BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-016I18
Chromosome6 (Build37)
Map Location 111,560,731 - 111,640,125
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGrm7
Downstream gene1700054K19Rik, Lmcd1, D630042P16Rik, LOC619975, Cav3, Oxtr, LOC434076, EG434077, Rad18
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-016I18.bB6Ng01-016I18.g
ACCDH850480DH850481
length1,0521,162
definitionDH850480|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016I18, 5' end.DH850481|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016I18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,639,068 - 111,640,125)(111,560,731 - 111,561,896)
sequence
gaattcaatatctagtactgccaaattaatgcatacaaagaggtaaacta
tcctgtgagctgaacttggggacacagaggtcagagataactttaagtaa
aagccagcccaacttacacaatagattccatatctgacaaggttacgcag
ctagatctgtctcaagtgagattggtggggctggataatggcttagtggt
taagaggtataaggggtttacagaggagaaatctagaatgttggttctca
cagaatcagaacttgctaaataacgaaataaagatgcagggacttttcta
tagtcctgagcaggaaaacaacaatgtaaaaaccataatgtagggatgca
ttcagtactttacaaacagtactaactgttgaggctggactttgatgggt
atttctatgcccaagatatcattctttctatccctagtcatttgctcttg
tcttatctatttccctatctgttagtacactccaacatccatttaccctt
tatgacaaatttgggttgttttcatcctgttattgagtgggtggcttttc
aagttgtatctcagaagccttaaaatgagcaccacagcttgtagaccaca
cacctgcaggatggcacagtgggtaaaacactggctgccaaacttactag
cttagttctatcatcagagtgtacatggtagaaatagaactacctggttc
tcatgtcagctgagcttcctagaagaggtagagaccaaccaaagtgcttg
agaaagactctccaacctgtccattagcttgatgtctattcagtgcatcc
cagatgtctttcatgagctgtcactcagctggggtgggctttggtgatac
agctttctttgagtcatttttgcttcttaagtaacctctcattcatattc
ttgtaagcagccccagtagaacccattggcttactaagtaattttagtgc
cattcattctttgctctgtcatccattccctaacggggatgagtagacat
tgtcacaccacagtcacctaagttcagatatcttttattcatagcatgct
ct
gattgggtgagaaggaaaatagaaatcagtgcagaaagtgggaagcaaga
gccaatagataaaaaagtacaaattcctggttgcccattcatatgagaaa
tatgtaactctgcctgatgtcagggggccaataacccaggagagcagagc
ttcaaattggaagtcagtgctaaaaggattcttcacaggatttcttcaca
catgctccacactggaactacctttgtaataaaaagccacatgaatatga
tagttcataaagactgagatccacagagttgaggatcaaactagaaatcg
gaaaagcaacacaaatccgctgctggagtgaattatctggagtgattagt
accacaggaaaacatctagttactaaggagcatccagaccttggggccca
aattcctacttggcaatcgatgctttattgccttccttccagacaaggct
caggtgccacacacaaaaaagccagcattactaaaatctacttagctggc
catataatgatttcattaacttagcaattggcctaacacatgatttgctt
tttaaagtaaatatgccactgcagtgtgattatcccatagggaccatttt
tcattattccattttaaaatgtcactttgcttaagagaagaaaaaatgtc
accatattataattcagtacattattacaatacgatatgatccatgcaat
tagccacattcatcagggacacagccaagtatacagggaacatacgtttc
cagctgtgacaacctttcactggaatcacataccatgatgtgcacgtgag
cgatttggaactaggtctcactttgagtctattttgtcattggaaaaata
gcagcatcatgctaacattgcatgacagtgccatctataacttaaaagca
agatgggtttttgcactaagaccaccccatggtaatagtgggcttaatct
gtagccagaagtctctgatggagcaactcatccttgccatggatactaca
aaatatgcataatcaatgctggaacatgggagcacagtcaagttatattt
tgctaagtagaaacactaaccattgtttgctggctctcccatacagaata
agggttaggtacttaacataaaatagagctaggttctatgaactaatacc
tcaatatgtact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_111639068_111640125
seq2: B6Ng01-016I18.b_45_1096 (reverse)

seq1  AGAGCATGCTATGAAATAAAAGGATATCTGAACCTTAGGGTGACTGTGGT  50
      ||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||
seq2  AGAGCATGCTATG-AATAAAA-GATATCTGAA-CTTA-GGTGACTGTGGT  46

seq1  GTGACAATGTCTACTCATCCCCGTTAGGGAATGGATGACAGAGCAAAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAATGTCTACTCATCCCCGTTAGGGAATGGATGACAGAGCAAAGAA  96

seq1  TGAATGGCACTAAAATTTACTTAGTAAGCCAATGGGTTCTACTGGGGCTG  150
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGCACTAAAA-TTACTTAGTAAGCCAATGGGTTCTACTGGGGCTG  145

