BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-016P02
Chromosome6 (Build37)
Map Location 86,164,078 - 86,292,807
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTgfa, LOC665233, LOC100043094, LOC100043527
Upstream geneSfxn5, Rab11fip5, Noto, Smyd5, 1700040I03Rik, Cct7, Fbxo41, Egr4, Alms1, LOC100043497, EG665134, LOC100043493, Cml3, LOC623273, Cml5, Cml4, LOC100043504, LOC100043508, Cml2, LOC665177, 1700019G17Rik, Cml1, Tprkb, EG434057, LOC665213, Dusp11, Figla, Add2
Downstream gene2010309E21Rik, Snrpg, Pcyox1, Tia1, C87436, 2310040G24Rik, Pcbp1, Asprv1, Mxd1, 2610209M04Rik, Gmcl1, Anxa4, 2610306M01Rik, Aak1, LOC100043555, Nfu1, Gfpt1, D6Ertd527e, Antxr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-016P02.bB6Ng01-016P02.g
ACCDH850765DH850766
length1,0921,080
definitionDH850765|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016P02, 5' end.DH850766|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016P02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,291,702 - 86,292,807)(86,164,078 - 86,165,161)
sequence
gaattctctgtgggcagcagatggtttgacaagcaggctatgagtggaca
taacagacattttaaaattatttttaagatttattttacttatatgacta
ttttggctgcatatatgtatttataccacatgcatatacccagtgctgaa
taaagtcaaaaggtcagaaggttaaaataaggccttggattccttagaat
tggacttacagacagctgcgaggtaccatgtgagagaggtgcagggagat
ccacacagtctgctggaaatggagacagaaaggtcaaaataagtaatctt
aaatcaaaacatggggctggcgagatggcttggtggttaagagcactgct
cttctgaagatcctgagcaattgacctgggtcaattcccagcaaccagat
ggtggctcacaaccacccgtaatgagatctgatcttctggtgcatctgaa
gtcagctacagtgtacttatatataataataaataaatctttgggcctga
gcaagtggggactgagtggggttgactggagtgagcagaggtcctaaata
attcaatttccaacaacaacatgaagcctcacaaccatttgtatagctac
agtgtactcacatacgtaaaataaacaaataaatcttttaaaaaaaggaa
agaaaccaaaacatggcacagggcttctgggagacaacatacaagattga
cctctgacctccatctgctgtgcatccacacatccacaaacacccatgga
catttacagaccagtttgttttatctattttatggcaagagtaaacagtc
accctttctgtaacatctttgtgtgccttttctgtgcaccaacacacatc
cctagaaacacattttgggttctggagcgatggttccatggtttaagaga
acttatcatcctgcagagaacctggttcagttcccagcacccacacggta
gctcacaacgatctgtaatgccagttgtagggatttcctttcttcttcat
cttcactttattgatcttgtggattcacatcatgcaccccattcccgctt
atctttctcgtccatatctgccctaccttccttaccccctct
gaattcaatgggaattctgtgcttgattagtaatgcctgctggggatcta
gcagggaggtatctctacatatgtaacctatgtgtatcattgctcaagat
gttgacccatttttcatagaatgagaaaaatgatgtatttcctaatcctg
gaagtattcttacttatgctttcttatctttcatgtctttcttgtttatt
tcttggttgctgtaattaaatgctgaccaaatcaaacttagggaggatga
cctcttaccagaaagaactctgggctttaccatttctagagggaaggact
cctttcctttgaaggcttgtaacaatccatcagtggggacagctgtctgt
ccagttctctccatatgaaaatgtcacaggagatggaaggaactagagac
ctgcactggtccccatggacctagaggctgcttccgagccagtgtcttta
gcacagggacacacagagcagagtgcagtctttgagtctgtgggtttgct
gctgattgagcttatttgctgtgtctcccatctgagtcttgggtgccaac
ccctggtggtgctgaggttgcaggatgataccctgggtgagcttccaaaa
ggcctttgggctggtatcttcttccagagggaacctggcctgggtgtccc
tggggatctcagagggcagagaaagtagcaaaagtctccatggctatggt
tcatattgtgatgaaggttgtgtgtagtgcccaatcaggagcccctctcc
catatacctggaagaccaagaggataactagccactgttccctgtcatgg
tgtgatgacaaccaatataaaagcattggccaggtcctaaagaaagaatg
tctctagcatctgccactgtgcagtaggaacaatacttgtggccctggac
caggatgctagattatcttggtgtgtccaggctgctaggatgcctggctg
cgctgtcagcctcacactggatgcttctctgaaaacttcttgcacacaga
atctgctcttattctccatcctctctggatggcttttcgtgtctctgatc
caaaaaaatggggtttttcctctggtccct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_86291702_86292807
seq2: B6Ng01-016P02.b_44_1135 (reverse)

