BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-025H02
Chromosome6 (Build37)
Map Location 85,726,116 - 85,864,560
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC623273, Cml5, Cml4, LOC100043504, LOC100043508, Cml2, LOC665177, 1700019G17Rik, Cml1
Upstream geneExoc6b, LOC665129, Npm3-ps1, EG545861, EG623016, Spr, LOC665086, LOC665089, Emx1, Sfxn5, Rab11fip5, Noto, Smyd5, 1700040I03Rik, Cct7, Fbxo41, Egr4, Alms1, LOC100043497, EG665134, LOC100043493, Cml3
Downstream geneTprkb, EG434057, LOC665213, Dusp11, Figla, Add2, Tgfa, LOC665233, LOC100043094, LOC100043527, 2010309E21Rik, Snrpg, Pcyox1, Tia1, C87436, 2310040G24Rik, Pcbp1, Asprv1, Mxd1, 2610209M04Rik, Gmcl1, Anxa4, 2610306M01Rik, Aak1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-025H02.bB6Ng01-025H02.g
ACCDH856794DH856795
length9551,154
definitionDH856794|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025H02, 5' end.DH856795|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-025H02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,726,116 - 85,727,066)(85,863,385 - 85,864,560)
sequence
gaattccttcataggcctaaccctttgccgtacagaatttaagcattaca
acacatagttacagaccaaacctcagcaaaatgtaaaatggtatagttgt
tctggagaacaatgtattctctctctctcaaaaaaaaaaaaattaaacaa
ttaccatacaaatgtagcaatcccactttggggcatatattcaaaagaat
ttaaaaccagatctcaaacatcacacatgtttattgtagttatttattat
aaccaagaggtaggagtgatccagttgtccatcagataattggataagga
aaaagtgaattcttggtcaatgaagagttttcatagagagctatatgcat
gtaatacaagcactctgaaagcagagcaggaggattacaaattagaggcc
actgtaatctacatagtcaattcaaggtcattatagaatacataactaga
ccttgcctcaaacaaaacaacaataaaaaatgtgacttatatttaaaaat
ggttattatgccttcttcatgaggaaattgtcagtgtgctataacatgga
taaactttgtaaggagctacactaagccaaatagcccagccattaaggtt
gatttaatgctttgatcctcttgttagtaccaaactgactttgattactg
ttgattcatggtaaagttttgatctaggatgtgttgggactttcaacttt
attttatggtgtatatatatacacacatgcatagggtgtgtctgtgtgta
tacttatgtatattatatatgtattacattatataaattgctttttctgt
ttgattagtgagtagtcatactgatagttaaaaccactttattttagttt
cttgcctattgttgtgataaaatacgacccaagcaacttaaaaaagggtt
tatttggggttatggttccagagggataggaggccgtcatgatcatggta
tggaa
gaattctctggcacaaaaagatgtacatcagaacataccatatgtagcag
gagcagctgtgtcttggagtgagaatttctgaaatatgctttgttctgaa
acagatatagacaataaaggtctgaaccaaagttagaagacagtgtcagg
tagccacatataaaaccatttctctgtaacttctcagctttccttttgga
aagtccaccacagtgagtccagtctcactcaccagggctagactgccctg
cacttatagcctttctgtttcagcttccccagtgctggaatttcacacaa
gcagtgtgacttggttctaattctgactcctttccacatctctgaagata
ctattgtttggttgtggtggtttaattttatctctcagccctgtgatggg
atctgtcccaaccgatctgattctgtgttgaaggcgtgaatgagtgacac
atgtcaaggaattaatgccaataaaccctagagcctaccttgtctatttt
tttttttttacattttgtttatcctgttggtgacgtccttgcatctccat
taaatcactaatggggatgtccattagaggctgtatttctgcagaatgtc
tgcaggcaatagccatataactcttatttatttatttattattttttatt
tattagatattttctttatatagatttcaaatgctatcccgaaagtcccc
tataccctccccctgccctgctcccctacccacccactcccacttcttgg
ccctggtgttcccctgtattggggcatataaagtttgtaataccaagggg
cctctctttccagtgatggccaactaggccatcttctgctacatatgcag
ctagagacacaagctctgggggtactggttagttcatattgttgttccat
ctatagggttgcagaccccttcagctcttgggtgctttctctagcttctc
agccatataattcttaaaggagaacacaaaacagactatgagtgaatatt
taaggaaagctagtgtaagtattgcagtccatcaggtagctcagcagcct
ggaaactggatgaatcccggatcacctgaggaggaaggcgagaacactgc
gaagctgcttctgactctcactcagcatgcacacgaagtaatgagaaatc
tata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_85726116_85727066
seq2: B6Ng01-025H02.b_35_989

seq1  GAATTCCTTCATAGGCCTAACCCTTTG-GGTACAGAATTTAAGCATTACA  49
      |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCATAGGCCTAACCCTTTGCCGTACAGAATTTAAGCATTACA  50

seq1  ACACATAGTTACAGACCAAACCTCAGCAAAATGTAAAATGGTATAGTTGT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATAGTTACAGACCAAACCTCAGCAAAATGTAAAATGGTATAGTTGT  100

seq1  TCTGGAGAACAATGTATTCTCTCTCTCTCAAAAAAAAAAAAATTAAACAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGAACAATGTATTCTCTCTCTCTCAAAAAAAAAAAAATTAAACAA  150

seq1  TTACCATACAAATGTAGCAATCCCACTTTGGGGCATATATTCAAAAGAAT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCATACAAATGTAGCAATCCCACTTTGGGGCATATATTCAAAAGAAT  200

seq1  TTAAAACCAGATCTCAAACATCACACATGTTTATTGTAGTTATTTATTAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACCAGATCTCAAACATCACACATGTTTATTGTAGTTATTTATTAT  250

seq1  AACCAAGAGGTAGGAGTGATCCAGTTGTCCATCAGATAATTGGATAAGGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAGAGGTAGGAGTGATCCAGTTGTCCATCAGATAATTGGATAAGGA  300

seq1  AAAAGTGAATTCTTGGTCAATGAAGAGTTTTCATAGAGAGCTATATGCAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTGAATTCTTGGTCAATGAAGAGTTTTCATAGAGAGCTATATGCAT  350

seq1  GTAATACAAGCACTCTGAAAGCAGAGCAGGAGGATTACAAATTAGAGGCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATACAAGCACTCTGAAAGCAGAGCAGGAGGATTACAAATTAGAGGCC  400

seq1  ACTGTAATCTACATAGTCAATTCAAGGTCATTATAGAATACATAACTAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAATCTACATAGTCAATTCAAGGTCATTATAGAATACATAACTAGA  450

seq1  CCTTGCCTCAAACAAAACAACAATAAAAAATGTGACTTATATTTAAAAAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCCTCAAACAAAACAACAATAAAAAATGTGACTTATATTTAAAAAT  500

seq1  GGTTATTATGCCTTCTTCATGAGGAAATTGTCAGTGTGCTATAACATGGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATTATGCCTTCTTCATGAGGAAATTGTCAGTGTGCTATAACATGGA  550

seq1  TAAACTTTGTAAGGAGCTACACTAAGCCAAATAGCCCAGCCATTAAGGTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTTTGTAAGGAGCTACACTAAGCCAAATAGCCCAGCCATTAAGGTT  600

seq1  GATTTAATGCTTTGATCCTCTTGTTAGTACCAAACTGAC-TTGATTACTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GATTTAATGCTTTGATCCTCTTGTTAGTACCAAACTGACTTTGATTACTG  650

seq1  TTGATTCATGGTAAAG-TTTGATCTAGGATGTGTT-GGACTTTCAACTTT  696
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTGATTCATGGTAAAGTTTTGATCTAGGATGTGTTGGGACTTTCAACTTT  700

seq1  ATTTTATGGTGTATATATATACACACATGCATAGGGTGTGTCTGTGTGTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATGGTGTATATATATACACACATGCATAGGGTGTGTCTGTGTGTA  750

seq1  TACTTATGTATATTATATATGTATTACATTATATAAATTGC-TTTTCTGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TACTTATGTATATTATATATGTATTACATTATATAAATTGCTTTTTCTGT  800

seq1  TTGATTTAGTGAGTAGTCATACTGATAGTTAAAACCACTTTTATTTTAGT  845
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTGA-TTAGTGAGTAGTCATACTGATAGTTAAAACCAC-TTTATTTTAGT  848

seq1  TTCTTGTCTATTGTTGTGATAAAATACGACCAAGGCAACTTAAAGAAGGG  895
      |||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||
seq2  TTCTTGCCTATTGTTGTGATAAAATACGACCCAAGCAACTTAAAAAAGGG  898

seq1  TTTATTTGGGCTTAT-GTTCCAGAGGGATAGGAGGCCGTCATGATCATGG  944
      |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTGGGGTTATGGTTCCAGAGGGATAGGAGGCCGTCATGATCATGG  948

seq1  TAGGGAA  951
      || ||||
seq2  TATGGAA  955

seq1: chr6_85863385_85864560
seq2: B6Ng01-025H02.g_67_1220 (reverse)

seq1  TATAGAATTCTCATTACTATCGTGTGTGCCATGGCTTGAGTGGAGGTCAG  50
      |||||| ||||||||||| |||||||   ||||   ||||||   |||||
seq2  TATAGATTTCTCATTACT-TCGTGTG---CATG--CTGAGTGAGAGTCAG  44

seq1  AAGGCAAGCTCTCGCAGTTGGTTCTCGCCTTCCTCCTCAGGTGGGTTCCC  100
      |||   |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||     ||
seq2  AAG--CAGCT-TCGCAGT--GTTCTCGCCTTCCTCCTCAGGTG---ATCC  86

seq1  GGGATTCATTCAGGTCTCAGGCTTGCTGGGCTACCTTGATGGACTGC-AT  149
      ||||||||| ||| |  ||||| ||||| |||||| ||||||||||| ||
seq2  GGGATTCATCCAGTTTCCAGGC-TGCTGAGCTACC-TGATGGACTGCAAT  134

seq1  ACTTTAACACTAGCTTTCCTTAAATATTCACTCATTAGTTCTGTTTTGTG  199
      ||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  ACTT--ACACTAGCTTTCCTTAAATATTCACTCA-TAG-TCTGTTTTGTG  180

seq1  TTCTCCTTTAAGAATTATATGGCTGGAGAAGCTAGAGAAAGCACCCAAGG  249
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTCTCCTTTAAGAATTATATGGCT-GAGAAGCTAGAGAAAGCACCCAA-G  228

seq1  AGCTGAAGGGGTCTGCAACCCTATAGATGGAACAACAATATGAACTAACC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAAGGGGTCTGCAACCCTATAGATGGAACAACAATATGAACTAACC  278

seq1  AGTACCCCCCAGAGCTTGTGTCTCTAGCTGCATATGTAGCAGAAGATGGC  349
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTA-CCCCCAGAGCTTGTGTCTCTAGCTGCATATGTAGCAGAAGATGGC  327

seq1  CTAGTTGGCCATCACTGGGAAGAGAGGCCCCTTGGTATTACAAACTTTAT  399
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCCTTGGTATTACAAACTTTAT  377

seq1  ATGCCCCAATACAGGGGAACACCAGGGCCAAGAAGTGGGAGTGGGTGGGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCCAATACAGGGGAACACCAGGGCCAAGAAGTGGGAGTGGGTGGGT  427

seq1  AGGGGAGCAGGGCAGGGGGAGGGTATAGGGGACTTTCGGGATAGCATTTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAGCAGGGCAGGGGGAGGGTATAGGGGACTTTCGGGATAGCATTTG  477

seq1  AAATCTATATAAAGAAAATATCTAATAAATAAAAAATAATAAATAAATAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTATATAAAGAAAATATCTAATAAATAAAAAATAATAAATAAATAA  527

seq1  ATAAGAGTTATATGGCTATTGCCTGCAGACATTCTGCAGAAATACAGCCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAGTTATATGGCTATTGCCTGCAGACATTCTGCAGAAATACAGCCT  577

seq1  CTAATGGACATCCCCATTAGTGATTTAATGGAGATGCAAGGACGTCACCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGGACATCCCCATTAGTGATTTAATGGAGATGCAAGGACGTCACCA  627

seq1  ACAGGATAAACAAAATGTAAAAAAAAAAAAATAGACAAGGTAGGCTCTAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATAAACAAAATGTAAAAAAAAAAAAATAGACAAGGTAGGCTCTAG  677

seq1  GGTTTATTGGCATTAATTCCTTGACATGTGTCACTCATTCACGCCTTCAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTATTGGCATTAATTCCTTGACATGTGTCACTCATTCACGCCTTCAA  727

seq1  CACAGAATCAGATCGGTTGGGACAGATCCCATCACAGGGCTGAGAGATAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAATCAGATCGGTTGGGACAGATCCCATCACAGGGCTGAGAGATAA  777

seq1  AATTAAACCACCACAACCAAACAATAGTATCTTCAGAGATGTGGAAAGGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAACCACCACAACCAAACAATAGTATCTTCAGAGATGTGGAAAGGA  827

seq1  GTCAGAATTAGAACCAAGTCACACTGCTTGTGTGAAATTCCAGCACTGGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAATTAGAACCAAGTCACACTGCTTGTGTGAAATTCCAGCACTGGG  877

seq1  GAAGCTGAAACAGAAAGGCTATAAGTGCAGGGCAGTCTAGCCCTGGTGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGAAACAGAAAGGCTATAAGTGCAGGGCAGTCTAGCCCTGGTGAG  927

seq1  TGAGACTGGACTCACTGTGGTGGACTTTCCAAAAGGAAAGCTGAGAAGTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACTGGACTCACTGTGGTGGACTTTCCAAAAGGAAAGCTGAGAAGTT  977

seq1  ACAGAGAAATGGTTTTATATGTGGCTACCTGACACTGTCTTCTAACTTTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAAATGGTTTTATATGTGGCTACCTGACACTGTCTTCTAACTTTG  1027

seq1  GTTCAGACCTTTATTGTCTATATCTGTTTCAGAACAAAGCATATTTCAGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGACCTTTATTGTCTATATCTGTTTCAGAACAAAGCATATTTCAGA  1077

seq1  AATTCTCACTCCAAGACACAGCTGCTCCTGCTACATATGGTATGTTCTGA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTCACTCCAAGACACAGCTGCTCCTGCTACATATGGTATGTTCTGA  1127

seq1  TGTACATCTTTTTGTGCCAGAGAATTC  1176
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATCTTTTTGTGCCAGAGAATTC  1154