BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-022E23
Chromosome6 (Build37)
Map Location 88,503,211 - 88,538,017
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneProkr1, 2010301N04Rik, 1810020O05Rik, AB041550, LOC100043118, EG545864, Gp9, Rab43, Isy1, Cnbp, Copg, 8430410A17Rik, LOC665416, H1fx, EG434064, LOC100043131, Rab7, Rpn1, Gata2, Dnajb8, Eefsec, Ruvbl1, Sec61a1
Downstream gene4933428M03Rik, Mgll, Abtb1, Podxl2, LOC100043146, Mcm2, Gpr175, 4933427D06Rik, Gm1965, LOC100043153, LOC100043159, EG624483, EG624491, LOC665547, EG624537, Gm839, 4930512J16Rik, Plxna1, Chchd6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-022E23.bB6Ng01-022E23.g
ACCDH854567DH854568
length1,1141,075
definitionDH854567|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-022E23, 5' end.DH854568|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-022E23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,536,892 - 88,538,017)(88,503,211 - 88,504,294)
sequence
gaattcagtgaaggacagagtctaagtagcagtgagaaagagaggcaagg
agaccatgtgaaaaacttctcagcaaatggaatctataatgaaggcctta
agtgtgtcttagttttctctatgtgactggtgtttctgatcacagtggat
tggaaaatcttatgcaattggacttcaaagtcctaactctgtacatattt
tatctgctccttatttccatttgaagtagcccttaagatgcctgcctgcc
tgcctgcctgcctttctatttatttacatatatggcccctttcactctgt
taacttcttgtttggagacagtgtttcgtgatgtggccctggctgacctg
gcacttgctatgtcaactaggctaaccttgaactcacagagatcttgcct
gcctctacctccccagtgctgggattaaagtcatgtgccaccgtgttctg
ccttcacttcattaatttctcaagagcaggagcaatagccttgtcaatct
ttccaaactccttgtcacttgccattatcttgccatcaacgaggagttag
tgagcatctgctgaataaagcatggtgtccagtaaggaaggggcccacac
atctcacttcccagtctttctggtctccctctaatcccaaacctgaaatt
taccaaagagcccttcttttcacatggaaaagtatgcatgcagtgaagaa
gccagcctgccatgatgagtcacggaagagagagtccttgacagctgcat
gagtgaactcattgctcacaatgaggcaggtgtctgagtcattcaaccaa
tatccttactgggaagggaatgctcattgtgtgaccaactttgcagggtc
tgcgaggataaatcttgcctaagcagtaacaggaatgtggcattacagtg
acattaaacttgtctttgaaataggcagcaaaaacaagtcaaggccagaa
gccggtactgcccacagccctagaagaggagaaagttgtcattgtggaac
ttttgttcccaacacaccccattctgtgcttcactctcttagtggaatgc
tgttgggccgaaacaaggacaatctgaaatgcctgattgtggtggatatc
tacaaccccatggg
gaattcctacacagggctggccgaggcaggagggtctgctctaagcgtgg
gcagcaccatcccatgggaaggaagagtgagttgaacaccagcaggcatc
tctctgcttgctgactgcagacagtgcctcacactgccgctgccctacct
tccccaccttccctgcacactggagccaaagcaaacccttccttccttag
ttgcctttgtcaggcattcgattacagctgtcggaaaggtaacctgtgca
ctctcagatactcactggggcgagcaagattgcattcttcatgcaaaacc
aaacaggcacattcatcccttgagcaaattcacactcttaattcacactc
ttaattcacactcttaataacagacaagaaaattctacgtatgccaatga
agtgtttaaaataaatgtctttatgagttgtgtacctatccctagggtca
ggtgaactcaagggtgaaaagggctatagagagtggaagagcagtcctgg
tgtaaggctcacagatgtgtgccaactgtgcaaatagttacgtcatataa
ggccttgaacataggaggagctgggctgccacaggagtctgcaacccacc
ccttccccaaggatgccatcagagaaataagatggttgctgagagaaatc
taaataagcccgaacactcacttgtcctttgttgattaaaaaaatcacta
ttttgggggtcacacagatggggggctgtgtctcagtttcctacgaggtg
tgctgtatagaacacgtatgatgcatgtggtgtaactttcagagatctgg
aggccactgactgcctgttggagttgggctcatggcttcagcagctcagc
acccagattcctttggtttctcatctaccctgtgctcttcagcaccgatg
tcctcctggcagatgattgttgttccctagtcatcccagacccataaagg
cctgcatctccctctgtttgagaagcagcctgctcccctccaagctggtg
ctgactccttagccctcagatggtaccccactacagcttgtctgtatcct
gatccaatttctgtgctcttcccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_88536892_88538017
seq2: B6Ng01-022E23.b_47_1160 (reverse)