seq1  CTTACAAGAATATGAATGAGAGGTTACTTAAGAAGCAAAAATGACTCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAAGAATATGAATGAGAGGTTACTTAAGAAGCAAAAATGACTCAAA  195

seq1  GAAAGCTGTATCACCAAAGCCCACCCCAGCCTGAGTGACAGCTCATGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTGTATCACCAAAGCCCACCCCAG-CTGAGTGACAGCTCATGAAA  244

seq1  GACATCTGGGATGCACTGAATAGACATCAAGCTAATGGACAGGTTGGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCTGGGATGCACTGAATAGACATCAAGCTAATGGACAGGTTGGAGA  294

seq1  GTCTTTCTCAAGCACTTTGGTTGGTCTCTACCTCTTCTAGGAAGCTCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTCTCAAGCACTTTGGTTGGTCTCTACCTCTTCTAGGAAGCTCAGC  344

seq1  TGACATGAGAACCAGGTAGTTCTATTTCTACCATGTACACTCTGATGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGAGAACCAGGTAGTTCTATTTCTACCATGTACACTCTGATGATA  394

seq1  GAACTAAGCTAGTAAGTTTGGCAGCCAGTGTTTTACCCACTGTGCCATCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTAAGCTAGTAAGTTTGGCAGCCAGTGTTTTACCCACTGTGCCATCC  444

seq1  TGCAGGTGTGTGGTCTACAAGCTGTGGTGCTCATTTTAAGGCTTCTGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGTGTGTGGTCTACAAGCTGTGGTGCTCATTTTAAGGCTTCTGAGA  494

seq1  TACAACTTGAAAAGCCACCCACTCAATAACAGGATGAAAACAACCCAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACTTGAAAAGCCACCCACTCAATAACAGGATGAAAACAACCCAAAT  544

seq1  TTGTCATAAAGGGTAAATGGATGTTGGAGTGTACTAACAGATAGGGAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCATAAAGGGTAAATGGATGTTGGAGTGTACTAACAGATAGGGAAAT  594

seq1  AGATAAGACAAGAGCAAATGACTAGGGATAGAAAGAATGATATCTTGGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAGACAAGAGCAAATGACTAGGGATAGAAAGAATGATATCTTGGGC  644

seq1  ATAGAAATACCCATCAAAGTCCAGCCTCAACAGTTAGTACTGTTTGTAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAATACCCATCAAAGTCCAGCCTCAACAGTTAGTACTGTTTGTAAA  694

seq1  GTACTGAATGCATCCCTACATTATGGTTTTTACATTGTTGTTTTCCTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGAATGCATCCCTACATTATGGTTTTTACATTGTTGTTTTCCTGCT  744

seq1  CAGGACTATAGAAAAGTCCCTGCATCTTTATTTCGTTATTTAGCAAGTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTATAGAAAAGTCCCTGCATCTTTATTTCGTTATTTAGCAAGTTC  794

seq1  TGATTCTGTGAGAACCAACATTCTAGATTTCTCCTCTGTAAACCCCTTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTGTGAGAACCAACATTCTAGATTTCTCCTCTGTAAACCCCTTAT  844

seq1  ACCTCTTAACCACTAAGCCATTATCCAGCCCCACCAATCTCACTTGAGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTTAACCACTAAGCCATTATCCAGCCCCACCAATCTCACTTGAGAC  894

seq1  AGATCTAGCTGCGTAACCTTGTCAGATATGGAATCTATTGTGTAAGTTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTAGCTGCGTAACCTTGTCAGATATGGAATCTATTGTGTAAGTTGG  944

seq1  GCTGGCTTTTACTTAAAGTTATCTCTGACCTCTGTGTCCCCAAGTTCAGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCTTTTACTTAAAGTTATCTCTGACCTCTGTGTCCCCAAGTTCAGC  994

seq1  TCACAGGATAGTTTACCTCTTTGTATGCATTAATTTGGCAGTACTAGATA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGATAGTTTACCTCTTTGTATGCATTAATTTGGCAGTACTAGATA  1044

seq1  TTGAATTC  1058
      ||||||||
seq2  TTGAATTC  1052

seq1: chr6_111560731_111561896
seq2: B6Ng01-016I18.g_73_1234

seq1  GATTGGGTGAGAAGGAAAATAGAAATCAGTGCAGAAAGTGGGAAGCAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGGTGAGAAGGAAAATAGAAATCAGTGCAGAAAGTGGGAAGCAAGA  50

seq1  GCCAATAGATAAAAAAGTACAAATTCCTGGTTGCCCATTCATATGAGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATAGATAAAAAAGTACAAATTCCTGGTTGCCCATTCATATGAGAAA  100

seq1  TATGTAACTCTGCCTGATGTCAGGGGGCCAATAACCCAGGAGAGCAGAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAACTCTGCCTGATGTCAGGGGGCCAATAACCCAGGAGAGCAGAGC  150

seq1  TTCAAATTGGAAGTCAGTGCTAAAAGGATTCTTCACAGGATTTCTTCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATTGGAAGTCAGTGCTAAAAGGATTCTTCACAGGATTTCTTCACA  200

seq1  CATGCTCCACACTGGAACTACCTTTGTAATAAAAAGCCACATGAATATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTCCACACTGGAACTACCTTTGTAATAAAAAGCCACATGAATATGA  250

seq1  TAGTTCATAAAGACTGAGATCCACAGAGTTGAGGATCAAACTAGAAATCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCATAAAGACTGAGATCCACAGAGTTGAGGATCAAACTAGAAATCG  300

seq1  GAAAAGCAACACAAATCCGCTGCTGGAGTGAATTATCTGGAGTGATTAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGCAACACAAATCCGCTGCTGGAGTGAATTATCTGGAGTGATTAGT  350

seq1  ACCACAGGAAAACATCTAGTTACTAAGGAGCATCCAGACCTTGGGGCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAGGAAAACATCTAGTTACTAAGGAGCATCCAGACCTTGGGGCCCA  400

seq1  AATTCCTACTTGGCAATCGATGCTTTATTGCCTTCCTTCCAGACAAGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTACTTGGCAATCGATGCTTTATTGCCTTCCTTCCAGACAAGGCT  450

seq1  CAGGTGCCACACACAAAAAAGCCAGCATTACTAAAATCTACTTAGCTGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGCCACACACAAAAAAGCCAGCATTACTAAAATCTACTTAGCTGGC  500

seq1  CATATAATGATTTCATTAACTTAGCAATTGGCCTAACACATGATTTGCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAATGATTTCATTAACTTAGCAATTGGCCTAACACATGATTTGCTT  550

seq1  TTTAAAGTAAATATGCCACTGCAGTGTGATTATCCCATAGGGACCATTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGTAAATATGCCACTGCAGTGTGATTATCCCATAGGGACCATTTT  600

seq1  TCATTATTCCATTTTAAAATGTCACTTTGCTTAAGAGAAGAAAAAATGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATTCCATTTTAAAATGTCACTTTGCTTAAGAGAAGAAAAAATGTC  650

seq1  ACCATATTATAATTCAGTACATTATTACAATACGATATGATCCATGCAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATATTATAATTCAGTACATTATTACAATACGATATGATCCATGCAAT  700

seq1  TAGCCACATTCATCAGGGACACAGCCAAGTATACAGGGAACATACG-TTC  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TAGCCACATTCATCAGGGACACAGCCAAGTATACAGGGAACATACGTTTC  750

seq1  CAGCTGTGACAACCTTTCACTGGAATCACATACCATGATGTGCACGTGAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGTGACAACCTTTCACTGGAATCACATACCATGATGTGCACGTGAG  800

seq1  CGATTTGGAACTAGGTCTCACTTTGAGTCTATTTTGTCATTGGAAAAATA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATTTGGAACTAGGTCTCACTTTGAGTCTATTTTGTCATTGGAAAAATA  850

seq1  GCAGCATCATGCTAACATTGCATGACAGTGCCATCTATAACTTAAAAGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCATCATGCTAACATTGCATGACAGTGCCATCTATAACTTAAAAGCA  900

seq1  AGATGGGTTTTTGCACTAAGAACCACCCATGGTAATAGT-GGCTTAATCT  948
      ||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGATGGGTTTTTGCACTAAGACCACCCCATGGTAATAGTGGGCTTAATCT  950

seq1  GTAAGCCAGAAGGTCTCTGATGGAGCAACTCACCCTTGCCAT-GATACCA  997
      || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |
seq2  GT-AGCCAGAA-GTCTCTGATGGAGCAACTCATCCTTGCCATGGATACTA  998

seq1  CAAAATATGCATAATCAATGCTTGAACAT-GGAGCACAGTCAAGTTATAT  1046
      |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATATGCATAATCAATGCTGGAACATGGGAGCACAGTCAAGTTATAT  1048

seq1  TTGCCAAAGTAG-AACACTAACCATTGTTTGCTGGCTTCTCACATACAGA  1095
      ||  | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  TTTGCTAAGTAGAAACACTAACCATTGTTTGCTGGC-TCTCCCATACAGA  1097

seq1  ATATGTGTTAAGTACTTAACATAATATAGAGCTTAGGTCCTAAATGAACT  1145
      ||| | |||| ||||||||||||| ||||||| ||||| ||  |||||||
seq2  ATAAGGGTTAGGTACTTAACATAAAATAGAGC-TAGGTTCT--ATGAACT  1144

seq1  -ATACACTCAATAAATTGTACT  1166
       |||| |||||||   ||||||
seq2  AATAC-CTCAATA---TGTACT  1162