BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-025E17
Chromosome6 (Build37)
Map Location 147,341,183 - 147,482,795
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG622129, Ccdc91
Upstream geneItpr2, 4933424B01Rik, Fgfr1op2, Tm7sf3, Surb7, EG626175, Stk38l, LOC621842, Arntl2, 1700023A16Rik, Ppfibp1, 1700034J05Rik, 2210417D09Rik, Mrps35, EG545893, Klhdc5, EG665288, LOC100039641, Pthlh
Downstream geneLOC100039712, LOC100039727, LOC100039736, Mlstd1, Ergic2, Tmtc1, 1110033J19Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-025E17.bB6Ng01-025E17.g
ACCDH856687DH856688
length1,094856
definitionDH856687|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025E17, 5' end.DH856688|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025E17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(147,341,183 - 147,342,283)(147,481,946 - 147,482,795)
sequence
gaattcagctgtttatggcttctgagctgcctgagggtcctaggaagctt
aagtcctctataagggtgttatgtactcttttgctcatctgttccaaaaa
agctgtgtttcaaataattgtgctttttcttgggtaattaaaatagccac
ttaatatagaaaatgagtctgggtgaggtgtattaactaacgtgttattt
agcaggctgctgttaggcttgtcatgaggcccttccagtttccaaaccag
ttttctctttttaatcagtgaatgctcacaatactgtttctttccttcat
ggaaagaaaaagcagagatctccagttaaagatctatagatttgctagga
tttaagaaataatacttttgtaacaatgtacaagtagttccaggcttgtt
gtatataggagataaaagatgggaaggtatgtgccaagggagctcttatg
tgttactgtctaaagttaatccctagggagctcttgtgtgttactgtcta
accttaacccctagatatgggagtaggctctagatcactgggggtcttca
actttcagctgctgaatactgtaggtttcctccaggtttgtgggataaga
aataaaaaaaatatattcctttaagaagcaaagaaactgtgaagctgttc
tcttctgaatgtcatatatatggactgtcaccgtggtgaatcgctcactg
ccaagagcatattggatgttagtgctgcaatagatgtattctcatgttat
aatgtgctaccatcatgcagagaaaatccattcttcctagcttgataaca
ttttagtaagccttatgaagaatttatattggtgttgactgtatcacgga
gggatagcctgggttaaacaaacgttctaggaataattgttctcctaaat
caagcaagcaagcagacagacatacagaaagccccaaagacagaaagccc
tgtcattttatgagaaatgacttcagtcactttctttgcttcccagaaag
aaaaaaaaaactgaaaagattatatgatatttctgcttctatttggccta
tttccaccaagtccagttctggacagtgctatgtggattttttt
gaattcttattttaaaaggtcatcgagcatgaattaagtcagcatgcagc
ctctgtgctcctcctgagacatgcctgtgctcacctgagccttggagatg
gtctgactcatgaggctgctatctgcatgcgtatcatctgctgaggaaat
gacagcatctggagggaggtggccagtggatggagatgagtggtcatggt
ccaggataagctccggagaagctggtgagagtcgcactccggatactgaa
gacagagcacaagggaaaggtcagaagacgagacagagacaggttaggtg
gataggagagggtgtaacacttagagcagggagggtgaaaacactctaaa
aggagtgtttctgaattacacatacaagatgcgtccatgtgtgttaaaga
ctaacacattctaacatcctaacacacaaattggccgagtctactagaga
ggcttgcttctaccagagcaaacattcaacttaagacacatccactcact
agcacagagttgaacagctaaactattcattatagcaacacgaaggagaa
gggaggactgctgtagaaacctggaatgtcctcttttgtaataattttgt
taaagtttcaattataaagacaaacttcactttactggattatttccaca
aaagcaatgcttgtgagacaatttttgctattattttcataatgaaacct
tgtatactgtgattaaggtcacatttaggaggtgttggaagcagctaatt
ggccaggacagatgagacaataatacaaatgaggaaaaacatatttatat
tagttttatttttaaatgcttccaaaagtccaagttgaatctaatatgtt
tgaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_147341183_147342283
seq2: B6Ng01-025E17.b_46_1139

seq1  GAATTCAGCTGTTTATGGCTTCTGAGCTGCCTGAGGGTCCTAGGAAGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTGTTTATGGCTTCTGAGCTGCCTGAGGGTCCTAGGAAGCTT  50

seq1  AAGTCCTCTATAAGGGTGTTATGTACTCTTTTGCTCATCTGTTCCAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCTCTATAAGGGTGTTATGTACTCTTTTGCTCATCTGTTCCAAAAA  100

seq1  AGCTGTGTTTCAAATAATTGTGCTTTTTCTTGGGTAATTAAAATAGCCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGTTTCAAATAATTGTGCTTTTTCTTGGGTAATTAAAATAGCCAC  150

seq1  TTAATATAGAAAATGAGTCTGGGTGAGGTGTATTAACTAACGTGTTATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATATAGAAAATGAGTCTGGGTGAGGTGTATTAACTAACGTGTTATTT  200

seq1  AGCAGGCTGCTGTTAGGCTTGTCATGAGGCCCTTCCAGTTTCCAAACCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGCTGCTGTTAGGCTTGTCATGAGGCCCTTCCAGTTTCCAAACCAG  250

seq1  TTTTCTCTTTTTAATCAGTGAATGCTCACAATACTGTTTCTTTCCTTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCTTTTTAATCAGTGAATGCTCACAATACTGTTTCTTTCCTTCAT  300

seq1  GGAAAGAAAAAGCAGAGATCTCCAGTTAAAGATCTATAGATTTGCTAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGAAAAAGCAGAGATCTCCAGTTAAAGATCTATAGATTTGCTAGGA  350

seq1  TTTAAGAAATAATACTTTTGTAACAATGTACAAGTAGTTCCAGGCTTGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGAAATAATACTTTTGTAACAATGTACAAGTAGTTCCAGGCTTGTT  400

seq1  GTATATAGGAGATAAAAGATGGGAAGGTATGTGCCAAGGGAGCTCTTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATAGGAGATAAAAGATGGGAAGGTATGTGCCAAGGGAGCTCTTATG  450

seq1  TGTTACTGTCTAAAGTTAATCCCTAGGGAGCTCTTGTGTGTTACTGTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACTGTCTAAAGTTAATCCCTAGGGAGCTCTTGTGTGTTACTGTCTA  500

seq1  ACCTTAACCCCTAGATATGGGAGTAGGCTCTAGATCACTGGGGGTCTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTAACCCCTAGATATGGGAGTAGGCTCTAGATCACTGGGGGTCTTCA  550

seq1  ACTTTCAGCTGCTGAATACTGTAGGTTTCCTCCAGGTTTGTGGGATAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCAGCTGCTGAATACTGTAGGTTTCCTCCAGGTTTGTGGGATAAGA  600

seq1  AATAAAAAAAATATATTCCTTTAAGAAGCAAAGAAACTGTGAAGCTGTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAAAAATATATTCCTTTAAGAAGCAAAGAAACTGTGAAGCTGTTC  650

seq1  TCTTCTGAATGTCATATATATGGACTGTCACCGTGGTGAATCGCTCACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGAATGTCATATATATGGACTGTCACCGTGGTGAATCGCTCACTG  700

seq1  CCAAGAGCATATTGGATGTTAGTGCTGCAATAGATGTATTCTCATGTTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAGCATATTGGATGTTAGTGCTGCAATAGATGTATTCTCATGTTAT  750

seq1  AATGTGCTACCATCATGCAGAGAAAATCCATTCTTCCTAGCTTGATAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGCTACCATCATGCAGAGAAAATCCATTCTTCCTAGCTTGATAACA  800

seq1  TTTTAGTAAGCCTTATGAAGAATTTATATTGGTGTTGACTGTATCACGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGTAAGCCTTATGAAGAATTTATATTGGTGTTGACTGTATCACGGA  850

seq1  GGGATAGCCTGGTTTAAACAAACGTTCTAGGAATAATTGTTCTCCTAAAT  900
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATAGCCTGGGTTAAACAAACGTTCTAGGAATAATTGTTCTCCTAAAT  900

seq1  CAAGCAAGCAAGCAGACAGACAAACAGAAAGCCCCAAAGACAGAAAGCCC  950
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAAGCAAGCAGACAGACATACAGAAAGCCCCAAAGACAGAAAGCCC  950

seq1  TGTCATTTTATGAGAAATGACTTCAAGTCAACTTTCCTTTGCTTCCCAGA  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||
seq2  TGTCATTTTATGAGAAATGACTTC-AGTC-ACTTT-CTTTGCTTCCCAGA  997

seq1  AAGAAAAAAAAAACTGAAAAGATTATATTGAGTATTTCTGCCTCTATTTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||
seq2  AAGAAAAAAAAAACTGAAAAGATTATA-TGA-TATTTCTGCTTCTATTTG  1045