seq1  CCCATCGGGGTTGTAGATCTCCACCACATCAAGGCATTTCCGAACTTGTC  50
      ||||| |||||||||||| |||||||||   ||||||||| ||  |||| 
seq2  CCCAT-GGGGTTGTAGATATCCACCACAATCAGGCATTTCAGA--TTGT-  46

seq1  CCTTGTCTCGGCCCACACAGCCAATTCCACCTAAGAGAGTGAAGCACAGA  100
      |||||| |||||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  CCTTGTTTCGGCCCA-ACAGC--ATTCCA-CTAAGAGAGTGAAGCACAG-  91

seq1  AATGGGGTGT-TTGGGAGCAGAAGTCTCACAATGGACACCCTTCTCCTCT  149
      |||||||||| |||||| || ||||  |||||| |||| | |||||||||
seq2  AATGGGGTGTGTTGGGAACAAAAGTTCCACAAT-GACAACTTTCTCCTCT  140

seq1  TCTAGGGCTGTGGGCAGTACCGGCTTCTGGCCTTGACTTGTTTTTGCTGC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGGCTGTGGGCAGTACCGGCTTCTGGCCTTGACTTGTTTTTGCTGC  190

seq1  CTATTTCAAAGACAAGTTTAATGTCACTGTAATGCCACATTTCCTGTTAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTATTTCAAAGACAAGTTTAATGTCACTGTAATGCCACA-TTCCTGTTAC  239

seq1  TGCTTAGGCAAGATTTATTCCTCGCAGACCCTGCAAAGTTGGTTCACACA  299
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGCTTAGGCAAGATTTA-TCCTCGCAGACCCTGCAAAGTTGG-TCACACA  287

seq1  ATGAGCATTCCCTTCCCAGTAAGGATATTGGTTGAATGACTCAGACACCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCATTCCCTTCCCAGTAAGGATATTGGTTGAATGACTCAGACACCT  337

seq1  GCCTCATTGTGAGCAATGAGTTCACTCATGCAGCTGTCAAGGACTCTCTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCATTGTGAGCAATGAGTTCACTCATGCAGCTGTCAAGGACTCTCTC  387

seq1  TTCCGTGACTCATCATGGCAGGCTGGCTTCTTCACTGCATGCATACTTTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGTGACTCATCATGGCAGGCTGGCTTCTTCACTGCATGCATACTTTT  437

seq1  CCATGTGAAAAGAAGGGCTCTTTGGTAAATTTCAGGTTTGGGATTAGAGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTGAAAAGAAGGGCTCTTTGGTAAATTTCAGGTTTGGGATTAGAGG  487

seq1  GAGACCAGAAAGACTGGGAAGTGAGATGTGTGGGCCCCTTCCTTACTGGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCAGAAAGACTGGGAAGTGAGATGTGTGGGCCCCTTCCTTACTGGA  537

seq1  CACCATGCTTTATTCAGCAGATGCTCACTAACTCCTCGTTGATGGCAAGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGCTTTATTCAGCAGATGCTCACTAACTCCTCGTTGATGGCAAGA  587

seq1  TAATGGCAAGTGACAAGGAGTTTGGAAAGATTGACAAGGCTATTGCTCCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGCAAGTGACAAGGAGTTTGGAAAGATTGACAAGGCTATTGCTCCT  637

seq1  GCTCTTGAGAAATTAATGAAGTGAAGGCAGAACACGGTGGCACATGACTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGAGAAATTAATGAAGTGAAGGCAGAACACGGTGGCACATGACTT  687

seq1  TAATCCCAGCACTGGGGAGGTAGAGGCAGGCAAGATCTCTGTGAGTTCAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCCAGCACTGGGGAGGTAGAGGCAGGCAAGATCTCTGTGAGTTCAA  737

seq1  GGTTAGCCTAGTTGACATAGCAAGTGCCAGGTCAGCCAGGGCCACATCAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGCCTAGTTGACATAGCAAGTGCCAGGTCAGCCAGGGCCACATCAC  787

seq1  GAAACACTGTCTCCAAACAAGAAGTTAACAGAGTGAAAGGGGCCATATAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACACTGTCTCCAAACAAGAAGTTAACAGAGTGAAAGGGGCCATATAT  837

seq1  GTAAATAAATAGAAAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCATCTTAAGGGCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATAAATAGAAAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCATCTTAAGGGCT  887

seq1  ACTTCAAATGGAAATAAGGAGCAGATAAAATATGTACAGAGTTAGGACTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAAATGGAAATAAGGAGCAGATAAAATATGTACAGAGTTAGGACTT  937

seq1  TGAAGTCCAATTGCATAAGATTTTCCAATCCACTGTGATCAGAAACACCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTCCAATTGCATAAGATTTTCCAATCCACTGTGATCAGAAACACCA  987

seq1  GTCACATAGAGAAAACTAAGACACACTTAAGGCCTTCATTATAGATTCCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACATAGAGAAAACTAAGACACACTTAAGGCCTTCATTATAGATTCCA  1037

seq1  TTTGCTGAGAAGTTTTTCACATGGTCTCCTTGCCTCTCTTTCTCACTGCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGAGAAGTTTTTCACATGGTCTCCTTGCCTCTCTTTCTCACTGCT  1087

seq1  ACTTAGACTCTGTCCTTCACTGAATTC  1126
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGACTCTGTCCTTCACTGAATTC  1114

seq1: chr6_88503211_88504294
seq2: B6Ng01-022E23.g_67_1141

seq1  GAATTCCTACACAGGGCTGGCCGAGGCAGGAGGGTCTGCTCTAAGCGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACACAGGGCTGGCCGAGGCAGGAGGGTCTGCTCTAAGCGTGG  50

seq1  GCAGCACCATCCCATGGGAAGGAAGAGTGAGTTGAACACCAGCAGGCATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCACCATCCCATGGGAAGGAAGAGTGAGTTGAACACCAGCAGGCATC  100

seq1  TCTCTGCTTGCTGACTGCAGACAGTGCCTCACACTGCCGCTGCCCTACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCTTGCTGACTGCAGACAGTGCCTCACACTGCCGCTGCCCTACCT  150

seq1  TCCCCACCTTCCCTGCACACTGGAGCCAAAGCAAACCCTTCCTTCCTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACCTTCCCTGCACACTGGAGCCAAAGCAAACCCTTCCTTCCTTAG  200

seq1  TTGCCTTTGTCAGGCATTCGATTACAGCTGTCGGAAAGGTAACCTGTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTTGTCAGGCATTCGATTACAGCTGTCGGAAAGGTAACCTGTGCA  250

seq1  CTCTCAGATACTCACTGGGGCGAGCAAGATTGCATTCTTCATGCAAAACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAGATACTCACTGGGGCGAGCAAGATTGCATTCTTCATGCAAAACC  300

