BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-018O23
Chromosome6 (Build37)
Map Location 37,860,781 - 38,011,724
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrim24, Svopl, Atp6v0a4
Upstream geneDgki, EG665024, Creb3l2, Akr1d1, LOC665046, Ybx1-ps2, LOC100039636, LOC665102
Downstream geneLOC100039657, D630002J15Rik, D630045J12Rik, LOC665125, Zc3hav1l, Zc3hav1, Rpl30-ps1, Ttc26, D130059P03Rik, 3110054G05Rik, 1110001J03Rik, LOC621228, Luc7l2, Klrg2, LOC665180, Hipk2, Tbxas1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-018O23.bB6Ng01-018O23.g
ACCDH852188DH852189
length1,067642
definitionDH852188|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018O23, 5' end.DH852189|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018O23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,010,668 - 38,011,724)(37,860,781 - 37,861,422)
sequence
gaattcaggttgtgtttttgtttacttcttgttgctttgataaacaccat
gactacaaacaacttggagaggaaatggtttatttagcctcacaggtcac
tgtctgttattgagaggaagttaaagcaggaactgaagcaaaggctatgg
aggggagctgcttactggcttgctcctcatagcttgcttggttgctccaa
tatacaactcaggacaagctgcttaggaatagagccacccaaagtggact
aggccttccccttcaatcactattgaagaaaatgtcccacaggccaatct
ctcgaggcaacaggtgactctagtttgtcaagttgacagaaactaaccaa
cccaggaagccaagcttggcaacaagtgtcctcactcactgagctatctc
agaagtcctcatctctggatttcttccagcatctagctatctgatcaatg
gcaccaatgcttctaacgctgtcaccacagctgcagtgacaacaggctcg
tcctttcccttctctgagcccgatgtcatgttgcccccagaggagctctc
tgtagctgctttctgtgctgtatccccagctcctccaggcctcctcagtt
ctgcctcatgtctttcttgtcacatttcttacccagatttggaacctggc
ttcaaacaagcttacatttttaaactcctataagatgaagatgtcagtca
tcctgggaatcgctcatatgatttttggtgttattctcagcctcttcaat
cacatgtgagtttcttctttaaaaaatatttttaaattatgtgtatgtat
gtatgtgcatttgggtgtgggtatggacacgtgaatgcaggcacatggac
cccagaagctggagtcactggtaattgtgaactgcttagcacagttctag
gaaccaaacttgggatccaaacttgggtcttttacaagacacgaggactg
atgagccatcttctactatgttgttgaacttcctttattcaccctctctg
cttgctcacttgatggccactgatgaagaaagagagaacagagcttaccc
tttgagcctttgtgtgt
gaattcacgagtcgattacagtgaagaatcgtctcaagcttctgacctgc
tcaggtagcatgtggctgtggcctgtgctagcatgtcctacttatgagga
ttggacccagggctcatgactgcaaggcagacagacagacagacagacac
tctatcaacaaggctgtcccccagcacctgcaagaattctttaaaggaaa
tttttcccagttctttgcttttactactttttattgtcaactttttacta
ggtaaaataagtctattattaactcagttttcctttctggttacttctaa
ggtttttctaaaacttcaaaatcatataaatattttagttgtctctaaat
ttaaatgtaataaagtttacctattatggggggaaaaaacttaaaaaaaa
aaatagaagccataaactctacatttagagctgaaagggtttgtagcccc
ataggaagaacaacagtatcaaccaaccagagctcccagggtctaaaccg
ccaaccaaggagtacacagagagggatccatggctccagccgtagatgta
gaagaggatggccttgttgagcatcagtgggaggagaagcccttggtcct
gtgagggcagggaggcaggaatgggtgggtgtgtgggggcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_38010668_38011724
seq2: B6Ng01-018O23.b_46_1112 (reverse)

seq1  ACACACAAAGGCTC-AAGGGT-AGCTCTG-TCTCTC-TTCCTCATCAGT-  45
      |||||||||||||| |||||| ||||||| |||||| ||| |||||||| 
seq2  ACACACAAAGGCTCAAAGGGTAAGCTCTGTTCTCTCTTTCTTCATCAGTG  50

seq1  GCCATCAGGTGAGCAAGC--AGAGGGTGAAT-AAGGAAGTTCA--CACAT  90
      ||||||| ||||||||||  ||||||||||| |||||||||||   ||||
seq2  GCCATCAAGTGAGCAAGCAGAGAGGGTGAATAAAGGAAGTTCAACAACAT  100

seq1  AGGTAGAAGATGGCTCATCAGTCCTCGTGTTCTTGTAAAGGACCCAAGTT  140
      | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  A-GTAGAAGATGGCTCATCAGTCCTCGTG-TCTTGTAAAAGACCCAAGTT  148

seq1  TGG-TTCCAAGTTTGGTTCCTAGAACTGTGCTAAGCAGTTCACAATTACC  189
      ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCCCAAGTTTGGTTCCTAGAACTGTGCTAAGCAGTTCACAATTACC  198

seq1  AGTGACTCCAGCTTCTGGGGTCCATGTGCCTGCATTCACGTGTCCATACC  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTCCAGCTTCTGGGGTCCATGTGCCTGCATTCACGTGTCCATACC  248

seq1  CACACCCAAATGCACATACATACATACACATAATTT-AAAATATTTTTTA  288
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CACACCCAAATGCACATACATACATACACATAATTTAAAAATATTTTTTA  298

seq1  AAGAAGAAACTCACATGTGATTGAAGAGGCTGAGAATAACACCAAAAATC  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGAAACTCACATGTGATTGAAGAGGCTGAGAATAACACCAAAAATC  348

seq1  ATATGAGCGATTCCCAGGATGACTGACATCTTCATCTTATAGGAGTTTAA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAGCGATTCCCAGGATGACTGACATCTTCATCTTATAGGAGTTTAA  398

seq1  AAATGTAAGCTTGTTTGAAGCCAGGTTCCAAATCTGGGTAAGAAATGTGA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTAAGCTTGTTTGAAGCCAGGTTCCAAATCTGGGTAAGAAATGTGA  448

seq1  CAAGAAAGACATGAGGCAGAACTGAGGAGGCCTGGAGGAGCTGGGGATAC  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAAGACATGAGGCAGAACTGAGGAGGCCTGGAGGAGCTGGGGATAC  498

seq1  AGCACAGAAAGCAGCTACAGAGAGCTCCTCTGGGGGCAACATGACATCGG  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGAAAGCAGCTACAGAGAGCTCCTCTGGGGGCAACATGACATCGG  548

seq1  GCTCAGAGAAGGGAAAGGACGAGCCTGTTGTCACTGCAGCTGTGGTGACA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAGAAGGGAAAGGACGAGCCTGTTGTCACTGCAGCTGTGGTGACA  598

seq1  GCGTTAGAAGCATTGGTGCCATTGATCAGATAGCTAGATGCTGGAAGAAA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTTAGAAGCATTGGTGCCATTGATCAGATAGCTAGATGCTGGAAGAAA  648

seq1  TCCAGAGATGAGGACTTCTGAGATAGCTCAGTGAGTGAGGACACTTGTTG  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGATGAGGACTTCTGAGATAGCTCAGTGAGTGAGGACACTTGTTG  698

seq1  CCAAGCTTGGCTTCCTGGGTTGGTTAGTTTCTGTCAACTTGACAAACTAG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCTTGGCTTCCTGGGTTGGTTAGTTTCTGTCAACTTGACAAACTAG  748

seq1  AGTCACCTGTTGCCTCGAGAGATTGGCCTGTGGGACATTTTCTTCAATAG  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACCTGTTGCCTCGAGAGATTGGCCTGTGGGACATTTTCTTCAATAG  798

seq1  TGATTGAAGGGGAAGGCCTAGTCCACTTTGGGTGGCTCTATTCCTAAGCA  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGAAGGGGAAGGCCTAGTCCACTTTGGGTGGCTCTATTCCTAAGCA  848

seq1  GCTTGTCCTGAGTTGTATATTGGAGCAACCAAGCAAGCTATGAGGAGCAA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTCCTGAGTTGTATATTGGAGCAACCAAGCAAGCTATGAGGAGCAA  898

seq1  GCCAGTAAGCAGCTCCCCTCCATAGCCTTTGCTTCAGTTCCTGCTTTAAC  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTAAGCAGCTCCCCTCCATAGCCTTTGCTTCAGTTCCTGCTTTAAC  948

seq1  TTCCTCTCAATAACAGACAGTGACCTGTGAGGCTAAATAAACCATTTCCT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTCAATAACAGACAGTGACCTGTGAGGCTAAATAAACCATTTCCT  998

seq1  CTCCAAGTTGTTTGTAGTCATGGTGTTTATCAAAGCAACAAGAAGTAAAC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAGTTGTTTGTAGTCATGGTGTTTATCAAAGCAACAAGAAGTAAAC  1048

seq1  AAAAACACAACCTGAATTC  1057
      |||||||||||||||||||
seq2  AAAAACACAACCTGAATTC  1067

seq1: chr6_37860781_37861422
seq2: B6Ng01-018O23.g_67_708

seq1  GAATTCACGAGTCGATTACAGTGAAGAATCGTCTCAAGCTTCTGACCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACGAGTCGATTACAGTGAAGAATCGTCTCAAGCTTCTGACCTGC  50

seq1  TCAGGTAGCATGTGGCTGTGGCCTGTGCTAGCATGTCCTACTTATGAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTAGCATGTGGCTGTGGCCTGTGCTAGCATGTCCTACTTATGAGGA  100

seq1  TTGGACCCAGGGCTCATGACTGCAAGGCAGACAGACAGACAGACAGACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACCCAGGGCTCATGACTGCAAGGCAGACAGACAGACAGACAGACAC  150

seq1  TCTATCAACAAGGCTGTCCCCCAGCACCTGCAAGAATTCTTTAAAGGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCAACAAGGCTGTCCCCCAGCACCTGCAAGAATTCTTTAAAGGAAA  200

seq1  TTTTTCCCAGTTCTTTGCTTTTACTACTTTTTATTGTCAACTTTTTACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCCCAGTTCTTTGCTTTTACTACTTTTTATTGTCAACTTTTTACTA  250

seq1  GGTAAAATAAGTCTATTATTAACTCAGTTTTCCTTTCTGGTTACTTCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAAATAAGTCTATTATTAACTCAGTTTTCCTTTCTGGTTACTTCTAA  300

seq1  GGTTTTTCTAAAACTTCAAAATCATATAAATATTTTAGTTGTCTCTAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTTCTAAAACTTCAAAATCATATAAATATTTTAGTTGTCTCTAAAT  350

seq1  TTAAATGTAATAAAGTTTACCTATTATGGGGGGAAAAAACTTAAAAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGTAATAAAGTTTACCTATTATGGGGGGAAAAAACTTAAAAAAAA  400

seq1  AAATAGAAGCCATAAACTCTACATTTAGAGCTGAAAGGGTTTGTAGCCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGAAGCCATAAACTCTACATTTAGAGCTGAAAGGGTTTGTAGCCCC  450

seq1  ATAGGAAGAACAACAGTATCAACCAACCAGAGCTCCCAGGGTCTAAACCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAAGAACAACAGTATCAACCAACCAGAGCTCCCAGGGTCTAAACCG  500

seq1  CCAACCAAGGAGTACACAGAGAGGGATCCATGGCTCCAGCCGTAGATGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCAAGGAGTACACAGAGAGGGATCCATGGCTCCAGCCGTAGATGTA  550

seq1  GAAGAGGATGGCCTTGTTGAGCATCAGTGGGAGGAGAAGCCCTTGGTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGATGGCCTTGTTGAGCATCAGTGGGAGGAGAAGCCCTTGGTCCT  600

seq1  GTGAGGGCAGGGAGGCAGGAATGGGTGGGTGTGTGGGGGCAT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGGCAGGGAGGCAGGAATGGGTGGGTGTGTGGGGGCAT  642