seq1  AGAGGGGGTAAGGGAGTGTAGGGCAGATATGGAAGGAGAAAAGATGAGCG  50
      ||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||| |||||| ||||
seq2  AGAGGGGGTAAGGAAG-GTAGGGCAGATATGG-ACGAG-AAAGATAAGCG  47

seq1  GGATTGGGGTGCATGATGTGAAATCCACAAAGAATCAATAAAAGTTGAAA  100
      ||| |||||||||||||||| |||||||||   |||||||||   |||| 
seq2  GGAATGGGGTGCATGATGTG-AATCCACAA--GATCAATAAA--GTGAA-  91

seq1  AGAATGAAAGAAAGAAAGGAAATCCCCTACAACTGGCATTACAGATCGTT  150
         |||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  --GATGAA--GAAGAAAGGAAAT-CCCTACAACTGGCATTACAGATCGTT  136

seq1  GTGAGCTACCGTGTGGGTGCTGGGAACTGAACCCAGGTTCTCTGCAGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCTACCGTGTGGGTGCTGGGAACTGAA-CCAGGTTCTCTGCAGGAT  185

seq1  GATAAGTTCTCTT-AACCATGGAACCATCGCTCCAGAA-CCAAAATGTGT  248
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  GATAAGTTCTCTTAAACCATGGAACCATCGCTCCAGAACCCAAAATGTG-  234

seq1  TTTCTAGGGATGTGTGTTGGTGCACAGAAAAGGCACACAAAGATGTTACA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGGGATGTGTGTTGGTGCACAGAAAAGGCACACAAAGATGTTACA  284

seq1  GAAAGGGTGACTGTTTACTCTTGCCATAAAATAGATAAAACAAACTGGTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGTGACTGTTTACTCTTGCCATAAAATAGATAAAACAAACTGGTC  334

seq1  TGTAAATGTCCATGGGTGTTTGTGGATGTGTGGATGCACAGCAGATGGAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATGTCCATGGGTGTTTGTGGATGTGTGGATGCACAGCAGATGGAG  384

seq1  GTCAGAGGTCAATCTTGTATGTTGTCTCCCAGAAGCCCTGTGCCATGTTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAGGTCAATCTTGTATGTTGTCTCCCAGAAGCCCTGTGCCATGTTT  434

seq1  TGGTTTCTTTCCTTTTTTTAAAAGATTTATTTGTTTATTTTACGTATGTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTCTTTCCTTTTTTTAAAAGATTTATTTGTTTATTTTACGTATGTG  484

seq1  AGTACACTGTAGCTATACAAATGGTTGTGAGGCTTCATGTTGTTGTTGGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACACTGTAGCTATACAAATGGTTGTGAGGCTTCATGTTGTTGTTGGA  534

seq1  AATTGAATTATTTAGGACCTCTGCTCACTCCAGTCAACCCCACTCAGTCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAATTATTTAGGACCTCTGCTCACTCCAGTCAACCCCACTCAGTCC  584

seq1  CCACTTGCTCAGGCCCAAAGATTTATTTATTATTATATATAAGTACACTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTGCTCAGGCCCAAAGATTTATTTATTATTATATATAAGTACACTG  634

seq1  TAGCTGACTTCAGATGCACCAGAAGATCAGATCTCATTACGGGTGGTTGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGACTTCAGATGCACCAGAAGATCAGATCTCATTACGGGTGGTTGT  684

seq1  GAGCCACCATCTGGTTGCTGGGAATTGACCCAGGTCAATTGCTCAGGATC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCACCATCTGGTTGCTGGGAATTGACCCAGGTCAATTGCTCAGGATC  734

seq1  TTCAGAAGAGCAGTGCTCTTAACCACCAAGCCATCTCGCCAGCCCCATGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAGAGCAGTGCTCTTAACCACCAAGCCATCTCGCCAGCCCCATGT  784

seq1  TTTGATTTAAGATTACTTATTTTGACCTTTCTGTCTCCATTTCCAGCAGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTTAAGATTACTTATTTTGACCTTTCTGTCTCCATTTCCAGCAGA  834

seq1  CTGTGTGGATCTCCCTGCACCTCTCTCACATGGTACCTCGCAGCTGTCTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGGATCTCCCTGCACCTCTCTCACATGGTACCTCGCAGCTGTCTG  884

seq1  TAAGTCCAATTCTAAGGAATCCAAGGCCTTATTTTAACCTTCTGACCTTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCCAATTCTAAGGAATCCAAGGCCTTATTTTAACCTTCTGACCTTT  934

seq1  TGACTTTATTCAGCACTGGGTATATGCATGTGGTATAAATACATATATGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTATTCAGCACTGGGTATATGCATGTGGTATAAATACATATATGC  984

seq1  AGCCAAAATAGTCATATAAGTAAAATAAATCTTAAAAATAATTTTAAAAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAAATAGTCATATAAGTAAAATAAATCTTAAAAATAATTTTAAAAT  1034

seq1  GTCTGTTATGTCCACTCATAGCCTGCTTGTCAAACCATCTGCTGCCCACA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTTATGTCCACTCATAGCCTGCTTGTCAAACCATCTGCTGCCCACA  1084

seq1  GAGAATTC  1106
      ||||||||
seq2  GAGAATTC  1092

seq1: chr6_86164078_86165161
seq2: B6Ng01-016P02.g_67_1146

seq1  GAATTCAATGGGAATTCTGTGCTTGATTAGTAATGCCTGCTGGGGATCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGGGAATTCTGTGCTTGATTAGTAATGCCTGCTGGGGATCTA  50

seq1  GCAGGGAGGTATCTCTACATATGTAACCTATGTGTATCATTGCTCAAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGAGGTATCTCTACATATGTAACCTATGTGTATCATTGCTCAAGAT  100

seq1  GTTGACCCATTTTTCATAGAATGAGAAAAATGATGTATTTCCTAATCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACCCATTTTTCATAGAATGAGAAAAATGATGTATTTCCTAATCCTG  150

seq1  GAAGTATTCTTACTTATGCTTTCTTATCTTTCATGTCTTTCTTGTTTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTATTCTTACTTATGCTTTCTTATCTTTCATGTCTTTCTTGTTTATT  200

seq1  TCTTGGTTGCTGTAATTAAATGCTGACCAAATCAAACTTAGGGAGGATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGTTGCTGTAATTAAATGCTGACCAAATCAAACTTAGGGAGGATGA  250

seq1  CCTCTTACCAGAAAGAACTCTGGGCTTTACCATTTCTAGAGGGAAGGACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTACCAGAAAGAACTCTGGGCTTTACCATTTCTAGAGGGAAGGACT  300

seq1  CCTTTCCTTTGAAGGCTTGTAACAATCCATCAGTGGGGACAGCTGTCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCTTTGAAGGCTTGTAACAATCCATCAGTGGGGACAGCTGTCTGT  350

seq1  CCAGTTCTCTCCATATGAAAATGTCACAGGAGATGGAAGGAACTAGAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTCTCTCCATATGAAAATGTCACAGGAGATGGAAGGAACTAGAGAC  400

seq1  CTGCACTGGTCCCCATGGACCTAGAGGCTGCTTCCGAGCCAGTGTCTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACTGGTCCCCATGGACCTAGAGGCTGCTTCCGAGCCAGTGTCTTTA  450

seq1  GCACAGGGACACACAGAGCAGAGTGCAGTCTTTGAGTCTGTGGGTTTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGGGACACACAGAGCAGAGTGCAGTCTTTGAGTCTGTGGGTTTGCT  500

seq1  GCTGATTGAGCTTATTTGCTGTGTCTCCCATCTGAGTCTTGGGTGCCAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATTGAGCTTATTTGCTGTGTCTCCCATCTGAGTCTTGGGTGCCAAC  550

seq1  CCCTGGTGGTGCTGAGGTTGCAGGATGATACCCTGGGTGAGCTTCCAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGTGGTGCTGAGGTTGCAGGATGATACCCTGGGTGAGCTTCCAAAA  600

seq1  GGCCTTTGGGCTGGTATCTTCTTCCAGAGGGAACCTGGCCTGGGTGTCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTTGGGCTGGTATCTTCTTCCAGAGGGAACCTGGCCTGGGTGTCCC  650

seq1  TGGGGATCTCAGAGGGCAGAGAAAGTAGCAAAAGTCTCCATGGCTATGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGATCTCAGAGGGCAGAGAAAGTAGCAAAAGTCTCCATGGCTATGGT  700

seq1  TCATATTGTGATGAAGGTTGTGTGTAGTGCCCAATCAGGAGCCCCTCTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTGTGATGAAGGTTGTGTGTAGTGCCCAATCAGGAGCCCCTCTCC  750

seq1  CATATACCTGGAAGACCAAGAGGATAACTAGCCACTGTTCCCTGTCATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATACCTGGAAGACCAAGAGGATAACTAGCCACTGTTCCCTGTCATGG  800

seq1  TGTGATGACAACCAATATAAAAGCATTGGCCAGGTCCT-AAGAAGGAATG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  TGTGATGACAACCAATATAAAAGCATTGGCCAGGTCCTAAAGAAAGAATG  850

seq1  TCTCTAGCATCTGCCACTGTGCAGTAGGAACAATACTTGTGGCCCTGGAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGCATCTGCCACTGTGCAGTAGGAACAATACTTGTGGCCCTGGAC  900

seq1  CAGGATGCTAGATTATCTTGGTGTGTCCAAGGCTGCTAGGATGCCTGGCT  949
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATGCTAGATTATCTTGGTGTGTCC-AGGCTGCTAGGATGCCTGGCT  949

seq1  GCGCCTGTCAGCCTCCACACTGGAATGCTTCTCTGAAAAACTCCTTGCAC  999
      ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||
seq2  GCG-CTGTCAGCCT-CACACTGG-ATGCTTCTCTG-AAAACTTCTTGCAC  995

seq1  ACAG-ATCTGCCCTTATTTCTCCATCCTCTCT-GATGCCTTTTCTGTGTC  1047
      |||| |||||| |||| ||||||||||||||| |||| |||||| |||| 
seq2  ACAGAATCTGCTCTTA-TTCTCCATCCTCTCTGGATGGCTTTTC-GTGT-  1042

seq1  CTCTGTTCCTAGAGATTGGGG-TTTTCCTCTGTTCCCT  1084
      ||||| ||| | | | ||||| |||||||||| |||||
seq2  CTCTGATCCAAAAAAATGGGGTTTTTCCTCTGGTCCCT  1080