BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-015I16
Chromosome6 (Build37)
Map Location 106,876,125 - 107,033,152
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCntn4, Il5ra, Trnt1, Crbn
Downstream genePpia-ps6_1128.1, Lrrn1, Setmar
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-015I16.bB6Ng01-015I16.g
ACCDH849768DH849769
length7831,044
definitionDH849768|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015I16, 5' end.DH849769|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-015I16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,876,125 - 106,876,907)(107,032,112 - 107,033,152)
sequence
gaattcctatggagcattggaaatgcctgctttctagaacagtctccttc
attcttgaaagtccacaattcaacatcctatttctctataactgaacata
tttctaatcaccataaaatatgaccagccttttaactgggcagtctgtta
agtgttgaagcagcccctcgccccccaggtcatctgaagggctgaggatt
gcaggtgctggaatccagctgttcaggttcagtttggggttcttcctctt
atcagtcactggcaactattaaaacactataagcttttgcgttttgattc
atgaaaaatgggggaaataattatacctacttatgggttggttgtgaata
ttaaataaggatattaatctaaagtgcttcacaaaatggtgaacagaggt
gctcagcaaatgctgggtacagtctttactatgataagtacatttctgat
tctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctgtgtgtg
tgtgtgtgtgtctgtgtatgtgtgtgttctcatgagaaaaatatgtgctc
atgtgatgtggactagaacctcttcactaataaagtgggcaatgagtctt
atccttgaaattcaaagttagagctagtgagagggttcagcagacaatgg
tgcttgccaccaaacttgataacctggggtttaatccctaggactcctca
ggggaaggagagaaaggtgagaagtggctcatgcagttgtctcctgacct
ccacagcactttgatgtgcatgatggcatgcac
gaattctgagccgatgcactcattccagcttgctctgttttttacaaaac
tatgacttctttgatttgctcatttctctttgagttttttctgtctggtg
agtgttatagtgctcagtgaacaaaagatgtatttgaaagtgatgtggaa
tagaatttattccctggattcatgtagtttaagcagggaactcaatcctg
aaagttgtcttctgatctactgatggatatctaggtactcaccacttatc
atctattaggaaaatgctgttatatatacacatatgtttacaaagtttca
tgtagctaaggtaagctcttctaggtattacctagtttattcattcttca
aatcttggctcaagcctcccttttctgaaagaagtcttccagcgttaagt
gtgccgcttattccagtaactttgctgcaccatcagccatcacatgatgt
cactttcgccatcagaggtgagattcagattacatgctagctatgtggtc
gataccagcaacatttactcaattagtgcaattaaccaatgctagaatca
cagaaactagctttccacagtttacagcctctaattcacataaattcttg
tatccattggcttctctaaaagacattaacggttcaccataaaacagaca
tcaatgtttacaggttacttgcctgaggctgtctataatctagagctgtc
taaattatgttttttcatttttttttctgggttaaaaatcacttaatttg
agggcacaaagtcctgaattttggatgccagcattcacatgggaagtgaa
gcatggctgtatgtggttgtgagcctaatattagtacaagtgtgtcccca
gctcctctagccaattagtaggctccgggttcagtaacatcagtttctgg
cttttcatatacgtgtaaagacacacatataataattcttaggcacacac
tattgcatccaacacaaaaacattttattttgtgtaactagtgaacaaaa
gggcctacttatatttataatcaatttgttttaatatttatttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_106876125_106876907
seq2: B6Ng01-015I16.b_47_829

seq1  GAATTCCTATGGAGCATTGGAAATGCCTGCTTTCTAGAACAGTCTCCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATGGAGCATTGGAAATGCCTGCTTTCTAGAACAGTCTCCTTC  50

seq1  ATTCTTGAAAGTCCACAATTCAACATCCTATTTCTCTATAACTGAACATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTGAAAGTCCACAATTCAACATCCTATTTCTCTATAACTGAACATA  100

seq1  TTTCTAATCACCATAAAATATGACCAGCCTTTTAACTGGGCAGTCTGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAATCACCATAAAATATGACCAGCCTTTTAACTGGGCAGTCTGTTA  150

seq1  AGTGTTGAAGCAGCCCCTCGCCCCCCAGGTCATCTGAAGGGCTGAGGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTGAAGCAGCCCCTCGCCCCCCAGGTCATCTGAAGGGCTGAGGATT  200

seq1  GCAGGTGCTGGAATCCAGCTGTTCAGGTTCAGTTTGGGGTTCTTCCTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTGCTGGAATCCAGCTGTTCAGGTTCAGTTTGGGGTTCTTCCTCTT  250

seq1  ATCAGTCACTGGCAACTATTAAAACACTATAAGCTTTTGCGTTTTGATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTCACTGGCAACTATTAAAACACTATAAGCTTTTGCGTTTTGATTC  300

seq1  ATGAAAAATGGGGGAAATAATTATACCTACTTATGGGTTGGTTGTGAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAAATGGGGGAAATAATTATACCTACTTATGGGTTGGTTGTGAATA  350

seq1  TTAAATAAGGATATTAATCTAAAGTGCTTCACAAAATGGTGAACAGAGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATAAGGATATTAATCTAAAGTGCTTCACAAAATGGTGAACAGAGGT  400

seq1  GCTCAGCAAATGCTGGGTACAGTCTTTACTATGATAAGTACATTTCTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGCAAATGCTGGGTACAGTCTTTACTATGATAAGTACATTTCTGAT  450

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTG  500

seq1  TGTGTGTGTGTCTGTGTATGTGTGTGTTCTCATGAGAAAAATATGTGCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTCTGTGTATGTGTGTGTTCTCATGAGAAAAATATGTGCTC  550

seq1  ATGTGATGTGGACTAGAACCTCTTCACTAATAAAGTGGGCAATGAGTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATGTGGACTAGAACCTCTTCACTAATAAAGTGGGCAATGAGTCTT  600

seq1  ATCCTTGAAATTCAAAGTTAGAGCTAGTGAGAGGGTTCAGCAGACAATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTGAAATTCAAAGTTAGAGCTAGTGAGAGGGTTCAGCAGACAATGG  650

seq1  TGCTTGCCACCAAACTTGATAACCT-GGGTTTAATCCCTAGGACTCCTCA  699
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCCACCAAACTTGATAACCTGGGGTTTAATCCCTAGGACTCCTCA  700

seq1  GGGGAAGGAGAGAAAGGTGAGAAGTGGCTCATGCAAGTTGTCTCCTGACC  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GGGGAAGGAGAGAAAGGTGAGAAGTGGCTCATGC-AGTTGTCTCCTGACC  749

seq1  TCCACAGCCACATGATGTGCATGATGGCATGCAC  783
      ||||||||    ||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGCACTTTGATGTGCATGATGGCATGCAC  783

seq1: chr6_107032112_107033152
seq2: B6Ng01-015I16.g_70_1113 (reverse)

seq1  AAAATAAATAATTAAAAACAAATT-AATATAAATATAAGTA-GCCCTTTT  48
      ||||||||||  | |||||||||| | |||||||||||||| ||||||||
seq2  AAAATAAATA--TTAAAACAAATTGATTATAAATATAAGTAGGCCCTTTT  48

seq1  GTTCACTAGTTACACAAAATAAAATGTTTTTGTGTTGGATGCATTAGTGT  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTTCACTAGTTACACAAAATAAAATGTTTTTGTGTTGGATGCAATAGTGT  98

seq1  GTGCCTAAGAATTATTATATGTGTGTCTTTACACGTATATG-AAAGCCAG  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTGCCTAAGAATTATTATATGTGTGTCTTTACACGTATATGAAAAGCCAG  148

seq1  AAACTGATGTTACTGAACCCGGAGCCTACTAATTGGCTAGAGGAGCTGGG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGATGTTACTGAACCCGGAGCCTACTAATTGGCTAGAGGAGCTGGG  198

