BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-332J21
Chromosome5 (Build37)
Map Location 41,168,479 - 41,275,125
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG665839, LOC100040502
Downstream geneLOC208522, Rab28, Bapx1, A230054D04Rik, LOC384308
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-332J21.bB6Ng01-332J21.g
ACCGA118667GA118668
length1,1501,144
definitionB6Ng01-332J21.b B6Ng01-332J21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,168,479 - 41,169,634)(41,273,966 - 41,275,125)
sequence
gaattcattcatctctaagtttgatcccacaagcaaaatctctctctctc
tctctctctctctctctctctcacacacacacgcacatatctgtctgttt
ctctcataatatgtttattctatgtcatatttatagctacataggtataa
agagttattcttaaatccttcttattttgaaaatcaataaaaatatcgca
aagtatttaaaatgtattttaatattctttctattagtttgaaaggtaaa
accacatgagatatattattaaatgactaactgtatctgattaaatatag
aaaagtaagaaccattgttttttatgtttgcttgtaatgtttttcatgtt
ttccctcaagaaggttatgaaataagtatgtatacaatgtaaaatgtaac
acacgacaagccctttcttactgttagttttcatatatgtttgatcactt
ggtaaaagtaacttttcaaaagatcaggcttaaatatgtttatacctgca
cgaaatcaaatgcaacactaattttgcaagacataataaggtgagcattg
aaagtaatcattttaggctctgtgcacctgacacgctgagccaaatatgt
gacatgagaaaaaatgcagaagacctgatggagcttgttttatttttttt
attggaaattattaatgaaaaacctgcagaatggaggttgacacttctgc
ccaggagtcatagacaattaggagctctgagatgtaggaggtttgtacgc
tctcaaactttcctcttccacttctagaaattttagctttgcattctgaa
gaccaccatcaggtaataattcggtaagtatttaagttaagcccgggtaa
agcataggttatcatcctatggatatttgtaaacatccccagacttcaga
gtagtgatagattctgtctgaggctcaagtacaaaccaatgtaattttaa
ctccctcacaatgcttacccctctgaactaatattaaaccttggattttt
ctgatgctaaaatcgtgatatttccatcaagctgcaggtcctgtacttga
agagaaaagatcctcttttgtcatactctgtcataccagaaaacatgtaa
atcatcgtattcatttaattttcaagctaatttacatggatgctatttgt


gaattctgttgaatgcaaaattctagggttgataaggtgaaatgagttac
ctgctccagctgggatcagggatccttttatgcccaagtaatatttttgg
atgcttgaaaacatttcagtatgctgcatatgtatgttgttaatatttca
ttaaaagaatgcttccccctgcattcccagatccatcaaaattagtttag
gagtacatgtaaataaacacatattacttgcttcaagacccagagtaact
agatgacttgtccaaagtcatatatgtactatgttcgaagcaaaagttag
aacatactgcccatttagccccgagctttttcctctgcattttcctccct
cccttctgggttcactttaccatcctttgtttttaaatgaatggtgctta
ggaacgttgtacagtccaacacagcttcagtccctatttgcagagttcag
cctttaattgtcccacctgatctctgttccagagggcaaatgcaatcagt
ggggataatctgaatcaatcggaatgcctggtgtctatgcgtgttacaat
tgaccctcctcactgaagctacaccattctgatagccaaggttggccact
gccactttaaattagtggtttatcttgagtgccggagaatggaagtggct
tcggggggataggatgatgaatcacatggcagggaacacatgtagctgtg
attaatgggacattacacaacaacaaaaaaatagagccaactgtgtgtcg
agataactggaaccacaaagaccaagttattgtctaaggtgatgtaatta
acttcgagccccaccatagctcggatggctgattccagtgagcctttcta
ttgtgccagtaataatgacaagcctgtgccttcttctttttaaattctac
cttattagggaccatttttttttcttcaatgcctggcactgataaaatgt
caaagactagatatagcaatttgagcagcacagtttaccaagtgttcagg
ttcattcacttttccctttccgggaaaacatggaagaaaaggtcaaacat
ttgccttatgatatatgagcttctacaattatttaaatgcccgaaagctg
agtgacatctttctatgggaaggggatgcctcaagtgaaagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_41168479_41169634
seq2: B6Ng01-332J21.b_46_1195

seq1  GAATTCATTCATCTCTAAGTTTGATCCCACAAGCAAAATCTCTCTCTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCATCTCTAAGTTTGATCCCACAAGCAAAATCTCTCTCTCTC  50

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACGCACATATCTGTCTGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACGCACATATCTGTCTGTTT  100

seq1  CTCTCATAATATGTTTATTCTATGTCATATTTATAGCTACATAGGTATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCATAATATGTTTATTCTATGTCATATTTATAGCTACATAGGTATAA  150

seq1  AGAGTTATTCTTAAATCCTTCTTATTTTGAAAATCAATAAAAATATCGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTATTCTTAAATCCTTCTTATTTTGAAAATCAATAAAAATATCGCA  200

seq1  AAGTATTTAAAATGTATTTTAATATTCTTTCTATTAGTTTGAAAGGTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATTTAAAATGTATTTTAATATTCTTTCTATTAGTTTGAAAGGTAAA  250

seq1  ACCACATGAGATATATTATTAAATGACTAACTGTATCTGATTAAATATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACATGAGATATATTATTAAATGACTAACTGTATCTGATTAAATATAG  300

seq1  AAAAGTAAGAACCATTGTTTTTTATGTTTGCTTGTAATGTTTTTCATGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTAAGAACCATTGTTTTTTATGTTTGCTTGTAATGTTTTTCATGTT  350

seq1  TTCCCTCAAGAAGGTTATGAAATAAGTATGTATACAATGTAAAATGTAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCAAGAAGGTTATGAAATAAGTATGTATACAATGTAAAATGTAAC  400

seq1  ACACGACAAGCCCTTTCTTACTGTTAGTTTTCATATATGTTTGATCACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGACAAGCCCTTTCTTACTGTTAGTTTTCATATATGTTTGATCACTT  450

seq1  GGTAAAAGTAACTTTTCAAAAGATCAGGCTTAAATATGTTTATACCTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAAAGTAACTTTTCAAAAGATCAGGCTTAAATATGTTTATACCTGCA  500

seq1  CGAAATCAAATGCAACACTAATTTTGCAAGACATAATAAGGTGAGCATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAATCAAATGCAACACTAATTTTGCAAGACATAATAAGGTGAGCATTG  550

seq1  AAAGTAATCATTTTAGGCTCTGTGCACCTGACACGCTGAGCCAAATATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAATCATTTTAGGCTCTGTGCACCTGACACGCTGAGCCAAATATGT  600

seq1  GACATGAGAAAAAATGCAGAAGACCTGATGGAGCTTGTTTTATTTTTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGAGAAAAAATGCAGAAGACCTGATGGAGCTTGTTTTATTTTTTTT  650

seq1  ATTGGAAATTATTAATGAAAAACCTGCAGAATGGAGGTTGACACTTCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAAATTATTAATGAAAAACCTGCAGAATGGAGGTTGACACTTCTGC  700

seq1  CCAGGAGTCATAGACAATTAGGAGCTCTGAGATGTAGGAGGTTTGTACGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGTCATAGACAATTAGGAGCTCTGAGATGTAGGAGGTTTGTACGC  750

seq1  TCTCAAACTTTCCTCTTCCACTTCTAGAAATTTTAGCTTTGCATTCTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAACTTTCCTCTTCCACTTCTAGAAATTTTAGCTTTGCATTCTGAA  800

seq1  GACCACCATCAGGTAATAATTCGGTAAGTATTTAAGTTAAGCCCGGGTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACCATCAGGTAATAATTCGGTAAGTATTTAAGTTAAGCCCGGGTAA  850

seq1  AGCATAGGTTATCATCCTATGGATATTTGTAAACATCCCCAGACTTCAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAGGTTATCATCCTATGGATATTTGTAAACATCCCCAGACTTCAGA  900

seq1  GTAGTGATAGATTCTGTCTGAGGCTCAAGTACAAACCAATGTAATTTTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGATAGATTCTGTCTGAGGCTCAAGTACAAACCAATGTAATTTTAA  950

seq1  CTCCCTCACAATGCTTACCCCTCTGAACTAATATTAAACCTTGGATTTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCACAATGCTTACCCCTCTGAACTAATATTAAACCTTGGATTTTT  1000

seq1  CTGATGCTAAAATCGTGATATTTCCATCAAGCTGCAAGTCCTGTACTTGA  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTGATGCTAAAATCGTGATATTTCCATCAAGCTGCAGGTCCTGTACTTGA  1050

seq1  AGAGGAAAAGATCCTCTTTTGTCATTACTCTGTTCATACAAGAAAAACAT  1100
      ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || |||||| 
seq2  AGA-GAAAAGATCCTCTTTTGTCA-TACTCTG-TCATACCAG-AAAACA-  1095

seq1  TGTAAAATCATCGTATTTCAATTAATTTTAAAGCTAA-TTACATTGATGC  1149
      ||| ||||||||||| |||| |||||||| ||||||| |||||| |||||
seq2  TGT-AAATCATCGTA-TTCATTTAATTTTCAAGCTAATTTACATGGATGC  1143

seq1  TATTTGT  1156
      |||||||
seq2  TATTTGT  1150


seq1: chr5_41273966_41275125
seq2: B6Ng01-332J21.g_67_1210 (reverse)

seq1  TTTCTCTTCACTTTGGAGCATTCCCCCTCCCATTAGAAAGGATATTCACT  50
      ||||| |||||||  |||   ||||| ||||| |||||| |||  |||||
seq2  TTTCT-TTCACTT--GAGGCATCCCCTTCCCA-TAGAAA-GAT-GTCACT  44

seq1  CAGCTTTTCGGGCATTTAAATATTTGTAGAAGCTCATATATCATAAGGCA  100
      |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGC-TTTCGGGCATTTAAATAATTGTAGAAGCTCATATATCATAAGGCA  93

seq1  AATGTTTGACCTTTTCTTCCATTGTTTTCCCGGGGAAAAGGGAAAAGTTG  150
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||| ||
seq2  AATGTTTGACCTTTTCTTCCA-TGTTTTCCCGG---AAAGGGAAAAG-TG  138

seq1  AATGAACCTGAACACTTGGTTAAAACTGTGCTGCTTCAAATTGCTATATC  200
      ||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AATGAACCTGAACACTTGGT--AAACTGTGCTGC-TCAAATTGCTATATC  185

seq1  TTAGTCTTTGACATTTTATCAGTGCCAGGCATTGAAGAAAAAAAAATGGT  250
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TAGTCTTTGACATTTTATCAGTGCCAGGCATTGAAGAAAAAAAAATGGT  234

seq1  CCCTAATAAGGTAGAATTTAAAAAGAAGAAGGCACAGGCTTGTCATTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAATAAGGTAGAATTTAAAAAGAAGAAGGCACAGGCTTGTCATTATT  284

seq1  ACTGGCACAATAGAAAGGCTCACTGGAATCAGCCATCCGAGCTATGGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCACAATAGAAAGGCTCACTGGAATCAGCCATCCGAGCTATGGTGG  334

seq1  GGCTCGAAGTTAATTACATCACCTTAGACAATAACTTGGTCTTTGTGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCGAAGTTAATTACATCACCTTAGACAATAACTTGGTCTTTGTGGTT  384

seq1  CCAGTTATCTCGACACACAGTTGGCTCTATTTTTTTGTTGTTGTGTAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTATCTCGACACACAGTTGGCTCTATTTTTTTGTTGTTGTGTAATG  434

seq1  TCCCATTAATCACAGCTACATGTGTTCCCTGCCATGTGATTCATCATCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTAATCACAGCTACATGTGTTCCCTGCCATGTGATTCATCATCCT  484

seq1  ATCCCCCCGAAGCCACTTCCATTCTCCGGCACTCAAGATAAACCACTAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCCCGAAGCCACTTCCATTCTCCGGCACTCAAGATAAACCACTAAT  534

seq1  TTAAAGTGGCAGTGGCCAACCTTGGCTATCAGAATGGTGTAGCTTCAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTGGCAGTGGCCAACCTTGGCTATCAGAATGGTGTAGCTTCAGTG  584

seq1  AGGAGGGTCAATTGTAACACGCATAGACACCAGGCATTCCGATTGATTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGGTCAATTGTAACACGCATAGACACCAGGCATTCCGATTGATTCA  634

seq1  GATTATCCCCACTGATTGCATTTGCCCTCTGGAACAGAGATCAGGTGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATCCCCACTGATTGCATTTGCCCTCTGGAACAGAGATCAGGTGGGA  684

seq1  CAATTAAAGGCTGAACTCTGCAAATAGGGACTGAAGCTGTGTTGGACTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAAAGGCTGAACTCTGCAAATAGGGACTGAAGCTGTGTTGGACTGT  734

seq1  ACAACGTTCCTAAGCACCATTCATTTAAAAACAAAGGATGGTAAAGTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACGTTCCTAAGCACCATTCATTTAAAAACAAAGGATGGTAAAGTGAA  784

seq1  CCCAGAAGGGAGGGAGGAAAATGCAGAGGAAAAAGCTCGGGGCTAAATGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAAGGGAGGGAGGAAAATGCAGAGGAAAAAGCTCGGGGCTAAATGG  834

seq1  GCAGTATGTTCTAACTTTTGCTTCGAACATAGTACATATATGACTTTGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTATGTTCTAACTTTTGCTTCGAACATAGTACATATATGACTTTGGA  884

seq1  CAAGTCATCTAGTTACTCTGGGTCTTGAAGCAAGTAATATGTGTTTATTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCATCTAGTTACTCTGGGTCTTGAAGCAAGTAATATGTGTTTATTT  934

seq1  ACATGTACTCCTAAACTAATTTTGATGGATCTGGGAATGCAGGGGGAAGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTACTCCTAAACTAATTTTGATGGATCTGGGAATGCAGGGGGAAGC  984

seq1  ATTCTTTTAATGAAATATTAACAACATACATATGCAGCATACTGAAATGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTTAATGAAATATTAACAACATACATATGCAGCATACTGAAATGT  1034

seq1  TTTCAAGCATCCAAAAATATTACTTGGGCATAAAAGGATCCCTGATCCCA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAGCATCCAAAAATATTACTTGGGCATAAAAGGATCCCTGATCCCA  1084

seq1  GCTGGAGCAGGTAACTCATTTCACCTTATCAACCCTAGAATTTTGCATTC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGCAGGTAACTCATTTCACCTTATCAACCCTAGAATTTTGCATTC  1134

seq1  AACAGAATTC  1160
      ||||||||||
seq2  AACAGAATTC  1144


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |