BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-019J11
Chromosome6 (Build37)
Map Location 105,197,307 - 105,326,960
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCntn6, LOC384470
Downstream geneLOC100043716, LOC100043350, Cntn4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-019J11.bB6Ng01-019J11.g
ACCDH852635DH852636
length1,143947
definitionDH852635|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019J11, 5' end.DH852636|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-019J11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,325,792 - 105,326,960)(105,197,307 - 105,198,267)
sequence
gaattcacatcgtcctgacgtttttccttaaaataggagggtttagaagg
tagaaggttcttgaaactccacaaagttctatgaaatactcagaggtaaa
ataaactgtgttaaagtgtgagtggaatagtggttgttaattgtgagatg
aatcaagcggtgtttaacatgaatttgaattattaaaaaacttacaatgc
tcagtcctgctataatggccatttgctggtaatgtcattaatttggtgtt
ttggtgcctcatatgaggttcctattccccatgatacaaggaaattaaca
ggggttcgcattatcagtcagtaaagcttttgacatattaagaattacaa
gcacattttgagacataattatttgttggaacctgagaaagccataaatt
tctattcatctataaaaattcttggtaagaaatgaacatttcttctcttc
tggaattttcatgccatattttatattcttaatctgtgtctaaacctaag
aagtagtagggagacccggggcctctgtcaaattcagtgctgaagaattt
tatagttttcaaaattctcatatattttatctcatcagattatcctagtg
aactagagatttaagccagcatgggataattaatagtttatatgtatgtg
tgagcatcatataccggacagcattatagtcagagcaaatctatgtgtga
atgcaacactttcaaaggatgtcttgtttctccgtctagaatttaattta
gccagacaatagaaaacaagggaaacttatattcatatcatgtagcttca
tctgtattcaaactacctttctgagatcacaaacagcagcagggataaat
acggaggatagttgcaggagtaatggaattatgccgtgctgtttgacact
gttggaactccatcagtacaggctccaggcagacggaagaaagcttttca
ctagggagatattgatattggagaagaaagtcttcattgcttccaacaca
ctgtatggcagagtccatcaagtgaacatgaacctccttacattttaagg
gtccaaccctaccatctgtcaataaagaggataaaggaaaccttcctcat
gctaaaggaggtaaacatgtcagcgaaactctatttttcagtt
gaattctattgaacactctgtaacaaatatatatgccaaatttatatcag
agtacctgaaggatcagaggaagattgaattttcaagaagatttaagaag
tatttggtaatgaggactttcatgttatcctataaccaccaaagaatgca
taggagtactctaaacagcccagagattcctatctgaattacaaaaagaa
aaagggaaagtctggtatgttcatgccttttatgtacctttgtcatttat
gttgtttaggaagcctattttacccacaaatatggagatacattaagatt
cctggttcaaacaattcagaaacttaaatttggagcaagattcacctgaa
taaagatagctaagatggatagggaattgaaagttctgcaagagagttca
ttgatactaacttgtctactaaaagagtcatgcacagttcaccatgttct
gtgtatctcagtccttagtagatgtatttgttgggactatgcagttacag
tttaattctgaatcgttccccaacaaggttcatgtaatttaaaatcctgt
cactatcacatggtgtttatttatggtcgttttgcagtctttgatagatt
gaatatagctacgatttatgcataggtcatgaaggtgatcctttgaaggt
tagacacatttctaattcctgctacagtctctggctcttcgtactaagta
gtttggaaccccagactaaggctcctacctccataaacatcaccatatac
ttttatggattggaaaccttctaaatctatgaattgaaataaactcctct
ctttctcttaagtggtccatttaggcattctatccctagcaatgaggaaa
ttatctatgctactattactactactgctatctctgtgtctctttcagtg
tctgtctgccgtctctctctctctctctctctctctctctcactcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_105325792_105326960
seq2: B6Ng01-019J11.b_46_1188 (reverse)

seq1  AACTGAAAAAAATAGAACGTCTGCCTGACCTGTTTCCACTCCCTTTGGGC  50
      |||||  |||||||||  || |  ||||| ||||| | ||||  ||  ||
seq2  AACTG--AAAAATAGA--GTTTCGCTGACATGTTTAC-CTCC--TTTAGC  43

seq1  ATGAGGAAGTCTTCCTTTATCCTCTCTATCTGACAAGTAGGTTAAGGGAT  100
      |||||||||  |||||||||||||| ||| |||| ||  |||  |||| |
seq2  ATGAGGAAGGTTTCCTTTATCCTCTTTAT-TGAC-AGATGGT--AGGG-T  88