seq1  GACACACTTGTACTAATATTAGGCTCACAACCACATACAGCCATGCTTCA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACTTGTACTAATATTAGGCTCACAACCACATACAGCCATGCTTCA  248

seq1  CTTCCCATGTGAATGCTGGCATCC-AAATTCAGGACTTTGTGCCCTCAAA  296
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCATGTGAATGCTGGCATCCAAAATTCAGGACTTTGTGCCCTCAAA  298

seq1  TTAAGTGATTTTTAACCCAGAAAAAAAAATG-AATAACATAATTTAGACA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
seq2  TTAAGTGATTTTTAACCCAGAAAAAAAAATGAAAAAACATAATTTAGACA  348

seq1  GCTCTAGATTATAGACAGCCTCAGGCAAGTAACCTGTAAACATTGATGTC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAGATTATAGACAGCCTCAGGCAAGTAACCTGTAAACATTGATGTC  398

seq1  TGTTTTATGGTGAACCGTTAATGTCTTTTAGAGAAGCCAATGGATACAAG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTATGGTGAACCGTTAATGTCTTTTAGAGAAGCCAATGGATACAAG  448

seq1  AATTTATGTGAATTAGAGGCTGTAAACTGTGGAAAGCTAGTTTCTGTGAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATGTGAATTAGAGGCTGTAAACTGTGGAAAGCTAGTTTCTGTGAT  498

seq1  TCTAGCATTGGTTAATTGCACTAATTGAGTAAATGTTGCTGGTATCGACC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCATTGGTTAATTGCACTAATTGAGTAAATGTTGCTGGTATCGACC  548

seq1  ACATAGCTAGCATGTAATCTGAATCTCACCTCTGATGGCGAAAGTGACAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGCTAGCATGTAATCTGAATCTCACCTCTGATGGCGAAAGTGACAT  598

seq1  CATGTGATGGCTGATGGTGCAGCAAAGTTACTGGAATAAGCGGCACACTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGATGGCTGATGGTGCAGCAAAGTTACTGGAATAAGCGGCACACTT  648

seq1  AACGCTGGAAGACTTCTTTCAGAAAAGGGAGGCTTGAGCCAAGATTTGAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCTGGAAGACTTCTTTCAGAAAAGGGAGGCTTGAGCCAAGATTTGAA  698

seq1  GAATGAATAAACTAGGTAATACCTAGAAGAGCTTACCTTAGCTACATGAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAATAAACTAGGTAATACCTAGAAGAGCTTACCTTAGCTACATGAA  748

seq1  ACTTTGTAAACATATGTGTATATATAACAGCATTTTCCTAATAGATGATA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTAAACATATGTGTATATATAACAGCATTTTCCTAATAGATGATA  798

seq1  AGTGGTGAGTACCTAGATATCCATCAGTAGATCAGAAGACAACTTTCAGG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTGAGTACCTAGATATCCATCAGTAGATCAGAAGACAACTTTCAGG  848

seq1  ATTGAGTTCCCTGCTTAAACTACATGAATCCAGGGAATAAATTCTATTCC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGTTCCCTGCTTAAACTACATGAATCCAGGGAATAAATTCTATTCC  898

seq1  ACATCACTTTCAAATACATCTTTTGTTCACTGAGCACTATAACACTCACC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCACTTTCAAATACATCTTTTGTTCACTGAGCACTATAACACTCACC  948

seq1  AGACAGAAAAAACTCAAAGAGAAATGAGCAAATCAAAGAAGTCATAGTTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAAAAAACTCAAAGAGAAATGAGCAAATCAAAGAAGTCATAGTTT  998

seq1  TGTAAAAAACAGAGCAAGCTGGAATGAGTGCATCGGCTCAGAATTC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAAAACAGAGCAAGCTGGAATGAGTGCATCGGCTCAGAATTC  1044