BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-338C08
Chromosome5 (Build37)
Map Location 52,772,801 - 52,952,617
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041805, Lgi2
Upstream genePpargc1a, Dhx15, Sod3, Gm447
Downstream geneLOC545750, D5Ertd135e, Pi4k2b, Zcchc4, Anapc4, Slc34a2, 2310045A20Rik, 1810013D10Rik, LOC100041198, LOC100041911, Rbpj
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-338C08.bB6Ng01-338C08.g
ACCGA122536GA122537
length1,1191,123
definitionB6Ng01-338C08.b B6Ng01-338C08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,772,801 - 52,773,944)(52,951,480 - 52,952,617)
sequence
gaattctggggtttcctgtggctgcacttctcacccgtgcgagatgaata
aactccttctggaaattactctcgtgaaattacttcttctgagacagtta
atagtatattctggcgcccctgaaaaattaattaaccttcctcagtgcag
cctcacccctaaaccattggcagtgtgtttttactgtggctcaggtgaga
cctctgccaccctcatttacatctaagggaagctgggatgaattatgccg
gggccttttggttgctgctgcttcgccccgtgctatttccttctctgata
ttccaatcctgtctagatgtgtgaatcttgtcaccactatctcctctccc
ctccctctccccctcctctttcttctccttctcttcccccctcctttgag
gttacctgggaaacatttttattttaaacgtttgttcatgggatgcggag
gacagtcccactgttatcatcataggctagaccacaaccacggaagggga
tgctgggtgtctaagggctgatgaataccaggacagatggtagagtcctg
aggaatggtggacactgcctgtgattctgttgcctgctcccatttgcttt
gctgttcctgagagaggctggatactatgtcttgggactagaacaacaca
ggctaggaaattggaattatgggtacagcaaagttcaccacccccctttt
ccctgtgcttatctagaaggcagcaaaaaaacagcatacttaagtcaatt
attaatacacacagaaaagttcttaaacacgagacagccgtcatgccttc
actaagacctctgctgctttgctgtgggaaccagatctctttgaatgcta
agattctggggtgttaactcttaagccagccttgggaagccttacttttg
ctttaattacagactcataacagtgacgttttataaagacttatgaatga
gcctgaagttggaaaatattaccgcaaatatagtaattattctgggctgc
tgtcacaaacagaataatatcataatacttatagtcacaaaacacacatc
atagatgaggcaatgctcatgacgatggaaaaatatgcttttcaaagatg
agaagaaatatgttgagcg
gaattctagacacctcccaggtagaaaaagctctctgctgatatgaactc
tcagggaacgcagtctccccaggaacttttttctccggagaaccctctta
taatcctgtattttgacatgtatttgatgtgcaaagagtgtcacagctgc
agggttgaagccaccagggttgccccaaagcccatgaatagctgtggggt
acttgagattttctctggtggggagttcagatgctgcccagggcgtcagg
gagaaaggcagcttatcagggtacactaatgtctagtactaaacagacac
cagagtttggcatcagagactgctccctgtgagacctaactcatcagttg
tgtcacagacatagcaaagcctttcccatagaacatctcagcaaagaccc
gctagcatttatttgacttaactccttggccccggagaacagttacaatg
tatccctgtcatatcttgagagtttatggcttagtcaatgtcattgctac
aaggtgtctgctgtaagccctgtaccatctcagcccagagcaagccagcc
ttgctcctgatacagccctttctgcttctcagccttgtccggagcttgag
aacacctctaccttgttatcacttgcccagctaggaggctgtataggaca
aaacgaactcaaggtttctggaagctgtgcttaatggaactcttccttcc
tcagcaaaaactaaaacatagagatgtaaaacgatgggctttcctctagg
gactatggtattaacaaaagtatggccagcaaggcacagggcactgtaag
agagagcagggagactgcctggaagctttccagtgttgcagagatgggag
aatttctggcctccgtgcagtacgttcttctcccttgctcaaacccaaga
tgtgattgggccacgttgccagctctgagtttggagacaccaggctgggc
tggctggagcagagagcacgtgtctgctcacgtgcccagctcctcacgga
gtgagcgtagctgctgctactgggagtgtctgtacttcatagctgcttct
gatttatagccaaagcaccctgcatcatcgtagaatgtaaggggagcatt
cagttaattccaattgcttctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_52772801_52773944
seq2: B6Ng01-338C08.b_44_1162

seq1  GAATTCTGGGGTTTCCTGTGGCTGCACTTCTCACCCGTGCGAGATGAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGGTTTCCTGTGGCTGCACTTCTCACCCGTGCGAGATGAATA  50

seq1  AACTCCTTCTGGAAATTACTCTCGTGAAATTACTTCTTCTGAGACAGTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCTTCTGGAAATTACTCTCGTGAAATTACTTCTTCTGAGACAGTTA  100

seq1  ATAGTATATTCTGGCGCCCCTGAAAAATTAATTAACCTTCCTCAGTGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTATATTCTGGCGCCCCTGAAAAATTAATTAACCTTCCTCAGTGCAG  150

seq1  CCTCACCCCTAAACCATTGGCAGTGTGTTTTTACTGTGGCTCAGGTGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACCCCTAAACCATTGGCAGTGTGTTTTTACTGTGGCTCAGGTGAGA  200

seq1  CCTCTGCCACCCTCATTTACATCTAAGGGAAGCTGGGATGAATTATGCCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCCACCCTCATTTACATCTAAGGGAAGCTGGGATGAATTATGCCG  250

seq1  GGGCCTTTTGGTTGCTGCTGCTTCGCCCCGTGCTATTTCCTTCTCTGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTTTTGGTTGCTGCTGCTTCGCCCCGTGCTATTTCCTTCTCTGATA  300

seq1  TTCCAATCCTGTCTAGATGTGTGAATCTTGTCACCACTATCTCCTCTCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAATCCTGTCTAGATGTGTGAATCTTGTCACCACTATCTCCTCTCCC  350

seq1  CTCCCTCTCCCCCTCCTCTTTCTTCTCCTTCTCTTCCCCCCTCCTTTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCTCCCCCTCCTCTTTCTTCTCCTTCTCTTCCCCCCTCCTTTGAG  400

seq1  GTTACCTGGGAAACATTTTTATTTTAAACGTTTGTTCATGGGATGCGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACCTGGGAAACATTTTTATTTTAAACGTTTGTTCATGGGATGCGGAG  450

seq1  GACAGTCCCACTGTTATCATCATAGGCTAGACCACAACCACGGAAGGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTCCCACTGTTATCATCATAGGCTAGACCACAACCACGGAAGGGGA  500

seq1  TGCTGGGTGTCTAAGGGCTGATGAATACCAGGACAGATGGTAGAGTCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGTGTCTAAGGGCTGATGAATACCAGGACAGATGGTAGAGTCCTG  550

seq1  AGGAATGGTGGACACTGCCTGTGATTCTGTTGCCTGCTCCCATTTGCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGGTGGACACTGCCTGTGATTCTGTTGCCTGCTCCCATTTGCTTT  600

seq1  GCTGTTCCTGAGAGAGGCTGGATACTATGTCTTGGGACTAGAACAACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTCCTGAGAGAGGCTGGATACTATGTCTTGGGACTAGAACAACACA  650

seq1  GGCTAGGAAATTGGAATTATGGGTACAGCAAAGTTCACCACCCCCCTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGGAAATTGGAATTATGGGTACAGCAAAGTTCACCACCCCCCTTTT  700

seq1  CCCTGTGCTTATCTAGAAGGCAGCAAAAAAACAGCATACTTAAGTCAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGCTTATCTAGAAGGCAGCAAAAAAACAGCATACTTAAGTCAATT  750

seq1  ATTAATACACACAGAAAAGTTCTTAAACACGAGACAGCCGTCATGCCTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATACACACAGAAAAGTTCTTAAACACGAGACAGCCGTCATGCCTTC  800

seq1  ACTAAGACCTCTGCTGCTTTGCTGTGGGAACCAGATCTCTTTGAATGCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGACCTCTGCTGCTTTGCTGTGGGAACCAGATCTCTTTGAATGCTA  850

seq1  AGATTCTGGGGTGTTAACTCTTAAGCCAGCCTTGGGAAGCCTTACTTTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCTGGGGTGTTAACTCTTAAGCCAGCCTTGGGAAGCCTTACTTTTG  900

seq1  CTTTAATTACAGACTCATAACAGTGACGTTTTTATAAAAGACTTATGAAT  950
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  CTTTAATTACAGACTCATAACAGTGACG-TTTTAT-AAAGACTTATGAAT  948

seq1  GAGCCTGAAGTTGGAAAATATTACCGCAAATAATAGTAATTATTCTGGGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTGAAGTTGGAAAATATTACCGCAAAT-ATAGTAATTATTCTGGGC  997

seq1  TGCTGTCACAAACAGAATTAATATCATTAATACTTATTAGTCACAAAACA  1050
      ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||
seq2  TGCTGTCACAAACAGAA-TAATATCA-TAATACTTA-TAGTCACAAAACA  1044

seq1  CACATCAATAAGGATGAGGCAAATGCTTCATGACAGAGTGGGAAAAATAT  1100
      |||||| |||  |||||||| ||||| |||||||   |  ||||||||||
seq2  CACATC-ATA--GATGAGGC-AATGC-TCATGAC---GATGGAAAAATAT  1086

seq1  TGTTTTTTTTTTTCTAAAAGATGAAGAAGAAATAGTGTTGAGCG  1144
        |||         | ||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  GCTTT---------TCAAAGATG-AGAAGAAATA-TGTTGAGCG  1119

seq1: chr5_52951480_52952617
seq2: B6Ng01-338C08.g_69_1191 (reverse)

seq1  AGAGAAGCAATAGAATATAACTGAATTCCCTCCCCTTAACATCTCTAACG  50
      ||||||||||| | |  |||||||||   |||||||| |||| ||||   
seq2  AGAGAAGCAATTGGAATTAACTGAAT--GCTCCCCTT-ACAT-TCTA--C  44

seq1  GATGATGCAGGGTGCTTTGGCAATAAAATCAGAAAGCACTTATGAGGTAC  100
      ||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||  ||||| ||||
seq2  GATGATGCAGGGTGCTTTGGCTAT-AAATCAG-AAGCAGCTATGAAGTAC  92

seq1  AGACACTCCCAAGTTAGCAGCAAGCTACGCTCAACTCCGTGAGGGAGCTG  150
      |||||||||||   ||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  AGACACTCCCA--GTAGCAGC-AGCTACGCTC-ACTCCGTGA-GGAGCTG  137

seq1  GGCACGTGAGCAAGAACACGTGCTCTCTGCTCCAGCCAGCCCAGCCTGGG  200
      ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGCACGTGAGCA--GACACGTGCTCTCTGCTCCAGCCAGCCCAGCCT-GG  184

seq1  TGTCTCCAAACTCAGAGCTGGCAACGTGG-CCAATCACATCTTGGGTTTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCCAAACTCAGAGCTGGCAACGTGGCCCAATCACATCTTGGGTTTG  234

seq1  AGCAAGGGAGAAGAACGTACTGCACGGAGGCCAGAAATTCTCCCATCTCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGGGAGAAGAACGTACTGCACGGAGGCCAGAAATTCTCCCATCTCT  284

seq1  GCAACACTGGAAAGCTTCCAGGCAGTCTCCCTGCTCTCTCTTACAGTGCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACACTGGAAAGCTTCCAGGCAGTCTCCCTGCTCTCTCTTACAGTGCC  334

seq1  CTGTGCCTTGCTGGCCATACTTTTGTTAATACCATAGTCCCTAGAGGAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCCTTGCTGGCCATACTTTTGTTAATACCATAGTCCCTAGAGGAAA  384

seq1  GCCCATCGTTTTACATCTCTATGTTTTAGTTTTTGCTGAGGAAGGAAGAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATCGTTTTACATCTCTATGTTTTAGTTTTTGCTGAGGAAGGAAGAG  434

seq1  TTCCATTAAGCACAGCTTCCAGAAACCTTGAGTTCGTTTTGTCCTATACA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATTAAGCACAGCTTCCAGAAACCTTGAGTTCGTTTTGTCCTATACA  484

seq1  GCCTCCTAGCTGGGCAAGTGATAACAAGGTAGAGGTGTTCTCAAGCTCCG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCTAGCTGGGCAAGTGATAACAAGGTAGAGGTGTTCTCAAGCTCCG  534

seq1  GACAAGGCTGAGAAGCAGAAAGGGCTGTATCAGGAGCAAGGCTGGCTTGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGGCTGAGAAGCAGAAAGGGCTGTATCAGGAGCAAGGCTGGCTTGC  584

seq1  TCTGGGCTGAGATGGTACAGGGCTTACAGCAGACACCTTGTAGCAATGAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGCTGAGATGGTACAGGGCTTACAGCAGACACCTTGTAGCAATGAC  634

seq1  ATTGACTAAGCCATAAACTCTCAAGATATGACAGGGATACATTGTAACTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACTAAGCCATAAACTCTCAAGATATGACAGGGATACATTGTAACTG  684

seq1  TTCTCCGGGGCCAAGGAGTTAAGTCAAATAAATGCTAGCGGGTCTTTGCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCGGGGCCAAGGAGTTAAGTCAAATAAATGCTAGCGGGTCTTTGCT  734

seq1  GAGATGTTCTATGGGAAAGGCTTTGCTATGTCTGTGACACAACTGATGAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGTTCTATGGGAAAGGCTTTGCTATGTCTGTGACACAACTGATGAG  784

seq1  TTAGGTCTCACAGGGAGCAGTCTCTGATGCCAAACTCTGGTGTCTGTTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTCTCACAGGGAGCAGTCTCTGATGCCAAACTCTGGTGTCTGTTTA  834

seq1  GTACTAGACATTAGTGTACCCTGATAAGCTGCCTTTCTCCCTGACGCCCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTAGACATTAGTGTACCCTGATAAGCTGCCTTTCTCCCTGACGCCCT  884

seq1  GGGCAGCATCTGAACTCCCCACCAGAGAAAATCTCAAGTACCCCACAGCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGCATCTGAACTCCCCACCAGAGAAAATCTCAAGTACCCCACAGCT  934

seq1  ATTCATGGGCTTTGGGGCAACCCTGGTGGCTTCAACCCTGCAGCTGTGAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATGGGCTTTGGGGCAACCCTGGTGGCTTCAACCCTGCAGCTGTGAC  984

seq1  ACTCTTTGCACATCAAATACATGTCAAAATACAGGATTATAAGAGGGTTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTTGCACATCAAATACATGTCAAAATACAGGATTATAAGAGGGTTC  1034

seq1  TCCGGAGAAAAAAGTTCCTGGGGAGACTGCGTTCCCTGAGAGTTCATATC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGAGAAAAAAGTTCCTGGGGAGACTGCGTTCCCTGAGAGTTCATATC  1084

seq1  AGCAGAGAGCTTTTTCTACCTGGGAGGTGTCTAGAATTC  1138
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGAGCTTTTTCTACCTGGGAGGTGTCTAGAATTC  1123