BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-011H18
Chromosome6 (Build37)
Map Location 105,200,267 - 105,302,312
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCntn6, LOC384470
Downstream geneLOC100043716, LOC100043350, Cntn4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-011H18.bB6Ng01-011H18.g
ACCDH846855DH846856
length1,0501,150
definitionDH846855|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-011H18, 5' end.DH846856|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-011H18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,200,267 - 105,201,321)(105,301,170 - 105,302,312)
sequence
gaattcaagagttgttttagagtagcataaaactaagccttaccttgaac
ctccttttgtaatggcatagtacacaatgcatttgtgtactatgagataa
tttatgcaggactcatatccctcaccacatcatggataaataagaacatg
agcagctatatttcctacatgatttacagtaactactatagacattctaa
gagcaatgtttcttactttggaagattgtatttgagaaaataaattattt
cagtagtaaaaatttctaaaaaaaaaaaaatctttgtagtctggagttat
agcatagatatattcatggccttagatttgatccttaggtagcaaaaatg
aaggagaaagtagaaaacgaggaggataaagatgaggaggaaagagggaa
aagtaaaataaaatgtaaatttttctatggatataaagttctccatagta
aagtctatttcatagtaataagagagcagtctataactagaagtagcttc
caagctctgtccacagtattacaaatggatgtctgttctactattagaca
gaaaagtccacatttgtttgtattcaatacacaaagtcatgaagtaatat
atagaattttgaagtaatttatgggaggctaaattcctatttgagaataa
aacatagctttgaggaactatacaaggtttataattctttctaggtattt
aaagggtcactggaatatataaagacaagatatttactttcaaaaagtaa
gaataaaagtatatttatttcttgtactttcttaggacacttaaaattta
agggtaaatatgggtaaaagtaacagcctgtgtttaatttaatatgagaa
atttagtccccctagagtatagagaaccctcacatacctgccaggactac
aaacagtttgtaatgggtctgtatattaatcccttatgcatttaaatata
attaacctgaaggagcctttctacagttcccaacggcattaggttttcgg
agcttacaacagtgatattctttacgactccacagtgtgagatcatgctt

gaattcctctgcctccaattcttaggttgaaattataaatatttattatt
ccactattatgcttggcttttaggtgattgttgggaatctaaactcaggc
ccacatgtttaagcagtaagtactttacccacagatttatctctttagct
ctttctttcgctttttaaagagtgtattggtgcttcatcctatgtacaaa
gctcaactagcctaaagtttgcagttaatttccatcaacctctaaagtgc
tgggatcacaaacacatccaactcttatttgttaagtgcttacattataa
ctgtactacttataactgcgtactttgaaagttgaagtaaggtattctta
ttatgaatttacaagtaaggatttatgtttatttctttgaaaatcaaact
gcaagtcaaattcattatgaattaggtttattattctaaaaaccacaatg
ggggattctagatctgtctacagtagagttgagataggaccccagacctt
gtgcttataaaacatcttgagtaataacttatgttgttcatgttctgatt
gccaaagaagtagctgttaaatgaatatggccatacaagaggaaattgta
aggctaagatatctgaaatctgatccattataatgaggtacagtaggaaa
agcagcctattttacctttgctaacaacaatgactaccatatgcagttta
ggaaaagcaatacacacttaaagtgtgtagatctcattctccagaccttt
ctggatgcatcaggtaaattgtgaaatattggatcagcttatgtggtcac
gtcattgtcttctgatagcttactcattggcaaaggttcaactgtcatat
cttcccatgtagcaatgcttaaaagcaaataaggttaaaggagtctgaga
agaggacactgggcttgggcttacaatatagaaaagtaatcctcatgact
aaggaatgctggctaccacaacagttttcactatattttcttgtttaaaa
ttttttatttaaaaaatggtattttgggacataatcatggttttgaatga
atacaaaattcaatgaacaataggatccctagaagaatctaatgattaat
tccattcatgaatatttggggctttgaccacaggacaaacgtgacttcaa

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_105200267_105201321
seq2: B6Ng01-011H18.b_45_1094

seq1  GAATTCAAGAGTTGTTTTAGAGTAGCATAAAACTAAGCCTTACCTTGAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAGTTGTTTTAGAGTAGCATAAAACTAAGCCTTACCTTGAAC  50

seq1  CTCCTTTTGTAATGGCATAGTACACAATGCATTTGTGTACTATGAGATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTTGTAATGGCATAGTACACAATGCATTTGTGTACTATGAGATAA  100

seq1  TTTATGCAGGACTCATATCCCTCACCACATCATGGATAAATAAGAACATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGCAGGACTCATATCCCTCACCACATCATGGATAAATAAGAACATG  150

seq1  AGCAGCTATATTTCCTACATGATTTACAGTAACTACTATAGACATTCTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTATATTTCCTACATGATTTACAGTAACTACTATAGACATTCTAA  200

seq1  GAGCAATGTTTCTTACTTTGGAAGATTGTATTTGAGAAAATAAATTATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAATGTTTCTTACTTTGGAAGATTGTATTTGAGAAAATAAATTATTT  250

seq1  CAGTAGTAAAAATTTCTAAAAAAAAAAAAATCTTTGTAGTCTGGAGTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGTAAAAATTTCTAAAAAAAAAAAAATCTTTGTAGTCTGGAGTTAT  300

seq1  AGCATAGATATATTCATGGCCTTAGATTTGATCCTTAGGTAGCAAAAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAGATATATTCATGGCCTTAGATTTGATCCTTAGGTAGCAAAAATG  350

seq1  AAGGAGAAAGTAGAAAACGAGGAGGATAAAGATGAGGAGGAAAGAGGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAAAGTAGAAAACGAGGAGGATAAAGATGAGGAGGAAAGAGGGAA  400

seq1  AAGTAAAATAAAATGTAAATTTTTCTATGGATATAAAGTTCTCCATAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAATAAAATGTAAATTTTTCTATGGATATAAAGTTCTCCATAGTA  450

seq1  AAGTCTATTTCATAGTAATAAGAGAGCAGTCTATAACTAGAAGTAGCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTATTTCATAGTAATAAGAGAGCAGTCTATAACTAGAAGTAGCTTC  500

seq1  CAAGCTCTGTCCACAGTATTACAAATGGATGTCTGTTCTACTATTAGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTCTGTCCACAGTATTACAAATGGATGTCTGTTCTACTATTAGACA  550

seq1  GAAAAGTCCACATTTGTTTGTATTCAATACACAAAGTCATGAAGTAATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGTCCACATTTGTTTGTATTCAATACACAAAGTCATGAAGTAATAT  600

seq1  ATAGAATTTTGAAGTAATTTATGGGAGGCTAAATTCCTATTTGAGAATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAATTTTGAAGTAATTTATGGGAGGCTAAATTCCTATTTGAGAATAA  650

seq1  AACATAGCTTTGAGGAACTATACAAGGTTTATAATTCTTTCTAGGTATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAGCTTTGAGGAACTATACAAGGTTTATAATTCTTTCTAGGTATTT  700

seq1  AAAGGGTCACTGGAATATATAAAGACAAGATATTTACTTTCAAAAAGTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGTCACTGGAATATATAAAGACAAGATATTTACTTTCAAAAAGTAA  750

seq1  GAATAAAAGTATATTTATTTCTTGTACTTTCTTAGGACACTTAAAATTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAAAGTATATTTATTTCTTGTACTTTCTTAGGACACTTAAAATTTA  800

seq1  AGGGTAAATATGGGTAAAAGTAACAGCCTGTGTTTAATTTAATATGAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAAATATGGGTAAAAGTAACAGCCTGTGTTTAATTTAATATGAGAA  850

seq1  ATTTAGTCCCCCTAGAGTATAGAGAACCCTCACATACCTGCCAGGACTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTCCCCCTAGAGTATAGAGAACCCTCACATACCTGCCAGGACTAC  900

seq1  AAACAGTTTGTAAATGGGTCTGTATATTAAT-CCTTATGCATTTAAATAT  949
      ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTTTGT-AATGGGTCTGTATATTAATCCCTTATGCATTTAAATAT  949

seq1  AATTAACCTGAAGGAGCCTTTCTACAAGTCCCAACGGCATTAGTTTTTCG  999
      ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| 
seq2  AATTAACCTGAAGGAGCCTTTCTACAGTTCCCAACGGCATTAGGTTTTC-  998

seq1  GGAGCTTTACAAACCAGGTGATA-TCTTTACAGACTCCACAGTGTGAGAT  1048
      ||||| ||||||  || |||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGAGC-TTACAA--CA-GTGATATTCTTTAC-GACTCCACAGTGTGAGAT  1043

seq1  CATGCTT  1055
      |||||||
seq2  CATGCTT  1050

seq1: chr6_105301170_105302312
seq2: B6Ng01-011H18.g_66_1215 (reverse)

seq1  TTGAAGTCACGTTGGT-CTGTGGTC-AAGCCCCAAATATTCATG-ATGGA  47
      ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  TTGAAGTCACGTTTGTCCTGTGGTCAAAGCCCCAAATATTCATGAATGGA  50

seq1  ATTAATCATTTAGAATCTTCTAGTGATTCTATTGCTCA-TGAA-TTTGTA  95
      |||||||| ||||| |||||||| ||| |||||| ||| |||| ||||||
seq2  ATTAATCA-TTAGATTCTTCTAGGGATCCTATTGTTCATTGAATTTTGTA  99

seq1  -TCATCTATAACCATGATTATGT-CCAAAATACCATTTTGTTAAATAGAA  143
       ||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||
seq2  TTCATTCAAAACCATGATTATGTCCCAAAATACCATTTT-TTAAATAAAA  148

seq1  AATTTTAAACAAGAAAATATAGTGAAAACTGTTGTGGTAGCCAGCATTCC  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTAAACAAGAAAATATAGTGAAAACTGTTGTGGTAGCCAGCATTCC  198

seq1  TTAGTCATGA-GATTACTTTTCTATATTGTAAG-CCAAGCCCAGTGTCCT  241
      |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTAGTCATGAGGATTACTTTTCTATATTGTAAGCCCAAGCCCAGTGTCCT  248

seq1  CTTCTCAGACTCCTTTAACCTTATTTGCTTTTAAGCATTGCTACATGGGA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCAGACTCCTTTAACCTTATTTGCTTTTAAGCATTGCTACATGGGA  298

seq1  AGATATGACAGTTGAACCTTTGCCAATGAGTAAGCTATCAGAAGACAATG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGACAGTTGAACCTTTGCCAATGAGTAAGCTATCAGAAGACAATG  348

seq1  ACGTGACCACATAAGCTGATCCAATATTTCACAATTTACCTGATGCATCC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGACCACATAAGCTGATCCAATATTTCACAATTTACCTGATGCATCC  398

seq1  AGAAAGGTCTGGAGAATGAGATCTACACACTTTAAGTGTGTATTGCTTTT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGTCTGGAGAATGAGATCTACACACTTTAAGTGTGTATTGCTTTT  448

seq1  CCTAAACTGCATATGGTAGTCATTGTTGTTAGCAAAGGTAAAATAGGCTG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAACTGCATATGGTAGTCATTGTTGTTAGCAAAGGTAAAATAGGCTG  498

seq1  CTTTTCCTACTGTACCTCATTATAATGGATCAGATTTCAGATATCTTAGC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCTACTGTACCTCATTATAATGGATCAGATTTCAGATATCTTAGC  548

seq1  CTTACAATTTCCTCTTGTATGGCCATATTCATTTAACAGCTACTTCTTTG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAATTTCCTCTTGTATGGCCATATTCATTTAACAGCTACTTCTTTG  598

seq1  GCAATCAGAACATGAACAACATAAGTTATTACTCAAGATGTTTTATAAGC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCAGAACATGAACAACATAAGTTATTACTCAAGATGTTTTATAAGC  648

seq1  ACAAGGTCTGGGGTCCTATCTCAACTCTACTGTAGACAGATCTAGAATCC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGTCTGGGGTCCTATCTCAACTCTACTGTAGACAGATCTAGAATCC  698

seq1  CCCATTGTGGTTTTTAGAATAATAAACCTAATTCATAATGAATTTGACTT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTGTGGTTTTTAGAATAATAAACCTAATTCATAATGAATTTGACTT  748

seq1  GCAGTTTGATTTTCAAAGAAATAAACATAAATCCTTACTTGTAAATTCAT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTTGATTTTCAAAGAAATAAACATAAATCCTTACTTGTAAATTCAT  798

seq1  AATAAGAATACCTTACTTCAACTTTCAAAGTACGCAGTTATAAGTAGTAC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGAATACCTTACTTCAACTTTCAAAGTACGCAGTTATAAGTAGTAC  848

seq1  AGTTATAATGTAAGCACTTAACAAATAAGAGTTGGATGTGTTTGTGATCC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATAATGTAAGCACTTAACAAATAAGAGTTGGATGTGTTTGTGATCC  898

seq1  CAGCACTTTAGAGGTTGATGGAAATTAACTGCAAACTTTAGGCTAGTTGA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTTTAGAGGTTGATGGAAATTAACTGCAAACTTTAGGCTAGTTGA  948

seq1  GCTTTGTACATAGGATGAAGCACCAATACACTCTTTAAAAAGCGAAAGAA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTACATAGGATGAAGCACCAATACACTCTTTAAAAAGCGAAAGAA  998

seq1  AGAGCTAAAGAGATAAATCTGTGGGTAAAGTACTTACTGCTTAAACATGT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTAAAGAGATAAATCTGTGGGTAAAGTACTTACTGCTTAAACATGT  1048

seq1  GGGCCTGAGTTTAGATTCCCAACAATCACCTAAAAGCCAAGCATAATAGT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTGAGTTTAGATTCCCAACAATCACCTAAAAGCCAAGCATAATAGT  1098

seq1  GGAATAATAAATATTTATAATTTCAACCTAAGAATTGGAGGCAGAGGAAT  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAATAAATATTTATAATTTCAACCTAAGAATTGGAGGCAGAGGAAT  1148

seq1  TC  1143
      ||
seq2  TC  1150