtgcagatagaggaga
ccctgccctgaattttccatcttgcatccataatcagaggctgtccaggt
ctgcgatgatattcaaatccccctctacttgcatagctacccacatctaa
ctgagctaacttaaggtacctttggtgcgtggagtagcttcaattaacct
cattgcaatggactc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_50444729_50445863
seq2: B6Ng01-307M08.b_48_1176

seq1  GAATTCAAAGACAGCAACCTTACCCAGTAGCTACCTGGGATCACCGCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGACAGCAACCTTACCCAGTAGCTACCTGGGATCACCGCAGG  50

seq1  TTAATTAAAGGGGGAGAGGAGCGTGTTCCACACAAGTCATTCTATTCTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTAAAGGGGGAGAGGAGCGTGTTCCACACAAGTCATTCTATTCTGT  100

seq1  GTGTGAGTACATTGTGTGACGAGGGAGCAACCTACTACCCACAAGGAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAGTACATTGTGTGACGAGGGAGCAACCTACTACCCACAAGGAGCT  150

seq1  GTAGCTTCAAGCTGAATGCAAGTGGAGAAAGCAAGCCTGTTGGCTATTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTTCAAGCTGAATGCAAGTGGAGAAAGCAAGCCTGTTGGCTATTTC  200

seq1  CTTCTGAATTTAGGACCAAACTGGACAAGACTCCACCCCGATGACATTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGAATTTAGGACCAAACTGGACAAGACTCCACCCCGATGACATTAT  250

seq1  GCAACCCCCCCCCCCCATGCCATGACTCTCCAAAAGGGCCCTTCTTCCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCCCCCCCCCCCATGCCATGACTCTCCAAAAGGGCCCTTCTTCCCC  300

seq1  ACCTCTTCCCACCATCCTCCCTCAACATTCTTCCTTCACCTCTGTTCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTTCCCACCATCCTCCCTCAACATTCTTCCTTCACCTCTGTTCTTA  350

seq1  GGGAACACAGAAGGCCCCTCTCCCTCCCACTTACAGCTGCCCCTGCACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACACAGAAGGCCCCTCTCCCTCCCACTTACAGCTGCCCCTGCACTT  400

seq1  GCTCCTTCATGCTCCTCTTGGCTATACCTTGTCTCCTCTCACTCTGGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTTCATGCTCCTCTTGGCTATACCTTGTCTCCTCTCACTCTGGCAG  450

seq1  GGAGGGAAAGTCCTTGCTACCATCAAAAGCCACACGCTCTACTTATGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGAAAGTCCTTGCTACCATCAAAAGCCACACGCTCTACTTATGCTC  500

seq1  AGCCCCATCTATCTTTCCTTCCACCGCCATTTCTCCTCCTGGCAACTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCATCTATCTTTCCTTCCACCGCCATTTCTCCTCCTGGCAACTCTC  550

seq1  TCCCATCCCATTCAATATACCCCCATATGCCCCAGGAAACCCAAATCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATCCCATTCAATATACCCCCATATGCCCCAGGAAACCCAAATCCTT  600

seq1  TAAGAACACCTTCTGCTTTTTTCACCCAGAACTCCTGCTTCATCCATATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAACACCTTCTGCTTTTTTCACCCAGAACTCCTGCTTCATCCATATT  650

seq1  TGATTATACCTTTCCCAATCCCCTTCTCCCTTCAAGCTACAGAGCCTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATACCTTTCCCAATCCCCTTCTCCCTTCAAGCTACAGAGCCTGGC  700

seq1  ATCTTTCACTTTTGGTGTATGGACGGGGCTCTTAAATGGCTGTCAAACCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTCACTTTTGGTGTATGGACGGGGCTCTTAAATGGCTGTCAAACCT  750

seq1  TCAACTGTCAAAGACGAGTCTCGGTGTGTCTGCACTTGATCTCTGGGCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTGTCAAAGACGAGTCTCGGTGTGTCTGCACTTGATCTCTGGGCAC  800

seq1  CTCACCACCAGGCGGCTTCTCCCACCATGATATCTCATGATTACTCTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCACCAGGCGGCTTCTCCCACCATGATATCTCATGATTACTCTTCT  850

seq1  CTTTGCTCCGGCAGCCTCAGTGGTTTCTCCAGGAGAGTAGTCTTCATTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTCCGGCAGCCTCAGTGGTTTCTCCAGGAGAGTAGTCTTCATTTA  900

seq1  TAATC-TTTTTGAGTTCCAACATCCCCTGTTTTCTGCCTGGGACCCAGCC  949
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTTTTTTGAGTTCCAACATCCCCTGTTTTCTGCCTGGGACCCAGCC  950

seq1  CCCTTTTCATCTTGTTCCCAGCAACACCAACAAAGCAGGTATGAGAAATA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTTCATCTTGTTCCCAGCAACACCA--CAAGCAGGTATGAGAAATA  998

seq1  CCAAGTGTGTCAAAGTCAATATCCATAAGCTATCTCTATACTAATGGCCC  1049
      ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  CCAAGTGTGTC-AAGTC-ATATCCATAAGCTATCTCTATACT-ATGGTCC  1045

seq1  AACACAAGACCCCCAGTCCAG-TTGGGCTGGCAGCCAGCCTGCTCCCTTA  1098
      | ||| ||| ||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||
seq2  ATCAC-AGA-CCCCAGTCCAGTTTGGGCTTGCAG-CAGGCTGCTCCCTTA  1092

seq1  TGCCTTAAATGATCTC-TGTCCTCCAACTGAACCTTCC  1135
      |||||| ||||||||| ||||| |  ||||||||||||
seq2  TGCCTTTAATGATCTCTTGTCC-CTCACTGAACCTTCC  1129


