BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-309C19
Chromosome5 (Build37)
Map Location 63,793,049 - 63,928,223
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCentd1
Downstream gene3110047P20Rik, LOC100042133, 0610040J01Rik, AA536743, LOC100041636, LOC100041646, Pgm1, Tbc1d1, Ppia-ps22, LOC433894
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-309C19.bB6Ng01-309C19.g
ACCGA101480GA101481
length9501,182
definitionB6Ng01-309C19.b B6Ng01-309C19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,793,049 - 63,793,986)(63,927,054 - 63,928,223)
sequence
gaattcttctcacactagagctattctcaccatttctgctccccctcttt
cctcttctctatcttgaaagacctttaacttcttaacctttggatttaaa
atgcttgaaaatggcaattgtagtggcactatttaattaactaggaaggt
taaataaatatataaaactcactaagtgtctaaaagagatcactgttcaa
ttataaccattgcaatgtataaggctcactattaaataagactcttatca
atagcaatcacttaacatcaaacttgcagcccatgacccagggtttaatt
atgaaaaagagaaaaataacagttgtgctggtgggcccagactagcctca
aaatgaaaataattgttctgcctcagacacctgaaccctgaggttacaga
tataatccacaacacaaagaaagacatattttaaaaaacattttagaaca
cttttaagtccatatcaaaatggaggagaaaattctcaagtgcctcaatt
tgttttgcaatatgtgaagccctcttagctatcaacaccaatcatgctgg
tgtccatttgttaaagtccatggactatactgatctccactatcaaccac
agttcatagtgctcattaagacattctcttaatatcacacattctgtgtg
tgttgacaaatatataacactgtctatttgtcattgcataatcatgcaga
atcattttatttctctaaaaatcctgctttctatgttctcatcccatctc
caaagtactgcccaccgctgatcttttactgcccccagagttttctcttt
cccataatatcttatggttggaagcacacagtatgttgtctttcaattta
gcctctttcacttactaatgtgcatttgagttccttccctgggtttatgt
cttggtggctcatttatggtttagttaaataattctgtgttgcattattt


gaattcagcttaaatatgaataaccagttagggtacatggcatggtagtt
tacacacattggcattcactagacatgcttagactccaaagaggcttagt
aagcaggacagaacatttagatgacttcaataatcatgttcacccttgag
tatacattgctgcatatttttatttattatttcatgtgtttttgatgtta
tctctgagtctactgcaaattccttgggggaagacactatgtgtcatgaa
ccttcttctatattccacgtaacctttaagtctcaaaacacagacgtgag
gtcctgctgctttcttgattaagtatttgcatgcttatcaaacatttctt
ctctttgatcttctcttttctaatttgaaaatgcactgggcttttatttt
aatattaactactgacatagtgccatcaaaccaactaaccacagtgtttg
ttaacccaatttccctaattttctcctgtgctacaacactttactttact
gacaaaatgtaataaaattatcagaaacaagtgggactaacaaatcccag
aatgatatgctttaaagtatatgtaaattgcctgtattcccttgtcaaga
tccacagtttccattttgtcctatgaagccaggggcatttttattgtttg
attactttgtctttatatcaagtttgaaatcatgagtactccaacttttt
tttctaaaattgttttcgtattcctagtcccataaattttcatttgagtt
tagaaccagttgacaaaacataggcctctgtgttgactatatggatcagt
agaatgtggtatctttctcagtgtggttagattatatttttaatttctca
tacacatatacatgtacatgtgtgtgcacatgtgtgtatatgcatgtatg
tgtatgtacatgtgtacatgtgtgcatccaattgccccctaggcaagtgt
ggaagtcagatgttgttctcagctgtcttttttaaattgttctccaactc
tctctattcctctctccttcccctccctccctcactctctctttcttcac
cccctgaaacagagaactgtcactagaagtttggcttgtttgggaaccaa
aggctgtggtgttaggaaaccatccgaaatgtctatctctgttcccttat
agtttggggtgtgtaggtacctatatacaacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_63793049_63793986
seq2: B6Ng01-309C19.b_44_981

seq1  GAATTCTTCTCACACTAGAGCTATTCTCACCATTTCTGCTCCCCCTCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTCACACTAGAGCTATTCTCACCATTTCTGCTCCCCCTCTTT  50

seq1  CCTCTTCTCTATCTTGAAAGACCTTTAACTTCTTAACCTTTGGATTTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCTCTATCTTGAAAGACCTTTAACTTCTTAACCTTTGGATTTAAA  100

seq1  ATGCTTGAAAATGGCAATTGTAGTGGCACTATTTAATTAACTAGGAAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTGAAAATGGCAATTGTAGTGGCACTATTTAATTAACTAGGAAGGT  150

