BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-318N14
Chromosome5 (Build37)
Map Location 136,383,191 - 136,545,479
singlet/doubletdoublet
Overlap geneYwhag, Srcrb4d, Zp3, Dtx2, Upk3b, 2310043J07Rik
Upstream geneCldn13, Wbscr27, Cldn4, Cldn3, Abhd11, Stx1a, Wbscr22, Wbscr18, Vps37d, Mlxipl, Tbl2, Bcl7b, LOC100040069, Baz1b, Fzd9, Fkbp6, Trim50, Nsun5, Pom121, Hip1, Ccl26l, Ccl24, Rhbdd2, Por, 2010310D06Rik, Styxl1, Mdh2, 2900083I11Rik, Hspb1
Downstream geneRasa4, Polr2j, 1200011O22Rik, Alkbh4, Tmem142b, Prkrip1, LOC269718, Sh2b2, Cutl1, Mylc2pl, Emid2, LOC677021, Rabl5, Fis1, Cldn15, Znhit1, Plod3, LOC639992, Vgf, Ap1s1, Serpine1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-318N14.bB6Ng01-318N14.g
ACCGA108633GA108634
length1,066479
definitionB6Ng01-318N14.b B6Ng01-318N14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,383,191 - 136,384,251)(136,544,995 - 136,545,479)
sequence
gaattcagattcatctggttattgaatgtcaactcccagaaatagagact
gctgttagcggggttagttttcggcggaggccgttcccccaagcttgact
gaggcccagactgccgttcttggccacccgatcaccctgtgagtcaacag
caggttcagctgaccagtgtcaaggccaacacatgtggtaatcacgcata
aatagagtgaggagagagcagtaacaggagcatatgtcccgggcagaaag
agcctgccgtgctcccacctccagagttcttggaaggagcagtactcaga
tagggagggtcccaagtacgtgggtaggtcactccactagcaccactccc
aactcctgccaccaccctttctgtattgcttttactcccccctttttaaa
gacaggctcttcctatgttggtcacccagcctggctttgaactcaagacc
ttactttagcatccagggtgctgctatgtgcctcttggttattactacat
tctccccccactcctacaacacagggtttctctgggcaaccctggctctc
ctggaatttgctcttgtagaccaggctggtcttgaactcagaggtgcaag
cctatacatactccagctctccggtggcaagctgatctttcagcttactc
tgcctgggtgacagtgagcctaccaagctccactcttcagtcatatcaat
ccctcctaaatgacacattagcggacccagcacaagccctggggatgtga
catgactgcgaagcacctcagtcagttgtctcactgtataataaatgtaa
gctggccctgaatttgtgatcctcctgcctcagagtatcaagtactggga
tcacagatgtaaaaccaccaaaccaacttgctccatctccactcccaccc
cccagcccctacaaactgtgccaggaagtcaaatctaacccttcccacct
gctagaccagagctgagcctctgagcccccaacccccgcccagcctcact
ccccagtgaggtggagacgccccaccggccaaatcaacattgtcaaaaaa
cacagcagttaacgct
aaagcaaggcaggaaataaaaagtaaaaaaagaggactggggtgtggctc
agtggtagagctcctgcctagcatcccccagtgaggggctgggggcgtgg
ctcagtggtagagctcctgcctagcatcccccagtgaggggctgggggtg
tggctcagtggtagagcccctgcctagaatcctccaatgaggggctgggg
gcgtggctcaagcatagcatatttgcctggtatatattaggcccttggtt
ccaatcacacacacacacatacacacacacactggtagccacactgtact
ggactctcttcatgtggctgaggtcatctctggactcagctccaggcaag
gtcccaaggaaggggatggtatctctgtggtaggaagcagactatctggt
cagggacacagatggtctggacctgtccaggatttgatggaaggaccaga
ggacctcagaatgggggttggggggaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_136383191_136384251
seq2: B6Ng01-318N14.b_47_1112

seq1  GAATTCAGATTCATCTGGTTATTGAATGTCAACTCCCAGAAATAGAGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATTCATCTGGTTATTGAATGTCAACTCCCAGAAATAGAGACT  50

seq1  GCTGTTAGCGGGGTTAGTTTTCGGCGGAGGCCGTTCCCCCAAGCTTGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTAGCGGGGTTAGTTTTCGGCGGAGGCCGTTCCCCCAAGCTTGACT  100

seq1  GAGGCCCAGACTGCCGTTCTTGGCCACCCGATCACCCTGTGAGTCAACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCCAGACTGCCGTTCTTGGCCACCCGATCACCCTGTGAGTCAACAG  150

seq1  CAGGTTCAGCTGACCAGTGTCAAGGCCAACACATGTGGTAATCACGCATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTCAGCTGACCAGTGTCAAGGCCAACACATGTGGTAATCACGCATA  200

seq1  AATAGAGTGAGGAGAGAGCAGTAACAGGAGCATATGTCCCGGGCAGAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAGTGAGGAGAGAGCAGTAACAGGAGCATATGTCCCGGGCAGAAAG  250

seq1  AGCCTGCCGTGCTCCCACCTCCAGAGTTCTTGGAAGGAGCAGTACTCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGCCGTGCTCCCACCTCCAGAGTTCTTGGAAGGAGCAGTACTCAGA  300

seq1  TAGGGAGGGTCCCAAGTACGTGGGTAGGTCACTCCACTAGCACCACTCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAGGGTCCCAAGTACGTGGGTAGGTCACTCCACTAGCACCACTCCC  350

seq1  AACTCCTGCCACCACCCTTTCTGTATTGCTTTTACTCCCCCCTTTTTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCTGCCACCACCCTTTCTGTATTGCTTTTACTCCCCCCTTTTTAAA  400

seq1  GACAGGCTCTTCCTATGTTGGTCACCCAGCCTGGCTTTGAACTCAAGACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGCTCTTCCTATGTTGGTCACCCAGCCTGGCTTTGAACTCAAGACC  450

seq1  TTACTTTAGCATCCAGGGTGCTGCTATGTGCCTCTTGGTTATTACTACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTAGCATCCAGGGTGCTGCTATGTGCCTCTTGGTTATTACTACAT  500

seq1  TCTCCCCCCACTCCTACAACACAGGGTTTCTCTGGGCAACCCTGGCTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCCCACTCCTACAACACAGGGTTTCTCTGGGCAACCCTGGCTCTC  550

seq1  CTGGAATTTGCTCTTGTAGACCAGGCTGGTCTTGAACTCAGAGGTGCAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAATTTGCTCTTGTAGACCAGGCTGGTCTTGAACTCAGAGGTGCAAG  600

seq1  CCTATACATACTCCAGCTCTCCGGTGGCAAGCTGATCTTTCAGCTTACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATACATACTCCAGCTCTCCGGTGGCAAGCTGATCTTTCAGCTTACTC  650

seq1  TGCCTGGGTGACAGTGAGCCTACCAAGCTCCACTCTTCAGTCATATCAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGGGTGACAGTGAGCCTACCAAGCTCCACTCTTCAGTCATATCAAT  700

seq1  CCCTCCTAAATGACACATTAGCGGACCCAGCACAAGCCCTGGGGATGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTAAATGACACATTAGCGGACCCAGCACAAGCCCTGGGGATGTGA  750

seq1  CATGACTGCGAAGCACCTCAGTCAGTTGTCTCACTGTATAATAAATGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACTGCGAAGCACCTCAGTCAGTTGTCTCACTGTATAATAAATGTAA  800

seq1  GCTGGCCCTGAATTTGTGATCCTCCTGCCTCAGAGTATCAAGTACTGGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCCTGAATTTGTGATCCTCCTGCCTCAGAGTATCAAGTACTGGGA  850

seq1  TCACAGATGTAAAACCACCAAACCAACTTGCTCCATCTCCACTCCCACCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGATGTAAAACCACCAAACCAACTTGCTCCATCTCCACTCCCACCC  900

seq1  CCCAGCCCCTACAAACTGTGCCAGGAAGTCAAATCTAACCC-TCCCACCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCCAGCCCCTACAAACTGTGCCAGGAAGTCAAATCTAACCCTTCCCACCT  950

seq1  GCTAGACCAGAGCTGAGCCTCTGAG-CCCCAACCCCCG-CCAGCCTCACT  997
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  GCTAGACCAGAGCTGAGCCTCTGAGCCCCCAACCCCCGCCCAGCCTCACT  1000

seq1  CCCCAGTGGAGGTGGAGGACG-CCCACCG--CCAATC-ACATTGTC-AAA  1042
      ||||||| |||||||| |||| |||||||  | |||| |||||||| |||
seq2  CCCCAGT-GAGGTGGA-GACGCCCCACCGGCCAAATCAACATTGTCAAAA  1048

seq1  AACACAGCAGTTAAACGCT  1061
      |||||||||||| ||||||
seq2  AACACAGCAGTT-AACGCT  1066

seq1: chr5_136544995_136545479
seq2: B6Ng01-318N14.g_67_551 (reverse)

seq1  CCTTCCCCCCAACCCCCATTCTGAGGTCCTCTGGTCCTTCCATCAAATCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCCCCAACCCCCATTCTGAGGTCCTCTGGTCCTTCCATCAAATCC  50

seq1  TGGACAGGTCCAGACCATCTGTGTCCCTGACCAGATAGTCTGCTTCCTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAGGTCCAGACCATCTGTGTCCCTGACCAGATAGTCTGCTTCCTAC  100

seq1  CACAGAGATACCATCCCCTTCCTTGGGACCTTGCCTGGAGCTGAGTCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGATACCATCCCCTTCCTTGGGACCTTGCCTGGAGCTGAGTCCAG  150

seq1  AGATGACCTCAGCCACATGAAGAGAGTCCAGTACAGTGTGGCTACCAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACCTCAGCCACATGAAGAGAGTCCAGTACAGTGTGGCTACCAGTG  200

seq1  TGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGATTGGAACCAAGGGCCTAATATATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGATTGGAACCAAGGGCCTAATATATAC  250

seq1  CAGGCAAATATGCTATGCTTGAGCCACGCCCCCAGCCCCTCATTGGAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAAATATGCTATGCTTGAGCCACGCCCCCAGCCCCTCATTGGAGGA  300

seq1  TTCTAGGCAGGGGCTCTACCACTGAGCCACACCCCCAGCCCCTCACTGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGGCAGGGGCTCTACCACTGAGCCACACCCCCAGCCCCTCACTGGG  350

seq1  GGATGCTAGGCAGGAGCTCTACCACTGAGCCACGCCCCCAGCCCCTCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCTAGGCAGGAGCTCTACCACTGAGCCACGCCCCCAGCCCCTCACT  400

seq1  GGGGGATGCTAGGCAGGAGCTCTACCACTGAGCCACACCCCAGTCCTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGATGCTAGGCAGGAGCTCTACCACTGAGCCACACCCCAGTCCTCTT  450

seq1  TTTTTACTTTTTATTTCCTGCCTTGCTTTGAATTC  485
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTACTTTTTATTTCCTGCCTTGCTTTGAATTC  485