BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-325B19
Chromosome5 (Build37)
Map Location 90,724,133 - 90,774,129
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAnkrd17
Upstream geneGc, LOC622870, Npffr2, LOC631105, Adamts3, EG665733, Cox18
Downstream geneAlb1, Afp, Afm, LOC100040105, LOC622307, Rassf6, Cxcl5, Ppbp, Cxcl4, Gm1960, Cxcl15, Cxcl1, Cxcl2, 1110019K23Rik, Epgn, Ereg, Areg
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-325B19.bB6Ng01-325B19.g
ACCGA113254GA113255
length1,2111,084
definitionB6Ng01-325B19.b B6Ng01-325B19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,772,925 - 90,774,129)(90,724,133 - 90,725,224)
sequence
ggaattctttgctttgcttactatgtcgcttaagtttatataagactgct
taaatcatattctgtatacgggatacatcaagtttagaatatatgatatt
taaatataatacttctcttctgtgctgttctaagttgaattttatgtttt
atttagtagttagatttgggaagaatagaaaaggactgtaatgagaaaaa
aatgactatattagacagatggtaaacttggccaggaatcatgtagatgg
agttcatgtagattatgaatttataaagtacactttaaaaaaaaatcatt
gtttatctagtgtgcagtctagatcttaaaacctggtaagtactcagtaa
gtgtataaatgaatgctcaaactgttaatgatgatctttaaaaagaaagt
tactggctttaggccagtaaggcttagatagtaaagcccagcttctaaca
aacaaacataacaaaaattactttggttttggggtttttatataagcctg
agaaaaattttatttagacaataaaattaagtcttttaagatatttaata
tagagagaccatagtgtcgtatttagaacatactgtcaaatataggatat
atgttagaaaacgggtagaagttacatagtgctccgtggtcaagctcttt
cagtactaggactagtagtgataccatgcactctggggggctgggggtgt
gtgtgtgattaaaaacaggagtatcaacaatttcccagccatttaacatt
ttgtatgacagcctgtatgccagtgctgtacaagactgtctcaaaaatac
taaaacagaaacagaagactctttaatgttgcccattcttcctcttagta
tatatgcatgggaagattactttaaaatttctcctttgcaaatagatgct
ttggctgtgtatggtggtagatgccagtaagcccagcaataataagatga
actctagattgagctactgttctctgttatcctggactacatagtgaggc
tctctaaaaccaaacaaaaatcctccacagtaaatagaaagtaaatcaca
gacataagtatgcatttaatcattatttttacttaataagaatattactc
aatgttcatgaagttctgcactttagttattatttgattctttccaaaga
aatttcttatttatcacagtcaattcaaggttaagaaaggccccaagcac
caaacccttgg
gaattccaggacagccagggctgcacagagaaaccctgtcttgaaaaatc
aaaatcaaaacaaaacaaaacaaaaaaaaaagcaaacaaacaaacaaaca
aaaatctcttatgttgatttcttgtaggtggacatatttggcccaccaaa
taatccatattccatattagtaataatttcacattggttgacatttaatt
atcatgtatcttcttgcaaaaggtaaaatgtttccaaaatggaaaaccat
caaaaagtgtaaccacataaaatcatcagctttctgataaaagagttgga
ttgtcacttccattgacaaaattacaatgctgagactatacaatattaaa
tattagttataaaacactttaaacaaacttactcatgtctaataacacta
tatactatgttttattgttaatttagaaaccgattttaatttcattattt
catttcacaaaaagatttaaatgatacctttataacaagctaatgtaagg
gcactctctttaaattcattggaatgcgtattgatgccagctccattttc
tagcagcaatctggctacttccacatgcccagcacttccagcttccataa
gaggtgtgtgaccattctcattatggtcctcaatactagcaccggattcc
aagagcacctttacaacatctacgtagcctccagcacaagcataggtgag
agctgtgttgcctgtttaagaaaacaatgaaaagatgttaatatcactca
cagacacacaaacacaagcatgcacgtgcacctcgacccagtaagatgct
tctgcatgtaaatggacataccaccaggctggatggcctgagtttgatcc
tggggaccacatggaggaggaggaggaaggaggaagacctagtcctggat
gttgtcctttgatttccccacatgcaccatggcacacacatgcacgcaca
cacataaataaaaataaatgtaaagctttttcacataaaaccaatttatt
atcacaaaagctatgtgaaactgtatccataataaacactaaataggata
atataattcatactgctgtactttcttttctgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_90772925_90774129
seq2: B6Ng01-325B19.b_45_1254 (reverse)

seq1  CCAA-GGTTTGGTGCT--GGGGCTTTCTTTACTTGAAATTGACTGTGAAT  47
      |||| |||||||||||  ||| ||||||| || |  ||||||||||| ||
seq2  CCAAGGGTTTGGTGCTTGGGGCCTTTCTTAACCTTGAATTGACTGTG-AT  49

