BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344F08
Chromosome5 (Build37)
Map Location 35,487,889 - 35,528,577
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePoln, BC023882, Mxd4, Zfyve28, EG433874, A830049F12Rik, LOC100040061, Rnf4, BC037112, LOC100040480, Tnip2, Sh3bp2, Add1, 0610009O03Rik, Nol14, Gprk2l, Hdh, A930005I04Rik, Rgs12, Hgfac, Dok7, Lrpap1
Downstream geneAdra2c, Hmx1, Cpz, Plk-ps1, 2310079F23Rik, Acox3, Htra3, Sh3tc1, Ablim2, Afap1, LOC100040209, Sorcs2
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344F08.bB6Ng01-344F08.g
ACCGA126849GA126850
length9801,066
definitionB6Ng01-344F08.b B6Ng01-344F08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,487,889 - 35,488,866)(35,527,505 - 35,528,577)
sequence
gaattcattcattgagagaagcctatagtctcctacgatgtggcctccaa
acccctcatggtccaggccctataaggacaagggacatgtgaccactcac
caaggacaatgaagaataggggccccagagccaactgtttcattatggtg
gcctgctagggtagctgcacatgccagaacccagagctcttctgggagag
cagtggaggtaacaggcccctccctgtctacccctccttagccatgacct
taagataaaggtcttcccagcctcccagaagctcctaagtctggtccctg
gcccccatagccttaccttaggccttgggtcccagaaaacccttcttgtc
ttgtcccacagaaggtgaccagaggacttgcaccaggaactcactgaatg
tccacagtcaccctgctggcagcatgatcccagctgacaatgctctgtca
cactcacactctgaggggctctattgggggccctgggtgggggaggcagg
ctactgcttgatcttcacctctatccaccaagggtcagtttcagtgttcc
ctggggacaccagaagctcagcttcagaccagccaggatgtagataaaat
actaattgtctccattcctacctcctgagtccagatcccctactggggtg
tgtgcatctgaatgacacaggcactctgcgtttgcttaacatgagataat
gagacaggaatcctctgtgctcagagacccagaagggatggagcctacag
gtgctgcagaggtgccccagccccacccacagaacagagatgctttcaaa
acacatgaccaatgtcttccatgctcccatgttctctatgcctccagggt
ccaggctagtaaaggacagagaaagaagccaggatcctgagacacaagca
agtaagttaagggattgagagaatgaggcaaggctgaataaatgagagag
tgagtgagtgatggaatgaatgaatgagtt

gaattcagcatgttttgatttgtctttttgttttgggtcttttgttttgt
tttgttttgttttgttttgttttgttttgtttagaaccttttaagaatct
ttgaaaaacattccaggatgcccaggacaaaatcccaaaccaaaattcac
cttggattccccaccagtaagatgaagggtggatgattttgactcaaaaa
ttgccttccatgttccctgctagaaggaagaaaagtgaatgtattctcac
taacatgtgagggagttcattatcagaaacatgagtgttcagtgttttat
ggaaaccagagtcagtgagatctgagtgggcagtggaagagggcttaaga
caggcagccaacaacaaaggctggaacaccccagctccccacagcaggca
tctcagggctgagcatgagagtggacaggctctgcctggcccattgcctt
ctgactgtgtgtggcctccctcttgggaccttgctcctcttgaaatggta
ccagaagagagtagtagcattctcatagtggtgatgaggagaccagctgg
gaacaccacaggttcttgggactcaaaaatagggtaatgtacactatatg
tacattctattggtcatgtgtgttagagctctcttaggagatgactctga
aagccgatttgcttccctgtctcctttcagaccaaagtatgctgtctcca
tgtcccccaggtccttttctgaggataggctgtctccctgactctgtgac
aggcaaggcggagaatagagagttaaaacattgtccttagagtactcact
tctgaatggatgtcttcctccatccctcatctcagcttaggaacctatgc
agaagaggaggcagggacccaaaggaatcaaaatcttccagatacaacag
ggctgacacacataggagctcacagaaacttgtgttcaagccagacagtg
tccaatccctgacgggaggaagtagccatgaagctatgtgcagttagtac
ctgtttacttcacagagcatcactggacttttgaatatgacgtgagagtg
gggtagaaggaatatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_35487889_35488866
seq2: B6Ng01-344F08.b_50_1028

seq1  GAATTCATTCATTGAGAGAAGCCTATAGTCTCCTACGATGTGGCCTCCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCATTGAGAGAAGCCTATAGTCTCCTACGATGTGGCCTCCAA  50

seq1  ACCCCTCATGGTCCAGGCCCTATAAGGACAAGGGACATGTGACCACTCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTCATGGTCCAGGCCCTATAAGGACAAGGGACATGTGACCACTCAC  100

seq1  CAAGGACAATGAAGAATAGGGGCCCCAGAGCCAACTGTTTCATTATGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGACAATGAAGAATAGGGGCCCCAGAGCCAACTGTTTCATTATGGTG  150

seq1  GCCTGCTAGGGTAGCTGCACATGCCAGAACCCAGAGCTCTTCTGGGAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTAGGGTAGCTGCACATGCCAGAACCCAGAGCTCTTCTGGGAGAG  200

seq1  CAGTGGAGGTAACAGGCCCCTCCCTGTCTACCCCTCCTTAGCCATGACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGAGGTAACAGGCCCCTCCCTGTCTACCCCTCCTTAGCCATGACCT  250

seq1  TAAGATAAAGGTCTTCCCAGCCTCCCAGAAGCTCCTAAGTCTGGTCCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATAAAGGTCTTCCCAGCCTCCCAGAAGCTCCTAAGTCTGGTCCCTG  300

seq1  GCCCCCATAGCCTTACCTTAGGCCTTGGGTCCCAGAAAACCCTTCTTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCATAGCCTTACCTTAGGCCTTGGGTCCCAGAAAACCCTTCTTGTC  350

seq1  TTGTCCCACAGAAGGTGACCAGAGGACTTGCACCAGGAACTCACTGAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCCACAGAAGGTGACCAGAGGACTTGCACCAGGAACTCACTGAATG  400

seq1  TCCACAGTCACCCTGCTGGCAGCATGATCCCAGCTGACAATGCTCTGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGTCACCCTGCTGGCAGCATGATCCCAGCTGACAATGCTCTGTCA  450

seq1  CACTCACACTCTGAGGGGCTCTATTGGGGGCCCTGGGTGGGGGAGGCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACACTCTGAGGGGCTCTATTGGGGGCCCTGGGTGGGGGAGGCAGG  500

seq1  CTACTGCTTGATCTTCACCTCTATCCACCAAGGGTCAGTTTCAGTGTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGCTTGATCTTCACCTCTATCCACCAAGGGTCAGTTTCAGTGTTCC  550

seq1  CTGGGGACACCAGAAGCTCAGCTTCAGACCAGCCAGGATGTAGATAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGACACCAGAAGCTCAGCTTCAGACCAGCCAGGATGTAGATAAAAT  600

seq1  ACTAATTGTCTCCATTCCTACCTCCTGAGTCCAGATCCCCTACTGGGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATTGTCTCCATTCCTACCTCCTGAGTCCAGATCCCCTACTGGGGTG  650

seq1  TGTGCATCTGAATGACACAGGCACTCTGCGTTTGCTTAACATGAGATAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATCTGAATGACACAGGCACTCTGCGTTTGCTTAACATGAGATAAT  700

seq1  GAGACAGGAATCCTCTGTGCTCAGAGACCCAGAAGGGATGGAGCCTACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGGAATCCTCTGTGCTCAGAGACCCAGAAGGGATGGAGCCTACAG  750

seq1  GTGCTGCAGAGGTGCCCCAGCCCCACCCACAGAACAGAGATGCTTTCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGCAGAGGTGCCCCAGCCCCACCCACAGAACAGAGATGCTTTCAAA  800

seq1  ACACATGACCAATGTCTTCCATGCTCCCATGTTCTCTATGCCTCCAGGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGACCAATGTCTTCCATGCTCCCATGTTCTCTATGCCTCCAGGGT  850

seq1  CCAGGCTAGTAAAGGACAGAGAAAGAAGCCAGGATCCTGAGACACAAGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCTAGTAAAGGACAGAGAAAGAAGCCAGGATCCTGAGACACAAGCA  900

seq1  AGTAAG-TAAGGGATTGAGAGAATGAGGCAGGGCTGAATAAATGAGAGAG  949
      |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTTAAGGGATTGAGAGAATGAGGCAAGGCTGAATAAATGAGAGAG  950

seq1  TGAGTGAGTGATGGAATGAATGAATGAGT  978
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGAGTGATGGAATGAATGAATGAGT  979


seq1: chr5_35527505_35528577
seq2: B6Ng01-344F08.g_67_1132 (reverse)

seq1  CATATTCC-TCTACCCCCCAACTCCTCACGTCCCTTAATCAAAAGTCCAG  49
      |||||||| ||||||||   ||| |||||||  | || ||||||||||||
seq2  CATATTCCTTCTACCCC---ACT-CTCACGT--CATATTCAAAAGTCCAG  44

seq1  TGATGCTCTGTTGGAGTAAACAGGTACTAACTGCACATAGCTTCATGGCT  99
      |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTCTG-TGAAGTAAACAGGTACTAACTGCACATAGCTTCATGGCT  93

seq1  ACTTCCTCCCGTCAGGGATTGGACACTGTCTGGCTTGAACAC-AGTTTCT  148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  ACTTCCTCCCGTCAGGGATTGGACACTGTCTGGCTTGAACACAAGTTTC-  142

seq1  TGTGAGCTCCTATGTGTGTCAGCCCTGTTGTATCTGGAAGATTTTGATTC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGCTCCTATGTGTGTCAGCCCTGTTGTATCTGGAAGATTTTGATTC  192

seq1  CTTTGGGTCCCTGCCTCCTCTTCTGCATAGGTTCCTAAGCCTGAGATGAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTTTGGGTCCCTGCCTCCTCTTCTGCATAGGTTCCTAAG-CTGAGATGAG  241

seq1  GGATGGAGGAAGACATCCATTCAGAAGTGAGTACTCTAAGGACAATGTTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAGGAAGACATCCATTCAGAAGTGAGTACTCTAAGGACAATGTTT  291

seq1  TAACTCTCTATTCTCCGCCTTGCCTGTCACAGAGTCAGGGAGACAGCCTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCTCTATTCTCCGCCTTGCCTGTCACAGAGTCAGGGAGACAGCCTA  341

seq1  TCCTCAGAAAAGGACCTGGGGGACATGGAGACAGCATACTTTGGTCTGAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGAAAAGGACCTGGGGGACATGGAGACAGCATACTTTGGTCTGAA  391

seq1  AGGAGACAGGGAAGCAAATCGGCTTTCAGAGTCATCTCCTAAGAGAGCTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGACAGGGAAGCAAATCGGCTTTCAGAGTCATCTCCTAAGAGAGCTC  441

seq1  TAACACACATGACCAATAGAATGTACATATAGTGTACATTACCCTATTTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACACATGACCAATAGAATGTACATATAGTGTACATTACCCTATTTT  491

seq1  TGAGTCCCAAGAACCTGTGGTGTTCCCAGCTGGTCTCCTCATCACCACTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCCCAAGAACCTGTGGTGTTCCCAGCTGGTCTCCTCATCACCACTA  541

seq1  TGAGAATGCTACTACTCTCTTCTGGTACCATTTCAAGAGGAGCAAGGTCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATGCTACTACTCTCTTCTGGTACCATTTCAAGAGGAGCAAGGTCC  591

seq1  CAAGAGGGAGGCCACACACAGTCAGAAGGCAATGGGCCAGGCAGAGCCTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGGGAGGCCACACACAGTCAGAAGGCAATGGGCCAGGCAGAGCCTG  641

seq1  TCCACTCTCATGCTCAGCCCTGAGATGCCTGCTGTGGGGAGCTGGGGTGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTCTCATGCTCAGCCCTGAGATGCCTGCTGTGGGGAGCTGGGGTGT  691

seq1  TCCAGCCTTTGTTGTTGGCTGCCTGTCTTAAGCCCTCTTCCACTGCCCAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCCTTTGTTGTTGGCTGCCTGTCTTAAGCCCTCTTCCACTGCCCAC  741

seq1  TCAGATCTCACTGACTCTGGTTTCCATAAAACACTGAACACTCATGTTTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATCTCACTGACTCTGGTTTCCATAAAACACTGAACACTCATGTTTC  791

seq1  TGATAATGAACTCCCTCACATGTTAGTGAGAATACATTCACTTTTCTTCC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATGAACTCCCTCACATGTTAGTGAGAATACATTCACTTTTCTTCC  841

seq1  TTCTAGCAGGGAACATGGAAGGCAATTTTTGAGTCAAAATCATCCACCCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGCAGGGAACATGGAAGGCAATTTTTGAGTCAAAATCATCCACCCT  891

seq1  TCATCTTACTGGTGGGGAATCCAAGGTGAATTTTGGTTTGGGATTTTGTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTTACTGGTGGGGAATCCAAGGTGAATTTTGGTTTGGGATTTTGTC  941

seq1  CTGGGCATCCTGGAATGTTTTTCAAAGATTCTTAAAAGGTTCTAAACAAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCATCCTGGAATGTTTTTCAAAGATTCTTAAAAGGTTCTAAACAAA  991

seq1  ACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAGACCCAAAACAAAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAGACCCAAAACAAAA  1041

seq1  AGACAAATCAAAACATGCTGAATTC  1073
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAATCAAAACATGCTGAATTC  1066


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |