BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-350K07
Chromosome5 (Build37)
Map Location 151,424,926 - 151,551,637
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC037393, Aprin
Upstream geneHsp110, EG433968, B3galtl, LOC100040089, Rxfp2, LOC667470, Fry, LOC100042068, Gm5, XM_359419, Brca2, B230342M21Rik
Downstream geneLOC100040180, Kl, LOC667510, Stard13, LOC630708, LOC625175, LOC100042166, EG435877, EG632649, EG632671, Rfc3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-350K07.bB6Ng01-350K07.g
ACCGA131254GA131255
length1,0581,150
definitionB6Ng01-350K07.b B6Ng01-350K07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(151,424,926 - 151,425,944)(151,550,484 - 151,551,637)
sequence
gaattcagtggcggacactggtgtcctacattctctctttctctctacct
tgagacagggtctctcactgagcctgcagcaggcagcaagcccaagtgat
tctttgatcaccaacccctacagccaccatggttaccaatgcacacgacc
acatctggctttttacatgggctctaaggatttaaactcagtacctcaca
tttgtgcagcgatagagttcttacctgctgaaccatctccctagtcctct
tgacttaagtcacagttatctcttatatgggttactgcaagttataccat
cctgttgccattcttgtgtcactaaagtcattcctaaaatggcagttggg
ctggattatgtcttaaaacatgggttactgacactatccctttgctcaga
actcagtggcatcccttctcaagtgtggtaaagtccatagtccttcaatt
tttgagacctcagattatctcatttcttgtttcttgacctgcttctttat
tctgccctactgacttgagtccaagctaactggtttctttgcttttcttt
gactgcagtctcagctcatcaagaccctgagtgaaagattctgcctaaaa
tggtccttcactgctctctgcacctttgctctcaggtttctgtttagatg
ttggcagccagccattcccttgagccttgcctttgtgctcacattcactc
gacttcaccacccttcctggtgggccatgtgccctgtctacagcaggggc
tgcttctccaatctcactggggaaaggcaaaggccatttgttttgcctct
gctagatctctaccacacagaacaatgctgatactgtaagtgctcaagaa
cttctatagcatgaccagactgatctcctgccactgagtttggtgagtca
gctgccactgcctataccttttctatattcttgtctagttgctaaatccc
actgtagatgactagtcattattcctgtgaaattcctgaggctgacactg
cactttccctctatctgttatatctcataacagtgaaacgtatttcactg
tacgcatt
gaattctatggttgggtcaccacaacatggggaactatattaaaggtcac
agcattaagaacattgaaaagtactggtctaggcttcttttcagtggctt
gctacaggcatacagtttgggatacactaacaatttgtcaacttagattc
caaacagaacttaggggcttactgaggactaactggcttttattcataca
agagtcatctacttttagggagataacgtgtatcttagaaatttataaac
tgtttttagtcttgagtgggagaggatttttttaacctaaaatttccaaa
agattatcaatatggattaagaaacaccctttttatgtttttctataaaa
caaaacttgaaattataacagctatattcctttttaaaaatttttttatt
tttaattaatttatttattatatgtaagtacactgtagttgtcttcagac
acccaagaagagggcatgggatctcatcacggatagctgtgagccatcat
gtggttgctggaatttgaactcatgacctttggaagagcagtcggtgctc
ttaaccactgagccatctctccagcccacagctatattcctatcttgaga
tattaccctgtaaaaagttaagcgcatgaaacaaatgagaaaactttact
catctaaaagttatctatgtaaacttcatctgtggctttgttggcaagaa
aactatgcaatccatttaccctacactaaaaacaagaggttatttaaagc
cataaagacaatacaaagaatgtatataacatccagaactcatgggagta
tgtggcctgacttaccggtcgtcgatgctgttctgatagtatatatgcag
cagcttgtccttgacccaggatatctgttttgcagcatctttgccagctg
ctgactgtaaagagtatttcttataaatctgggccagtcccatcatggct
tctttacgtactctccacttcaaacaaaaacatataaaagtcatttttat
aaaatgcttctataccgctggtggtgtacatgcctttactccagcacttg
ggaggcacagcaggagagctctttggagtttgagcagactgctacataat
gagttgttagacagctagagcttacacagaaaaaccctgttctttgaaaa