seq1  AAAT---AGATATCTTT-GAAAGAATTCAATAATACTAAAATTCCAGAAC  93
      ||||   | || ||||| ||||||||  |||||||   ||| | ||||| 
seq2  AAATAAGAAATTTCTTTGGAAAGAATCAAATAATAACTAAAGTGCAGAA-  98

seq1  CTTCATGAACATTTGAGT-ATATTCTTATTAAGTAAAA--TATGATTAAA  140
      ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  CTTCATGAACA-TTGAGTAATATTCTTATTAAGTAAAAATAATGATTAAA  147

seq1  TGCATTAACTTATGTCTTGTGATTTACTTTCTATTTACTGTGGA-GATTT  189
      |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGCAT--ACTTATGTC-TGTGATTTACTTTCTATTTACTGTGGAGGATTT  194

seq1  TTGTTTGTTTTTAGAGAGCCTCACTATGTAGTCCAGGATAACAGAGAACA  239
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGGTTTTAGAGAGCCTCACTATGTAGTCCAGGATAACAGAGAACA  244

seq1  GTAGCTCAATCTAGAGTTCATCTTATTATTGCTGGGCTTACTGGCATCTA  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTCAATCTAGAGTTCATCTTATTATTGCTGGGCTTACTGGCATCTA  294

seq1  CCACCATACACAGCCAAAGCATCTATTTGCAAAGGAGAAATTTTAAAGTA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCATACACAGCCAAAGCATCTATTTGCAAAGGAGAAATTTTAAAGTA  344

seq1  ATCTTCCCATGCATATATACTAAGAGGAAGAATGGGCAACATTAAAGAGT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCCCATGCATATATACTAAGAGGAAGAATGGGCAACATTAAAGAGT  394

seq1  CTTCTGTTTCTGTTTTAGTATTTTTGAGACAGTCTTGTACAGCACTGGCA  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTTTCTGTTTTAGTATTTTTGAGACAGTCTTGTACAGCACTGGCA  444

seq1  TACAGGCTGTCATACAAAATGTTAAATGGCTGGGAAATTGTTGATACTCC  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGCTGTCATACAAAATGTTAAATGGCTGGGAAATTGTTGATACTCC  494

seq1  TGTTTTTAATCACACACACACCCCCAGCCCCCCAGAGTGCATGGTATCAC  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTAATCACACACACACCCCCAGCCCCCCAGAGTGCATGGTATCAC  544

seq1  TACTAGTCCTAGTACTGAAAGAGCTTGACCACGGAGCACTATGTAACTTC  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGTCCTAGTACTGAAAGAGCTTGACCACGGAGCACTATGTAACTTC  594

seq1  TACCCGTTTTCTAACATATATCCTATATTTGACAGTATGTTCTAAATACG  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCGTTTTCTAACATATATCCTATATTTGACAGTATGTTCTAAATACG  644

seq1  ACACTATGGTCTCTCTATATTAAATATCTTAAAAGACTTAATTTTATTGT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTATGGTCTCTCTATATTAAATATCTTAAAAGACTTAATTTTATTGT  694

seq1  CTAAATAAAATTTTTCTCAGGCTTATATAAAAACCCCAAAACCAAAGTAA  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATAAAATTTTTCTCAGGCTTATATAAAAACCCCAAAACCAAAGTAA  744

seq1  TTTTTGTTATGTTTGTTTGTTAGAAGCTGGGCTTTACTATCTAAGCCTTA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTTATGTTTGTTTGTTAGAAGCTGGGCTTTACTATCTAAGCCTTA  794

seq1  CTGGCCTAAAGCCAGTAACTTTCTTTTTAAAGATCATCATTAACAGTTTG  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTAAAGCCAGTAACTTTCTTTTTAAAGATCATCATTAACAGTTTG  844

seq1  AGCATTCATTTATACACTTACTGAGTACTTACCAGGTTTTAAGATCTAGA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTCATTTATACACTTACTGAGTACTTACCAGGTTTTAAGATCTAGA  894

seq1  CTGCACACTAGATAAACAATGATTTTTTTTTAAAGTGTACTTTATAAATT  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACACTAGATAAACAATGATTTTTTTTTAAAGTGTACTTTATAAATT  944

seq1  CATAATCTACATGAACTCCATCTACATGATTCCTGGCCAAGTTTACCATC  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATCTACATGAACTCCATCTACATGATTCCTGGCCAAGTTTACCATC  994

seq1  TGTCTAATATAGTCATTTTTTTCTCATTACAGTCCTTTTCTATTCTTCCC  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAATATAGTCATTTTTTTCTCATTACAGTCCTTTTCTATTCTTCCC  1044

seq1  AAATCTAACTACTAAATAAAACATAAAATTCAACTTAGAACAGCACAGAA  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTAACTACTAAATAAAACATAAAATTCAACTTAGAACAGCACAGAA  1094

seq1  GAGAAGTATTATATTTAAATATCATATATTCTAAACTTGATGTATCCCGT  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGTATTATATTTAAATATCATATATTCTAAACTTGATGTATCCCGT  1144

