BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-035E19
Chromosome6 (Build37)
Map Location 108,602,021 - 108,757,994
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBhlhb2, Arl8b
Upstream geneSetmar, Sumf1, LOC100043718, Itpr1, LOC677205
Downstream geneEdem1, EG627371, LOC639110, LOC100043720
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-035E19.bB6Ng01-035E19.g
ACCDH863803DH863804
length1,095946
definitionDH863803|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-035E19, 5' end.DH863804|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-035E19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,756,872 - 108,757,994)(108,602,021 - 108,602,974)
sequence
gaattcaatttccagtgccacggaaaataaataaataggcctggagagat
agctcagcagttaagagcactgactgctgctgcttctagaggatctgggt
tcaatcccttgcacctatattttggctcataaccatctataattccagtt
ccatgaaatctgacacctcttctggcctcatggggtacctggcacacaca
tggtgcacagatatatgtgcatgcagaacacccatacacatacataaaat
tattgaaaggggtagatagatagttcaaagcacttctcttacaaaggacc
taggtttccgttcacaaagatctctaacttcaatcccagagactctaacg
ccctcttctggcctctatgggcagtgcatgcaagtattacacagacacat
agtcagacaaaacacccatgctcataaaaaaataataagatttattttaa
tgggagagaggctataaagacttgcaaaagacccaggttcaattcccaga
atccgcatgacagctcacaatagtctataactacagcttgaagggatcca
actccctcttctgacttctttaggcacaggcatgtacacagttcacatac
ataagtgcacacaaaacatttagacaaatcaataaatctaattttttcct
tattttaaaaataaatatgaaacaaaggaagaggaaaaaatgtaaagaga
atagaaaggggagggggacaggaaagcttaccctcctgactaaattaaaa
ttgtgatcatcagtaatgctgctataagaaaatgccacggtgtagagagc
agtggtgttctggggtgctcctgaccttcttagggttcattcatcgcttt
ctttgccagtactactcagtaaatactgaaatgtactgacatatcttacc
attgctacaataatctacacagctaatattaaactaccctgctaggacac
tttcagtagtaagtgttgccatgcagcagactaagagtgatccagaaaca
gtaagctaatgcagttacgatgctgtaagctcatgttctttcgtaaggtg
caagcgaagacaacaatcaactgcaggcagctgcatggacatatg
gaattcagtaggtgattatggggataaaactaaaaagaacatgaagaaag
attctgggatgaacatggaagaagaaagctgtcccttgggttgatggcat
gtcagccagcttttcttcattgtgacaaaatatctgagattaaaaaaata
aaaaccacttaggctaacaagatggctcactgggcaacttacctgatgct
ctgagttcagtccctgggatccactgagaaggaggagagatctgacttct
atacgtgtgctgcacataggcatggctatatacctacacacatgtgaatg
aacacacactaaataaatgtaacttaaaaacaacataaagccaggtatgg
ctttcatgccagcactcaggcagcaagagcaggcagatctctggatgatg
ggtaatatagtgaaaccctgcattcaaagaaaggaaggaagaaaagaaag
aaaagattttctaaaatctatgcataaataaaagatatttaaatggggtt
gccctataatggtgggggcacagtgtaccaactagacactatatgctagc
aaataaaatctccagtgccaacaggttacctctttttgagttgttgacca
gtggctcatagaccccccaaacatttcaggttactgccacggctctttgg
ttactctccagaatgtatggtagggctctataaatgaaagatattgaata
cttggcacagaacatggaaaaactcagctggtactcactggaggcttcat
ccttaactgtctttgctttcatgtgctagaaagggcagcacacgctcctg
aagagcataattcattaatcacatgatctatgctgtaacactatgagtat
aattatgtcgatctggccaggtcatacacattggtataatggtggcaaaa
tgttatgggagtaccacactttctgattagatttctaagtcctttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_108756872_108757994
seq2: B6Ng01-035E19.b_47_1141 (reverse)

seq1  CATATGT-CATGCTAGCTGGCCTGCAAGTTTTGAATGTTGTCTCTGCCTT  49
      ||||||| ||||| |||| |||||||    |||| |||||||| |  |||
seq2  CATATGTCCATGC-AGCT-GCCTGCA---GTTGATTGTTGTCT-TCGCTT  44

seq1  GCACCTTACTGTAAGAACACTGGGCTTACAGCCATACGCTACTGCATTTA  99
      ||||||||| | ||||||| || |||||||| ||| ||  |||||| |||
seq2  GCACCTTAC-GAAAGAACA-TGAGCTTACAG-CAT-CGTAACTGCA-TTA  89

seq1  GCTTTACCTGTGTTCTGGGATCCACTCTTAGGTCTGCTTGCATGGCAACC  149
      ||||   |||| |||| |||| |||||||| |||||| |||||||||| |
seq2  GCTT--ACTGT-TTCT-GGAT-CACTCTTA-GTCTGC-TGCATGGCAA-C  131

seq1  ACTTTACCTACTGAAAGGTGTCCCTAGCCAGGGTAGTTTAATATTTAGCT  199
      ||||   ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  ACTT--ACTACTGAAA-GTGT-CCTAG-CAGGGTAGTTTAATA-TTAGCT  175

seq1  GTTGTAGATTATTGGTAGCAATGGTAAGATATTGTCAGTACATTTCAGTA  249
      | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  G-TGTAGATTATT-GTAGCAATGGTAAGATA-TGTCAGTACATTTCAGT-  221

seq1  ATTTACCTGAGTAGTACTGGCAAAGAAAGCGATGAATGAACCCTAAGAAG  299
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTA-CTGAGTAGTACTGGCAAAGAAAGCGATGAATGAACCCTAAGAAG  270

seq1  GTCAGGAGCACCCCAGAACACCACTGCTCTCTACACCGTGGCATTTTCTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGAGCACCCCAGAACACCACTGCTCTCTACACCGTGGCATTTTCTT  320

seq1  ATAGCAGCATTACTGATGATCACAATTTTAATTTAGTCAGGAGGGTAAGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAGCATTACTGATGATCACAATTTTAATTTAGTCAGGAGGGTAAGC  370

seq1  TTTCCTGTCCCCCTCCCC-TTCTATTCTCTTTACATTTTTTCCTCTTCCT  448
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGTCCCCCTCCCCTTTCTATTCTCTTTACATTTTTTCCTCTTCCT  420

seq1  TTGTTTCATATTTATTTTTAAAATAAGGAAAAAATTAGATTTATTGATTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCATATTTATTTTTAAAATAAGGAAAAAATTAGATTTATTGATTT  470

seq1  GTCTAAATGTTTTGTGTGCACTTATGTATGTGAACTGTGTACATGCCTGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAAATGTTTTGTGTGCACTTATGTATGTGAACTGTGTACATGCCTGT  520

seq1  GCCTAAAGAAGTCAGAAGAGGGAGTTGGATCCCTTCAAGCTGTAGTTATA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAAAGAAGTCAGAAGAGGGAGTTGGATCCCTTCAAGCTGTAGTTATA  570

seq1  GACTATTGTGAGCTGTCATGCGGATTCTGGGAATTGAACCTGGGTCTTTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATTGTGAGCTGTCATGCGGATTCTGGGAATTGAACCTGGGTCTTTT  620

seq1  GCAAGTCTTTATAGCCTCTCTCCCATTAAAATAAATCTTATTATTTTTTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTCTTTATAGCCTCTCTCCCATTAAAATAAATCTTATTATTTTTTT  670

seq1  ATGAGCATGGGTGTTTTGTCTGACTATGTGTCTGTGTAATACTTGCATGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCATGGGTGTTTTGTCTGACTATGTGTCTGTGTAATACTTGCATGC  720

seq1  ACTGCCCATAGAGGCCAGAAGAGGGCGTTAGAGTCTCTGGGATTGAAGTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCCATAGAGGCCAGAAGAGGGCGTTAGAGTCTCTGGGATTGAAGTT  770

seq1  AGAGATCTTTGTGAACGGAAACCTAGGTCCTTTGTAAGAGAAGTGCTTTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATCTTTGTGAACGGAAACCTAGGTCCTTTGTAAGAGAAGTGCTTTG  820

seq1  AACTATCTATCTACCCCTTTCAATAATTTTATGTATGTGTATGGGTGTTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATCTATCTACCCCTTTCAATAATTTTATGTATGTGTATGGGTGTTC  870

seq1  TGCATGCACATATATCTGTGCACCATGTGTGTGCCAGGTACCCCATGAGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCACATATATCTGTGCACCATGTGTGTGCCAGGTACCCCATGAGG  920

seq1  CCAGAAGAGGTGTCAGATTTCATGGAACTGGAATTATAGATGGTTATGAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGAGGTGTCAGATTTCATGGAACTGGAATTATAGATGGTTATGAG  970

seq1  CCAAAATATAGGTGCAAGGGATTGAACCCAGATCCTCTAGAAGCAGCAGC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATATAGGTGCAAGGGATTGAACCCAGATCCTCTAGAAGCAGCAGC  1020

seq1  AGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCTATCTCTCCAGGCCTATTTATTTATT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCTATCTCTCCAGGCCTATTTATTTATT  1070

seq1  TTCCGTGGCACTGGAAATTGAATTC  1123
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGTGGCACTGGAAATTGAATTC  1095

seq1: chr6_108602021_108602974
seq2: B6Ng01-035E19.g_67_1012

seq1  GAATTCAGTAGGTGATTATGGGGATAAAACTAAAAAGAACATGAAGAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAGGTGATTATGGGGATAAAACTAAAAAGAACATGAAGAAAG  50

seq1  ATTCTGGGATGAACATGGAAGAAGAAAGCTGTCCCTTGGGTTGATGGCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGGATGAACATGGAAGAAGAAAGCTGTCCCTTGGGTTGATGGCAT  100

seq1  GTCAGCCAGCTTTTCTTCATTGTGACAAAATATCTGAGATTAAAAAAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCCAGCTTTTCTTCATTGTGACAAAATATCTGAGATTAAAAAAATA  150

seq1  AAAACCACTTAGGCTAACAAGATGGCTCACTGGGCAACTTACCTGATGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCACTTAGGCTAACAAGATGGCTCACTGGGCAACTTACCTGATGCT  200

seq1  CTGAGTTCAGTCCCTGGGATCCACTGAGAAGGAGGAGAGATCTGACTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTCAGTCCCTGGGATCCACTGAGAAGGAGGAGAGATCTGACTTCT  250

seq1  ATACGTGTGCTGCACATAGGCATGGCTATATACCTACACACATGTGAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGTGTGCTGCACATAGGCATGGCTATATACCTACACACATGTGAATG  300

seq1  AACACACACTAAATAAATGTAACTTAAAAACAACATAAAGCCAGGTATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACACTAAATAAATGTAACTTAAAAACAACATAAAGCCAGGTATGG  350

seq1  CTTTCATGCCAGCACTCAGGCAGCAAGAGCAGGCAGATCTCTGGATGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATGCCAGCACTCAGGCAGCAAGAGCAGGCAGATCTCTGGATGATG  400

seq1  GGTAATATAGTGAAACCCTGCATTCAAAGAAAGGAAGGAAGAAAAGAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATATAGTGAAACCCTGCATTCAAAGAAAGGAAGGAAGAAAAGAAAG  450

seq1  AAAAGATTTTCTAAAATCTATGCATAAATAAAAGATATTTAAATGGGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATTTTCTAAAATCTATGCATAAATAAAAGATATTTAAATGGGGTT  500

seq1  GCCCTATAATGGTGGGGGCACAGTGTACCAACTAGACACTATATGCTAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTATAATGGTGGGGGCACAGTGTACCAACTAGACACTATATGCTAGC  550

seq1  AAATAAAATCTCCAGTGCCAACAGGTTACCTCTTTTTGAGTTGTTGACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAATCTCCAGTGCCAACAGGTTACCTCTTTTTGAGTTGTTGACCA  600

seq1  GTGGCTCATAGACCCCCCAAACATTTCAGGTTACTGCCACGGCTC-TTGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTGGCTCATAGACCCCCCAAACATTTCAGGTTACTGCCACGGCTCTTTGG  650

seq1  TTACTCTCCAGAATGTATGGTAGGGCCCTATAAATGAAAGATATTGAATA  699
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCTCCAGAATGTATGGTAGGGCTCTATAAATGAAAGATATTGAATA  700

seq1  CTTGGGCACAGAACATGGAAAAACTCAGGCTGGTACTCACTGGAGGCTTC  749
      ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTT-GGCACAGAACATGGAAAAACTCA-GCTGGTACTCACTGGAGGCTTC  748

seq1  ATCCTT-ACTGTC-TTGCTTTCATGGTGCTAGAAAGGGCAGCACACGCTC  797
      |||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTAACTGTCTTTGCTTTCAT-GTGCTAGAAAGGGCAGCACACGCTC  797

seq1  CTGAAGAAGCATAA-TCATTAATCACATGATCTATGCTGTAAACACTATG  846
      |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTGAAG-AGCATAATTCATTAATCACATGATCTATGCTGT-AACACTATG  845

seq1  AGTTATAATTATGGTCGATCTGGCCAGGTCATACACATTGGTATAATGGT  896
      || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AG-TATAATTAT-GTCGATCTGGCCAGGTCATACACATTGGTATAATGGT  893

seq1  GGCAAAAATGTTATGGGAGTAACCAACAACTTTCTGATTAGATTTCTAAG  946
      ||| |||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  GGC-AAAATGTTATGGGAGT-ACCA--CACTTTCTGATTAGATTTCTAAG  939

seq1  TCCCTTTC  954
      | ||||||
seq2  T-CCTTTC  946