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_151424926_151425944
seq2: B6Ng01-350K07.b_104_1108

seq1  GACAGGGTCTCTCACTGAGCCTGCAGCAGGCAGCAAGCCCAAGTGATTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGGTCTCTCACTGAGCCTGCAGCAGGCAGCAAGCCCAAGTGATTCT  50

seq1  TTGATCACCAACCCCTACAGCCACCATGGTTACCAATGCACACGACCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCACCAACCCCTACAGCCACCATGGTTACCAATGCACACGACCACA  100

seq1  TCTGGCTTTTTACATGGGCTCTAAGGATTTAAACTCAGTACCTCACATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCTTTTTACATGGGCTCTAAGGATTTAAACTCAGTACCTCACATTT  150

seq1  GTGCAGCGATAGAGTTCTTACCTGCTGAACCATCTCCCTAGTCCTCTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGCGATAGAGTTCTTACCTGCTGAACCATCTCCCTAGTCCTCTTGA  200

seq1  CTTAAGTCACAGTTATCTCTTATATGGGTTACTGCAAGTTATACCATCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGTCACAGTTATCTCTTATATGGGTTACTGCAAGTTATACCATCCT  250

seq1  GTTGCCATTCTTGTGTCACTAAAGTCATTCCTAAAATGGCAGTTGGGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCATTCTTGTGTCACTAAAGTCATTCCTAAAATGGCAGTTGGGCTG  300

seq1  GATTATGTCTTAAAACATGGGTTACTGACACTATCCCTTTGCTCAGAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATGTCTTAAAACATGGGTTACTGACACTATCCCTTTGCTCAGAACT  350

seq1  CAGTGGCATCCCTTCTCAAGTGTGGTAAAGTCCATAGTCCTTCAATTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGCATCCCTTCTCAAGTGTGGTAAAGTCCATAGTCCTTCAATTTTT  400

seq1  GAGACCTCAGATTATCTCATTTCTTGTTTCTTGACCTGCTTCTTTATTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCTCAGATTATCTCATTTCTTGTTTCTTGACCTGCTTCTTTATTCT  450

seq1  GCCCTACTGACTTGAGTCCAAGCTAACTGGTTTCTTTGCTTTTCTTTGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTACTGACTTGAGTCCAAGCTAACTGGTTTCTTTGCTTTTCTTTGAC  500

seq1  TGCAGTCTCAGCTCATCAAGACCCTGAGTGAAAGATTCTGCCTAAAATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTCTCAGCTCATCAAGACCCTGAGTGAAAGATTCTGCCTAAAATGG  550

seq1  TCCTTCACTGCTCTCTGCACCTTTGCTCTCAGGTTTCTGTTTAGATGTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCACTGCTCTCTGCACCTTTGCTCTCAGGTTTCTGTTTAGATGTTG  600

seq1  GCAGCCAGCCATTCCCTTGAGCCTTGCCTTTGTGCTCACATTCACTCGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCAGCCATTCCCTTGAGCCTTGCCTTTGTGCTCACATTCACTCGAC  650

seq1  TTCACCACCCTTCCTGGTGGGCCATGTGCCCTGTCTACAGCAGGGGCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCACCCTTCCTGGTGGGCCATGTGCCCTGTCTACAGCAGGGGCTGC  700

seq1  TTCTCCAATCTCACTGGGGAAAGGCAAAGGCCATTTGTTTTGCCTCTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCAATCTCACTGGGGAAAGGCAAAGGCCATTTGTTTTGCCTCTGCT  750

seq1  AGATCTCTACCACACAGAACAATGCTGATACTGTAAGTGCTCAAGAACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTCTACCACACAGAACAATGCTGATACTGTAAGTGCTCAAGAACTT  800

seq1  CTATAGCATGACCAGACTGATCTCCTGCCACTGAGTTTGGTGAGTCAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGCATGACCAGACTGATCTCCTGCCACTGAGTTTGGTGAGTCAGCT  850

seq1  GCCACTGCCTATACCTTTTCTATATTCTTGTCTAGTTGCTAAATCCCACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCCACTGCCTATACCTTTTCTATATTCTTGTCTAGTTGCTAAATCCCAC-  899

seq1  TGTAGATGACTTAGTCATTAATTCCTGTGGAAATTCCTGAAGCTGACACT  950
      |||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  TGTAGATGAC-TAGTCATT-ATTCCTGT-GAAATTCCTGAGGCTGACACT  946

seq1  GCACTTTTCCCTCTATCTGTTAATTATCTTCCATTAAACAGTGAAAACGT  1000
      |||| |||||||||||||||||  |||||  |||  ||||||| ||||||
seq2  GCAC-TTTCCCTCTATCTGTTA--TATCT--CAT--AACAGTG-AAACGT  988

seq1  AATTTCACTGTTACGCATT  1019
       ||||||||| ||||||||
seq2  -ATTTCACTG-TACGCATT  1005

seq1: chr5_151550484_151551637
seq2: B6Ng01-350K07.g_65_1214 (reverse)

seq1  TTTTCAA--GACAGGGTTTTTCTGTGT-AGCTCTAGCTGTTCTACAACTC  47
      |||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||
seq2  TTTTCAAAGAACAGGGTTTTTCTGTGTAAGCTCTAGCTGTCTAACAACTC  50

seq1  ATTATGTAGGCCAGTCTGGCCTCAAACTC--AAGAGCTCTTCCTGCCTGT  95
      |||||||||  |||||||  |||||||||  |||||||| ||||| ||||
seq2  ATTATGTAG--CAGTCTG--CTCAAACTCCAAAGAGCTC-TCCTG-CTGT  94

seq1  GCCTCCCAAGTGCTGGGAGTAAAGGCATGTACCACCACCAGCGGTAATAG  145
      |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  GCCTCCCAAGTGCT-GGAGTAAAGGCATGTA-CACCACCAGCGGT-ATAG  141

seq1  AAGCATTTTATAAAAATGACTTTTATATGTTTTTGTTTGAAGTGGAGAGT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATTTTATAAAAATGACTTTTATATGTTTTTGTTTGAAGTGGAGAGT  191

seq1  ACGTAAAGAAGCCATGATGGGACTGGCCCAGATTTATAAGAAATACTCTT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTAAAGAAGCCATGATGGGACTGGCCCAGATTTATAAGAAATACTCTT  241

seq1  TACAGTCAGCAGCTGGCAAAGATGCTGCAAAACAGATATCCTGGGTCAAG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTCAGCAGCTGGCAAAGATGCTGCAAAACAGATATCCTGGGTCAAG  291

seq1  GACAAGCTGCTGCATATATACTATCAGAACAGCATCGACGACCGGTAAGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGCTGCTGCATATATACTATCAGAACAGCATCGACGACCGGTAAGT  341

seq1  CAGGCCACATACTCCCATGAGTTCTGGATGTTATATACATTCTTTGTATT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCACATACTCCCATGAGTTCTGGATGTTATATACATTCTTTGTATT  391

seq1  GTCTTTATGGCTTTAAATAACCTCTTGTTTTTAGTGTAGGGTAAATGGAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTATGGCTTTAAATAACCTCTTGTTTTTAGTGTAGGGTAAATGGAT  441

seq1  TGCATAGTTTTCTTGCCAACAAAGCCACAGATGAAGTTTACATAGATAAC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATAGTTTTCTTGCCAACAAAGCCACAGATGAAGTTTACATAGATAAC  491

seq1  TTTTAGATGAGTAAAGTTTTCTCATTTGTTTCATGCGCTTAACTTTTTAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGATGAGTAAAGTTTTCTCATTTGTTTCATGCGCTTAACTTTTTAC  541

seq1  AGGGTAATATCTCAAGATAGGAATATAGCTGTGGGCTGGAGAGATGGCTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAATATCTCAAGATAGGAATATAGCTGTGGGCTGGAGAGATGGCTC  591

seq1  AGTGGTTAAGAGCACCGACTGCTCTTCCAAAGGTCATGAGTTCAAATTCC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTAAGAGCACCGACTGCTCTTCCAAAGGTCATGAGTTCAAATTCC  641

seq1  AGCAACCACATGATGGCTCACAGCTATCCGTGATGAGATCCCATGCCCTC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACCACATGATGGCTCACAGCTATCCGTGATGAGATCCCATGCCCTC  691

seq1  TTCTTGGGTGTCTGAAGACAACTACAGTGTACTTACATATAATAAATAAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGGTGTCTGAAGACAACTACAGTGTACTTACATATAATAAATAAA  741

seq1  TTAATTAAAAATAAAAAAATTTTTAAAAAGGAATATAGCTGTTATAATTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTAAAAATAAAAAAATTTTTAAAAAGGAATATAGCTGTTATAATTT  791

seq1  CAAGTTTTGTTTTATAGAAAAACATAAAAAGGGTGTTTCTTAATCCATAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTTTGTTTTATAGAAAAACATAAAAAGGGTGTTTCTTAATCCATAT  841

seq1  TGATAATCTTTTGGAAATTTTAGGTTAAAAAAATCCTCTCCCACTCAAGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATCTTTTGGAAATTTTAGGTTAAAAAAATCCTCTCCCACTCAAGA  891

seq1  CTAAAAACAGTTTATAAATTTCTAAGATACACGTTATCTCCCTAAAAGTA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAACAGTTTATAAATTTCTAAGATACACGTTATCTCCCTAAAAGTA  941

seq1  GATGACTCTTGTATGAATAAAAGCCAGTTAGTCCTCAGTAAGCCCCTAAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACTCTTGTATGAATAAAAGCCAGTTAGTCCTCAGTAAGCCCCTAAG  991

seq1  TTCTGTTTGGAATCTAAGTTGACAAATTGTTAGTGTATCCCAAACTGTAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTTGGAATCTAAGTTGACAAATTGTTAGTGTATCCCAAACTGTAT  1041

seq1  GCCTGTAGCAAGCCACTGAAAAGAAGCCTAGACCAGTACTTTTCAATGTT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTAGCAAGCCACTGAAAAGAAGCCTAGACCAGTACTTTTCAATGTT  1091

seq1  CTTAATGCTGTGACCTTTAATATAGTTCCCCATGTTGTGGTGACCCAACC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATGCTGTGACCTTTAATATAGTTCCCCATGTTGTGGTGACCCAACC  1141

seq1  ATAGAATTC  1154
      |||||||||
seq2  ATAGAATTC  1150