seq1  TAAATAAATATATAAAACTCACTAAGTGTCTAAAAGAGATCACTGTTCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAATATATAAAACTCACTAAGTGTCTAAAAGAGATCACTGTTCAA  200

seq1  TTATAACCATTGCAATGTATAAGGCTCACTATTAAATAAGACTCTTATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAACCATTGCAATGTATAAGGCTCACTATTAAATAAGACTCTTATCA  250

seq1  ATAGCAATCACTTAACATCAAACTTGCAGCCCATGACCCAGGGTTTAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAATCACTTAACATCAAACTTGCAGCCCATGACCCAGGGTTTAATT  300

seq1  ATGAAAAAGAGAAAAATAACAGTTGTGCTGGTGGGCCCAGACTAGCCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAAAGAGAAAAATAACAGTTGTGCTGGTGGGCCCAGACTAGCCTCA  350

seq1  AAATGAAAATAATTGTTCTGCCTCAGACACCTGAACCCTGAGGTTACAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAAATAATTGTTCTGCCTCAGACACCTGAACCCTGAGGTTACAGA  400

seq1  TATAATCCACAACACAAAGAAAGACATATTTTAAAAAACATTTTAGAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCCACAACACAAAGAAAGACATATTTTAAAAAACATTTTAGAACA  450

seq1  CTTTTAAGTCCATATCAAAATGGAGGAGAAAATTCTCAAGTGCCTCAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAAGTCCATATCAAAATGGAGGAGAAAATTCTCAAGTGCCTCAATT  500

seq1  TGTTTTGCAATATGTGAAGCCCTCTTAGCTATCAACACCAATCATGCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGCAATATGTGAAGCCCTCTTAGCTATCAACACCAATCATGCTGG  550

seq1  TGTCCATTTGTTAAAGTCCATGGACTATACTGATCTCCACTATCAACCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATTTGTTAAAGTCCATGGACTATACTGATCTCCACTATCAACCAC  600

seq1  AGTTCATAGTGCTCATTAAGACATTCTCTTAATATCACACATTCTGTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCATAGTGCTCATTAAGACATTCTCTTAATATCACACATTCTGTGTG  650

seq1  TGTTGACAAATATATAACACTGTCTATTTGTCATTGCATAATCATGCAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGACAAATATATAACACTGTCTATTTGTCATTGCATAATCATGCAGA  700

seq1  ATCATTTTATTTCTCTAAAAATCCTGCTTTCTATGTTCTCATCCCATCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTTATTTCTCTAAAAATCCTGCTTTCTATGTTCTCATCCCATCTC  750

seq1  CAAAGTACTGCCCACCGCTGATCTTTTACTGCCCCCAGAGTTTTCTCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTACTGCCCACCGCTGATCTTTTACTGCCCCCAGAGTTTTCTCTTT  800

seq1  CCCATAATATCTTATGGTTGGAAGCACACAGTATGTTGTCTTTCAATTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAATATCTTATGGTTGGAAGCACACAGTATGTTGTCTTTCAATTTA  850

seq1  GCCTCTTTCACTTACTAATGTGCATTTGAGTTCCTTCCCTGGGTTTATGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTTTCACTTACTAATGTGCATTTGAGTTCCTTCCCTGGGTTTATGT  900

seq1  CTTGGTGGCTCATTTATGGTTTAGTTAAATAATTCTGT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTGGCTCATTTATGGTTTAGTTAAATAATTCTGT  938


seq1: chr5_63927054_63928223
seq2: B6Ng01-309C19.g_65_1246 (reverse)

seq1  GGTTG----TAAGTACCTACAACCCCAAAACT---AGGGGACAGAGATAG  43
      |||||    || |||||||||  ||| |||||   |||| ||||||||||
seq2  GGTTGTATATAGGTACCTACACACCCCAAACTATAAGGGAACAGAGATAG  50

seq1  ACCTATCTGAAGGGTTTCCTACACAAC-CAGCC--TGGT--CCAAACA--  86
      || | || | | ||||||||| ||| | |||||  ||||  |||||||  
seq2  ACATTTC-GGATGGTTTCCTA-ACACCACAGCCTTTGGTTCCCAAACAAG  98

seq1  GCAAAC-TCTAGTGACAG-TCTCTGTTTCAGGGGGTGAGAAAGGAGAGAG  134
       ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  || |||||||
seq2  CCAAACTTCTAGTGACAGTTCTCTGTTTCAGGGGGTGAAGAAAGAGAGAG  148

