BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-017E13
Chromosome6 (Build37)
Map Location 104,005,813 - 104,181,965
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneChl1, LOC666141, LOC100043345
Downstream geneCntn6, LOC384470
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-017E13.bB6Ng01-017E13.g
ACCDH851012DH851013
length8501,145
definitionDH851012|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017E13, 5' end.DH851013|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017E13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,005,813 - 104,006,661)(104,180,818 - 104,181,965)
sequence
gaattctggaatactgtgtaccttgggattctcatcaatgccctctatgc
tatctcccacacagaagggactcagaaaatacagatgtaaaatgaagtta
atatatttaattctgacttaaacaatgttttaattacttggtttcatgtg
taacgaagaactgcgttaacgagggtgaactttgtacatatacccagaat
gttttcgtaagtgctaaccacttgctggcaataatggaacaatcagtgct
gtaaattgcaaagcacagcagatgacagtgttttgcattatgaaaactga
ttcactgctgcattatttcttggaatttgttggtggtgtttgttgatttc
tgtccaattaagtgtagattataaagaaacatctggaggactccttgcca
ctgatcaactgggtaaggaagatagtaaaatagcttgtttcattttccat
ccagcagtctgtattttaatacttacattctaaactagacttaattttct
tctcatgtgctttgtcatctgcactttataaataaatgtgttaaaaatga
ggaccacattgcattttgtctaactgtaatgagaggtgaaacatgctact
ttgattgatcactaagtcaggttcctatattttcagtatcccctagtgtt
tccaatattcctatgtagtagtttttaataactttgaaatgtttacttaa
agtatatcctgcaaataagtttgtttgttatacaacaggccattctaagt
tggaatacttcagcagagactcagaaagagcaaggaagcaagcaactgtg
agaaaaaggagagagagagagagaaagagagagagagagagagagagaga

gaattcattctcaaaattatgtcaaaatgagctatgtctcataattgaag
gacagaaggaacttttaatgtaccaaaattgtaatggttttattgccccc
ctcatgagtaaacatatacatgaattcatgtatgtgttcatgagggatat
atatatatatatatatacacacaactgtattacagtcagtatttcaatca
gtagttgtaacaagtatcattgacaattgagtcagttatcaaaaaggtgt
ctggttcggtttagtttgttaggaaaatcacaagtcaaaccacttagagt
ttattgtcttttcattgtaattgaaggtaagaaattcactgggattcaag
cttcttgtaaaacagaaataatacatgtagaaataatagaattacacata
cctagatcacatatattgattttagctgtgacaattttaaaaggataaag
aaaaagtagaaacaattttatgctcttaagaaatatgataagaattcaga
atctgggtactgactgctgaagaaggataggctatacccaggatgcaaat
gactctgatatacacactgatttagtatatgacaccagggaatgtaactg
gcctaacaagagaggagatttaagatctgcattaagaggtaggcactatt
tataaatgttgtacacttataatttttgtaaacattaatgagttttgact
ggctgtgttttcaattcagaatgaactttttggggacagcacaacatcat
aagtctaagtgcacataaatacatttgtccagcttttagaattttttagg
attaatagcatttcatgaaagctcatggtggactcaatatagtatatgac
aaagtcaatattagtgggatgcataatactatgtttgttagtaacacgga
gagacaaaccttaaaaatactattaatggaaagatcccacatctgctgaa
ctttttttcaatactattggacttgtgcgatttgagcctcttcaaagata
gatatagcctttaagtcctaactaatgtggagtaaaaaccacgagtttcg
tttttcctcatacacagtgaggttattccttgatacgatgactatatggc
acctaaccaggtccttatttgtttctcctatgtattcacacatca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_104005813_104006661
seq2: B6Ng01-017E13.b_47_896

seq1  GAATTCTGGAATACTGTGTACCTTGGGATTCTCATCAATGCCCTCTATGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGAATACTGTGTACCTTGGGATTCTCATCAATGCCCTCTATGC  50

seq1  TATCTCCCACACAGAAGGGACTCAGAAAATACAGATGTAAAATGAAGTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCCCACACAGAAGGGACTCAGAAAATACAGATGTAAAATGAAGTTA  100

seq1  ATATATTTAATTCTGACTTAAACAATGTTTTAATTACTTGGTTTCATGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTTAATTCTGACTTAAACAATGTTTTAATTACTTGGTTTCATGTG  150

seq1  TAACGAAGAACTGCGTTAACGAGGGTGAACTTTGTACATATACCCAGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACGAAGAACTGCGTTAACGAGGGTGAACTTTGTACATATACCCAGAAT  200

seq1  GTTTTCGTAAGTGCTAACCACTTGCTGGCAATAATGGAACAATCAGTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCGTAAGTGCTAACCACTTGCTGGCAATAATGGAACAATCAGTGCT  250

seq1  GTAAATTGCAAAGCACAGCAGATGACAGTGTTTTGCATTATGAAAACTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATTGCAAAGCACAGCAGATGACAGTGTTTTGCATTATGAAAACTGA  300

seq1  TTCACTGCTGCATTATTTCTTGGAATTTGTTGGTGGTGTTTGTTGATTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTGCTGCATTATTTCTTGGAATTTGTTGGTGGTGTTTGTTGATTTC  350

seq1  TGTCCAATTAAGTGTAGATTATAAAGAAACATCTGGAGGACTCCTTGCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAATTAAGTGTAGATTATAAAGAAACATCTGGAGGACTCCTTGCCA  400

seq1  CTGATCAACTGGGTAAGGAAGATAGTAAAATAGCTTGTTTCATTTTCCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCAACTGGGTAAGGAAGATAGTAAAATAGCTTGTTTCATTTTCCAT  450

seq1  CCAGCAGTCTGTATTTTAATACTTACATTCTAAACTAGACTTAATTTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGTCTGTATTTTAATACTTACATTCTAAACTAGACTTAATTTTCT  500

seq1  TCTCATGTGCTTTGTCATCTGCACTTTATAAATAAATGTGTTAAAAATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATGTGCTTTGTCATCTGCACTTTATAAATAAATGTGTTAAAAATGA  550

seq1  GGACCACATTGCATTTTGTCTAACTGTAATGAGAGGTGAAACATGCTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCACATTGCATTTTGTCTAACTGTAATGAGAGGTGAAACATGCTACT  600

seq1  TTGATTGATCACTAAGTCAGGTTCCTATATTTTCAGTATCCCCTAGTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTGATCACTAAGTCAGGTTCCTATATTTTCAGTATCCCCTAGTGTT  650

seq1  TCCAATATTCCTATGTAGTAGTTTTTAATAACTTTGAAATGTTTACTT-A  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCCAATATTCCTATGTAGTAGTTTTTAATAACTTTGAAATGTTTACTTAA  700

seq1  AGTATATCCTGCAAATAAGTTTGTTTGTTATACAACAGGCCATTCTAAGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATATCCTGCAAATAAGTTTGTTTGTTATACAACAGGCCATTCTAAGT  750

seq1  TGGAATACTTCAGCAGAGACTCAGAAAGAGCAAGGAAGCAAGCAACTGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATACTTCAGCAGAGACTCAGAAAGAGCAAGGAAGCAAGCAACTGTG  800

seq1  AGAAAAAGGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAGGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  850

seq1: chr6_104180818_104181965
seq2: B6Ng01-017E13.g_67_1211 (reverse)

seq1  TGATGTTGTGAATTACTAGGAGAAACAAATAAAGAAACTGGTTAGGTGCC  50
      ||||| |||||||   |||||||||||||| ||| | |||||||||||||
seq2  TGATG-TGTGAATACATAGGAGAAACAAAT-AAGGACCTGGTTAGGTGCC  48

seq1  ATTTAAGTCATGCTATCAGAGAAT-ACCTCA-TGTGTTATGGAGAAAAAC  98
      || | ||||||  |||||  |||| |||||| |||| ||||  |||||||
seq2  ATAT-AGTCATCGTATCAAGGAATAACCTCACTGTG-TATGAGGAAAAAC  96

seq1  TGAAACTCGTGTTTTTTACTCCACAATTTAGTTAGGACTTAAAGCATATA  148
       |||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||  ||||
seq2  -GAAACTCGTGGTTTTTACTCCACA--TTAGTTAGGACTTAAAGGCTATA  143

seq1  TCTATCTTTGATGAGGCTCAAATCGCACAAGTCAATAAGTTATTGGAAAA  198
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  || |||| |||||
seq2  TCTATCTTTGAAGAGGCTCAAATCGCACAAGTCCAATAG-TATT-GAAAA  191

seq1  AAAGTTCAGCAGATGTGGGATCTTTCCATT-ATAGTATTTTTAAAGTTTG  247
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  AAAGTTCAGCAGATGTGGGATCTTTCCATTAATAGTATTTTTAAGGTTTG  241

seq1  TCTTCTCCGTGTTACTAACAAACATAGTATTATGCAT-CCACTAATATTG  296
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TC-TCTCCGTGTTACTAACAAACATAGTATTATGCATCCCACTAATATTG  290

seq1  ACTTTGTCATATACTATATTGAGTCCACCATGAGCTTTCATGAAATGCTA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTCATATACTATATTGAGTCCACCATGAGCTTTCATGAAATGCTA  340

seq1  TTAATCCT-AAGAATTCTAAAAGCTGGACAAATGTATTTATGTGCACTTA  395
      |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCTAAAAAATTCTAAAAGCTGGACAAATGTATTTATGTGCACTTA  390

seq1  GACTTATGATGTTGTGCTGTCCCC-AAAAGTTCATTCTGAATTGAAAACA  444
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTATGATGTTGTGCTGTCCCCAAAAAGTTCATTCTGAATTGAAAACA  440

seq1  CAGCCAGTCAAAACTCATTAATGTTTAC-AAAATTATAAGTGTACAACAT  493
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGTCAAAACTCATTAATGTTTACAAAAATTATAAGTGTACAACAT  490

seq1  TTATAAATAGTGCCTACCTCTTAATGCAGATCTTAAATCTCCTCTCTTGT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAATAGTGCCTACCTCTTAATGCAGATCTTAAATCTCCTCTCTTGT  540

seq1  TAGGCCAGTTACATTCCCTGGTGTCATATACTAAATCAGTGTGTATATCA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCAGTTACATTCCCTGGTGTCATATACTAAATCAGTGTGTATATCA  590

seq1  GAGTCATTTGCATCCTGGGTATAGCCTATCCTTCTTCAGCAGTCAGTACC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCATTTGCATCCTGGGTATAGCCTATCCTTCTTCAGCAGTCAGTACC  640

seq1  CAGATTCTGAATTCTTATCATATTTCTTAAGAGCATAAAATTGTTTCTAC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTCTGAATTCTTATCATATTTCTTAAGAGCATAAAATTGTTTCTAC  690

seq1  TTTTTCTTTATCCTTTTAAAATTGTCACAGCTAAAATCAATATATGTGAT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTTATCCTTTTAAAATTGTCACAGCTAAAATCAATATATGTGAT  740

seq1  CTAGGTATGTGTAATTCTATTATTTCTACATGTATTATTTCTGTTTTACA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTATGTGTAATTCTATTATTTCTACATGTATTATTTCTGTTTTACA  790

seq1  AGAAGCTTGAATCCCAGTGAATTTCTTACCTTCAATTACAATGAAAAGAC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTTGAATCCCAGTGAATTTCTTACCTTCAATTACAATGAAAAGAC  840

seq1  AATAAACTCTAAGTGGTTTGACTTGTGATTTTCCTAACAAACTAAACCGA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACTCTAAGTGGTTTGACTTGTGATTTTCCTAACAAACTAAACCGA  890

seq1  ACCAGACACCTTTTTGATAACTGACTCAATTGTCAATGATACTTGTTACA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGACACCTTTTTGATAACTGACTCAATTGTCAATGATACTTGTTACA  940

seq1  ACTACTGATTGAAATACTGACTGTAATACAGTTGTGTGTATATATATATA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTGATTGAAATACTGACTGTAATACAGTTGTGTGTATATATATATA  990

seq1  TATATATATCCCTCATGAACACATACATGAATTCATGTATATGTTTACTC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATCCCTCATGAACACATACATGAATTCATGTATATGTTTACTC  1040

seq1  ATGAGGGGGGCAATAAAACCATTACAATTTTGGTACATTAAAAGTTCCTT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGGGGGCAATAAAACCATTACAATTTTGGTACATTAAAAGTTCCTT  1090

seq1  CTGTCCTTCAATTATGAGACATAGCTCATTTTGACATAATTTTGAGAATG  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTTCAATTATGAGACATAGCTCATTTTGACATAATTTTGAGAATG  1140

seq1  AATTC  1148
      |||||
seq2  AATTC  1145