BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-039H04
Chromosome6 (Build37)
Map Location 105,653,345 - 105,779,265
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043350, Cntn4
Upstream geneCntn6, LOC384470, LOC100043716
Downstream geneIl5ra, Trnt1, Crbn
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-039H04.bB6Ng01-039H04.g
ACCDH866717DH866718
length6641,109
definitionDH866717|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039H04, 5' end.DH866718|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-039H04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,778,602 - 105,779,265)(105,653,345 - 105,654,463)
sequence
gaattctttcagcatctgcactgtagctcatttataaacaaagttgctct
tcaacaacatttccaacatacttttgtgttttactgctctaagccaacac
tcatatacacatgctgcaatgtgctccgtgatgttatcaggagaacacac
atttatgctgctactttaacaggctttttcctttaccaatgcacaaagtg
cctgtttttagtgttaccctaagagagagctcaagcttatcaaccagact
tctggatatgatgaatggcaaaggcaaaatcatatttgctaaagaagtag
gccatattaagcttgtagagctttgattgatcatgtttacccaagagata
caaatgttatggcctttaaaataaatttggggggctgtaagctttgtttt
catttccttttgaaaatcgctgactctaaccagcttacactaaacactgg
tataaatcagcaggtactagcgatatggtaacagagttggttgctttctt
ctagaatgttataggatataaaatggtataccttagagtagacctgcagt
aggtgatctccttttcatggttgcttacttcctaaaatatttatatatac
acatacatacacacacatattctctctctctctctctctctctctctctc
tctctctctctctc
gaattcaagtgttcaacttccatcaacactgttgaggagttaaggtgatt
atcatataattaaaaaagaaaaaagtgtgcttctaatgaatgagttaggt
atgtgatctcaattaatttcacgaacttacttcaagtctgaatttgccat
ttctttacgaccttataattcttatttttaaaccatctcctttaaggtta
tatgccttggagtgtgctttttaatagtataaaagttccctgataaaaac
tgattaatttctttcctcttttctgatcctttctcacactagctatgttg
ctattttttaataaagatgcttatgatatgtggatatttgtttgttaaaa
tacttcagttatagaaatacaggttaggaataatggttgaatattgataa
tccttatgccttggaggctgagacagaggttctcaagtttaaagccagtc
tatactatattatatactatagtaagatccccaactccagaagagaaaaa
acaagtatgaatatccagtatctgttcttcttctaaagtcttggatttca
gtctatgttagcctataccaagctaactcttgcttccccagtgttttcag
actagttattttcttatagaaaatctataatgctagattcttgctaatca
tctttgtgtctactcaggcctttattgaaagacattttcgtaaatatgca
ctgctttgacttttagatcagatgagataatttagaaaaatattagcaag
tcttataaaatttctttcattttctacttaacctgcaattaccacatact
gctaaacactatgactgaaattcagtccagtgagtagcaaaaaagtcaga
cagaatttattattatggagtttagaatctggtatggcatactaagagga
gaatcacacaattacaatttaaaataaagataattataaatttcataggc
actctcgaggagagagtgtttatggtggagatgaatgtgggactcctttg
ctatttcgattctattgtcaggatagctatgactgcataaaatgcattct
ataaagggggctggattcttattcaaaggaatgccctttaagcattcatg
gtatctatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_105778602_105779265
seq2: B6Ng01-039H04.b_45_708 (reverse)

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATATGT  50

seq1  GTGTGTATGTATGTGTATATATAAATATTTTAGGAAGTAAGCAACCATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTATGTATGTGTATATATAAATATTTTAGGAAGTAAGCAACCATGA  100

seq1  AAAGGAGATCACCTACTGCAGGTCTACTCTAAGGTATACCATTTTATATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGATCACCTACTGCAGGTCTACTCTAAGGTATACCATTTTATATC  150

seq1  CTATAACATTCTAGAAGAAAGCAACCAACTCTGTTACCATATCGCTAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAACATTCTAGAAGAAAGCAACCAACTCTGTTACCATATCGCTAGTA  200

seq1  CCTGCTGATTTATACCAGTGTTTAGTGTAAGCTGGTTAGAGTCAGCGATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTGATTTATACCAGTGTTTAGTGTAAGCTGGTTAGAGTCAGCGATT  250

seq1  TTCAAAAGGAAATGAAAACAAAGCTTACAGCCCCCCAAATTTATTTTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAAGGAAATGAAAACAAAGCTTACAGCCCCCCAAATTTATTTTAAA  300

seq1  GGCCATAACATTTGTATCTCTTGGGTAAACATGATCAATCAAAGCTCTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATAACATTTGTATCTCTTGGGTAAACATGATCAATCAAAGCTCTAC  350

seq1  AAGCTTAATATGGCCTACTTCTTTAGCAAATATGATTTTGCCTTTGCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTAATATGGCCTACTTCTTTAGCAAATATGATTTTGCCTTTGCCAT  400

seq1  TCATCATATCCAGAAGTCTGGTTGATAAGCTTGAGCTCTCTCTTAGGGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATATCCAGAAGTCTGGTTGATAAGCTTGAGCTCTCTCTTAGGGTA  450

seq1  ACACTAAAAACAGGCACTTTGTGCATTGGTAAAGGAAAAAGCCTGTTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAAAAACAGGCACTTTGTGCATTGGTAAAGGAAAAAGCCTGTTAAA  500

seq1  GTAGCAGCATAAATGTGTGTTCTCCTGATAACATCACGGAGCACATTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAGCATAAATGTGTGTTCTCCTGATAACATCACGGAGCACATTGCA  550

seq1  GCATGTGTATATGAGTGTTGGCTTAGAGCAGTAAAACACAAAAGTATGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGTATATGAGTGTTGGCTTAGAGCAGTAAAACACAAAAGTATGTT  600

seq1  GGAAATGTTGTTGAAGAGCAACTTTGTTTATAAATGAGCTACAGTGCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGTTGTTGAAGAGCAACTTTGTTTATAAATGAGCTACAGTGCAGA  650

seq1  TGCTGAAAGAATTC  664
      ||||||||||||||
seq2  TGCTGAAAGAATTC  664

seq1: chr6_105653345_105654463
seq2: B6Ng01-039H04.g_67_1175

seq1  GAATTCAAGTGTTCAACTTCCATCAACACTGTTGAGGAGTTAAGGTGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTGTTCAACTTCCATCAACACTGTTGAGGAGTTAAGGTGATT  50

seq1  ATCATATAATTAAAAAAGAAAAAAGTGTGCTTCTAATGAATGAGTTAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATATAATTAAAAAAGAAAAAAGTGTGCTTCTAATGAATGAGTTAGGT  100

seq1  ATGTGATCTCAATTAATTTCACGAACTTACTTCAAGTCTGAATTTGCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATCTCAATTAATTTCACGAACTTACTTCAAGTCTGAATTTGCCAT  150

seq1  TTCTTTACGACCTTATAATTCTTATTTTTAAACCATCTCCTTTAAGGTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTACGACCTTATAATTCTTATTTTTAAACCATCTCCTTTAAGGTTA  200

seq1  TATGCCTTGGAGTGTGCTTTTTAATAGTATAAAAGTTCCCTGATAAAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCTTGGAGTGTGCTTTTTAATAGTATAAAAGTTCCCTGATAAAAAC  250

seq1  TGATTAATTTCTTTCCTCTTTTCTGATCCTTTCTCACACTAGCTATGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTAATTTCTTTCCTCTTTTCTGATCCTTTCTCACACTAGCTATGTTG  300

seq1  CTATTTTTTAATAAAGATGCTTATGATATGTGGATATTTGTTTGTTAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTTTAATAAAGATGCTTATGATATGTGGATATTTGTTTGTTAAAA  350

seq1  TACTTCAGTTATAGAAATACAGGTTAGGAATAATGGTTGAATATTGATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCAGTTATAGAAATACAGGTTAGGAATAATGGTTGAATATTGATAA  400

seq1  TCCTTATGCCTTGGAGGCTGAGACAGAGGTTCTCAAGTTTAAAGCCAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTATGCCTTGGAGGCTGAGACAGAGGTTCTCAAGTTTAAAGCCAGTC  450

seq1  TATACTATATTATATACTATAGTAAGATCCCCAACTCCAGAAGAGAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTATATTATATACTATAGTAAGATCCCCAACTCCAGAAGAGAAAAA  500

seq1  ACAAGTATGAATATCCAGTATCTGTTCTTCTTCTAAAGTCTTGGATTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTATGAATATCCAGTATCTGTTCTTCTTCTAAAGTCTTGGATTTCA  550

seq1  GTCTATGTTAGCCTATACCAAGCTAACTCTTGCTTCCCCAGTGTTTTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATGTTAGCCTATACCAAGCTAACTCTTGCTTCCCCAGTGTTTTCAG  600

seq1  ACTAGTTATTTTCTTATAGAAAATCTATAATGCTAGATTCTTGCTAATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTTATTTTCTTATAGAAAATCTATAATGCTAGATTCTTGCTAATCA  650

seq1  TCTTTGTGTCTACTCAGGCCTTTATTGAAAGACATTTTCGTAAATATGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTGTCTACTCAGGCCTTTATTGAAAGACATTTTCGTAAATATGCA  700

seq1  CTGCTTTGACTTTTAGATCAGATGAGATAATTTAGAAAAATATTAGCAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTGACTTTTAGATCAGATGAGATAATTTAGAAAAATATTAGCAAG  750

seq1  TCTTATAAAATTTCTTTCATTTTCTACTTAACCTGCAATTACCACATACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATAAAATTTCTTTCATTTTCTACTTAACCTGCAATTACCACATACT  800

seq1  GCTAAACACTATGACTGAAATTCAGTCCAGTGAGTAGCAAAAAAAGTCAG  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GCTAAACACTATGACTGAAATTCAGTCCAGTGAGTAGC-AAAAAAGTCAG  849

seq1  ACAGAATTTATTATTATGGAGTTTAGAATCTGGTATGGCATACTAAGAAG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACAGAATTTATTATTATGGAGTTTAGAATCTGGTATGGCATACTAAGAGG  899

seq1  AGAATCACACAATTACAATTTAAAATAAAGATAATTATAAATTTCATAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCACACAATTACAATTTAAAATAAAGATAATTATAAATTTCATAGG  949

seq1  CACTCTCGAGGAGAGAAGTGTTTTATGGTGGAGATGAATGTGGGACTCCT  1000
      ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCGAGGAGAG-AGTG-TTTATGGTGGAGATGAATGTGGGACTCCT  997

seq1  TTGCTATTTTCGATTCTATTGTCAAGGATAGCTATGACTGCATAAAATGC  1050
      |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTA-TTTCGATTCTATTGTC-AGGATAGCTATGACTGCATAAAATGC  1045

seq1  ATTCTATAAAGAGTGGCTGGGATTCTTATTCAAAAGGAATGCCCTTTAAA  1100
      ||||||||||| | |||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||
seq2  ATTCTATAAAG-GGGGCT-GGATTCTTATTC-AAAGGAATGCCCTTT-AA  1091

seq1  GCATTCATGGTATCCTATG  1119
      ||||||||||||| |||||
seq2  GCATTCATGGTAT-CTATG  1109