seq1  TGGACACCATAAAAAATGTAAGGAGGTTCATTGTTCACTTGAGTGAGACT  150
      ||||| || |  |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||
seq2  TGGAC-CCTT--AAAATGTAAGGAGGTTCA-TGTTCACTTGA-TG-GACT  132

seq1  CTGCCATACAGTGTTGGTGGGAAGCAATGAGAACTTTCTTCTCCAATTAT  200
      ||||||||||||||  || |||||||||||  |||||||||||||| |||
seq2  CTGCCATACAGTGT--GTTGGAAGCAATGAAGACTTTCTTCTCCAA-TAT  179

seq1  CATTATTCTCCCTATGTGAAAAGCTTTCTTCCGTCTTGCCTGGAGCCTGT  250
      || || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CAATA-TCTCCCTA-GTGAAAAGCTTTCTTCCGTC-TGCCTGGAGCCTGT  226

seq1  ACTGATGGAGTTTCCAACAGTGTCAAACAGCACGGCATAATTCCATTACT  300
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATGGAG-TTCCAACAGTGTCAAACAGCACGGCATAATTCCATTACT  275

seq1  CCTGCAACTATCCTTCCGTATTTATCCCTGCTGCTGTTTGTGATCTCAGA  350
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAACTATCC-TCCGTATTTATCCCTGCTGCTGTTTGTGATCTCAGA  324

seq1  AAGGTAGTTTGAATACAGATGAAGCTACATGATATGAATATAAGTTTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAGTTTGAATACAGATGAAGCTACATGATATGAATATAAGTTTCCC  374

seq1  TTGTTTTCTATTGTCTGGCTAAATTAAATTCTAGACGGAGAAACAAGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTCTATTGTCTGGCTAAATTAAATTCTAGACGGAGAAACAAGACA  424

seq1  TCCTTTGAAAGTGTTGCATTCACACATAGATTTGCTCTGACTATAATGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGAAAGTGTTGCATTCACACATAGATTTGCTCTGACTATAATGCT  474

seq1  GTCCGGTATATGATGCTCACACATACATATAAACTATTAATTATCCCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCGGTATATGATGCTCACACATACATATAAACTATTAATTATCCCATG  524

seq1  CTGGCTTAAATCTCTAGTTCACTAGGATAATCTGATGAGATAAAATATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTAAATCTCTAGTTCACTAGGATAATCTGATGAGATAAAATATAT  574

seq1  GAGAATTTTGAAAACTATAAAATTCTTCAGCACTGAATTTGACAGAGGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTTTGAAAACTATAAAATTCTTCAGCACTGAATTTGACAGAGGCC  624

seq1  CCGGGTCTCCCTACTACTTCTTAGGTTTAGACACAGATTAAGAATATAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGGTCTCCCTACTACTTCTTAGGTTTAGACACAGATTAAGAATATAAA  674

seq1  ATATGGCATGAAAATTCCAGAAGAGAAGAAATGTTCATTTCTTACCAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGCATGAAAATTCCAGAAGAGAAGAAATGTTCATTTCTTACCAAGA  724

seq1  ATTTTTATAGATGAATAGAAATTTATGGCTTTCTCAGGTTCCAACAAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTATAGATGAATAGAAATTTATGGCTTTCTCAGGTTCCAACAAATA  774

seq1  ATTATGTCTCAAAATGTGCTTGTAATTCTTAATATGTCAAAAGCTTTACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGTCTCAAAATGTGCTTGTAATTCTTAATATGTCAAAAGCTTTACT  824

seq1  GACTGATAATGCGAACCCCTGTTAATTTCCTTGTATCATGGGGAATAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGATAATGCGAACCCCTGTTAATTTCCTTGTATCATGGGGAATAGGA  874

seq1  ACCTCATATGAGGCACCAAAACACCAAATTAATGACATTACCAGCAAATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCATATGAGGCACCAAAACACCAAATTAATGACATTACCAGCAAATG  924

seq1  GCCATTATAGCAGGACTGAGCATTGTAAGTTTTTTAATAATTCAAATTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTATAGCAGGACTGAGCATTGTAAGTTTTTTAATAATTCAAATTCA  974

seq1  TGTTAAACACCGCTTGATTCATCTCACAATTAACAACCACTATTCCACTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAACACCGCTTGATTCATCTCACAATTAACAACCACTATTCCACTC  1024

seq1  ACACTTTAACACAGTTTATTTTACCTCTGAGTATTTCATAGAACTTTGTG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTAACACAGTTTATTTTACCTCTGAGTATTTCATAGAACTTTGTG  1074

