BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-320A22
Chromosome5 (Build37)
Map Location 49,396,702 - 49,491,810
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSlit2, 4933428G09Rik, Kcnip4, LOC100041668
Downstream geneLOC100041659, EG433885, LOC666223, Gpr125
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-320A22.bB6Ng01-320A22.g
ACCGA109528GA109529
length1,0711,164
definitionB6Ng01-320A22.b B6Ng01-320A22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,490,740 - 49,491,810)(49,396,702 - 49,397,853)
sequence
gaattctctgtggaaacataggctgtgcttgaagtggttatactttattg
tgtagatatcaataatctgatgatatcttttctaaactatctatctttgt
cctctgtgtgctatgtacaagacattaaacttgcagtgattcaattgcct
agagttagtgacaacatactttctctgctgagctgaaaatggttttatac
tgaagatgacatgttgctgtcatgttttgaaggcataaataccacttaga
aacaaaaacaccatatgcaaataactgaaatagtttgattctaaggttcc
ctcagggaaggtgcattgtctacaaagggcagagtgcagctttctgttat
ggttctttgggtttcttagatctgacagtcccacattaaaaactgggtaa
cagtgatgttagcagcatccctttgcaccaggtctttgtctgctgataaa
atgtacccagctcctttttttaaaaaaaaaaatctatttatgcctgtttc
ctgtttccacatagaggagatggcacagtcacatttctgtaaaactttct
tgtcacgctctccaaatctttccctctctctgggtctaatggacacaggg
actcagtagaagcaagttttctatgccactgtttaatccaaatagctggc
ttgttttgcttccttgtgtggctatctaaatgagatctaactgaagacaa
gaagaaagtggtggagttgagaggaaagttaacaaagtgatcctgatgaa
gtagatgataagagttaatgaggatttagtgtgcagcatgcaaaaggctc
agtagcttgcctgtgctgttcttccacgtcttagagcagaacactgaaga
aaatgctatcagtagaagaataaatatctttagagttatttaataactta
agttcttgcaggtatcaagagacaaatctagatttcaaagtcatattttt
tttcttattctattatgcaacagataaggattcaaaattacataatacag
gccacctattttttttttctactaaaaatagttcctcatgtccactttaa
tttgagactacagctgactga

gaattctccctgtgactagtgctagccttcaaaaataaaaatcaggtgtc
tctatgctccaatatcagcataggatcattccttcatgtcccatctacat
taaaatttaatattttagcatttctgtttcttcaatctctctcattagtc
tgagtgtcctgactcagcacatttgattatttccaatgttaatataagac
tcttgtacatgctgaataacacacaaataattgaaatgttgtggagaaca
aagttaaaggtactgtctgagactgttctaatgagggatgctctttgatt
ccaagaaggtagactgtgacagtgtcctttaaagaggacaaatgctacac
tctcacatggcaagtgaacacaaagtaggaggggggctaagagcatgtgt
cttcacatattttaatgaataagtatttaattttattgatggattttgaa
ctcttatgatgtgataacccactaaaggctcaatagaatcacacagaatt
aagctctgatatttgaacgtgatatggcaggatggataccttcaagctgt
agctctcatcagctgtcatacttgagtttctgctgccccttaaatgaacc
aaagaaatttacccatagactttgcactcagactcctctgcccaaagagc
tcttgcaacattgctaggatttgtctccaagtttttgcctaccacccaat
gaacttacaccccccatctttatccttccctagtctcagacagcttctct
gttttcttcttgtaactcctgcaccaaacacatatacctgcacattattg
ctttcctgttttgtagaatacaagtctgtagatagcaggggttttaatcc
tcctctttcaaagtctagaagagtgcggtaacagtagcggagtggaatag
tcctccatcttgtctgtatatctacactacttattgtacagtcacctgat
gctcattctacctggcatttctattttgagtatcttttattatttataag
aaacctataaaacaacacatgcacaaaaatattattttttaacaagtata
tatggcacaagcacactggtgtttaaagtagtcacaatttcatgtgattc
taaggcaataggttcatattgacaagaaccgtaccttccaaacaatggtc
caaaataaatgttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_49490740_49491810
seq2: B6Ng01-320A22.b_44_1114 (reverse)

seq1  TCAGTCAGCCTGTTAGTTCTCAAATTTAAGT-GACATGAGGAACTATTTT  49
      |||||||| ||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCAG-CTG-TAG-TCTCAAATTAAAGTGGACATGAGGAACTATTTT  47

seq1  AAGTA-AGAAAAAAAATAGGT-GCCTGTATTATGTAATTTTGAATCCTTT  97
       |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TAGTAGAAAAAAAAAATAGGTGGCCTGTATTATGTAATTTTGAATCC-TT  96

seq1  ATCTGTTGCATAATAGAATAAG-AAAAAAATATGACTTTGAAATCTAGAT  146
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTTGCATAATAGAATAAGAAAAAAAATATGACTTTGAAATCTAGAT  146

seq1  TTGTCTCTTGATACCTGCAAGAACTTAAGTTATTAAATAACTCTAAAGAT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTCTTGATACCTGCAAGAACTTAAGTTATTAAATAACTCTAAAGAT  196

seq1  ATTTATTCTTCTACTGATAGCATTTTCTTCAGTGTTCTGCTCTAAGACGT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTCTTCTACTGATAGCATTTTCTTCAGTGTTCTGCTCTAAGACGT  246

seq1  GGAAGAACAGCACAGGCAAGCTACTGAGCCTTTTGCATGCTGCACACTAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAACAGCACAGGCAAGCTACTGAGCCTTTTGCATGCTGCACACTAA  296

seq1  ATCCTCATTAACTCTTATCATCTACTTCATCAGGATCACTTTGTTAACTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCATTAACTCTTATCATCTACTTCATCAGGATCACTTTGTTAACTT  346

seq1  TCCTCTCAACTCCACCACTTTCTTCTTGTCTTCAGTTAGATCTCATTTAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCAACTCCACCACTTTCTTCTTGTCTTCAGTTAGATCTCATTTAG  396

seq1  ATAGCCACACAAGGAAGCAAAACAAGCCAGCTATTTGGATTAAACAGTGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCACACAAGGAAGCAAAACAAGCCAGCTATTTGGATTAAACAGTGG  446

seq1  CATAGAAAACTTGCTTCTACTGAGTCCCTGTGTCCATTAGACCCAGAGAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAAAACTTGCTTCTACTGAGTCCCTGTGTCCATTAGACCCAGAGAG  496

seq1  AGGGAAAGATTTGGAGAGCGTGACAAGAAAGTTTTACAGAAATGTGACTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAAGATTTGGAGAGCGTGACAAGAAAGTTTTACAGAAATGTGACTG  546

seq1  TGCCATCTCCTCTATGTGGAAACAGGAAACAGGCATAAATAGATTTTTTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATCTCCTCTATGTGGAAACAGGAAACAGGCATAAATAGATTTTTTT  596

seq1  TTTTAAAAAAAGGAGCTGGGTACATTTTATCAGCAGACAAAGACCTGGTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAAAAGGAGCTGGGTACATTTTATCAGCAGACAAAGACCTGGTG  646

seq1  CAAAGGGATGCTGCTAACATCACTGTTACCCAGTTTTTAATGTGGGACTG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGGATGCTGCTAACATCACTGTTACCCAGTTTTTAATGTGGGACTG  696

seq1  TCAGATCTAAGAAACCCAAAGAACCATAACAGAAAGCTGCACTCTGCCCT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATCTAAGAAACCCAAAGAACCATAACAGAAAGCTGCACTCTGCCCT  746

seq1  TTGTAGACAATGCACCTTCCCTGAGGGAACCTTAGAATCAAACTATTTCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGACAATGCACCTTCCCTGAGGGAACCTTAGAATCAAACTATTTCA  796

seq1  GTTATTTGCATATGGTGTTTTTGTTTCTAAGTGGTATTTATGCCTTCAAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTGCATATGGTGTTTTTGTTTCTAAGTGGTATTTATGCCTTCAAA  846

seq1  ACATGACAGCAACATGTCATCTTCAGTATAAAACCATTTTCAGCTCAGCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGACAGCAACATGTCATCTTCAGTATAAAACCATTTTCAGCTCAGCA  896

seq1  GAGAAAGTATGTTGTCACTAACTCTAGGCAATTGAATCACTGCAAGTTTA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGTATGTTGTCACTAACTCTAGGCAATTGAATCACTGCAAGTTTA  946

seq1  ATGTCTTGTACATAGCACACAGAGGACAAAGATAGATAGTTTAGAAAAGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTGTACATAGCACACAGAGGACAAAGATAGATAGTTTAGAAAAGA  996

seq1  TATCATCAGATTATTGATATCTACACAATAAAGTATAACCACTTCAAGCA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATCAGATTATTGATATCTACACAATAAAGTATAACCACTTCAAGCA  1046

seq1  CAGCCTATGTTTCCACAGAGAATTC  1071
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTATGTTTCCACAGAGAATTC  1071


seq1: chr5_49396702_49397853
seq2: B6Ng01-320A22.g_69_1232

seq1  GAATTCTCCCTGTGACTAGTGCTAGCCTTCAAAAATAAAAATCAGGTGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCTGTGACTAGTGCTAGCCTTCAAAAATAAAAATCAGGTGTC  50

seq1  TCTATGCTCCAATATCAGCATAGGATCATTCCTTCATGTCCCATCTACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGCTCCAATATCAGCATAGGATCATTCCTTCATGTCCCATCTACAT  100

seq1  TAAAATTTAATATTTTAGCATTTCTGTTTCTTCAATCTCTCTCATTAGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTTAATATTTTAGCATTTCTGTTTCTTCAATCTCTCTCATTAGTC  150

seq1  TGAGTGTCCTGACTCAGCACATTTGATTATTTCCAATGTTAATATAAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGTCCTGACTCAGCACATTTGATTATTTCCAATGTTAATATAAGAC  200

seq1  TCTTGTACATGCTGAATAACACACAAATAATTGAAATGTTGTGGAGAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTACATGCTGAATAACACACAAATAATTGAAATGTTGTGGAGAACA  250

seq1  AAGTTAAAGGTACTGTCTGAGACTGTTCTAATGAGGGATGCTCTTTGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAAAGGTACTGTCTGAGACTGTTCTAATGAGGGATGCTCTTTGATT  300

seq1  CCAAGAAGGTAGACTGTGACAGTGTCCTTTAAAGAGGACAAATGCTACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAAGGTAGACTGTGACAGTGTCCTTTAAAGAGGACAAATGCTACAC  350

seq1  TCTCACATGGCAAGTGAACACAAAGTAGGAGGGGGGCTAAGAGCATGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACATGGCAAGTGAACACAAAGTAGGAGGGGGGCTAAGAGCATGTGT  400

seq1  CTTCACATATTTTAATGAATAAGTATTTAATTTTATTGATGGATTTTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACATATTTTAATGAATAAGTATTTAATTTTATTGATGGATTTTGAA  450

seq1  CTCTTATGATGTGATAACCCACTAAAGGCTCAATAGAATCACACAGAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTATGATGTGATAACCCACTAAAGGCTCAATAGAATCACACAGAATT  500

seq1  AAGCTCTGATATTTGAACGTGATATGGCAGGATGGATACCTTCAAGCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCTGATATTTGAACGTGATATGGCAGGATGGATACCTTCAAGCTGT  550

seq1  AGCTCTCATCAGCTGTCATACTTGAGTTTCTGCTGCCCCTTAAATGAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTCATCAGCTGTCATACTTGAGTTTCTGCTGCCCCTTAAATGAACC  600

seq1  AAAGAAATTTACCCATAGACTTTGCACTCAGACTCCTCTGCCCAAAGAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATTTACCCATAGACTTTGCACTCAGACTCCTCTGCCCAAAGAGC  650

seq1  TCTTGCAACATTGCTAGGATTTGTCTCCAAGTTTTTGCCTACCACCCAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCAACATTGCTAGGATTTGTCTCCAAGTTTTTGCCTACCACCCAAT  700

seq1  GAACTTACACCCCCCATCTTTATCCTTCCCTAGTCTCAGACAGCTTCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTACACCCCCCATCTTTATCCTTCCCTAGTCTCAGACAGCTTCTCT  750

seq1  GTTTTCTTCTTGTAACTCCTGCACCAAACACATATACCTGCACATTATTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTTCTTGTAACTCCTGCACCAAACACATATACCTGCACATTATTG  800

seq1  CTTTCCTGTTTTGTAGAATACAAGTCTGTAGATAGCAGGGGTTTTAATCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTGTTTTGTAGAATACAAGTCTGTAGATAGCAGGGGTTTTAATCC  850

seq1  TCCTCTTTCAAAGTCTAGAAGAGTGCGGTAACAGTAGCGGAGGTGGAATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCCTCTTTCAAAGTCTAGAAGAGTGCGGTAACAGTAGCGGA-GTGGAATA  899

seq1  GTCCTCCATCTTGTCTGTATATCTACACTACTTATTGTACAGTCACCTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCCATCTTGTCTGTATATCTACACTACTTATTGTACAGTCACCTGA  949

seq1  TGCTCATTCTACCTGGCATTTCTATTTTGAGTATC-TTTATTATTTATAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGCTCATTCTACCTGGCATTTCTATTTTGAGTATCTTTTATTATTTATAA  999

seq1  GAAACCTATAAA--CACACATGCAC-AAAATATTA-TTTTTAACAAGTAT  1045
      ||||||||||||   |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAAACCTATAAAACAACACATGCACAAAAATATTATTTTTTAACAAGTAT  1049

seq1  ATATGGGCACAAGCACACTGGTGTTTAAAGTAGTCACAATTTCATGTGGA  1095
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  ATAT-GGCACAAGCACACTGGTGTTTAAAGTAGTCACAATTTCATGTGAT  1098

seq1  TCTAAGGC-ATAGG-TCATA-TGACAAG-ACAGGA-CTTCCAAACAAT-G  1139
      |||||||| ||||| ||||| ||||||| || | | |||||||||||| |
seq2  TCTAAGGCAATAGGTTCATATTGACAAGAACCGTACCTTCCAAACAATGG  1148

seq1  TC--AAAT-AATGTTT  1152
      ||  |||| |||||||
seq2  TCCAAAATAAATGTTT  1164


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |