BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038A15
Chromosome6 (Build37)
Map Location 115,329,293 - 115,403,565
singlet/doubletdoublet
Overlap genePparg
Upstream geneHrh1, Atg7, Vgll4, 1500001M20Rik, LOC100043420, Syn2, Timp4
Downstream geneTsen2, 2510049J12Rik, Mkrn2, Raf1, LOC100043759, D830050J10Rik, Tmem40, EG620848, Cand2, Rpl32, BC060267, Mbd4, Ift122, Rho, H1foo, Plxnd1, Tmcc1, LOC100043425, EG666634, EG666648, D6Wsu116e, Anubl1, March8, Alox5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038A15.bB6Ng01-038A15.g
ACCDH865728DH865729
length1,1061,100
definitionDH865728|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038A15, 5' end.DH865729|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038A15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,402,453 - 115,403,565)(115,329,293 - 115,330,406)
sequence
gaattccaggacagcaagggctacacagagaaaccttgtctcaaaaaacc
caaactaaaccaaaccaaaccaaaccaaaccaaaaacatttaatgcccat
tggtccttgtctttgcaagaaaaaactgaacatactgttcagattggtcc
cttctaggtagagtaaatgaactgagtttttgtttgtttgttttttgaga
tagaatctaactatgttgtcatggctgacctagaacttcctatgtagacc
aggctgactttgaactcatagagatatctgcctgccctgcttcctgagtg
ctagttaactgttaaagtcaaatgacgactttattatcaagggcatggta
gctttctttgactttctgggtggagaaaattatactgcccatactacata
ggttagatttttgggaggaagggtactgggaatatactttgggctaaact
ctgcactgggctacacccccagcttatagtctacatactatttatctgca
aatgttaagcaatgggagataaatttcatgtgaggtgtgcttgcttataa
accacagaaaatatgttttatatcaatgttgcagtgcctgtaagtgctag
gaactatattttatacaaatatgagaaatgacatttttttgaataggcaa
aacccaaatagcattaaaagcagtgttggcaaactttcctagactatctt
gatgataatgacctcaaagtcaatgatttcttcataaagatgaaataagt
ttgctgcaacttgattgcatcaactaaaataaagctcttggcttgaaatt
tttgttcttatgttttatgaggttcgaaataaaaaggaaattgatggaat
taaaccagcaaattattttgcaatcaatgactgcagttgtacactgctac
aaagcagatgtggtcaatgttgaggaaagttggaccaaattcccttcctg
tccagtgctgttgatagctctattcataatgcactcttgcctttaaaggg
actgacccataaagacaccacaccttttactgcttcaaagggtagagaat
catcaattgtcattggcagcatcttgaaggttcccacaatgagaaaaaac
ttgtcc
gaattctaggacagccagggccacacagagaaaccctgtctcaagaaaag
aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaagaagaagcaaaagcctctccccc
cccctttcccctctgctctttaatacaaataaaataattttatttgctta
tctgaggatataacagccagataaatagtacattttgtaagttttctata
aaaatctaaggaagatttttaactggcattggttgagctaccactctaat
agaatcagccttcatggtcagagggataggacatggaaaagctcagtgag
tttgtatccataggagctggctccaagatctgtatgaaatgtattgtttg
catataacctagccattttgcttcaaattgccttcagatgacttattata
cccaatacagcataaatgccagaaaaattgttgtactgtgttgtttgggg
actaataacaggacaaggttgttacatgctcagtatagccagagtacttt
tagaatatttatttgtgattatcgtggctacatatgatacatgagtttgg
gcaacaaatgccacagcagaagtgtggagctcagaggatggcttgtagag
ttggtctctctttctacctttacgtgaactacaagggctgaattcaagtc
atcaaatactttacatgctgagcaacagtaccttcctgttaatgtatttt
ttttaatatatttttactgtgtagttggatacatcctcagacatggagga
atgactacattttagtttagaataaaaattaccaatttgtgtatatttgc
ctacttcctacctctcctcagtagactgtgatagacattgtatgatgaaa
taagagcactctccatacctttaagaaaagatacagctcagcttgcaatt
catgcatgaactcctagggtcacacacacacattcatacaaacatgcatg
cacacgcacacacagacactcacacacacaatctcccatgtcaggagcta
tggctgaagacttcacatcagattagaagaagaaagccataagttgtaga
gggcatggtagaaatctcgaagaaaaggtgtagagactaagaagtttctg

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_115402453_115403565
seq2: B6Ng01-038A15.b_50_1155 (reverse)

seq1  GGACATGTTTGTTTCTCATAGTGGGAACCATCAAGATGCTTGCCAATGAC  50
      ||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| 
seq2  GGACAAGTTT-TTTCTCATTGTGGGAACCTTCAAGATGC-TGCCAATGA-  47

seq1  CAATTGATTGATTCTCTACCCTTTGAAAGCAGTAAAAGGTGTGGTTGTCT  100
      ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  CAATTGA-TGATTCTCTACCCTTTG-AAGCAGTAAAAGGTGTGG-TGTCT  94

seq1  TTATGGGTCAGTCCCTTTAAAGGCAAGAGTGCATTATGAATAGAGCTATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGGTCAGTCCCTTTAAAGGCAAGAGTGCATTATGAATAGAGCTATC  144

seq1  AACAGCACTGGACAGGAAGGGAATTTGGTCCAACTTTCCTCAACATTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AACAGCACTGGACAGGAAGGGAATTTGGTCCAACTTTCCTCAACA-TTGA  193

seq1  CCACATCTGCTTTGTAGCAGTGTACAACTGCAGTCATTGATTGCAAAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATCTGCTTTGTAGCAGTGTACAACTGCAGTCATTGATTGCAAAATA  243

seq1  ATTTGCTGGTTTAATTCCATCAATTTCCTTTTTATTTCGAACCTCATAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTGGTTTAATTCCATCAATTTCCTTTTTATTTCGAACCTCATAAA  293

seq1  ACATAAGAACAAAAATTTCAAGCCAAGAGCTTTATTTTAGTTGATGCAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAGAACAAAAATTTCAAGCCAAGAGCTTTATTTTAGTTGATGCAAT  343

seq1  CAAGTTGCAGCAAACTTATTTCATCTTTATGAAGAAATCATTGACTTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTGCAGCAAACTTATTTCATCTTTATGAAGAAATCATTGACTTTGA  393

seq1  GGTCATTATCATCAAGATAGTCTAGGAAAGTTTGCCAACACTGCTTTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATTATCATCAAGATAGTCTAGGAAAGTTTGCCAACACTGCTTTTAA  443

seq1  TGCTATTTGGGTTTTGCCTATTCAAAAAAATGTCATTTCTCATATTTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATTTGGGTTTTGCCTATTCAAAAAAATGTCATTTCTCATATTTGTA  493

seq1  TAAAATATAGTTCCTAGCACTTACAGGCACTGCAACATTGATATAAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATAGTTCCTAGCACTTACAGGCACTGCAACATTGATATAAAACA  543

seq1  TATTTTCTGTGGTTTATAAGCAAGCACACCTCACATGAAATTTATCTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCTGTGGTTTATAAGCAAGCACACCTCACATGAAATTTATCTCCC  593

seq1  ATTGCTTAACATTTGCAGATAAATAGTATGTAGACTATAAGCTGGGGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTTAACATTTGCAGATAAATAGTATGTAGACTATAAGCTGGGGGTG  643

seq1  TAGCCCAGTGCAGAGTTTAGCCCAAAGTATATTCCCAGTACCCTTCCTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCAGTGCAGAGTTTAGCCCAAAGTATATTCCCAGTACCCTTCCTCC  693

seq1  CAAAAATCTAACCTATGTAGTATGGGCAGTATAATTTTCTCCACCCAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATCTAACCTATGTAGTATGGGCAGTATAATTTTCTCCACCCAGAA  743

seq1  AGTCAAAGAAAGCTACCATGCCCTTGATAATAAAGTCGTCATTTGACTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAAGAAAGCTACCATGCCCTTGATAATAAAGTCGTCATTTGACTTT  793

seq1  AACAGTTAACTAGCACTCAGGAAGCAGGGCAGGCAGATATCTCTATGAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTTAACTAGCACTCAGGAAGCAGGGCAGGCAGATATCTCTATGAGT  843

seq1  TCAAAGTCAGCCTGGTCTACATAGGAAGTTCTAGGTCAGCCATGACAACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGTCAGCCTGGTCTACATAGGAAGTTCTAGGTCAGCCATGACAACA  893

seq1  TAGTTAGATTCTATCTCAAAAAACAAACAAACAAAAACTCAGTTCATTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAGATTCTATCTCAAAAAACAAACAAACAAAAACTCAGTTCATTTA  943

seq1  CTCTACCTAGAAGGGACCAATCTGAACAGTATGTTCAGTTTTTTCTTGCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCTAGAAGGGACCAATCTGAACAGTATGTTCAGTTTTTTCTTGCA  993

seq1  AAGACAAGGACCAATGGGCATTAAATGTTTTTGGTTTGGTTTGGTTTGGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAAGGACCAATGGGCATTAAATGTTTTTGGTTTGGTTTGGTTTGGT  1043

seq1  TTGGTTTAGTTTGGGTTTTTTGAGACAAGGTTTCTCTGTGTAGCCCTTGC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTAGTTTGGGTTTTTTGAGACAAGGTTTCTCTGTGTAGCCCTTGC  1093

seq1  TGTCCTGGAATTC  1113
      |||||||||||||
seq2  TGTCCTGGAATTC  1106

seq1: chr6_115329293_115330406
seq2: B6Ng01-038A15.g_66_1165

seq1  GAATTCTAGGACAGCCAGGGCCACACAGAGAAACCCTGTCTCAAGAAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGACAGCCAGGGCCACACAGAGAAACCCTGTCTCAAGAAAAG  50

seq1  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAAGCAAAAGCCTCTCCCC  100
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAAGCAAAAGCCTCTCCCC  99

seq1  CCCCCTTTCCCCTCTGCTCTTTAATACAAATAAAATAATTTTATTTGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTTTCCCCTCTGCTCTTTAATACAAATAAAATAATTTTATTTGCTT  149

seq1  ATCTGAGGATATAACAGCCAGATAAATAGTACATTTTGTAAGTTTTCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGGATATAACAGCCAGATAAATAGTACATTTTGTAAGTTTTCTAT  199

seq1  AAAAATCTAAGGAAGATTTTTAACTGGCATTGGTTGAGCTACCACTCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCTAAGGAAGATTTTTAACTGGCATTGGTTGAGCTACCACTCTAA  249

seq1  TAGAATCAGCCTTCATGGTCAGAGGGATAGGACATGGAAAAGCTCAGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATCAGCCTTCATGGTCAGAGGGATAGGACATGGAAAAGCTCAGTGA  299

seq1  GTTTGTATCCATAGGAGCTGGCTCCAAGATCTGTATGAAATGTATTGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTATCCATAGGAGCTGGCTCCAAGATCTGTATGAAATGTATTGTTT  349

seq1  GCATATAACCTAGCCATTTTGCTTCAAATTGCCTTCAGATGACTTATTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATAACCTAGCCATTTTGCTTCAAATTGCCTTCAGATGACTTATTAT  399

seq1  ACCCAATACAGCATAAATGCCAGAAAAATTGTTGTACTGTGTTGTTTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAATACAGCATAAATGCCAGAAAAATTGTTGTACTGTGTTGTTTGGG  449

seq1  GACTAATAACAGGACAAGGTTGTTACATGCTCAGTATAGCCAGAGTACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAATAACAGGACAAGGTTGTTACATGCTCAGTATAGCCAGAGTACTT  499

seq1  TTAGAATATTTATTTGTGATTATCGTGGCTACATATGATACATGAGTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATATTTATTTGTGATTATCGTGGCTACATATGATACATGAGTTTG  549

seq1  GGCAACAAATGCCACAGCAGAAGTGTGGAGCTCAGAGGATGGCTTGTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACAAATGCCACAGCAGAAGTGTGGAGCTCAGAGGATGGCTTGTAGA  599

seq1  GTTGGTCTCTCTTTCTACCTTTACGTGAACTACAAGGGCTGAATTCAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTCTCTCTTTCTACCTTTACGTGAACTACAAGGGCTGAATTCAAGT  649

seq1  CATCAAATACTTTACATGCTGAGCAACAGTACCTTCCTGTTAATGTATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAATACTTTACATGCTGAGCAACAGTACCTTCCTGTTAATGTATTT  699

seq1  TTTTTAATATATTTTTACTGTGTAGTTGGATACATCCTCAGACATGGAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAATATATTTTTACTGTGTAGTTGGATACATCCTCAGACATGGAGG  749

seq1  AATGACTACATTTTAGTTTAGAATAAAAATTACCAATTTGTGTATATTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTACATTTTAGTTTAGAATAAAAATTACCAATTTGTGTATATTTG  799

seq1  CCTACTTCCTACCTCTCCTCAGTAGACTGTGATAGACATTGTATGATGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTTCCTACCTCTCCTCAGTAGACTGTGATAGACATTGTATGATGAA  849

seq1  ATAAGAGCACTCTCCATACCTTTAAGAAAAGATACAGCTCAGCTTGCAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAGCACTCTCCATACCTTTAAGAAAAGATACAGCTCAGCTTGCAAT  899

seq1  TCATGCATGAACTCCTAGGGTCACACACACACATTCATACAAACATGCAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCATGAACTCCTAGGGTCACACACACACATTCATACAAACATGCAT  949

seq1  GCACACGCACACACAGACACTCACACACACAATCTTCCCATGTCAGGAGC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCACACGCACACACAGACACTCACACACACAATC-TCCCATGTCAGGAGC  998

seq1  TATGGCTGAAGACATTCCACATTCAAGAATAGAAAGAAGAAAGCCAATAA  1050
      |||||||||||||  | |||||   ||| ||| |||||||||||||   |
seq2  TATGGCTGAAGAC--TTCACAT--CAGATTAG-AAGAAGAAAGCCA--TA  1041

seq1  ACCTGTAGAGGGCAATAGTAGAAAATCTCAGAAAGAACAGGTGTAAGAGA  1100
      |  |||||||||| || |||| |||||||   ||||| |||||| |||||
seq2  AGTTGTAGAGGGC-ATGGTAG-AAATCTC--GAAGAAAAGGTGT-AGAGA  1086

seq1  CTAAGAAGTATCTG  1114
      ||||||||| ||||
seq2  CTAAGAAGTTTCTG  1100