BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-350A22
Chromosome5 (Build37)
Map Location 80,393,002 - 80,521,850
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC100039506, LOC100039384, Lphn3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-350A22.bB6Ng01-350A22.g
ACCGA130852GA130853
length1,1951,179
definitionB6Ng01-350A22.b B6Ng01-350A22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,520,652 - 80,521,850)(80,393,002 - 80,394,176)
sequence
gaattcagtagaaatgggtaaatgcatatgagcattacatttgggatata
caatttagaaaagctataagatgtggagttacagtaatgacaatttttgc
aaatggatagccatagtcatcaggagtaactgtctaattcaaagcaaatt
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cctatttctttctgtatttgaccattccatttcctagagatcatgggaat
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cattcataaaatggtaatatattccaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_80520652_80521850
seq2: B6Ng01-350A22.b_49_1243 (reverse)

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      ||||||   |||||||  |||||||||||   ||||||| ||||||||||
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      | |  || ||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||
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      || ||||||   | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
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      |   ||| |||||| |||||   ||||||||||||  |||||||||||||
seq2  A--TATTTATGAAC-AAGGC--ATGATTTGAAAGG--TCACAGAGAGGTA  188

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      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAAAGCAATTATTATTTAAGGAAATCACTATTATATAAATAGTCTT  687

seq1  TGTAAGTATACTATACCAATCGATTTTTATCTCTATAACCAACAAGATTC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTATACTATACCAATCGATTTTTATCTCTATAACCAACAAGATTC  737

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTAGAATGCATATTTTAGAGAATTTTCATATAATATTTAGAAAGA  787

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTTCAAAGAAAGGAGAAATGTAAAAATAAGTGAAGTTTCGCAATAT  837

seq1  TTACGGTCATGTAAAATGTTTTAAAATAACTTGTTGTAGTCAATATCAAG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGGTCATGTAAAATGTTTTAAAATAACTTGTTGTAGTCAATATCAAG  887

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTTCAAGTTTTGATAACTTTGTCCTTTGTTTAAGTTTAAATATTT  937

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCATAAAAACAAAATATATTTCATATAATATGGAACTATGTGACCAA  1037

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTCAAATTTGCTTTGAATTAGACAGTTACTCCTGATGACTATGGCT  1087

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATTTGCAAAAATTGTCATTACTGTAACTCCACATCTTATAGCTTTT  1137

seq1  CTAAATTGTATATCCCAAATGTAATGCTCATATGCATTTACCCATTTCTA  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTGTATATCCCAAATGTAATGCTCATATGCATTTACCCATTTCTA  1187

seq1  CTGAATTC  1199
      ||||||||
seq2  CTGAATTC  1195

seq1: chr5_80393002_80394176
seq2: B6Ng01-350A22.g_66_1244

seq1  GAATTCTTCATAAATAATCTAAATAAAACTAATTTATAGCTGTATTAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCATAAATAATCTAAATAAAACTAATTTATAGCTGTATTAATA  50

seq1  GTAATTAATGTTAAGCCGTATATAAATATAGTTGTTACCCCTCATTAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTAATGTTAAGCCGTATATAAATATAGTTGTTACCCCTCATTAAAA  100

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTATTTTTTCATCATATTGAGAGCATTAAAAAATTTACAGCTGCTCA  150

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATAGAAAAACACTCATTAGGGAGATCACAGACCATAAGATCACAGA  200

seq1  GGTTGTGTTATAAATCTATAACACAAGGGGTTAGGGCTCAAGGAACATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTGTTATAAATCTATAACACAAGGGGTTAGGGCTCAAGGAACATTG  250

seq1  CTGAAGAAGGATATACAATTCTAAGATTCAAAGGACCAATATGTACCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGAAGGATATACAATTCTAAGATTCAAAGGACCAATATGTACCTGG  300

seq1  CATGAAATTATTTCCATGAAATCTCAAAAGTATCATTGTCTAAACAAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAATTATTTCCATGAAATCTCAAAAGTATCATTGTCTAAACAAGAC  350

seq1  ATAACTAATCCATGAATTTACATGACATTCTGGATAAGCGATATCTCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTAATCCATGAATTTACATGACATTCTGGATAAGCGATATCTCACA  400

seq1  AGGACCCATCCATGTATGAAGAATTATAGGCAATTAATAACTAGAGAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCCATCCATGTATGAAGAATTATAGGCAATTAATAACTAGAGAGAT  450

seq1  AAAGAAATTATGTATATAATTATATAAAATCAATATATAAATGTAGCATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATTATGTATATAATTATATAAAATCAATATATAAATGTAGCATA  500

seq1  TAATATACAAACAAATATAAATGTTGTAAATAATATATAAACAAAGATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATACAAACAAATATAAATGTTGTAAATAATATATAAACAAAGATAG  550

seq1  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATACACAGAGAGAGAAAGAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATACACAGAGAGAGAAAGAGAT  600

seq1  ACACAGAGAGAGAGAGAGATACACAGAGAGAGAAAGAAATACAGAGTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAGAGAGAGAGAGATACACAGAGAGAGAAAGAAATACAGAGTGCA  650

seq1  GCAGACAAATCAACACACAGGCAGGATCCCTGTCATGGGTTGTTCAATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACAAATCAACACACAGGCAGGATCCCTGTCATGGGTTGTTCAATAC  700

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTGTCAGCTCTAAACATATGCATACAATCAACACTAAGTGCTTCCA  750

seq1  GCATGATTTATATATATTTTTTGTCTGTATACATGCAGCACTAATAATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGATTTATATATATTTTTTGTCTGTATACATGCAGCACTAATAATTA  800

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCCTAGGAGCCTTTTGATGGAATTTTTCTTCTTTAAAGAAGAGTT  950

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      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCAG-AAACATGTCCACTGTCCCAGTATACTATCTCTGATGTTTCT  999

seq1  GCCTATTTCTTTCTGTATTTGACCATTCCATTTCCCTAGAGATCATGGGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCCTATTTCTTTCTGTATTTGACCATTCCATTT-CCTAGAGATCATGGGA  1048

seq1  ATCAAACACTTGAATGTCCTTAAAGAAACTCTCATGACTCTCTCAACAGT  1099
      |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||   ||
seq2  ATCAAACACTTG-ATGTCCT--AAGAAACTCTCATGACTCTCTCACAGGT  1095

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      |||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||| ||||  || ||
seq2  AGAATATTATTGTTACATTAAAACACTG-TGACTGCACGTTTCCATGGAT  1144

seq1  ATAC-TCA-TCATAAAATG----TATATTCAAAA-  1175
      |||| ||| ||||||||||    ||||||| ||| 
seq2  ATACTTCATTCATAAAATGGTAATATATTCCAAAA  1179