BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-331B10
Chromosome5 (Build37)
Map Location 15,607,785 - 15,712,664
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCacna2d1
Upstream genePclo, ENSMUSG00000033219, LOC624245, Speer8-ps1, Speer4c, Speer4d, 4930572O03Rik, Speer7-ps1, 4930519H02Rik, LOC100041781
Downstream geneLOC668121, Hgf, EG668131
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-331B10.bB6Ng01-331B10.g
ACCGA117553GA117554
length1,158916
definitionB6Ng01-331B10.b B6Ng01-331B10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,711,498 - 15,712,664)(15,607,785 - 15,608,701)
sequence
gaattcaacctgattaaacgagtacccaatctataaaggtattgaaaccg
cccttagtagcccttatgtatatttcagtgttttgaagattaagcatttc
taaaggataaaatacatattttctcttgataaacatagatcatacctggg
tcttggtaactctcatatcaggcattagaaatcacctgtggtaaatattc
tttaaaatctactattcaatttaatgtaatggaaaggcccctttaagatg
ttgtaatttaaatgaaagttaatttcgggaaaataaagtttgcatctctg
cagaaaacaaacgttgaaaatccagacatggaccaggtcctttgcaggaa
cgctctgcacccaaggtgccccaggtcaccaccagcagtgaagcacaggg
tagcagggtatgcacagaacagctgccagagcacaggtcatcacactgca
tgagagcctcaaagctcagcaaaggtgctttctttaaaataacagtagtt
tgttctgcacagtgatgctctgaactttaggcaatgcaaacaacacaaag
cacataccatgcattagtataagccaatccaaacccgccagagccagtag
ggtaagacatcttaatttagatgaacaacagcagcaaaaccttccaggaa
agggaataattcagctgttacacaggatccctaatgtttcacccctaagt
attggaatcgaggagtctgcatttgccaacaccttaacttctaataaaga
cttcatgttataagatactagtattaaaatgttagaaaatcaacttaaag
ttttattcttttaaaaaataattacaacagattccatgactctatgaagc
acataaccctatcaccttctagactcaaatctgtttctataaaattaaat
catgaaacattatgcttctaaagagacattagataaaatgccatgttaga
atttcgtgtaaagtagacaagactaccaagaagaacaaataaataagcaa
gggagcgcagcagaccagccaatgtccagacaggtcaaaatattttaatg
atcataaataatgaagcagatatcattcatttaatgagatagaatatcag
gtttgtgcttatttaattagatgacagtccgagtccacacatctcaggaa
ctgggaga
gaattctgagcttaccttccctgggaagacatgtgcattcttgaatattt
gagcaagccagtaatcattggtgctgtgaaatgctaatgtaaggcttggg
agagtgcgcagtggactgctatgcagtcaccatggtttatttcctaggtg
gagtctgttctggatcatgatttttagtccatatgctggagaatacatca
ggttttcttaggaaattagttctactagaagcaagggaagtattgaacaa
atgaatgaatgaatgaatgaatggcttttgctttttacactgcagatgac
ttgtagagttagttttctgctgaagtgtttgttggggaatgcgactcagg
agtttgaagacagatgaactcagagcaaggtagcttggtggttgggccta
tgaggctttgccctcatcgtagacgtaggtaattcagtgagatagaaaat
tcagtgacaggcatcttttcatatcagtggatttgaaatccgagcacttc
agattttgacattatgctttactattttacaataatgaaagagtgaaatt
atgttagcagacgggacccacaggcagcaggctgcctgctttcacagaga
gaccctttaccaagtcagaaagaaaagtacagtggccactttctgatgta
ggcaggaaacacccgaccttgcaggggtaaattttaagagggacaaaaag
gagaggtttgtgttagaatctgctaggatgaggtaccattctttgagcat
gtcaattagggcagctaaagggaagcttttgattgctggacttcagttac
tttgatagttttaccgtggtgtgatcagccttagaaaagtgtgcaattag
ggaatagacattggcagctaggttttgggatgcagtctttggtttataag
tagagggaatgggagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_15711498_15712664
seq2: B6Ng01-331B10.b_45_1202 (reverse)

seq1  TCTCCCA--TTCTGAGATGTGT-GACTCTGACTGTCATCTAAATTAAATA  47
      |||||||  | ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  TCTCCCAGTTCCTGAGATGTGTGGACTCGGACTGTCATCT-AATTAAATA  49

seq1  AGCACAAACTTGATATCTTATCTCATTAAATGGAATTGATTATTCTGCTT  97
      ||||||||| ||||||  ||||||||||||||  | ||||   |||||||
seq2  AGCACAAACCTGATATTCTATCTCATTAAATG--AATGAT--ATCTGCTT  95

seq1  CATTTTATTTTATTGATCATTTAAAATATTTTGACCTGTCTGGGACATTT  147
      ||  ||||||   |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  CA--TTATTT--ATGATCA-TTAAAATATTTTGACCTGTCT-GGACA-TT  138

seq1  GGCTGGTCTGCTGCGCTCCCTTGCTTATTTATTTGTTTCTTCTTGGTAGT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGCTGGTCTGCTGCGCTCCCTTGCTTATTTATTTG-TTCTTCTTGGTAGT  187

seq1  CTTGTCTACTTTACACG-AATTCTAACATGGCATTTTATCTAATGTCTCT  246
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTACTTTACACGAAATTCTAACATGGCATTTTATCTAATGTCTCT  237

seq1  TTAGAAGCATAATGTTTCATGATTTAATTTTATAGAAACAGATTTGAGTC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAGCATAATGTTTCATGATTTAATTTTATAGAAACAGATTTGAGTC  287

seq1  TAGAAGGTGATAGGGTTATGTGCTTCATAGAGTCATGGAATCTGTTGTAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGGTGATAGGGTTATGTGCTTCATAGAGTCATGGAATCTGTTGTAA  337

seq1  TTATTTTTTAAAAGAATAAAACTTTAAGTTGATTTTCTAACATTTTAATA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTTAAAAGAATAAAACTTTAAGTTGATTTTCTAACATTTTAATA  387

seq1  CTAGTATCTTATAACATGAAGTCTTTATTAGAAGTTAAGGTGTTGGCAAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTATCTTATAACATGAAGTCTTTATTAGAAGTTAAGGTGTTGGCAAA  437

seq1  TGCAGACTCCTCGATTCCAATACTTAGGGGTGAAACATTAGGGATCCTGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGACTCCTCGATTCCAATACTTAGGGGTGAAACATTAGGGATCCTGT  487

seq1  GTAACAGCTGAATTATTCCCTTTCCTGGAAGGTTTTGCTGCTGTTGTTCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACAGCTGAATTATTCCCTTTCCTGGAAGGTTTTGCTGCTGTTGTTCA  537

seq1  TCTAAATTAAGATGTCTTACCCTACTGGCTCTGGCGGGTTTGGATTGGCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAATTAAGATGTCTTACCCTACTGGCTCTGGCGGGTTTGGATTGGCT  587

seq1  TATACTAATGCATGGTATGTGCTTTGTGTTGTTTGCATTGCCTAAAGTTC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTAATGCATGGTATGTGCTTTGTGTTGTTTGCATTGCCTAAAGTTC  637

seq1  AGAGCATCACTGTGCAGAACAAACTACTGTTATTTTAAAGAAAGCACCTT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCATCACTGTGCAGAACAAACTACTGTTATTTTAAAGAAAGCACCTT  687

seq1  TGCTGAGCTTTGAGGCTCTCATGCAGTGTGATGACCTGTGCTCTGGCAGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGCTTTGAGGCTCTCATGCAGTGTGATGACCTGTGCTCTGGCAGC  737

seq1  TGTTCTGTGCATACCCTGCTACCCTGTGCTTCACTGCTGGTGGTGACCTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTGTGCATACCCTGCTACCCTGTGCTTCACTGCTGGTGGTGACCTG  787

seq1  GGGCACCTTGGGTGCAGAGCGTTCCTGCAAAGGACCTGGTCCATGTCTGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACCTTGGGTGCAGAGCGTTCCTGCAAAGGACCTGGTCCATGTCTGG  837

seq1  ATTTTCAACGTTTGTTTTCTGCAGAGATGCAAACTTTATTTTCCCGAAAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCAACGTTTGTTTTCTGCAGAGATGCAAACTTTATTTTCCCGAAAT  887

seq1  TAACTTTCATTTAAATTACAACATCTTAAAGGGGCCTTTCCATTACATTA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTCATTTAAATTACAACATCTTAAAGGGGCCTTTCCATTACATTA  937

seq1  AATTGAATAGTAGATTTTAAAGAATATTTACCACAGGTGATTTCTAATGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAATAGTAGATTTTAAAGAATATTTACCACAGGTGATTTCTAATGC  987

seq1  CTGATATGAGAGTTACCAAGACCCAGGTATGATCTATGTTTATCAAGAGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATATGAGAGTTACCAAGACCCAGGTATGATCTATGTTTATCAAGAGA  1037

seq1  AAATATGTATTTTATCCTTTAGAAATGCTTAATCTTCAAAACACTGAAAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGTATTTTATCCTTTAGAAATGCTTAATCTTCAAAACACTGAAAT  1087

seq1  ATACATAAGGGCTACTAAGGGCGGTTTCAATACCTTTATAGATTGGGTAC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATAAGGGCTACTAAGGGCGGTTTCAATACCTTTATAGATTGGGTAC  1137

seq1  TCGTTTAATCAGGTTGAATTC  1167
      |||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTTAATCAGGTTGAATTC  1158

seq1: chr5_15607785_15608701
seq2: B6Ng01-331B10.g_65_980

seq1  GAATTCTGAGCTTACCTTCCCTGGGAAGACATGTGCATTCTTGAATATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAGCTTACCTTCCCTGGGAAGACATGTGCATTCTTGAATATTT  50

seq1  GAGCAAGCCAGTAATCATTGGTGCTGTGAAATGCTAATGTAAGGCTTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGCCAGTAATCATTGGTGCTGTGAAATGCTAATGTAAGGCTTGGG  100

seq1  AGAGTGCGCAGTGGACTGCTATGCAGTCACCATGGTTTATTTCCTAGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGCGCAGTGGACTGCTATGCAGTCACCATGGTTTATTTCCTAGGTG  150

seq1  GAGTCTGTTCTGGATCATGATTTTTAGTCCATATGCTGGAGAATACATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGTTCTGGATCATGATTTTTAGTCCATATGCTGGAGAATACATCA  200

seq1  GGTTTTCTTAGGAAATTAGTTCTACTAGAAGCAAGGGAAGTATTGAACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTCTTAGGAAATTAGTTCTACTAGAAGCAAGGGAAGTATTGAACAA  250

seq1  ATGAATGAATGAATGAATGAATGGCTTTTGCTTTTTACACTGCAGATGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGAATGAATGAATGAATGGCTTTTGCTTTTTACACTGCAGATGAC  300

seq1  TTGTAGAGTTAGTTTTCTGCTGAAGTGTTTGTTGGGGAATGCGACTCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGAGTTAGTTTTCTGCTGAAGTGTTTGTTGGGGAATGCGACTCAGG  350

seq1  AGTTTGAAGACAGATGAACTCAGAGCAAGGTAGCTTGGTGGTTGGGCCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGAAGACAGATGAACTCAGAGCAAGGTAGCTTGGTGGTTGGGCCTA  400

seq1  TGAGGCTTTGCCCTCATCGTAGACGTAGGTAATTCAGTGAGATAGAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCTTTGCCCTCATCGTAGACGTAGGTAATTCAGTGAGATAGAAAAT  450

seq1  TCAGTGACAGGCATCTTTTCATATCAGTGGATTTGAAATCCGAGCACTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGACAGGCATCTTTTCATATCAGTGGATTTGAAATCCGAGCACTTC  500

seq1  AGATTTTGACATTATGCTTTACTATTTTACAATAATGAAAGAGTGAAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTGACATTATGCTTTACTATTTTACAATAATGAAAGAGTGAAATT  550

seq1  ATGTTAGCAGACGGGACCCACAGGCAGCAGGCTGCCTGCTTTCACAGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAGCAGACGGGACCCACAGGCAGCAGGCTGCCTGCTTTCACAGAGA  600

seq1  GACCCTTTACCAAGTCAGAAAGAAAAGTACAGTGGCCACTTTCTGATGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTTTACCAAGTCAGAAAGAAAAGTACAGTGGCCACTTTCTGATGTA  650

seq1  GGCAGGAAACACCCGACCTTGCAGGGGTAAATTTTAAGAGGGACAAAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGAAACACCCGACCTTGCAGGGGTAAATTTTAAGAGGGACAAAAAG  700

seq1  GAGAGGTTTGTGTTAGAATCTGCTAGGATGAGGTACCATTCTTTGAGCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGTTTGTGTTAGAATCTGCTAGGATGAGGTACCATTCTTTGAGCAT  750

seq1  GTCAATTAGGGCAGCTAAAGGGAAGCTTTTGATTGCTGGACTTCAGTTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATTAGGGCAGCTAAAGGGAAGCTTTTGATTGCTGGACTTCAGTTAC  800

seq1  TTTGATAGTTTTACCTTGGTGTGATCAGCCTTAGAAAAGTGTGCAAATAA  850
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |
seq2  TTTGATAGTTTTACCGTGGTGTGATCAGCCTTAGAAAAGTGTGC-AATTA  849

seq1  GGGAATAGACATTGGCAGCTAGGTTTTGGGATGCAGTCTTTGGTTTATAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGGAATAGACATTGGCAGCTAGGTTTTGGGATGCAGTCTTTGGTTTATAA  899

seq1  GTAGAGGGAAGGGGAGG  917
      |||||||||| ||||||
seq2  GTAGAGGGAATGGGAGG  916