seq1: chr5_50593067_50594186
seq2: B6Ng01-307M08.g_67_1181 (reverse)

seq1  GAGTCCACTGCAATGAAGGTAAATTGAAAGCTACACCACGCA-CAAAGGT  49
      ||||||| ||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||| |||||||
seq2  GAGTCCATTGCAATG-AGGTTAATTG-AAGCTACTCCACGCACCAAAGGT  48

seq1  ACTTAAAGTTAGCTCAGGTTAGATGTGGGTAGCCTATGGCAGGTAGAGGG  99
      || | ||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||
seq2  ACCTTAAGTTAGCTCA-GTTAGATGTGGGTAG-CTAT-GCAAGTAGAGGG  95

seq1  GGATTTGAATATCATCGCAGACCTGGGACAGCCTCTGATTATGGATGCAA  149
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTGAATATCATCGCAGACCT-GGACAGCCTCTGATTATGGATGCAA  144

seq1  GATGGAAAATTCAGGGCAGGGTCTCCTCTATCTGCACAAGCTTCAACACT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAAAATTCAGGGCAGGGTCTCCTCTATCTGCACAAGCTTCAACACT  194

seq1  CCAGTGCTTTTCAATCTGCTTTGTCTGTGTTGTTCTGTTTGCCAGGAGTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGCTTTTCAATCTGCTTTGTCTGTGTTGTTCTGTTTGCCAGGAGTG  244

seq1  TAGCTCAGTTGGTAGAGTGCTTAACTAGTTTACAGAGTCCTGGGTTCAAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCAGTTGGTAGAGTGCTTAACTAGTTTACAGAGTCCTGGGTTCAAT  294

seq1  CCCCAGCACCTTAGAAACCTGGGTGTGGTGGCTCACACCAGTGACCCCAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGCACCTTAGAAACCTGGGTGTGGTGGCTCACACCAGTGACCCCAG  344

seq1  GACTGAGAAGGTGAAGGCAAAGAGTGTCAATAACTGGAGGTCACCCTCAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAGAAGGTGAAGGCAAAGAGTGTCAATAACTGGAGGTCACCCTCAT  394

seq1  CTGTTTAGTGACTTCAAGGGACATAAGAGATCCTTATAAAAGAAATCTAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTAGTGACTTCAAGGGACATAAGAGATCCTTATAAAAGAAATCTAT  444

seq1  TTTATTCTTTGCAAAATTCTTCCTTTTCAGTCCTGGTTTTCCATTGTATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCTTTGCAAAATTCTTCCTTTTCAGTCCTGGTTTTCCATTGTATT  494

seq1  TGCCCCAGTTCCACCCTTTCAATGTTTCCTTTCCAGATCGTGGGCCTCCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCAGTTCCACCCTTTCAATGTTTCCTTTCCAGATCGTGGGCCTCCA  544

seq1  GAAACACTGCTGTATTTACTGTGTGCAGAAAACCCGTTTGAAGTCTTAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACACTGCTGTATTTACTGTGTGCAGAAAACCCGTTTGAAGTCTTAAA  594

seq1  CTCTGACTCTATGTGGGATTAATAATCAAAGATGCTCTCAGTGTGTAAAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGACTCTATGTGGGATTAATAATCAAAGATGCTCTCAGTGTGTAAAC  644

seq1  ACTGTGGGATTTAAGCAGATTAGCAACAGTCTAGTCCTGGGGCATATAAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGGATTTAAGCAGATTAGCAACAGTCTAGTCCTGGGGCATATAAC  694

seq1  ACACCTGCTCATTGTCACAAACAGTCTGGAAATAAAACCAGTTTGTCCTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTGCTCATTGTCACAAACAGTCTGGAAATAAAACCAGTTTGTCCTC  744

seq1  TAGAGCTAGGCCTTTGAACTTGAGCATTCTTTTTCTTCCGGTATTTAGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCTAGGCCTTTGAACTTGAGCATTCTTTTTCTTCCGGTATTTAGTG  794

seq1  CTGGAAGAACTGTGGCTCTTTACATTTTACCCCCTAGGCGCCTACTTGCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAGAACTGTGGCTCTTTACATTTTACCCCCTAGGCGCCTACTTGCC  844

seq1  TCAACCTAATCCCAGCTCAGTTTAACACGTCTTCAGATACCCTGTGGGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCTAATCCCAGCTCAGTTTAACACGTCTTCAGATACCCTGTGGGAA  894

seq1  TACAAGGCATGGATTGTACTGGGAAAAGAGTGTTACTAAGGGGGTGACCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGGCATGGATTGTACTGGGAAAAGAGTGTTACTAAGGGGGTGACCT  944

seq1  GAGTTTCCAACTCTGTGTGTGCGAATAATATATCTGATGAATCTGAAGCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTCCAACTCTGTGTGTGCGAATAATATATCTGATGAATCTGAAGCA  994

seq1  CAGAGATAAGGAGAAGGGAGCCCCTGGCAGCTGCACTGTGAATAATGTCC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATAAGGAGAAGGGAGCCCCTGGCAGCTGCACTGTGAATAATGTCC  1044

seq1  TGCACTGTCCTACTGTTAGAACTTGATATCACAGCTGTGGGTGTTTGTTG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTGTCCTACTGTTAGAACTTGATATCACAGCTGTGGGTGTTTGTTG  1094

seq1  GAAGGTCCCCAAAAGGAATTC  1120
      |||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTCCCCAAAAGGAATTC  1115


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |