BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-037H10
Chromosome6 (Build37)
Map Location 54,822,098 - 54,900,246
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZnrf2, Nod1
Upstream geneCpvl, LOC666305, Chn2, LOC100042056, Prr15, EG640926, Wipf3, Scrn1, Fkbp14, Plekha8, LOC100041292, 2410066E13Rik
Downstream geneA030007L17Rik, Gars, Crhr2, Inmt, C330043M08Rik, Aqp1, Ghrhr, Adcyap1r1, LOC100042219, Neurod6, LOC100041339, Ccdc129
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-037H10.bB6Ng01-037H10.g
ACCDH865317DH865318
length1,1441,105
definitionDH865317|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-037H10, 5' end.DH865318|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-037H10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,899,097 - 54,900,246)(54,822,098 - 54,823,228)
sequence
gaattcagcacagcgacacactattggcttattcaaacattaacagaaag
attacagggcatcaagactttgttcctgtgggctgggggcttatctttgt
tcacatagcaaccagttgatgtatgactttacccgtcgtcaaggggcagt
agacagaggggaggttccggccaggtggtgttaactcagataatatagcc
ctgctatgtcttcacagtcccctttatcttatggtcaagatgttcctagg
aatgttttaactacgaggcatacccaggtttgtttttctcttttctcagc
tccaggcagcctctaggctcacaaccagcaatttctgagtactttatatg
acttacaggtcttgaaatttcatctttctttcaccctgataaaattctta
ggcatgactccctcctgtcggaggtagaaaatgggagaaaggagatggag
aattcaccagggaagtttgctttgctaacaatgtcctttacctcttcagg
gtcagcaatgaaaggcaggatcccgggtggtggccctgaatcctgatttg
tctgccctgccagcgagacacatgtggtcaaagatgaatttgagaaaagt
agctgctggctacttgaacaatggaggaacacggccatcatgagatggaa
ggcaccccattgggttgtcactcccacattaaactgctgaagatcaacag
ggaacatctggtcaccaacattcggaacactcagtgtctggtggacaact
tgctggagaatggctacttctcagccgaagatgcagagattgtgtgtgcc
tgtcccaccaagcctgacaaggtgcagtgggggacactgaagctgatagt
cactgacctggctttctagcagtggtccaccttgctgaccctgcaaattc
attgggggaatttggtattgggtcaaattcactctttagagtctttagtg
tgttgttgttgttttagtccatgagctctgtagcataaggttattggtga
catatgtgactcacactggtggtctctgggcttattttcatcctggagcc
ttagctatgcattacagaagagactggatggactttgtccattccacctg
gagggtctcggtgaatcctaaatgcccaatggtttagcttcctg
gaattccaaggtgagccagaatgagattctgagagagatgagaaccaaca
cttaccaggggtttgcactttgaggcagactattaaaggttgataccata
tttatattgatatttaacttgaaaatcagcttcattttattaaatttcat
aagctgttacagtataggagtagaacaaccccttgtgtaactgaaatgtc
aaatattagcattaactccttctaaactaatttaggtacctgaaaatatt
agtaagagagccaccacttttcagtatttgagtaattgctttttactaat
attgtgattttttttttttaattcttgatttttctagggattatttcaca
tttcagctgcttttgttttcttctgctatcattgagggttcaagagaaag
taaatcctcaggtaaacgcctgatgtgttatagtgctcggcatcgtcttg
gctggagagatgaactactgtttggatgcttgtctgaaagtgactgtggt
gatagacttgtgcatggagccctggctgcctctcacactcactcggcctt
tgttgttttggcttttggagacttttggctgtctgcttttcttcatgttg
tcttgatccacaataactttatggatatgtgcttggatctgctaaatttt
ttaattttgcacagttggctgcttgaattgtaagtgatctctttggacaa
agagcttgagaagctgtaagtgaagtatcaatttacagacgtttataatt
agcttgtaagtatatgttcaccagctattacatattttaacatttgatat
cttaccatactgaagctgaaaattgaagagctgattgcagttggcttgtg
ggccactacggtgatagcacaggtgatgctggcttcttttctgacagagc
atgtatgggccagattgctcagctgttcaagcagtaaggtgtgagctgct
ctctacttatatatatactaactccccgcagctgagagtggcagtctcag
actttccagagctgaaggagatggttcagtgttagagtgtacgacttgcg
aagtccagctcattgttagaccatttgggcagcctcaaatgctgtggact
acagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_54899097_54900246
seq2: B6Ng01-037H10.b_48_1191 (reverse)

seq1  CAGGAAGCTAAACATTTGGGCATTTAGGATTCTACCGAGACC--TCAGTG  48
      |||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||   |||  
seq2  CAGGAAGCTAAACCATTGGGCATTTAGGATTC-ACCGAGACCCTCCAGGT  49

seq1  TGAATGGACATATGTCAT-CAGTCTCTTCTGTAATGCATAAGCTGAGGCT  97
       ||||||||| |   ||| |||||||||||||||||||| |||| |||||
seq2  GGAATGGACAAAGTCCATCCAGTCTCTTCTGTAATGCAT-AGCTAAGGCT  98

seq1  CAAGGATGAAAAT-AGCCCAGAGACCA-CAGTGTGAGTCACATATGTCAC  145
      | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATGAAAATAAGCCCAGAGACCACCAGTGTGAGTCACATATGTCAC  148

seq1  CAATACCCTTATGCTACAGAAGCTTCATGGGACTAAAAACAACAACAACA  195
      ||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||
seq2  CAATAACCTTATGCTACAG-AGC-TCAT-GGACT-AAAACAACAACAACA  194

seq1  ACAACTAAAGACTCTAAAGAGTGAAATTTGACCCAAATACCAAATTCCCC  245
         |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
seq2  --CACTAAAGACTCTAAAGAGTG-AATTTGACCC-AATACCAAATTCCCC  240

seq1  CAATGAATTTGCAGGGGTCAGCAAGGTGGACCACTGCTAGAAAGCCAGGT  295
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAATTTGCA-GGGTCAGCAAGGTGGACCACTGCTAGAAAGCCAGGT  289

seq1  CAGTGACTATCAGCTTCAGTGTCCCCCACTGCACCTTGTCAGGCTTGGTG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACTATCAGCTTCAGTGTCCCCCACTGCACCTTGTCAGGCTTGGTG  339

seq1  GGACAGGCACACACAATCTCTGCATCTTCGGCTGAGAAGTAGCCATTCTC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGGCACACACAATCTCTGCATCTTCGGCTGAGAAGTAGCCATTCTC  389

seq1  CAGCAAGTTGTCCACCAGACACTGAGTGTTCCGAATGTTGGTGACCAGAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGTTGTCCACCAGACACTGAGTGTTCCGAATGTTGGTGACCAGAT  439

seq1  GTTCCCTGTTGATCTTCAGCAGTTTAATGTGGGAGTGACAACCCAATGGG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCTGTTGATCTTCAGCAGTTTAATGTGGGAGTGACAACCCAATGGG  489

seq1  GTGCCTTCCATCTCATGATGGCCGTGTTCCTCCATTGTTCAAGTAGCCAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTTCCATCTCATGATGGCCGTGTTCCTCCATTGTTCAAGTAGCCAG  539

seq1  CAGCTACTTTTCTCAAATTCATCTTTGACCACATGTGTCTCGCTGGCAGG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACTTTTCTCAAATTCATCTTTGACCACATGTGTCTCGCTGGCAGG  589

seq1  GCAGACAAATCAGGATTCAGGGCCACCACCCGGGATCCTGCCTTTCATTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACAAATCAGGATTCAGGGCCACCACCCGGGATCCTGCCTTTCATTG  639

seq1  CTGACCCTGAAGAGGTAAAGGACATTGTTAGCAAAGCAAACTTCCCTGGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCCTGAAGAGGTAAAGGACATTGTTAGCAAAGCAAACTTCCCTGGT  689

seq1  GAATTCTCCATCTCCTTTCTCCCATTTTCTACCTCCGACAGGAGGGAGTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATCTCCTTTCTCCCATTTTCTACCTCCGACAGGAGGGAGTC  739

seq1  ATGCCTAAAAATTTTATCAGGGTGAAAGAAAGATGAAATTTCAAGACCTG  795
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTAAGAATTTTATCAGGGTGAAAGAAAGATGAAATTTCAAGACCTG  789

seq1  TAAGTCATATAAAGTACTCAGAAATTGCTGGTTGTGAGCCTAGAGGCTGC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCATATAAAGTACTCAGAAATTGCTGGTTGTGAGCCTAGAGGCTGC  839

seq1  CTGGAGCTGAGAAAAGAGAAAAACAAACCTGGGTATGCCTCGTAGTTAAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGCTGAGAAAAGAGAAAAACAAACCTGGGTATGCCTCGTAGTTAAA  889

seq1  ACATTCCTAGGAACATCTTGACCATAAGATAAAGGGGACTGTGAAGACAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCCTAGGAACATCTTGACCATAAGATAAAGGGGACTGTGAAGACAT  939

seq1  AGCAGGGCTATATTATCTGAGTTAACACCACCTGGCCGGAACCTCCCCTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGCTATATTATCTGAGTTAACACCACCTGGCCGGAACCTCCCCTC  989

seq1  TGTCTACTGCCCCTTGACGACGGGTAAAGTCATACATCAACTGGTTGCTA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTACTGCCCCTTGACGACGGGTAAAGTCATACATCAACTGGTTGCTA  1039

seq1  TGTGAACAAAGATAAGCCCCCAGCCCACAGGAACAAAGTCTTGATGCCCT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAACAAAGATAAGCCCCCAGCCCACAGGAACAAAGTCTTGATGCCCT  1089

seq1  GTAATCTTTCTGTTAATGTTTGAATAAGCCAATAGTGTGTCGCTGTGCTG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCTTTCTGTTAATGTTTGAATAAGCCAATAGTGTGTCGCTGTGCTG  1139

seq1  AATTC  1150
      |||||
seq2  AATTC  1144

seq1: chr6_54822098_54823228
seq2: B6Ng01-037H10.g_66_1170

seq1  GAATTCCAAGGTGAGCCAGAATGAGATTCTGAGAGAGATGAGAACCAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGGTGAGCCAGAATGAGATTCTGAGAGAGATGAGAACCAACA  50

seq1  CTTACCAGGGGTTTGCACTTTGAGGCAGACTATTAAAGGTTGATACCATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCAGGGGTTTGCACTTTGAGGCAGACTATTAAAGGTTGATACCATA  100

seq1  TTTATATTGATATTTAACTTGAAAATCAGCTTCATTTTATTAAATTTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATTGATATTTAACTTGAAAATCAGCTTCATTTTATTAAATTTCAT  150

seq1  AAGCTGTTACAGTATAGGAGTAGAACAACCCCTTGTGTAACTGAAATGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTTACAGTATAGGAGTAGAACAACCCCTTGTGTAACTGAAATGTC  200

seq1  AAATATTAGCATTAACTCCTTCTAAACTAATTTAGGTACCTGAAAATATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTAGCATTAACTCCTTCTAAACTAATTTAGGTACCTGAAAATATT  250

seq1  AGTAAGAGAGCCACCACTTTTCAGTATTTGAGTAATTGCTTTTTACTAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGAGAGCCACCACTTTTCAGTATTTGAGTAATTGCTTTTTACTAAT  300

seq1  ATTGTGATTTTTTTTTTTTAATTCTTGATTTTTCTAGGGATTATTTCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGATTTTTTTTTTTTAATTCTTGATTTTTCTAGGGATTATTTCACA  350

seq1  TTTCAGCTGCTTTTGTTTTCTTCTGCTATCATTGAGGGTTCAAGAGAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCTGCTTTTGTTTTCTTCTGCTATCATTGAGGGTTCAAGAGAAAG  400

seq1  TAAATCCTCAGGTAAACGCCTGATGTGTTATAGTGCTCGGCATCGTCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCCTCAGGTAAACGCCTGATGTGTTATAGTGCTCGGCATCGTCTTG  450

seq1  GCTGGAGAGATGAACTACTGTTTGGATGCTTGTCTGAAAGTGACTGTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGAGATGAACTACTGTTTGGATGCTTGTCTGAAAGTGACTGTGGT  500

seq1  GATAGACTTGTGCATGGAGCCCTGGCTGCCTCTCACACTCACTCGGCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGACTTGTGCATGGAGCCCTGGCTGCCTCTCACACTCACTCGGCCTT  550

seq1  TGTTGTTTTGGCTTTTGGAGACTTTTGGCTGTCTGCTTTTCTTCATGTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTTTGGCTTTTGGAGACTTTTGGCTGTCTGCTTTTCTTCATGTTG  600

seq1  TCTTGATCCACAATAACTTTATGGATATGTGCTTGGATCTGCTAAATTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATCCACAATAACTTTATGGATATGTGCTTGGATCTGCTAAATTTT  650

seq1  TTAATTTTGCACAGTTGGCTGCTTGAATTGTAAGTGATCTCTTTGGACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTTGCACAGTTGGCTGCTTGAATTGTAAGTGATCTCTTTGGACAA  700

seq1  AGAGCTTGAGAAGCTGTAAGTGAAGTATCAATTTACAGACGTTTATAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTTGAGAAGCTGTAAGTGAAGTATCAATTTACAGACGTTTATAATT  750

seq1  AGCTTGTAAGTATATGTTCACCAGCTATTACATATTTTAACATTTGATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGTAAGTATATGTTCACCAGCTATTACATATTTTAACATTTGATAT  800

seq1  CTTACCATAACTGAAGCTGAAAATTGAAGAGCTGATTGCAGTTGGCTTGT  850
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCAT-ACTGAAGCTGAAAATTGAAGAGCTGATTGCAGTTGGCTTGT  849

seq1  -GGCCACTACGGTGATAGCACAGGTGATGCTGGCTTCTTTTCTGACAGAG  899
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCACTACGGTGATAGCACAGGTGATGCTGGCTTCTTTTCTGACAGAG  899

seq1  CATGTTATTGGCCAGGATTGCTTCAAGCTGTTCAAGCAGTAGGGTGTGAG  949
      |||| ||| ||||| |||||||   |||||||||||||||| ||||||||
seq2  CATG-TATGGGCCA-GATTGCT--CAGCTGTTCAAGCAGTAAGGTGTGAG  945

seq1  CTGCTCTCTACTTTATAATATA-ATACTAACTCCCCGCAGCTGAGAGTGG  998
      |||||||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTCTACTT----ATATATATACTAACTCCCCGCAGCTGAGAGTGG  991

seq1  CCAGTCTCAAGACTTTTCCCCAGGAGCTGGAGAGAGATGGTTCAGTGGTT  1048
       ||||||| |||||||   ||| |||||| || ||||||||||||||  |
seq2  -CAGTCTC-AGACTTT---CCA-GAGCTGAAG-GAGATGGTTCAGTG--T  1032

seq1  AAGAGTGTACGACACTTGCAGAAGTCCCCAGCTCAATGTCTAGCACCCAT  1098
       ||||||||||  |||||| |||||  |||||||| ||| |||   ||||
seq2  TAGAGTGTACG--ACTTGC-GAAGT--CCAGCTCATTGT-TAG--ACCAT  1074

seq1  ATGGGGCAGCTCACAACTGCCTGT-GACTACAGG  1131
       | ||||||| | ||| || |||| |||||||||
seq2  -TTGGGCAGC-CTCAAATG-CTGTGGACTACAGG  1105