seq1  GAGTTTCAAGAACCTTCTACCTTCTAAACCCTCCTATTTTAAGGAAAAAC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTCAAGAACCTTCTACCTTCTAAACCCTCCTATTTTAAGGAAAAAC  1124

seq1  GTCAGGACGATGTGAATTC  1169
      |||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGACGATGTGAATTC  1143

seq1: chr6_105197307_105198267
seq2: B6Ng01-019J11.g_66_1012

seq1  GAATTCTATTGAACACTCTGTAACAAATATATATGCCAAATTTATATCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTGAACACTCTGTAACAAATATATATGCCAAATTTATATCAG  50

seq1  AGTACCTGAAGGATCAGAGGAAGATTGAATTTTCAAGAAGATTTAAGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCTGAAGGATCAGAGGAAGATTGAATTTTCAAGAAGATTTAAGAAG  100

seq1  TATTTGGTAATGAGGACTTTCATGTTATCCTATAACCACCAAAGAATGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGGTAATGAGGACTTTCATGTTATCCTATAACCACCAAAGAATGCA  150

seq1  TAGGAGTACTCTAAACAGCCCAGAGATTCCTATCTGAATTACAAAAAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGTACTCTAAACAGCCCAGAGATTCCTATCTGAATTACAAAAAGAA  200

seq1  AAAGGGAAAGTCTGGTATGTTCATGCCTTTTATGTACCTTTGTCATTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGAAAGTCTGGTATGTTCATGCCTTTTATGTACCTTTGTCATTTAT  250

seq1  GTTGTTTAGGAAGCCTATTTTACCCACAAATATGGAGATACATTAAGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTTAGGAAGCCTATTTTACCCACAAATATGGAGATACATTAAGATT  300

seq1  CCTGGTTCAAACAATTCAGAAACTTAAATTTGGAGCAAGATTCACCTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTTCAAACAATTCAGAAACTTAAATTTGGAGCAAGATTCACCTGAA  350

seq1  TAAAGATAGCTAAGATGGATAGGGAATTGAAAGTTCTGCAAGAGAGTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATAGCTAAGATGGATAGGGAATTGAAAGTTCTGCAAGAGAGTTCA  400

seq1  TTGATACTAACTTGTCTACTAAAAGAGTCATGCACAGTTCACCATGTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATACTAACTTGTCTACTAAAAGAGTCATGCACAGTTCACCATGTTCT  450

seq1  GTGTATCTCAGTCCTTAGTAGATGTATTTGTTGGGACTATGCAGTTACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATCTCAGTCCTTAGTAGATGTATTTGTTGGGACTATGCAGTTACAG  500

seq1  TTTAATTCTGAATCGTTCCCCAACAAGGTTCATGTAATTTAAAATCCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTCTGAATCGTTCCCCAACAAGGTTCATGTAATTTAAAATCCTGT  550

seq1  CACTATCACATGGTGTTTATTTATGGTCGTTTTGCAGTCTTTGATAGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATCACATGGTGTTTATTTATGGTCGTTTTGCAGTCTTTGATAGATT  600

seq1  GAATATAGCTACGATTTATGCATAGGTCATGAAGGTGATCCTTTGAAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATAGCTACGATTTATGCATAGGTCATGAAGGTGATCCTTTGAAGGT  650

seq1  TAGACACATTTCTAATTCCTGCTACAGTCTCTGGCTCTTCGTACTAAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACACATTTCTAATTCCTGCTACAGTCTCTGGCTCTTCGTACTAAGTA  700

seq1  GTTTGGAACCCCAGACTAAGGCTCCTACCTCCATAAACATCACCATATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGAACCCCAGACTAAGGCTCCTACCTCCATAAACATCACCATATAC  750

seq1  TTTTATGGATTGGAAACCTTCTAAATCTATGAATTGAAATAAACTCCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGGATTGGAAACCTTCTAAATCTATGAATTGAAATAAACTCCTCT  800

seq1  CTTTCTCTTAAGTGGTCCATTTAGGCATTCTAT-CCTAGCAATGAGGAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCTTAAGTGGTCCATTTAGGCATTCTATCCCTAGCAATGAGGAAA  850

seq1  TTATCTATGCTACTATTACTACTACTGCTATCTCTGTGTCTCTTTCTGTG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTATCTATGCTACTATTACTACTACTGCTATCTCTGTGTCTCTTTCAGTG  900

seq1  TCTGTCTGTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  949
      |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  
seq2  TCTGTCTG-CCGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACTCAC--  947

seq1  TCTCTCACACAC  961
                  
seq2  ------------  947