seq1  TGAGGGGAGGGGAGGGGAGGGAGAGAGGAATAGAGAGAGTTGGAGAAACA  184
      ||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGAGGG--AGGGAGGGGAAGGAGAGAGGAATAGAGAGAGTTGGAG-AACA  195

seq1  ATTT-AAAAAGACAGCTGAGAACAACATCTGACTTCCACACTTGCCTAGG  233
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAAAAGACAGCTGAGAACAACATCTGACTTCCACACTTGCCTAGG  245

seq1  GGGCAATTGGATGCACACATGTACACATGTACATACACATACATGCATAT  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAATTGGATGCACACATGTACACATGTACATACACATACATGCATAT  295

seq1  ACACACATGTGCACACACATGTACATGTATATGTGTATGAGAAATTAAAA  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATGTGCACACACATGTACATGTATATGTGTATGAGAAATTAAAA  345

seq1  ATATAATCTAACCACACTGAGAAAGATACCACATTCTACTGATCCATATA  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATCTAACCACACTGAGAAAGATACCACATTCTACTGATCCATATA  395

seq1  GTCAACACAGAGGCCTATGTTTTGTCAACTGGTTCTAAACTCAAATGAAA  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACACAGAGGCCTATGTTTTGTCAACTGGTTCTAAACTCAAATGAAA  445

seq1  ATTTATGGGACTAGGAATACGAAAACAATTTTAGAAAAAAAAGTTGGAGT  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGGGACTAGGAATACGAAAACAATTTTAGAAAAAAAAGTTGGAGT  495

seq1  ACTCATGATTTCAAACTTGATATAAAGACAAAGTAATCAAACAATAAAAA  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGATTTCAAACTTGATATAAAGACAAAGTAATCAAACAATAAAAA  545

seq1  TGCCCCTGGCTTCATAGGACAAAATGGAAACTGTGGATCTTGACAAGGGA  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCTGGCTTCATAGGACAAAATGGAAACTGTGGATCTTGACAAGGGA  595

seq1  ATACAGGCAATTTACATATACTTTAAAGCATATCATTCTGGGATTTGTTA  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGGCAATTTACATATACTTTAAAGCATATCATTCTGGGATTTGTTA  645

seq1  GTCCCACTTGTTTCTGATAATTTTATTACATTTTGTCAGTAAAGTAAAGT  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCACTTGTTTCTGATAATTTTATTACATTTTGTCAGTAAAGTAAAGT  695

seq1  GTTGTAGCACAGGAGAAAATTAGGGAAATTGGGTTAACAAACACTGTGGT  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTAGCACAGGAGAAAATTAGGGAAATTGGGTTAACAAACACTGTGGT  745

seq1  TAGTTGGTTTGATGGCACTATGTCAGTAGTTAATATTAAAATAAAAGCCC  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGGTTTGATGGCACTATGTCAGTAGTTAATATTAAAATAAAAGCCC  795

seq1  AGTGCATTTTCAAATTAGAAAAGAGAAGATCAAAGAGAAGAAATGTTTGA  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCATTTTCAAATTAGAAAAGAGAAGATCAAAGAGAAGAAATGTTTGA  845

seq1  TAAGCATGCAAATACTTAATCAAGAAAGCAGCAGGACCTCACGTCTGTGT  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCATGCAAATACTTAATCAAGAAAGCAGCAGGACCTCACGTCTGTGT  895

seq1  TTTGAGACTTAAAGGTTACGTGGAATATAGAAGAAGGTTCATGACACATA  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGACTTAAAGGTTACGTGGAATATAGAAGAAGGTTCATGACACATA  945

seq1  GTGTCTTCCCCCAAGGAATTTGCAGTAGACTCAGAGATAACATCAAAAAC  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTTCCCCCAAGGAATTTGCAGTAGACTCAGAGATAACATCAAAAAC  995

seq1  ACATGAAATAATAAATAAAAATATGCAGCAATGTATACTCAAGGGTGAAC  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAAATAATAAATAAAAATATGCAGCAATGTATACTCAAGGGTGAAC  1045

seq1  ATGATTATTGAAGTCATCTAAATGTTCTGTCCTGCTTACTAAGCCTCTTT  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTATTGAAGTCATCTAAATGTTCTGTCCTGCTTACTAAGCCTCTTT  1095

seq1  GGAGTCTAAGCATGTCTAGTGAATGCCAATGTGTGTAAACTACCATGCCA  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCTAAGCATGTCTAGTGAATGCCAATGTGTGTAAACTACCATGCCA  1145

seq1  TGTACCCTAACTGGTTATTCATATTTAAGCTGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCCTAACTGGTTATTCATATTTAAGCTGAATTC  1182


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |