BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-339H13
Chromosome5 (Build37)
Map Location 117,487,560 - 117,562,235
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665073, Suds3
Upstream geneLOC545798, Ccdc60, 4930562A09Rik, Hspb8, 1500001A10Rik, LOC433943, Gm1684
Downstream geneTaok3, Pebp1, LOC100042313, LOC100039359, BC023744, LOC667175, Wsb2, Rfc5, Ksr2, Nos1, Fbxo21, Tesc, Fbxw8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-339H13.bB6Ng01-339H13.g
ACCGA123460GA123461
length1,0961,049
definitionB6Ng01-339H13.b B6Ng01-339H13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,487,560 - 117,488,653)(117,561,193 - 117,562,235)
sequence
ccaccaggacttacatggctatttcttagagacaataaagaaaccagaga
agtgtcttttgcaacatgctcatgtctgtgaagtggatgctgtgtaattc
tgacacttaacacccaagagaaaatgctgcagcctggtatacctgctcaa
attagatcatttagccatggcatctttggggaccaactcctagattaagt
tactgcaaaagttgcttctcttattgccaaatatccaacaagaagcaact
taagggaaagaatttattttggcttactgttatttactggggcgggtgga
ggggggaacatggcggcaggaggtagctggagactttgtatctacaggaa
acacagcagacatactacagcaaacctcacatcttctaccagggctctac
taccttccaaaacagcgccactgtagaccaaacaaacaaacgcacaagcc
ttaaaagaacatttctcactcaaccaccatggcccccttctcaaataacc
attgggccaggcatgctatctgtgggtttcttcttcaattagctaatctc
aaaccagagttttcaaaggaacaatgggcaggtgggtgcaatgggagctc
tttgatttccaaattttactcctttttaaaggtgaacaatattccactgt
acagagagaccacatccatcaccttttgatggacacatcggttgttccca
cctgttgactattgtaaggaacgatgctatgaacattggtgtgcaagaat
ttgagtctgtgtctttctatctttccctgttgctgtggtcaaatactctg
acaaaaggaacaaaggagagaagaaggtctcttctggctcacagctgcag
gttacagtgcatcacagctgaaggaactggtcacttggcatccataatca
ggaagtagagagtggagatcaggctgctaatctgctctaaattcttcttc
ctggggaatggtgccacccacagtgggcaggtctcccacctcaattaacc
tgatatgataactcccccataggtatgcccagagaccattatccagttgg
atcttaggattctgtcaaggtgccacatccccaactggcacgccct
gaattcaccagcttctatccccaagccctaggattaaacgtgcacccccc
ccccccccagctgtcgttagtttttaaaagaaacacaccgtcaaccacca
gcaagaaacaaatccagagtctttccctgttgccagactggtgtcaggct
tttgggttccaggtgtcctcctgcatcagccttccaagtagctgaacctc
aggtgcctgcccaccgctcttgcacctgctacctgatctgtgcccagatg
tgtggtcgcgtagggcgtgtttgagataggggatcacttggaggtgatct
aaggctgccttgaactcaccgcagtcttcctgcttcatcccccaagtgct
gggttacaggttttgaggctccgtgcccagttttcaggaagtggtgactg
ggtctatctcaaggctcttggttttgaacccttaaactcctgtaggctac
gtagtccccatttcttcccctggcttctcctttcaaatgtgcatgccctt
ctctctagcatcggtcatcttcaacccaaagcaggaactcaattaggtgt
gaccgctgctgggcgaggacacattaacaattcatgtgtgtgcactcagc
tgcacctgaaactcagcctggtcctgctgctctgccagctttttactggc
tgagtccggcctgcttgaaacttgctctcacagactcttctccgtggatg
tgatgtcagtggatctggtgcccagccccgattcctttctcattccccaa
gtaatctctttgcctgctccctttttgtggtagggaattgatgtcctggg
tctacaaacttctcaaacactgtcctcgcctgtctttgccatgttttaga
aacagtttttttgtttgtctgtttgttttttaagacatttctttttcttt
tatgttgcatgggccgttttgcctgcatgctctgtgtaccatgtgtgcag
tgccctcagaggccagaagagggcgttgggttatcctggaactggagtat
tatatagactgttctggaagagccagccagtgaccattagcgcctgagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_117487560_117488653
seq2: B6Ng01-339H13.b_51_1146

seq1  CCACCAGGACTTACATGGCTATTTCTTAGAGACAATAAAGAAACCAGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAGGACTTACATGGCTATTTCTTAGAGACAATAAAGAAACCAGAGA  50

seq1  AGTGTCTTTTGCAACATGCTCATGTCTGTGAAGTGGATGCTGTGTAATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTTTTGCAACATGCTCATGTCTGTGAAGTGGATGCTGTGTAATTC  100

seq1  TGACACTTAACACCCAAGAGAAAATGCTGCAGCCTGGTATACCTGCTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACTTAACACCCAAGAGAAAATGCTGCAGCCTGGTATACCTGCTCAA  150

seq1  ATTAGATCATTTAGCCATGGCATCTTTGGGGACCAACTCCTAGATTAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGATCATTTAGCCATGGCATCTTTGGGGACCAACTCCTAGATTAAGT  200

seq1  TACTGCAAAAGTTGCTTCTCTTATTGCCAAATATCCAACAAGAAGCAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCAAAAGTTGCTTCTCTTATTGCCAAATATCCAACAAGAAGCAACT  250

seq1  TAAGGGAAAGAATTTATTTTGGCTTACTGTTATTTACTGGGGCGGGTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGAAAGAATTTATTTTGGCTTACTGTTATTTACTGGGGCGGGTGGA  300

seq1  GGGGGGAACATGGCGGCAGGAGGTAGCTGGAGACTTTGTATCTACAGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGAACATGGCGGCAGGAGGTAGCTGGAGACTTTGTATCTACAGGAA  350

seq1  ACACAGCAGACATACTACAGCAAACCTCACATCTTCTACCAGGGCTCTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGCAGACATACTACAGCAAACCTCACATCTTCTACCAGGGCTCTAC  400

seq1  TACCTTCCAAAACAGCGCCACTGTAGACCAAACAAACAAACGCACAAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTCCAAAACAGCGCCACTGTAGACCAAACAAACAAACGCACAAGCC  450

seq1  TTAAAAGAACATTTCTCACTCAACCACCATGGCCCCCTTCTCAAATAACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGAACATTTCTCACTCAACCACCATGGCCCCCTTCTCAAATAACC  500

seq1  ATTGGGCCAGGCATGCTATCTGTGGGTTTCTTCTTCAATTAGCTAATCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGCCAGGCATGCTATCTGTGGGTTTCTTCTTCAATTAGCTAATCTC  550

seq1  AAACCAGAGTTTTCAAAGGAACAATGGGCAGGTGGGTGCAATGGGAGCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAGAGTTTTCAAAGGAACAATGGGCAGGTGGGTGCAATGGGAGCTC  600

seq1  TTTGATTTCCAAATTTTACTCCTTTTTAAAGGTGAACAATATTCCACTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTTCCAAATTTTACTCCTTTTTAAAGGTGAACAATATTCCACTGT  650

seq1  ACAGAGAGACCACATCCATCACCTTTTGATGGACACATCGGTTGTTCCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAGACCACATCCATCACCTTTTGATGGACACATCGGTTGTTCCCA  700

seq1  CCTGTTGACTATTGTAAGGAACGATGCTATGAACATTGGTGTGCAAGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTGACTATTGTAAGGAACGATGCTATGAACATTGGTGTGCAAGAAT  750

seq1  TTGAGTCTGTGTCTTTCTATCTTTCCCTGTTGCTGTGGTCAAATACTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTCTGTGTCTTTCTATCTTTCCCTGTTGCTGTGGTCAAATACTCTG  800

seq1  ACAAAAGGAACAAAGGAGAGAAGAAGGTCTCTTCTGGCTCACAGCTGCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGGAACAAAGGAGAGAAGAAGGTCTCTTCTGGCTCACAGCTGCAG  850

seq1  GTTACAGTGCATCACAGCTGAAGGAACTGGTCACTTGGCATCCATAATCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACAGTGCATCACAGCTGAAGGAACTGGTCACTTGGCATCCATAATCA  900

seq1  GGAAGTAGAGAGTGGAGAATCAGGCTGCTAATCTGCTCTAAATTC-TCTT  949
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GGAAGTAGAGAGTGGAG-ATCAGGCTGCTAATCTGCTCTAAATTCTTCTT  949

seq1  CCTGGGGAATGGTGCCACCCACAGTGGGCAGGTCTTCCCACCTCAATTAA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCTGGGGAATGGTGCCACCCACAGTGGGCAGGTC-TCCCACCTCAATTAA  998

seq1  CCTGATTATGATAACT-CCCCATAGGTATGCCCAGAGACCCATATCCCAG  1048
      ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||| ||||
seq2  CCTGA-TATGATAACTCCCCCATAGGTATGCCCAGAGACCATTAT-CCAG  1046

seq1  TTGATTCT--AGATCCTGTCAAGTTGGCA-ACACCCCACT-GCACGCCCT  1094
      |||  |||   ||| |||||||| || || |  ||| ||| |||||||||
seq2  TTGGATCTTAGGATTCTGTCAAGGTGCCACATCCCCAACTGGCACGCCCT  1096

seq1: chr5_117561193_117562235
seq2: B6Ng01-339H13.g_64_1112 (reverse)

seq1  GCTCAGGCGCT-ATGGGCACTGGCT-GCTCTTCCAGAACAGTCTATATAT  48
      ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCTCAGGCGCTAATGGTCACTGGCTGGCTCTTCCAGAACAGTCTATATAA  50

seq1  AACTCCAGTTCCAGGATAA-CCAACGCCCTCTTCTGGCCTCTGAGGGCAC  97
       |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCAGTTCCAGGATAACCCAACGCCCTCTTCTGGCCTCTGAGGGCAC  100

seq1  TGCACACATGGTACACAGAGCATGCAGGCAAAAC-GCCCATGC-ACATAA  145
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  TGCACACATGGTACACAGAGCATGCAGGCAAAACGGCCCATGCAACATAA  150

seq1  AAGAAAAAGAAATGTCTTAAAAAACAAACAGACAAAC-AAAAAACTGTTT  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAGAAAAAGAAATGTCTTAAAAAACAAACAGACAAACAAAAAAACTGTTT  200

seq1  CTAAAACATGGCAAAGACAGGCGAGGACAGTGTTTGAGAAGTTTGTAGAC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAACATGGCAAAGACAGGCGAGGACAGTGTTTGAGAAGTTTGTAGAC  250

seq1  CCAGGACATCAATTCCCTACCACAAAAAGGGAGCAGGCAAAGAGATTACT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGACATCAATTCCCTACCACAAAAAGGGAGCAGGCAAAGAGATTACT  300

seq1  TGGGGAATGAGAAAGGAATCGGGGCTGGGCACCAGATCCACTGACATCAC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAATGAGAAAGGAATCGGGGCTGGGCACCAGATCCACTGACATCAC  350

seq1  ATCCACGGAGAAGAGTCTGTGAGAGCAAGTTTCAAGCAGGCCGGACTCAG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACGGAGAAGAGTCTGTGAGAGCAAGTTTCAAGCAGGCCGGACTCAG  400

seq1  CCAGTAAAAAGCTGGCAGAGCAGCAGGACCAGGCTGAGTTTCAGGTGCAG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAAAAAGCTGGCAGAGCAGCAGGACCAGGCTGAGTTTCAGGTGCAG  450

seq1  CTGAGTGCACACACATGAATTGTTAATGTGTCCTCGCCCAGCAGCGGTCA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTGCACACACATGAATTGTTAATGTGTCCTCGCCCAGCAGCGGTCA  500

seq1  CACCTAATTGAGTTCCTGCTTTGGGTTGAAGATGACCGATGCTAGAGAGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTAATTGAGTTCCTGCTTTGGGTTGAAGATGACCGATGCTAGAGAGA  550

seq1  AGGGCATGCACATTTGAAAGGAGAAGCCAGGGGAAGAAATGGGGACTACG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCATGCACATTTGAAAGGAGAAGCCAGGGGAAGAAATGGGGACTACG  600

seq1  TAGCCTACAGGAGTTTAAGGGTTCAAAACCAAGAGCCTTGAGATAGACCC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTACAGGAGTTTAAGGGTTCAAAACCAAGAGCCTTGAGATAGACCC  650

seq1  AGTCACCACTTCCTGAAAACTGGGCACGGAGCCTCAAAACCTGTAACCCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACCACTTCCTGAAAACTGGGCACGGAGCCTCAAAACCTGTAACCCA  700

seq1  GCACTTGGGGGATGAAGCAGGAAGACTGCGGTGAGTTCAAGGCAGCCTTA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTGGGGGATGAAGCAGGAAGACTGCGGTGAGTTCAAGGCAGCCTTA  750

seq1  GATCACCTCCAAGTGATCCCCTATCTCAAACACGCCCTACGCGACCACAC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACCTCCAAGTGATCCCCTATCTCAAACACGCCCTACGCGACCACAC  800

seq1  ATCTGGGCACAGATCAGGTAGCAGGTGCAAGAGCGGTGGGCAGGCACCTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGGCACAGATCAGGTAGCAGGTGCAAGAGCGGTGGGCAGGCACCTG  850

seq1  AGGTTCAGCTACTTGGAAGGCTGATGCAGGAGGACACCTGGAACCCAAAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCAGCTACTTGGAAGGCTGATGCAGGAGGACACCTGGAACCCAAAA  900

seq1  GCCTGACACCAGTCTGGCAACAGGGAAAGACTCTGGATTTGTTTCTTGCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGACACCAGTCTGGCAACAGGGAAAGACTCTGGATTTGTTTCTTGCT  950

seq1  GGTGGTTGACGGTGTGTTTCTTTTAAAAACTAACGACAGCTGGGGGGGGG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTTGACGGTGTGTTTCTTTTAAAAACTAACGACAGCTGGGGGGGGG  1000

seq1  GGGGGTGCACGTTTAATCCTAGGGCTTGGGGATAGAAGCTGGTGAATTC  1043
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGCACGTTTAATCCTAGGGCTTGGGGATAGAAGCTGGTGAATTC  1049