BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-001O24
Chromosome6 (Build37)
Map Location 147,131,688 - 147,256,948
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039641, Pthlh
Upstream geneItpr2, 4933424B01Rik, Fgfr1op2, Tm7sf3, Surb7, EG626175, Stk38l, LOC621842, Arntl2, 1700023A16Rik, Ppfibp1, 1700034J05Rik, 2210417D09Rik, Mrps35, EG545893, Klhdc5, EG665288
Downstream geneEG622129, Ccdc91, LOC100039712, LOC100039727, LOC100039736, Mlstd1, Ergic2, Tmtc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-001O24.bB6Ng01-001O24.g
ACCDH840112DH840113
length1,1001,075
definitionDH840112|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001O24, 5' end.DH840113|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001O24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(147,255,840 - 147,256,948)(147,131,688 - 147,132,772)
sequence
gaattctctcaacacagctgtaaaattctctaaactattgccatggactc
cctcagatttggtggctgactggagtgcaggaagtggccagcatcccttt
ggatcaatcctcaaaagaaacaggcttagggcaaagggaagacatggggt
attcaaatctgatgcagtgacatcagtaagcactgcaagttcaagttcag
gcctctgcagcgttcatgtggcaacagctaatgtcatcacgagttctgca
gaggagacaggctcacaggacagatgagaatctaagaataacttagagaa
ttttacagctgtattgagagcattcacatactacaaaatttactggaaaa
atgcagcttgctgtttttgttgctgttgtttagatatttacagaacatcc
aattatgatcattatctgattataaaatatttcattcctcttaaaagaga
tccatgcacaaacagtcaccacagcttcctgctaaactagatgccatatt
attcacagttcaggccacagaagggtaacgttgtccatggagagtatatt
cagtacatagaggtgaagaagtgagacccttggtaggtcactcagtgtat
gtgcacacacacatgttcatgtgcatgcaagtgtgtgtgcatgcaggtga
aagccagaagacaacctcagccattacttgtattttgactctactcaccc
cattaccctttcttggcccctcccctccaactgaccttattcctcttctc
aataatgccttcatgtcttctgtgtgtctgtgagagtgaccaatgagtct
ccttgggattgtttacaggggtgtggacacctcaccactggctgccactg
aagaaaatgcctagtcttccccatcaaccatagctatatagagatcttcg
ggggttgggggggggcggcaagagcctctctcctcatgacagagtgtagt
cagtccagtcttgtgacacacatctttgtccttacagaaagagagaacca
gttgaactacatgtaagcttcctccccatgctgttctcatcatgtcagag
atgccagatagcttccagggagaatgttatcaccatcttactcacctggg

gaattctttcttgctggggagacccaggagaatgggtctctttctggggg
acccaggcatggggctcttcctgaggagacccaggggctgaggctcttcc
tggggacacttggaacctgggctcttcctgaggagacccaggggctgagg
ctcttcctggggacacttggaacctgggctcttcctggggatagccaggg
gaagggggctcttcctgaggagacactcagtgaacagggctcttcctagt
gagacctagtggaatggggcttgttctggcactgtacttcagaccccacc
cagcaggataccaccctgtgggaaggaggtggcaatacagaacaagagac
cagacagcagagatggagcatctgcaggtgggcagtccataggcttgggc
agggagcccttagttcctgaagccatccacagatgccagggacacacatc
tctccacagcaggctaggtagtgaaactgctttccacactctggattcat
tgctgcttaagcttctctgcagatctgtccaacccagttccttcgtttta
gggttttactgctgtgaacagacactatgaccaagacaactattataaag
gacatttaattgagtctggcttacaggttcagaggttcagttcattatca
tcaagatgggagcatggcagtgtacaggtagatgtaaggctggaggagct
gagagttatacaatttgatccaaaggcaaacaggagaaggactggcttcc
ggaaaggcagctagaagagctctctcaaagcccaaccccacagcgacatg
cttcctccaacaaagccacacccactccaacaaggccacacctcctaata
gtgcctcttcctgggccaagcatatttgaagcaccacatcctctccatga
atgcctcttgtggtagttccccacccagacactgtgtcatggtgtctcta
gactccatgactaggatgttccttgtgttaggactccagatcatctcagt
ctctaagcagtgagtatattgctggggtacagggaacaatacctgagttt
cttctcagctcaattgaatatccac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_147255840_147256948
seq2: B6Ng01-001O24.b_46_1145 (reverse)

seq1  CCCAGCTGAGTAAGATTGGTGATAACCATTCTCCCTGAGAAGCTATCTGG  50
      ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCCAGGTGAGTAAGA-TGGTGATAA-CATTCTCCCTG-GAAGCTATCTGG  47

seq1  CATCTCCTGACATGATGAGAACCAGCCAATGGGGAGGAAGCTTACATTGT  100
      ||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||
seq2  CATCT-CTGACATGATGAGAA-CAGC--ATGGGGAGGAAGCTTACA-TGT  92

seq1  AGTTCCACTTGGTTCTCTCTTTCTGTAAGGACAAAGATGTGTGTCACAAG  150
      ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAAC-TGGTTCTCTCTTTCTGTAAGGACAAAGATGTGTGTCACAAG  141

seq1  ACTGGGCCTGACTACACTCTGTCATGAGGAGAGAGGCTCTTGCCG-CCCC  199
      ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACT-GGACTGACTACACTCTGTCATGAGGAGAGAGGCTCTTGCCGCCCCC  190

seq1  CCCCAACCCCCGAAGATCTCTATATAGCTATGGTTGATGGGGAAGACTAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAACCCCCGAAGATCTCTATATAGCTATGGTTGATGGGGAAGACTAG  240

seq1  GCATTTTCTTCAGTGGCAGCCAGTGGTGAGGTGTCCACACCCCTGTAAAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTCTTCAGTGGCAGCCAGTGGTGAGGTGTCCACACCCCTGTAAAC  290

seq1  AATCCCAAGGAGACTCATTGGTCACTCTCACAGACACACAGAAGACATGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCAAGGAGACTCATTGGTCACTCTCACAGACACACAGAAGACATGA  340

seq1  AGGCATTATTGAGAAGAGGAATAAGGTCAGTTGGAGGGGAGGGGCCAAGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATTATTGAGAAGAGGAATAAGGTCAGTTGGAGGGGAGGGGCCAAGA  390

seq1  AAGGGTAATGGGGTGAGTAGAGTCAAAATACAAGTAATGGCTGAGGTTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTAATGGGGTGAGTAGAGTCAAAATACAAGTAATGGCTGAGGTTGT  440

seq1  CTTCTGGCTTTCACCTGCATGCACACACACTTGCATGCACATGAACATGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGGCTTTCACCTGCATGCACACACACTTGCATGCACATGAACATGT  490

seq1  GTGTGTGCACATACACTGAGTGACCTACCAAGGGTCTCACTTCTTCACCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGCACATACACTGAGTGACCTACCAAGGGTCTCACTTCTTCACCT  540

seq1  CTATGTACTGAATATACTCTCCATGGACAACGTTACCCTTCTGTGGCCTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTACTGAATATACTCTCCATGGACAACGTTACCCTTCTGTGGCCTG  590

seq1  AACTGTGAATAATATGGCATCTAGTTTAGCAGGAAGCTGTGGTGACTGTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTGAATAATATGGCATCTAGTTTAGCAGGAAGCTGTGGTGACTGTT  640

seq1  TGTGCATGGATCTCTTTTAAGAGGAATGAAATATTTTATAATCAGATAAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATGGATCTCTTTTAAGAGGAATGAAATATTTTATAATCAGATAAT  690

seq1  GATCATAATTGGATGTTCTGTAAATATCTAAACAACAGCAACAAAAACAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATAATTGGATGTTCTGTAAATATCTAAACAACAGCAACAAAAACAG  740

seq1  CAAGCTGCATTTTTCCAGTAAATTTTGTAGTATGTGAATGCTCTCAATAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTGCATTTTTCCAGTAAATTTTGTAGTATGTGAATGCTCTCAATAC  790

seq1  AGCTGTAAAATTCTCTAAGTTATTCTTAGATTCTCATCTGTCCTGTGAGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTAAAATTCTCTAAGTTATTCTTAGATTCTCATCTGTCCTGTGAGC  840

seq1  CTGTCTCCTCTGCAGAACTCGTGATGACATTAGCTGTTGCCACATGAACG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCCTCTGCAGAACTCGTGATGACATTAGCTGTTGCCACATGAACG  890

seq1  CTGCAGAGGCCTGAACTTGAACTTGCAGTGCTTACTGATGTCACTGCATC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGAGGCCTGAACTTGAACTTGCAGTGCTTACTGATGTCACTGCATC  940

seq1  AGATTTGAATACCCCATGTCTTCCCTTTGCCCTAAGCCTGTTTCTTTTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTGAATACCCCATGTCTTCCCTTTGCCCTAAGCCTGTTTCTTTTGA  990

seq1  GGATTGATCCAAAGGGATGCTGGCCACTTCCTGCACTCCAGTCAGCCACC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGATCCAAAGGGATGCTGGCCACTTCCTGCACTCCAGTCAGCCACC  1040

seq1  AAATCTGAGGGAGTCCATGGCAATAGTTTAGAGAATTTTACAGCTGTGTT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGAGGGAGTCCATGGCAATAGTTTAGAGAATTTTACAGCTGTGTT  1090

seq1  GAGAGAATTC  1109
      ||||||||||
seq2  GAGAGAATTC  1100

seq1: chr6_147131688_147132772
seq2: B6Ng01-001O24.g_67_1141

seq1  GAATTCTTTCTTGCTGGGGAGACCCAGGAGAATGGGTCTCTTTCTGGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTTGCTGGGGAGACCCAGGAGAATGGGTCTCTTTCTGGGGG  50

seq1  ACCCAGGCATGGGGCTCTTCCTGAGGAGACCCAGGGGCTGAGGCTCTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGGCATGGGGCTCTTCCTGAGGAGACCCAGGGGCTGAGGCTCTTCC  100

seq1  TGGGGACACTTGGAACCTGGGCTCTTCCTGAGGAGACCCAGGGGCTGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGACACTTGGAACCTGGGCTCTTCCTGAGGAGACCCAGGGGCTGAGG  150

seq1  CTCTTCCTGGGGACACTTGGAACCTGGGCTCTTCCTGGGGATAGCCAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCTGGGGACACTTGGAACCTGGGCTCTTCCTGGGGATAGCCAGGG  200

seq1  GAAGGGGGCTCTTCCTGAGGAGACACTCAGTGAACAGGGCTCTTCCTAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGGGCTCTTCCTGAGGAGACACTCAGTGAACAGGGCTCTTCCTAGT  250

seq1  GAGACCTAGTGGAATGGGGCTTGTTCTGGCACTGTACTTCAGACCCCACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCTAGTGGAATGGGGCTTGTTCTGGCACTGTACTTCAGACCCCACC  300

seq1  CAGCAGGATACCACCCTGTGGGAAGGAGGTGGCAATACAGAACAAGAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGATACCACCCTGTGGGAAGGAGGTGGCAATACAGAACAAGAGAC  350

seq1  CAGACAGCAGAGATGGAGCATCTGCAGGTGGGCAGTCCATAGGCTTGGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGCAGAGATGGAGCATCTGCAGGTGGGCAGTCCATAGGCTTGGGC  400

seq1  AGGGAGCCCTTAGTTCCTGAAGCCATCCACAGATGCCAGGGACACACATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGCCCTTAGTTCCTGAAGCCATCCACAGATGCCAGGGACACACATC  450

seq1  TCTCCACAGCAGGCTAGGTAGTGAAACTGCTTTCCACACTCTGGATTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCACAGCAGGCTAGGTAGTGAAACTGCTTTCCACACTCTGGATTCAT  500

seq1  TGCTGCTTAAGCTTCTCTGCAGATCTGTCCAACCCAGTTCCTTCGTTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTTAAGCTTCTCTGCAGATCTGTCCAACCCAGTTCCTTCGTTTTA  550

seq1  GGGTTTTACTGCTGTGAACAGACACTATGACCAAGACAACTATTATAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTACTGCTGTGAACAGACACTATGACCAAGACAACTATTATAAAG  600

seq1  GACATTTAATTGAGTCTGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCAGTTCATTATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTAATTGAGTCTGGCTTACAGGTTCAGAGGTTCAGTTCATTATCA  650

seq1  TCAAGATGGGAGCATGGCAGTGTACAGGTAGATGTAAGGCTGGAGGAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATGGGAGCATGGCAGTGTACAGGTAGATGTAAGGCTGGAGGAGCT  700

seq1  GAGAGTTATACAATTTGATCCAAAGGCAAACAGGAGAAGGACTGGCTTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTTATACAATTTGATCCAAAGGCAAACAGGAGAAGGACTGGCTTCC  750

seq1  GGAAAGGCAGCTAGAAGAGCTCTCTCAAAGCCCAACCCCACAGCGACATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGCAGCTAGAAGAGCTCTCTCAAAGCCCAACCCCACAGCGACATG  800

seq1  CTTCCTCCAACAAAGCCACACCCACTCCAACAAGGCCACACCTCCTAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCCAACAAAGCCACACCCACTCCAACAAGGCCACACCTCCTAATA  850

seq1  GTGCCTCTTCCTGGGCCAAGCATATTTGAAGCACCACATCCTCTCCATGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTCTTCCTGGGCCAAGCATATTTGAAGCACCACATCCTCTCCATGA  900

seq1  ATGCCTCTTGTGGTAGTTCCCCACCCAGACAACTGTGTCATGGTGTCTCT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTCTTGTGGTAGTTCCCCACCCAGAC-ACTGTGTCATGGTGTCTCT  949

seq1  AGACTCCATGACTAGGAATTGTTCCTTGTGTTTAGGACCCCAGATCATCT  1000
      |||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  AGACTCCATGACTAGGA--TGTTCCTTGTG-TTAGGACTCCAGATCATCT  996

seq1  CAGTCTCCTTAAGGCAGTGAGGTATATTGCTGGGGTACAGGGAACAATAC  1050
      |||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTC--TAA-GCAGTGA-GTATATTGCTGGGGTACAGGGAACAATAC  1042

seq1  CTGAGTTTCTCCTTCAGCTCACATTGAATATCCAC  1085
      |||||||||| | |||||||| |||||||||||||
seq2  CTGAGTTTCTTC-TCAGCTCA-ATTGAATATCCAC  1075