seq1  AAACAGGCACATTCATCCCTTGAGCAAATTCACACTCTTAATTCACACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGCACATTCATCCCTTGAGCAAATTCACACTCTTAATTCACACTC  350

seq1  TTAATTCACACTCTTAATAACAGACAAGAAAATTCTACGTATGCCAATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCACACTCTTAATAACAGACAAGAAAATTCTACGTATGCCAATGA  400

seq1  AGTGTTTAAAATAAATGTCTTTATGAGTTGTGTACCTATCCCTAGGGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTAAAATAAATGTCTTTATGAGTTGTGTACCTATCCCTAGGGTCA  450

seq1  GGTGAACTCAAGGGTGAAAAGGGCTATAGAGAGTGGAAGAGCAGTCCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAACTCAAGGGTGAAAAGGGCTATAGAGAGTGGAAGAGCAGTCCTGG  500

seq1  TGTAAGGCTCACAGATGTGTGCCAACTGTGCAAATAGTTACGTCATATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGGCTCACAGATGTGTGCCAACTGTGCAAATAGTTACGTCATATAA  550

seq1  GGCCTTGAACATAGGAGGAGCTGGGCTGCCACAGGAGTCTGCAACCCACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTGAACATAGGAGGAGCTGGGCTGCCACAGGAGTCTGCAACCCACC  600

seq1  CCTTCCCCAAGGATGCCATCAGAGAAATAAGATGGTTGCTGAGAGAAATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCCAAGGATGCCATCAGAGAAATAAGATGGTTGCTGAGAGAAATC  650

seq1  TAAATAAGCCCGAACACTCACTTGTCCTTTGTTGATTAAAAAAATCACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAGCCCGAACACTCACTTGTCCTTTGTTGATTAAAAAAATCACTA  700

seq1  TTTTGGGGGTCACACAGAT-GGGGGCTGTGTCTCAGTTTCCTACGAGGTG  749
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGGGGTCACACAGATGGGGGGCTGTGTCTCAGTTTCCTACGAGGTG  750

seq1  TGCTGTATAGAACACGTATGATGCAGGTGGTGTAACTTTCAGAGATCTGG  799
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTATAGAACACGTATGATGCATGTGGTGTAACTTTCAGAGATCTGG  800

seq1  AGGCCACTGACTGCCTGTTGGAGTTGGGCTCATGGCTTCAGCAGCTCAGG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGGCCACTGACTGCCTGTTGGAGTTGGGCTCATGGCTTCAGCAGCTCA-G  849

seq1  CACCCAGATTCCTTTGGTTTCTCATCTACCCTGTGCTCTTCAGCACCGAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGATTCCTTTGGTTTCTCATCTACCCTGTGCTCTTCAGCACCGAT  899

seq1  GTCCTCCTGGCCAGATGATGGTTGTTCACTAGTCAATCCCAGAACCCATA  949
      |||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||| |||||||
seq2  GTCCTCCTGG-CAGATGATTGTTGTTCCCTAGTC-ATCCCAG-ACCCATA  946

seq1  AAGGCCTGCATCTCCCTCTGTTTGAGAAGCAGCCTGCTCCCCTCCAGGCT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAGGCCTGCATCTCCCTCTGTTTGAGAAGCAGCCTGCTCCCCTCCAAGCT  996

seq1  GGTGCTGACTCCTTTCAGCCTCAAGATGGTACCCCACTACAGCCTTGTCT  1049
      ||||||||||||||  ||||   ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGTGCTGACTCCTT--AGCCCTCAGATGGTACCCCACTACAG-CTTGTCT  1043

seq1  GTATTCCTGATCCACAATTTCTGT-CTCATTCCCAT  1084
      ||| ||||||||  |||||||||| ||| |||||||
seq2  GTA-TCCTGATC--CAATTTCTGTGCTC-TTCCCAT  1075