seq1  ATACAGAATATGATTTAAGCAGTCTTATATAAACTTAAGCGACATAGTAA  1189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGAATATGATTTAAGCAGTCTTATATAAACTTAAGCGACATAGTAA  1194

seq1  GCAAAGCAAAGAATTC  1205
      ||||||||||||||||
seq2  GCAAAGCAAAGAATTC  1210

seq1: chr5_90724133_90725224
seq2: B6Ng01-325B19.g_67_1150

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTGCACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTGCACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAATC  50

seq1  AAAATCAAAACAAAACAAAACAAAAAAAAAAGCAAACAAACAAACAAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCAAAACAAAACAAAACAAAAAAAAAAGCAAACAAACAAACAAACA  100

seq1  AAAATCTCTTATGTTGATTTCTTGTAGGTGGACATATTTGGCCCACCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCTCTTATGTTGATTTCTTGTAGGTGGACATATTTGGCCCACCAAA  150

seq1  TAATCCATATTCCATATTAGTAATAATTTCACATTGGTTGACATTTAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCATATTCCATATTAGTAATAATTTCACATTGGTTGACATTTAATT  200

seq1  ATCATGTATCTTCTTGCAAAAGGTAAAATGTTTCCAAAATGGAAAACCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTATCTTCTTGCAAAAGGTAAAATGTTTCCAAAATGGAAAACCAT  250

seq1  CAAAAAGTGTAACCACATAAAATCATCAGCTTTCTGATAAAAGAGTTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGTGTAACCACATAAAATCATCAGCTTTCTGATAAAAGAGTTGGA  300

seq1  TTGTCACTTCCATTGACAAAATTACAATGCTGAGACTATACAATATTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCACTTCCATTGACAAAATTACAATGCTGAGACTATACAATATTAAA  350

seq1  TATTAGTTATAAAACACTTTAAACAAACTTACTCATGTCTAATAACACTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGTTATAAAACACTTTAAACAAACTTACTCATGTCTAATAACACTA  400

seq1  TATACTATGTTTTATTGTTAATTTAGAAACCGATTTTAATTTCATTATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTATGTTTTATTGTTAATTTAGAAACCGATTTTAATTTCATTATTT  450

seq1  CATTTCACAAAAAGATTTAAATGATACCTTTATAACAAGCTAATGTAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCACAAAAAGATTTAAATGATACCTTTATAACAAGCTAATGTAAGG  500

seq1  GCACTCTCTTTAAATTCATTGGAATGCGTATTGATGCCAGCTCCATTTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCTCTTTAAATTCATTGGAATGCGTATTGATGCCAGCTCCATTTTC  550

seq1  TAGCAGCAATCTGGCTACTTCCACATGCCCAGCACTTCCAGCTTCCATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGCAATCTGGCTACTTCCACATGCCCAGCACTTCCAGCTTCCATAA  600

seq1  GAGGTGTGTGACCATTCTCATTATGGTCCTCAATACTAGCACCGGATTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGTGTGACCATTCTCATTATGGTCCTCAATACTAGCACCGGATTCC  650

seq1  AAGAGCACCTTTACAACATCTACGTAGCCTCCAGCACAAGCATAGGTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCACCTTTACAACATCTACGTAGCCTCCAGCACAAGCATAGGTGAG  700

seq1  AGCTGTGTTGCCTGTTTAAGAAAACAATGAAAAGATGTTAATATCACTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGTTGCCTGTTTAAGAAAACAATGAAAAGATGTTAATATCACTCA  750

seq1  CAGACACACAAACACAAGCATGCACGTGCACCTCGACCCAGTAAGATGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACACAAACACAAGCATGCACGTGCACCTCGACCCAGTAAGATGCT  800

seq1  TCTGCATGTAAATGGACATACCACCAGGCTGGATGGCCTGAGTTTGATCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATGTAAATGGACATACCACCAGGCTGGATGGCCTGAGTTTGATCC  850

seq1  TGGGGACCCACATGGAGGAGGAGGAGG-AGGAGGAAAGACCTAAGTCCTG  899
      |||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||
seq2  TGGGGA-CCACATGGAGGAGGAGGAGGAAGGAGG-AAGACCT-AGTCCTG  897

seq1  GATGTTGTCCTTTGATTTCCCCACATGCACCATGGCACACACATGCACGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTGTCCTTTGATTTCCCCACATGCACCATGGCACACACATGCACGC  947

seq1  ACACACATAAATAAAAATAAATGTAAAGCTTTTTCACATAAAACCAATTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATAAATAAAAATAAATGTAAAGCTTTTTCACATAAAACCAATTT  997

seq1  A-TATCACAAAAGCTAATGTGGAAACTGTATCCATAATAAACACTAAATA  1048
      | ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCACAAAAGCT-ATGT-GAAACTGTATCCATAATAAACACTAAATA  1045

seq1  -GATACATATAATTTCATTACTTGGCTGTACTTTCTTTTTCTGAA  1092
       |||| |||||| |||| ||||  ||||||||||| |||||||||
seq2  GGATA-ATATAA-TTCA-TACT--GCTGTACTTTC-TTTTCTGAA  1084