seq1  GCCTAATTTCAACCCAAGTCCAGTTCT-GACAGTTGCTATGTTGATTTTT  1099
      ||||| || ||  |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||
seq2  GCCTATTTCCA--CCAAGTCCAGTTCTGGACAG-TGCTATGTGGATTTTT  1092

seq1  TT  1101
      ||
seq2  TT  1094

seq1: chr6_147481946_147482795
seq2: B6Ng01-025E17.g_66_921 (reverse)

seq1  ATTTCAAACATATTAGATTC-ACTTGAACTTTTGGAAGCATTTAAAAAT-  48
      | |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  AATTCAAACATATTAGATTCAACTTGGACTTTTGGAAGCATTTAAAAATA  50

seq1  AAACTAATATAAATATGTTTTTCCTCATTTGTATTTTTGTCTCTCTTGTC  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||
seq2  AAACTAATATAAATATGTTTTTCCTCATTTGTATTATTGTCTCATCTGTC  100

seq1  CTGGCCAATTAGCTGCTTCC-ACACCTCCT-AATGTGAACCTTAATCACA  146
      |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  CTGGCCAATTAGCTGCTTCCAACACCTCCTAAATGTG-ACCTTAATCACA  149

seq1  GTATAACAAGG-TTCATTATGAAAATAATAGC-AAAATTGTCTCAC-AGC  193
      |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  GTAT-ACAAGGTTTCATTATGAAAATAATAGCAAAAATTGTCTCACAAGC  198

seq1  ATTGCTTTTGTGGAAATAATCCAGT-AAGTGAAGTTTGTCTTTATAATTG  242
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTTTTGTGGAAATAATCCAGTAAAGTGAAGTTTGTCTTTATAATTG  248

seq1  AAACTTTAACAAAATTATTACAAAAGAGGACATTCCAGGTTTCTACAGCA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTAACAAAATTATTACAAAAGAGGACATTCCAGGTTTCTACAGCA  298

seq1  GTCCTCCCTTCTCCTTCGTGTTGCTATAATGAATAGTTTAGCTGTTCAAC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCCCTTCTCCTTCGTGTTGCTATAATGAATAGTTTAGCTGTTCAAC  348

seq1  TCTGTGCTAGTGAGTGGATGTGTCTTAAGTTGAATGTTTGCTCTGGTAGA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCTAGTGAGTGGATGTGTCTTAAGTTGAATGTTTGCTCTGGTAGA  398

seq1  AGCAAGCCTCTCTAGTAGACTCGGCCAATTTGTGTGTTAGGATGTTAGAA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCCTCTCTAGTAGACTCGGCCAATTTGTGTGTTAGGATGTTAGAA  448

seq1  TGTGTTAGTCTTTAACACACATGGACGCATCTTGTATGTGTAATTCAGAA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTAGTCTTTAACACACATGGACGCATCTTGTATGTGTAATTCAGAA  498

seq1  ACACTCCTTTTAGAGTGTTTTCACCCTCCCTGCTCTAAGTGTTACACCCT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCCTTTTAGAGTGTTTTCACCCTCCCTGCTCTAAGTGTTACACCCT  548

seq1  CTCCTATCCACCTAACCTGTCTCTGTCTCGTCTTCTGACCTTTCCCTTGT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTATCCACCTAACCTGTCTCTGTCTCGTCTTCTGACCTTTCCCTTGT  598

seq1  GCTCTGTCTTCAGTATCCGGAGTGCGACTCTCACCAGCTTCTCCGGAGCT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTCTTCAGTATCCGGAGTGCGACTCTCACCAGCTTCTCCGGAGCT  648

seq1  TATCCTGGACCATGACCACTCATCTCCATCCACTGGCCACCTCCCTCCAG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTGGACCATGACCACTCATCTCCATCCACTGGCCACCTCCCTCCAG  698

seq1  ATGCTGTCATTTCCTCAGCAGATGATACGCATGCAGATAGCAGCCTCATG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTCATTTCCTCAGCAGATGATACGCATGCAGATAGCAGCCTCATG  748

seq1  AGTCAGACCATCTCCAAGGCTCAGGTGAGCACAGGCATGTCTCAGGAGGA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGACCATCTCCAAGGCTCAGGTGAGCACAGGCATGTCTCAGGAGGA  798

seq1  GCACAGAGGCTGCATGCTGACTTAATTCATGCTCGATGACCTTTTAAAAT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGAGGCTGCATGCTGACTTAATTCATGCTCGATGACCTTTTAAAAT  848

seq1  AAGAATTC  850
      ||||||||
seq2  AAGAATTC  856